Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AAACGTGGGATGCAATCTACTGTGTATGTTGAATTGGCATCTGGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACACCTAAAGTCTACTTACGAGgtttgtttacctaaccatgtaggctaaattatgacaacttaggaaggaccatcattttttcactgaagtcatcaatctgtcgtgtgtttttgaagtgtgtagagaattatactcttgttagctcagagttcattcgtcattgtatcttttcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G038848_T02
intron # 12
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G038848_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 12
lower sequence: LOC_Os03g42110.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 12
AAACGTGGGATGCAATCTACTGTGTATGTTGAATTGGCATCTGGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACACCTAAAGTCTACTTACGAGgtttgtttacctaaccatgtaggctaaattatg-----acaacttaggaaggaccatcattttttcactgaagtca--tcaatctgtcgtgtgtttttgaagtgtgtagagaattatactcttgttagctcagagttcattcgtcattgtatcttttcag-----------------
||||||||||||||||||||| |||  |||||| ||||| ||||||||||| |||  ||||||||| | || || |||||||| || ||||||||||   || | ||||| || |||||||        ||  || |  || ||||   | ||  ||||||||| |  |||    |   |   || ||     | |   | |   ||||||||| ||  ||| |  |  ||  | | | ||| | ||| |                 
AAACGTGGGATGCAATCTACTATGTTCGTTGAAATGGCACCTGGAGTGACTGCCAATGATTTGTATCAGCATCTCAAGTCTACATATGAGgtttgtt-gtctgatcatgtgggttaaattaactatatgcatatttgacagaaccactgtattc-cactgaagtgaattcatcagggtttagattcttttttagagggaatatccatactcttgata--tcaaaagtatttatttactttatttattctgcccacatgcattttcag

upper sequence: GRMZM2G038848_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 12
lower sequence: LOC_Os10g35170.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 12
AAACGTGGGATGCAATCTACTGTGTATGTTGAATTGGCATCTGGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACACCTAAAGTCTACTTACGAGgtttgtttacctaaccatgtaggctaaattat------gacaactt-aggaaggaccatcattttttcactgaagtcatcaatctgtcgtgtgtttttgaagtgt-----gtagagaattatactcttgttagc-tcagagttcattcgtcattgtatcttttcag-
|||||||| |||||||||||  ||| ||||||| ||||| ||||||||||| || | ||||||||  | || || ||||||||||| |||||||||||  || |||| || |||||||||||      ||| | || |  |  |||  |   |  |  | |||| |||||||  |||  || | || || | |||     ||       | | ||||||||||| ||| | ||   ||  |  ||||||||  |   
AAACGTGGAATGCAATCTACCATGTTTGTTGAAATGGCACCTGGAGTGACTGCCGGTGATTTGTACCAGCATCTCAAGTCTACTTATGAGgtttgtttgtctgacca-gt-ggctaaattatctgtctgactatttgaatacagacgttttctactgaaatgaattcatcaaaatgttttgagattatgtaatgttgtgagtgagagcatctcctcttgttagcatcacaattttatctac-ctgtatcttccccag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|31354246|gb|CD438603.1|CD438603
EST:     CTGGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACACCTAAAGTCTACTTACGAG                         AATGAAGAAATTGTCAAGCTGTTACATGGTAGCAATGTTCCTTGCACAAGC
genomic: CTGGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACACCTAAAGTCTACTTACGAGgtttgtttac ... atcttttcagAATGAAGAATTTGTCAAGCTGTTACATGGTAGCAATGTTCCTTGCACAAGC
EST: gi|30705886|gb|CD058958.1|CD058958
EST:     CTGGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACNCCTAAAGTCTACTTACGAG                         AATGAAGAATTTGTCAAGCTGTTACATGGTAGCAATGTTCCTTGCACAAGC
genomic: CTGGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACACCTAAAGTCTACTTACGAGgtttgtttac ... atcttttcagAATGAAGAATTTGTCAAGCTGTTACATGGTAGCAATGTTCCTTGCACAAGC
EST: gi|37397485|gb|CF636042.1|CF636042
EST:     CTGGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACACCTAAAGTCTACTTACGAG                         AATGAAGAATTTGTCAAGCTGTTACATGGTAGCAATGTTCCTTGCACAAGC
genomic: CTGGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACACCTAAAGTCTACTTACGAGgtttgtttac ... atcttttcagAATGAAGAATTTGTCAAGCTGTTACATGGTAGCAATGTTCCTTGCACAAGC
EST: gi|6448353|gb|AW181119.1|AW181119
EST:     CTGGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACACCTAAAGTCTACTTACGAG                         AATGAAGAATTTGTCAAGCTGTTACATGGTAGCAATGTTCCTTGCACAAGC
genomic: CTGGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACACCTAAAGTCTACTTACGAGgtttgtttac ... atcttttcagAATGAAGAATTTGTCAAGCTGTTACATGGTAGCAATGTTCCTTGCACAAGC
EST: gi|88747566|gb|DY531707.1|DY531707
EST:     CTGGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACACCTAAAGTCTACTTACGAG                         AATGAAGAATTTGTCAAGCTGTTACATGGTAGCAATGTTCCTTGCACAAGC
genomic: CTGGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACACCTAAAGTCTACTTACGAGgtttgtttac ... atcttttcagAATGAAGAATTTGTCAAGCTGTTACATGGTAGCAATGTTCCTTGCACAAGC
EST: gi|32931445|gb|CF036257.1|CF036257
EST:     CTGGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACACCTAAAGTCTACTTACGAG                         AATGAAGAATTTGTCAAGCTGTTACATGGTAGCAATGTTCCCTGCACAAGC
genomic: CTGGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACACCTAAAGTCTACTTACGAGgtttgtttac ... atcttttcagAATGAAGAATTTGTCAAGCTGTTACATGGTAGCAATGTTCCTTGCACAAGC
EST: gi|110202395|gb|EC884292.1|EC884292
EST:     CTGGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACACCTAAAGTCTACTTACGAG                         AATGAAGAATTTGTCAAGCTGTTACATGGTAGCAATGTTCCTTGCCCAAGC
genomic: CTGGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACACCTAAAGTCTACTTACGAGgtttgtttac ... atcttttcagAATGAAGAATTTGTCAAGCTGTTACATGGTAGCAATGTTCCTTGCACAAGC
EST: gi|32930019|gb|CF034831.1|CF034831
EST:     CTGGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACACCTAAAGTCTACTTACGAG                         AATGAAGAATTTGTCAAGCTGTTACATGGTAGCAATGTTCCTTGCACAAGC
genomic: CTGGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACACCTAAAGTCTACTTACGAGgtttgtttac ... atcttttcagAATGAAGAATTTGTCAAGCTGTTACATGGTAGCAATGTTCCTTGCACAAGC
EST: gi|71762552|gb|DR960489.1|DR960489
EST:     CTGGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACACCTAAAGTCTACTTACGAG                         AATGAAGAATTTGTCAAGCTGTTACATGGTAGCAATGTTCCTTGCACAAGC
genomic: CTGGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACACCTAAAGTCTACTTACGAGgtttgtttac ... atcttttcagAATGAAGAATTTGTCAAGCTGTTACATGGTAGCAATGTTCCTTGCACAAGC
EST: gi|148958090|gb|EC904281.2|EC904281
EST:     CTGGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACACCTAAAGTCTACTTACGAG                         AATGAAGAATTTGTCAAGCTGTTACATGGTAGCAATGTTCCTTGCACAAGC
genomic: CTGGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACACCTAAAGTCTACTTACGAGgtttgtttac ... atcttttcagAATGAAGAATTTGTCAAGCTGTTACATGGTAGCAATGTTCCTTGCACAAGC
EST: gi|74234670|gb|DT642584.1|DT642584
EST:     CTGGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACACCTAAAGTCTACTTACGAG                         AATGAAGAATTTGTCAAGCTGTTACATGGTAGCAATGTTCCTTGCACAAGC
genomic: CTGGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACACCTAAAGTCTACTTACGAGgtttgtttac ... atcttttcagAATGAAGAATTTGTCAAGCTGTTACATGGTAGCAATGTTCCTTGCACAAGC
EST: gi|60394782|gb|DN227652.1|DN227652
EST:     CTGGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACACCTAAAGTCTACTTACGAG                         AATGAAGAATTTGTCAAGCTGTTACATGGTAGCAATGTTCCTTGCACAAGC
genomic: CTGGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACACCTAAAGTCTACTTACGAGgtttgtttac ... atcttttcagAATGAAGAATTTGTCAAGCTGTTACATGGTAGCAATGTTCCTTGCACAAGC
EST: gi|87155331|gb|DY400120.1|DY400120
EST:     CTGGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACACCTAAAGTCTACTTACGAG                         AATGAAGAATTTGTCAAGCTGTTACATGGTAGCAATGTTCCTTGCACAAGC
genomic: CTGGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACACCTAAAGTCTACTTACGAGgtttgtttac ... atcttttcagAATGAAGAATTTGTCAAGCTGTTACATGGTAGCAATGTTCCTTGCACAAGC
EST: gi|26558690|gb|CA830925.1|CA830925
EST:     CTGGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACACCTAAAGTCTACTTACGAG                         AATGAAGAATTTGTCAAGCTGTTACATGGTAGCAATGTTCCTTGCACAAGC
genomic: CTGGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACACCTAAAGTCTACTTACGAGgtttgtttac ... atcttttcagAATGAAGAATTTGTCAAGCTGTTACATGGTAGCAATGTTCCTTGCACAAGC
EST: gi|33093061|gb|CF053055.1|CF053055
EST:     CTGGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACACCTAAAGTCTACTTACGAG                         AATGAAGAATTTGTCAAGCTGTTACATGGTAGCAATGTTCCTTGCACAAGC
genomic: CTGGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACACCTAAAGTCTACTTACGAGgtttgtttac ... atcttttcagAATGAAGAATTTGTCAAGCTGTTACATGGTAGCAATGTTCCTTGCACAAGC
EST: gi|148942778|gb|EC887805.2|EC887805
EST:     CTGGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACACCTAAAGTCTACTTACGAG                         AATGAAGAATTTGTCAAGCTGTTACATGGTAGCAATGTTCCTTGCACAAGC
genomic: CTGGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACACCTAAAGTCTACTTACGAGgtttgtttac ... atcttttcagAATGAAGAATTTGTCAAGCTGTTACATGGTAGCAATGTTCCTTGCACAAGC
EST: gi|32931562|gb|CF036374.1|CF036374
EST:     CTGGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACACCTAAAGTCTACTTACGAG                         AATGAAGAATTTGTCAAGCTGTTACATGGTAGCAATGTTCCTTGCACAAGC
genomic: CTGGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACACCTAAAGTCTACTTACGAGgtttgtttac ... atcttttcagAATGAAGAATTTGTCAAGCTGTTACATGGTAGCAATGTTCCTTGCACAAGC
EST: gi|40337039|gb|CK371109.1|CK371109
EST:     CTGGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACACCTAAAGTCTACTTACGAG                         AATGAAGAATTTGTCAAGCTGTTACATGGTAGCAATGTTCCTTGCACAAGC
genomic: CTGGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACACCTAAAGTCTACTTACGAGgtttgtttac ... atcttttcagAATGAAGAATTTGTCAAGCTGTTACATGGTAGCAATGTTCCTTGCACAAGC
EST: gi|78080159|gb|DV508571.1|DV508571
EST:     CTGGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACACCTAAAGTCTACTTACGAG                         AATGAAGAATTTGTCAAGCTGTTACATGGTAGCAATGTTCCTTGCACAAGC
genomic: CTGGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACACCTAAAGTCTACTTACGAGgtttgtttac ... atcttttcagAATGAAGAATTTGTCAAGCTGTTACATGGTAGCAATGTTCCTTGCACAAGC
EST: gi|22473066|gb|BU037546.1|BU037546
EST:     CTGGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACACCTAAAGTCTACTTACGAG                         AATGAAGAATTTGTCAAGCTGTTACATGGTAGCAATGTTCCTTGCACAAGC
genomic: CTGGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACACCTAAAGTCTACTTACGAGgtttgtttac ... atcttttcagAATGAAGAATTTGTCAAGCTGTTACATGGTAGCAATGTTCCTTGCACAAGC
EST: gi|5706123|gb|AI941899.1|AI941899
EST:     GGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACCCCTAAAGTCTACTTACGAG                         AATGAAGAATTTGTCAAGCTGTTACATGGTAGCAATGTTCCTTGCCCAAGC
genomic: GGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACACCTAAAGTCTACTTACGAGgtttgtttac ... atcttttcagAATGAAGAATTTGTCAAGCTGTTACATGGTAGCAATGTTCCTTGCACAAGC
EST: gi|211026572|gb|FL468584.1|FL468584
EST:     CTGGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACACCTAAAGTCTACTTACGAG                         AATGAAGAATTTGTCAAGCTGTTACATGGTAGCAATGTTCCTTGCACAAGC
genomic: CTGGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACACCTAAAGTCTACTTACGAGgtttgtttac ... atcttttcagAATGAAGAATTTGTCAAGCTGTTACATGGTAGCAATGTTCCTTGCACAAGC
EST: gi|148943027|gb|EC888077.2|EC888077
EST:     CTGGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACACCTAAAGTCTACTTACGAG                         AATGAAGAATTTGTCAAGCTGTTACATGGTAGCAATGTTCCTTGCACAAGC
genomic: CTGGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACACCTAAAGTCTACTTACGAGgtttgtttac ... atcttttcagAATGAAGAATTTGTCAAGCTGTTACATGGTAGCAATGTTCCTTGCACAAGC
EST: gi|67010559|gb|CO439308.1|CO439308
EST:     CTGGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACACCTAAAGTCTACTTACGAG                         AATGAAGAATTTGTCAAGCTGTTACATGGTAGCAATGTTCCTTGCACAAGC
genomic: CTGGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACACCTAAAGTCTACTTACGAGgtttgtttac ... atcttttcagAATGAAGAATTTGTCAAGCTGTTACATGGTAGCAATGTTCCTTGCACAAGC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 46 (downstream exon)
Score: 150

AAACGTGGGATGCAATCTACTGTGTATGTTGAATTGGCATCTGGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACACCTAAAGTCTACTTACGAGgtttgtttac ... atcttttcagAATGAAGAATTTGTCAAGCTGTTACATGGTAGCAATGTTCCTTGCACAAGCCATGTTGTGGGATCAAATTACTGCTTCATGAATGTCTATGAGGATAGAA


Block sizes: 45 (upstream exon), 46 (downstream exon)
Score: 78

AAACGTGGGATGCAATCTACTGTGTATGTTGAATTGGCATCTGGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACACCTAAAGTCTACTTACGAGgtttgtttac ... atcttttcagAATGAAGAATTTGTCAAGCTGTTACATGGTAGCAATGTTCCTTGCACAAGCCATGTTGTGGGATCAAATTACTGCTTCATGAATGTCTATGAGGATAGAA


Block sizes: 49 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 125

AAACGTGGGATGCAATCTACTGTGTATGTTGAATTGGCATCTGGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACACCTAAAGTCTACTTACGAGgtttgtttac ... atcttttcagAATGAAGAATTTGTCAAGCTGTTACATGGTAGCAATGTTCCTTGCACAAGCCATGTTGTGGGATCAAATTACTGCTTCATGAATGTCTATGAGGATAGAA


Block sizes: 48 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 94

AAACGTGGGATGCAATCTACTGTGTATGTTGAATTGGCATCTGGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACACCTAAAGTCTACTTACGAGgtttgtttac ... atcttttcagAATGAAGAATTTGTCAAGCTGTTACATGGTAGCAATGTTCCTTGCACAAGCCATGTTGTGGGATCAAATTACTGCTTCATGAATGTCTATGAGGATAGAA