Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AAACGTGGGATGCAATCTACTGTGTATGTTGAATTGGCATCTGGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACACCTAAAGTCTACTTACGAGgtttgtttacctaaccatgtaggctaaattatgacaacttaggaaggaccatcattttttcactgaagtcatcaatctgtcgtgtgtttttgaagtgtgtagagaattatactcttgttagctcagagttcattcgtcattgtatcttttcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G038848_T01
intron # 12
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G038848_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 12
lower sequence: LOC_Os03g42110.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 12
AAACGTGGGATGCAATCTACTGTGTATGTTGAATTGGCATCTGGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACACCTAAAGTCTACTTACGAGgtttgtttacctaaccatgtaggctaaattatg-----acaacttaggaaggaccatcattttttcactgaagtca--tcaatctgtcgtgtgtttttgaagtgtgtagagaattatactcttgttagctcagagttcattcgtcattgtatcttttcag-----------------
||||||||||||||||||||| |||  |||||| ||||| ||||||||||| |||  ||||||||| | || || |||||||| || ||||||||||   || | ||||| || |||||||        ||  || |  || ||||   | ||  ||||||||| |  |||    |   |   || ||     | |   | |   ||||||||| ||  ||| |  |  ||  | | | ||| | ||| |                 
AAACGTGGGATGCAATCTACTATGTTCGTTGAAATGGCACCTGGAGTGACTGCCAATGATTTGTATCAGCATCTCAAGTCTACATATGAGgtttgtt-gtctgatcatgtgggttaaattaactatatgcatatttgacagaaccactgtattc-cactgaagtgaattcatcagggtttagattcttttttagagggaatatccatactcttgata--tcaaaagtatttatttactttatttattctgcccacatgcattttcag

upper sequence: GRMZM2G038848_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 12
lower sequence: LOC_Os10g35170.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 12
AAACGTGGGATGCAATCTACTGTGTATGTTGAATTGGCATCTGGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACACCTAAAGTCTACTTACGAGgtttgtttacctaaccatgtaggctaaattat------gacaactt-aggaaggaccatcattttttcactgaagtcatcaatctgtcgtgtgtttttgaagtgt-----gtagagaattatactcttgttagc-tcagagttcattcgtcattgtatcttttcag-
|||||||| |||||||||||  ||| ||||||| ||||| ||||||||||| || | ||||||||  | || || ||||||||||| |||||||||||  || |||| || |||||||||||      ||| | || |  |  |||  |   |  |  | |||| |||||||  |||  || | || || | |||     ||       | | ||||||||||| ||| | ||   ||  |  ||||||||  |   
AAACGTGGAATGCAATCTACCATGTTTGTTGAAATGGCACCTGGAGTGACTGCCGGTGATTTGTACCAGCATCTCAAGTCTACTTATGAGgtttgtttgtctgacca-gt-ggctaaattatctgtctgactatttgaatacagacgttttctactgaaatgaattcatcaaaatgttttgagattatgtaatgttgtgagtgagagcatctcctcttgttagcatcacaattttatctac-ctgtatcttccccag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|30705886|gb|CD058958.1|CD058958
EST:     CTGGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACNCCTAAAGTCTACTTACGAG                         AATGAAGAATTTGTCAAGCTGTTACATGGTAGCAATGTTCCTTGCACAAGC
genomic: CTGGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACACCTAAAGTCTACTTACGAGgtttgtttac ... atcttttcagAATGAAGAATTTGTCAAGCTGTTACATGGTAGCAATGTTCCTTGCACAAGC
EST: gi|37397485|gb|CF636042.1|CF636042
EST:     CTGGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACACCTAAAGTCTACTTACGAG                         AATGAAGAATTTGTCAAGCTGTTACATGGTAGCAATGTTCCTTGCACAAGC
genomic: CTGGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACACCTAAAGTCTACTTACGAGgtttgtttac ... atcttttcagAATGAAGAATTTGTCAAGCTGTTACATGGTAGCAATGTTCCTTGCACAAGC
EST: gi|6448353|gb|AW181119.1|AW181119
EST:     CTGGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACACCTAAAGTCTACTTACGAG                         AATGAAGAATTTGTCAAGCTGTTACATGGTAGCAATGTTCCTTGCACAAGC
genomic: CTGGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACACCTAAAGTCTACTTACGAGgtttgtttac ... atcttttcagAATGAAGAATTTGTCAAGCTGTTACATGGTAGCAATGTTCCTTGCACAAGC
EST: gi|88747566|gb|DY531707.1|DY531707
EST:     CTGGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACACCTAAAGTCTACTTACGAG                         AATGAAGAATTTGTCAAGCTGTTACATGGTAGCAATGTTCCTTGCACAAGC
genomic: CTGGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACACCTAAAGTCTACTTACGAGgtttgtttac ... atcttttcagAATGAAGAATTTGTCAAGCTGTTACATGGTAGCAATGTTCCTTGCACAAGC
EST: gi|32931445|gb|CF036257.1|CF036257
EST:     CTGGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACACCTAAAGTCTACTTACGAG                         AATGAAGAATTTGTCAAGCTGTTACATGGTAGCAATGTTCCCTGCACAAGC
genomic: CTGGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACACCTAAAGTCTACTTACGAGgtttgtttac ... atcttttcagAATGAAGAATTTGTCAAGCTGTTACATGGTAGCAATGTTCCTTGCACAAGC
EST: gi|110202395|gb|EC884292.1|EC884292
EST:     CTGGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACACCTAAAGTCTACTTACGAG                         AATGAAGAATTTGTCAAGCTGTTACATGGTAGCAATGTTCCTTGCCCAAGC
genomic: CTGGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACACCTAAAGTCTACTTACGAGgtttgtttac ... atcttttcagAATGAAGAATTTGTCAAGCTGTTACATGGTAGCAATGTTCCTTGCACAAGC
EST: gi|32930019|gb|CF034831.1|CF034831
EST:     CTGGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACACCTAAAGTCTACTTACGAG                         AATGAAGAATTTGTCAAGCTGTTACATGGTAGCAATGTTCCTTGCACAAGC
genomic: CTGGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACACCTAAAGTCTACTTACGAGgtttgtttac ... atcttttcagAATGAAGAATTTGTCAAGCTGTTACATGGTAGCAATGTTCCTTGCACAAGC
EST: gi|71762552|gb|DR960489.1|DR960489
EST:     CTGGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACACCTAAAGTCTACTTACGAG                         AATGAAGAATTTGTCAAGCTGTTACATGGTAGCAATGTTCCTTGCACAAGC
genomic: CTGGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACACCTAAAGTCTACTTACGAGgtttgtttac ... atcttttcagAATGAAGAATTTGTCAAGCTGTTACATGGTAGCAATGTTCCTTGCACAAGC
EST: gi|148958090|gb|EC904281.2|EC904281
EST:     CTGGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACACCTAAAGTCTACTTACGAG                         AATGAAGAATTTGTCAAGCTGTTACATGGTAGCAATGTTCCTTGCACAAGC
genomic: CTGGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACACCTAAAGTCTACTTACGAGgtttgtttac ... atcttttcagAATGAAGAATTTGTCAAGCTGTTACATGGTAGCAATGTTCCTTGCACAAGC
EST: gi|74234670|gb|DT642584.1|DT642584
EST:     CTGGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACACCTAAAGTCTACTTACGAG                         AATGAAGAATTTGTCAAGCTGTTACATGGTAGCAATGTTCCTTGCACAAGC
genomic: CTGGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACACCTAAAGTCTACTTACGAGgtttgtttac ... atcttttcagAATGAAGAATTTGTCAAGCTGTTACATGGTAGCAATGTTCCTTGCACAAGC
EST: gi|60394782|gb|DN227652.1|DN227652
EST:     CTGGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACACCTAAAGTCTACTTACGAG                         AATGAAGAATTTGTCAAGCTGTTACATGGTAGCAATGTTCCTTGCACAAGC
genomic: CTGGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACACCTAAAGTCTACTTACGAGgtttgtttac ... atcttttcagAATGAAGAATTTGTCAAGCTGTTACATGGTAGCAATGTTCCTTGCACAAGC
EST: gi|87155331|gb|DY400120.1|DY400120
EST:     CTGGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACACCTAAAGTCTACTTACGAG                         AATGAAGAATTTGTCAAGCTGTTACATGGTAGCAATGTTCCTTGCACAAGC
genomic: CTGGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACACCTAAAGTCTACTTACGAGgtttgtttac ... atcttttcagAATGAAGAATTTGTCAAGCTGTTACATGGTAGCAATGTTCCTTGCACAAGC
EST: gi|26558690|gb|CA830925.1|CA830925
EST:     CTGGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACACCTAAAGTCTACTTACGAG                         AATGAAGAATTTGTCAAGCTGTTACATGGTAGCAATGTTCCTTGCACAAGC
genomic: CTGGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACACCTAAAGTCTACTTACGAGgtttgtttac ... atcttttcagAATGAAGAATTTGTCAAGCTGTTACATGGTAGCAATGTTCCTTGCACAAGC
EST: gi|33093061|gb|CF053055.1|CF053055
EST:     CTGGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACACCTAAAGTCTACTTACGAG                         AATGAAGAATTTGTCAAGCTGTTACATGGTAGCAATGTTCCTTGCACAAGC
genomic: CTGGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACACCTAAAGTCTACTTACGAGgtttgtttac ... atcttttcagAATGAAGAATTTGTCAAGCTGTTACATGGTAGCAATGTTCCTTGCACAAGC
EST: gi|148942778|gb|EC887805.2|EC887805
EST:     CTGGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACACCTAAAGTCTACTTACGAG                         AATGAAGAATTTGTCAAGCTGTTACATGGTAGCAATGTTCCTTGCACAAGC
genomic: CTGGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACACCTAAAGTCTACTTACGAGgtttgtttac ... atcttttcagAATGAAGAATTTGTCAAGCTGTTACATGGTAGCAATGTTCCTTGCACAAGC
EST: gi|32931562|gb|CF036374.1|CF036374
EST:     CTGGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACACCTAAAGTCTACTTACGAG                         AATGAAGAATTTGTCAAGCTGTTACATGGTAGCAATGTTCCTTGCACAAGC
genomic: CTGGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACACCTAAAGTCTACTTACGAGgtttgtttac ... atcttttcagAATGAAGAATTTGTCAAGCTGTTACATGGTAGCAATGTTCCTTGCACAAGC
EST: gi|40337039|gb|CK371109.1|CK371109
EST:     CTGGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACACCTAAAGTCTACTTACGAG                         AATGAAGAATTTGTCAAGCTGTTACATGGTAGCAATGTTCCTTGCACAAGC
genomic: CTGGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACACCTAAAGTCTACTTACGAGgtttgtttac ... atcttttcagAATGAAGAATTTGTCAAGCTGTTACATGGTAGCAATGTTCCTTGCACAAGC
EST: gi|78080159|gb|DV508571.1|DV508571
EST:     CTGGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACACCTAAAGTCTACTTACGAG                         AATGAAGAATTTGTCAAGCTGTTACATGGTAGCAATGTTCCTTGCACAAGC
genomic: CTGGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACACCTAAAGTCTACTTACGAGgtttgtttac ... atcttttcagAATGAAGAATTTGTCAAGCTGTTACATGGTAGCAATGTTCCTTGCACAAGC
EST: gi|22473066|gb|BU037546.1|BU037546
EST:     CTGGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACACCTAAAGTCTACTTACGAG                         AATGAAGAATTTGTCAAGCTGTTACATGGTAGCAATGTTCCTTGCACAAGC
genomic: CTGGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACACCTAAAGTCTACTTACGAGgtttgtttac ... atcttttcagAATGAAGAATTTGTCAAGCTGTTACATGGTAGCAATGTTCCTTGCACAAGC
EST: gi|5706123|gb|AI941899.1|AI941899
EST:     GGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACCCCTAAAGTCTACTTACGAG                         AATGAAGAATTTGTCAAGCTGTTACATGGTAGCAATGTTCCTTGCCCAAGC
genomic: GGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACACCTAAAGTCTACTTACGAGgtttgtttac ... atcttttcagAATGAAGAATTTGTCAAGCTGTTACATGGTAGCAATGTTCCTTGCACAAGC
EST: gi|211026572|gb|FL468584.1|FL468584
EST:     CTGGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACACCTAAAGTCTACTTACGAG                         AATGAAGAATTTGTCAAGCTGTTACATGGTAGCAATGTTCCTTGCACAAGC
genomic: CTGGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACACCTAAAGTCTACTTACGAGgtttgtttac ... atcttttcagAATGAAGAATTTGTCAAGCTGTTACATGGTAGCAATGTTCCTTGCACAAGC
EST: gi|148943027|gb|EC888077.2|EC888077
EST:     CTGGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACACCTAAAGTCTACTTACGAG                         AATGAAGAATTTGTCAAGCTGTTACATGGTAGCAATGTTCCTTGCACAAGC
genomic: CTGGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACACCTAAAGTCTACTTACGAGgtttgtttac ... atcttttcagAATGAAGAATTTGTCAAGCTGTTACATGGTAGCAATGTTCCTTGCACAAGC
EST: gi|67010559|gb|CO439308.1|CO439308
EST:     CTGGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACACCTAAAGTCTACTTACGAG                         AATGAAGAATTTGTCAAGCTGTTACATGGTAGCAATGTTCCTTGCACAAGC
genomic: CTGGAGTGACTCCCAGGGATTTGTATGAACACCTAAAGTCTACTTACGAGgtttgtttac ... atcttttcagAATGAAGAATTTGTCAAGCTGTTACATGGTAGCAATGTTCCTTGCACAAGC