1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' |
CTATGAAGCTGCTGCTCTAGCATTTGAGGCAATTCCAAGGACTTTGGCCCAAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAGgtaataaatcccaaaatacattatgttttatggacttgtccctgtatcgaagtggtacctgtaaatgtattctatcagaagcatcataaacttggcattt...
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G069765_T05 |
intron # | 12 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAG CATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGATEST: gi|149105497|gb|EE291022.2|EE291022
genomic: AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAGgtaataaatc ... ttttcgtcagCATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
EST: AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAG CATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGATEST: gi|148949760|gb|EC895243.2|EC895243
genomic: AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAGgtaataaatc ... ttttcgtcagCATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
EST: AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAG CATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGATEST: gi|32865500|gb|CF005182.1|CF005182
genomic: AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAGgtaataaatc ... ttttcgtcagCATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
EST: AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAG CATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGATEST: gi|87153540|gb|DY398329.1|DY398329
genomic: AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAGgtaataaatc ... ttttcgtcagCATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
EST: AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAG CATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGATEST: gi|211183836|gb|FL001293.1|FL001293
genomic: AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAGgtaataaatc ... ttttcgtcagCATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
EST: AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAG CATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGATEST: gi|6563680|gb|AW231407.1|AW231407
genomic: AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAGgtaataaatc ... ttttcgtcagCATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
EST: AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACNCAACTTCAGGGAAAG CATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGATEST: gi|110951685|gb|EE171737.1|EE171737
genomic: AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAGgtaataaatc ... ttttcgtcagCATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
EST: AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAG CATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGATEST: gi|78023704|gb|DV492091.1|DV492091
genomic: AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAGgtaataaatc ... ttttcgtcagCATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
EST: GATAATGACACAACTTCAAGGAAAG CATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGATEST: gi|60339469|gb|DN206442.1|DN206442
genomic: GATAATGACACAACTTCAAGGAAAGgtaataaatc ... ttttcgtcagCATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
EST: AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAGGGAAAG CATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGATEST: gi|32933905|gb|CF038717.1|CF038717
genomic: AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAGgtaataaatc ... ttttcgtcagCATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
EST: AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAG CATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGATEST: gi|87153294|gb|DY398083.1|DY398083
genomic: AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAGgtaataaatc ... ttttcgtcagCATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
EST: AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAG CATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGATEST: gi|60339592|gb|DN206565.1|DN206565
genomic: AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAGgtaataaatc ... ttttcgtcagCATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
EST: AAATTGCGGTTTGAATGTTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAG CATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGATEST: gi|33093954|gb|CF053948.1|CF053948
genomic: AAATTGCGGTTTGAATG-TTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAGgtaataaatc ... ttttcgtcagCATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
EST: AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAG CATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGATEST: gi|19822809|gb|BQ048833.1|BQ048833
genomic: AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAGgtaataaatc ... ttttcgtcagCATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
EST: AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAG CATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGATEST: gi|83279239|gb|DV943247.1|DV943247
genomic: AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAGgtaataaatc ... ttttcgtcagCATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
EST: AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAG CATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGATEST: gi|32932271|gb|CF037083.1|CF037083
genomic: AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAGgtaataaatc ... ttttcgtcagCATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
EST: AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAG CATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGACGGAAGGACTGGTGATEST: gi|32934718|gb|CF039530.1|CF039530
genomic: AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAGgtaataaatc ... ttttcgtcagCATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
EST: AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAG CATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGATEST: gi|211183835|gb|FL001292.1|FL001292
genomic: AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAGgtaataaatc ... ttttcgtcagCATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
EST: AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAG CATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGATEST: gi|78083039|gb|DV511432.1|DV511432
genomic: AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAGgtaataaatc ... ttttcgtcagCATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
EST: AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAG CATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGATEST: gi|32910520|gb|CF015332.1|CF015332
genomic: AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAGgtaataaatc ... ttttcgtcagCATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
EST: AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAG CATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGATEST: gi|33093289|gb|CF053283.1|CF053283
genomic: AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAGgtaataaatc ... ttttcgtcagCATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
EST: AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAG CATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
genomic: AAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAGgtaataaatc ... ttttcgtcagCATGCTAATGGTGAAAATGCGTGGGTTGGCATTGATGGAAGGACTGGTGAT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| CTATGAAGCTGCTGCTCTAGCATTTGAGGCAATTCCAAGGACTTTGGCCCAAAATTGCGGTTTGAATGTTATTAGGATAATGACACAACTTCAAGGAAAGgtaataaatcccaaaatacattatgttttatggacttgtccctgtatcgaagtggtacctgtaaatgtattctatcagaagcatcataaacttggcattt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA