1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' |
ATGCGGCCTTCCTACTAATTTTGATTCTAACTATTGCTATGCATTAGGCTATGGCGCTGGTGCCCTTCTCCAAAGTGGGAAGACAGGACTTATTTCCTCGgtataactgttgatcttaacatcttatgttgacatactcaaacatcttatgttgacatactcaaatgaggcttactgtaccgtgccttgtaagatctgtg...
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G059151_T01 |
intron # | 12 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: ATGGCGCTGGTGCCCTTCTCCAAAGTGGGAAGACAGGACTTATTTCCTCG GTTGGCAACCTTGCGGCTCCAGTTGAAGAATTGACTGTTGGTGGAACAGCAEST: gi|32826654|gb|CD966332.1|CD966332
genomic: ATGGCGCTGGTGCCCTTCTCCAAAGTGGGAAGACAGGACTTATTTCCTCGgtataactgt ... cttggctcagGTTGGCAACCTTGCGGCTCCAGTTGAAGAATGGACTGTTGGTGGAACAGCA
EST: ATGGCGCTGGTGCCCTTCTCCAAAGTGGGAAGACAGGATTTATTTCCTCG GTTGGCAACCTTGCGGCTCCAGTTGAAGAATGGACTGTTGGTGGAACAGCAEST: gi|67014773|gb|CO443522.1|CO443522
genomic: ATGGCGCTGGTGCCCTTCTCCAAAGTGGGAAGACAGGACTTATTTCCTCGgtataactgt ... cttggctcagGTTGGCAACCTTGCGGCTCCAGTTGAAGAATGGACTGTTGGTGGAACAGCA
EST: ATGGCGCTGGTGCCCTTCTCCAAAGTGGGAAGACAGGACTTATTTCCTCG GTTGGCAACCTTGCGGCTCCAGTTGAAGAATGGACTGTTGGTGGAACAGCAEST: gi|67014279|gb|CO443028.1|CO443028
genomic: ATGGCGCTGGTGCCCTTCTCCAAAGTGGGAAGACAGGACTTATTTCCTCGgtataactgt ... cttggctcagGTTGGCAACCTTGCGGCTCCAGTTGAAGAATGGACTGTTGGTGGAACAGCA
EST: ATGGCGCTGGTGCCCTTCTCCAAAGTGGGAAGACAGGACTTATTTCCTCG GTTGGCAACCTTGCGGCTCCAGTTGAAGAATGGACTGTTGGTGGAACAGCAEST: gi|9742494|gb|BE518657.1|BE518657
genomic: ATGGCGCTGGTGCCCTTCTCCAAAGTGGGAAGACAGGACTTATTTCCTCGgtataactgt ... cttggctcagGTTGGCAACCTTGCGGCTCCAGTTGAAGAATGGACTGTTGGTGGAACAGCA
EST: ATGGCGCTGGTGCCCTTCTCCAAAGTGGGAAGACAGGACTTATTTCCTCG GTTGGCAACCTTGCGGCTCCAGTTGAAGAATGGACTGTTGGTGGAACAGCAEST: gi|32801608|gb|CD953844.1|CD953844
genomic: ATGGCGCTGGTGCCCTTCTCCAAAGTGGGAAGACAGGACTTATTTCCTCGgtataactgt ... cttggctcagGTTGGCAACCTTGCGGCTCCAGTTGAAGAATGGACTGTTGGTGGAACAGCA
EST: ATGGCGCTGGTGCCCTTCTCCAAAGTGGGAAGACAGGATTTATTTCCTCG GTTGGCAACCTTGCGGCTCCAGTTGAAGAATGGACTGTTGGTGGAACAGTAEST: gi|32831581|gb|CD971259.1|CD971259
genomic: ATGGCGCTGGTGCCCTTCTCCAAAGTGGGAAGACAGGACTTATTTCCTCGgtataactgt ... cttggctcagGTTGGCAACCTTGCGGCTCCAGTTGAAGAATGGACTGTTGGTGGAACAGCA
EST: ATGGCGCTGGTGCCCTTCTCCAAAGTGGGAAGACAGGATTTATTTCCTCG GTTGGCAACCTTGCGGCTCCAGTTGAAGAATGGACTGTTGGTGGAACAGCAEST: gi|32804076|gb|CD956312.1|CD956312
genomic: ATGGCGCTGGTGCCCTTCTCCAAAGTGGGAAGACAGGACTTATTTCCTCGgtataactgt ... cttggctcagGTTGGCAACCTTGCGGCTCCAGTTGAAGAATGGACTGTTGGTGGAACAGCA
EST: ATGGCGCTGGTGCCCTTCTCCAAAGTGGGAAGACAGGATTTATTTCCTCG GTTGGCAACCTTGCGGCTCCAGTTGAAGAATGGACTGTTGGTGGAACAGCAEST: gi|32795214|gb|CD947450.1|CD947450
genomic: ATGGCGCTGGTGCCCTTCTCCAAAGTGGGAAGACAGGACTTATTTCCTCGgtataactgt ... cttggctcagGTTGGCAACCTTGCGGCTCCAGTTGAAGAATGGACTGTTGGTGGAACAGCA
EST: ATGGCGCTGGTGCCCTTCTCCAAAGTGGGAAGACAGGACTTATTTCCTCG GTTGGCAACCTTGCGGCTCCAGTTGAAGAATGGACTGTTGGTGGAACAGCAEST: gi|211286470|gb|FL080391.1|FL080391
genomic: ATGGCGCTGGTGCCCTTCTCCAAAGTGGGAAGACAGGACTTATTTCCTCGgtataactgt ... cttggctcagGTTGGCAACCTTGCGGCTCCAGTTGAAGAATGGACTGTTGGTGGAACAGCA
EST: ATGGCGCAGGTGCCCTTCTCCAAAGTGGGAAGACAGGACTTATTTCCTCG GTTGGCAACCTTGCGGCTCCAGTTGAAGAATGGACTGTTGGTGGAACAGCAEST: gi|211286474|gb|FL080395.1|FL080395
genomic: ATGGCGCTGGTGCCCTTCTCCAAAGTGGGAAGACAGGACTTATTTCCTCGgtataactgt ... cttggctcagGTTGGCAACCTTGCGGCTCCAGTTGAAGAATGGACTGTTGGTGGAACAGCA
EST: ATGGCGCTGGTGCCCTTCTCCAAAGTGGGAAGACAGGACTTATTTCCTCG GTTGGCAACCTTGCGGCTCCAGTTGAAGAATGGACTGTTGGTGGAACAGCAEST: gi|31353849|gb|CD438206.1|CD438206
genomic: ATGGCGCTGGTGCCCTTCTCCAAAGTGGGAAGACAGGACTTATTTCCTCGgtataactgt ... cttggctcagGTTGGCAACCTTGCGGCTCCAGTTGAAGAATGGACTGTTGGTGGAACAGCA
EST: ATGGCGCTGGTGCCCTTCTCCAAAGTGGGAAGACAGGACTTATTTCCTCG GTTGGCAACCTTGCGGCTCCAGTTGAAGAATGGACTGTTGGTGGAACAGCAEST: gi|32804299|gb|CD956535.1|CD956535
genomic: ATGGCGCTGGTGCCCTTCTCCAAAGTGGGAAGACAGGACTTATTTCCTCGgtataactgt ... cttggctcagGTTGGCAACCTTGCGGCTCCAGTTGAAGAATGGACTGTTGGTGGAACAGCA
EST: ATGGCGCTGGTGCCCTTCTCCAAAGTGGGAAGACAGGATTTATTTCCTCG GTTGGCAACCTTGCGGCTCCAGTTGAAGAATGGACTGTTGGTGGAACAGCAEST: gi|149083928|gb|EE173305.2|EE173305
genomic: ATGGCGCTGGTGCCCTTCTCCAAAGTGGGAAGACAGGACTTATTTCCTCGgtataactgt ... cttggctcagGTTGGCAACCTTGCGGCTCCAGTTGAAGAATGGACTGTTGGTGGAACAGCA
EST: ATGGCGCTGGTGCCCTTCTCCAAAGTGGGAAGACAGGACTTATTTCCTCG GTTGGCAACCTTGCGGCTCCAGTTGAAGAATGGACTGTTGGTGGAACAGCAEST: gi|32801889|gb|CD954125.1|CD954125
genomic: ATGGCGCTGGTGCCCTTCTCCAAAGTGGGAAGACAGGACTTATTTCCTCGgtataactgt ... cttggctcagGTTGGCAACCTTGCGGCTCCAGTTGAAGAATGGACTGTTGGTGGAACAGCA
EST: ATGGCGCTGGTGCCCTTCTCCAAAGTGGGAAGACAGGATTTATTTCCTCG GTTGGCAACCTTGCGGCTCCAGTTGAAGAATGGACTGTTGGTGGAACAGTAEST: gi|211286476|gb|FL080397.1|FL080397
genomic: ATGGCGCTGGTGCCCTTCTCCAAAGTGGGAAGACAGGACTTATTTCCTCGgtataactgt ... cttggctcagGTTGGCAACCTTGCGGCTCCAGTTGAAGAATGGACTGTTGGTGGAACAGCA
EST: ATGGCGCAGGTGCCCTTCTCCAAAGTGGGAAGACAGGACTTATTTCCTCG GTTGGCAACCTTGCGGCTCCAGTTGAAGAATGGACTGTTGGTGGAACAGCAEST: gi|211286473|gb|FL080394.1|FL080394
genomic: ATGGCGCTGGTGCCCTTCTCCAAAGTGGGAAGACAGGACTTATTTCCTCGgtataactgt ... cttggctcagGTTGGCAACCTTGCGGCTCCAGTTGAAGAATGGACTGTTGGTGGAACAGCA
EST: CCCTTCTCCAAAGTGGGAAGACAGGACTTATTTCCTCG GTTGGCAACCTTGCGGCTCCAGTTGAAGAATGGACTGTTGGTGGAACAGCAEST: gi|211286478|gb|FL080399.1|FL080399
genomic: CCCTTCTCCAAAGTGGGAAGACAGGACTTATTTCCTCGgtataactgt ... cttggctcagGTTGGCAACCTTGCGGCTCCAGTTGAAGAATGGACTGTTGGTGGAACAGCA
EST: ATGGCGCAGGTGCCCTTCTCCAAAGTGGGAAGACAGGACTTATTTCCTCG GTTGGCAACCTTGCGGCTCCAGTTGAAGAATGGACTGTTGGTGGAACAGCAEST: gi|32908579|gb|CF013392.1|CF013392
genomic: ATGGCGCTGGTGCCCTTCTCCAAAGTGGGAAGACAGGACTTATTTCCTCGgtataactgt ... cttggctcagGTTGGCAACCTTGCGGCTCCAGTTGAAGAATGGACTGTTGGTGGAACAGCA
EST: ATGGCGCTGGTGCCCTTCTCCAAAGTGGGAAGACAGGATTTATTTCCTCG GTTGGCAACCTTGCGGCTCCAGTTGAAGAATGGACTGTTGGTGGAACAGCA
genomic: ATGGCGCTGGTGCCCTTCTCCAAAGTGGGAAGACAGGACTTATTTCCTCGgtataactgt ... cttggctcagGTTGGCAACCTTGCGGCTCCAGTTGAAGAATGGACTGTTGGTGGAACAGCA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ATGCGGCCTTCCTACTAATTTTGATTCTAACTATTGCTATGCATTAGGCTATGGCGCTGGTGCCCTTCTCCAAAGTGGGAAGACAGGACTTATTTCCTCGgtataactgttgatcttaacatcttatgttgacatactcaaacatcttatgttgacatactcaaatgaggcttactgtaccgtgccttgtaagatctgtg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA