Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TCACCAAGCTGTCTAATATTACACGTTCAATTTTCCCGAAGGATGACGATATTCTTCTTAATTATCTGAATGAGGATGGGCAGTCAATTGAACCCACCTGgtaatgttattgtttcgcatgatctgtccttgttataatcacgtattcatagtgtagctaatgacaagccgtctttttcttag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G021270_T02
intron # 12
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|89106425|gb|DY576642.1|DY576642
EST:     ATTCTTCTTAATTATCTGAATGAGGATGGGCAGTCAATTGAACCCACCTG                         GTATATGCCAATCCTTCCCATGGTATTGGTCAATGGAAGTGAAGGAATTGG
genomic: ATTCTTCTTAATTATCTGAATGAGGATGGGCAGTCAATTGAACCCACCTGgtaatgttat ... tttttcttagGTATATGCCAATCCTTCCCATGGTATTGGTCAATGGAAGTGAAGGAATTGG
EST: gi|211094720|gb|FL034692.1|FL034692
EST:     GAATGAGGATGGGCAGTCAATTGAACCCACCTG                         GTATATGCCAATCCTTCCCATGGTATTGGTCAATGGAAGTGAAGGAATTGG
genomic: GAATGAGGATGGGCAGTCAATTGAACCCACCTGgtaatgttat ... tttttcttagGTATATGCCAATCCTTCCCATGGTATTGGTCAATGGAAGTGAAGGAATTGG
EST: gi|22490068|gb|BU049991.1|BU049991
EST:     ATTCTTCTTAATTATCTGAATGAGGATGGGCAGTCAATTGAACCCACCTG                         GTATATGCCAATCCTTCCCATGGTATTGGTCAATGGAAGTGAAGGAATTGG
genomic: ATTCTTCTTAATTATCTGAATGAGGATGGGCAGTCAATTGAACCCACCTGgtaatgttat ... tttttcttagGTATATGCCAATCCTTCCCATGGTATTGGTCAATGGAAGTGAAGGAATTGG
EST: gi|211094717|gb|FL034689.1|FL034689
EST:     GAATGAGGATGGGCAGTCAATTGAACCCACCTG                         GTATATGCCAATCCTTCCCATGGTATTGGTCAATGGAAGTGAAGGAATTGG
genomic: GAATGAGGATGGGCAGTCAATTGAACCCACCTGgtaatgttat ... tttttcttagGTATATGCCAATCCTTCCCATGGTATTGGTCAATGGAAGTGAAGGAATTGG
EST: gi|31354680|gb|CD439037.1|CD439037
EST:     ATTCTTCTTAATTATCTGAATGAGGATGGGCAGTCAATTGAACCCACCTG                         GTATATGCCAATCCTTCCCATGGTATTTGGTCA-TGGAAGTGAAGGAATTG
genomic: ATTCTTCTTAATTATCTGAATGAGGATGGGCAGTCAATTGAACCCACCTGgtaatgttat ... tttttcttagGTATATGCCAATCCTTCCCATGGTATT-GGTCAATGGAAGTGAAGGAATTG
EST: gi|211094713|gb|FL034685.1|FL034685
EST:     GAATGAGGATGGGCAGTCAATTGAACCCACCTG                         GTATATGCCAATCCTTCCCATGGTATTGGTCAATGGAAGTGAAGGAATTGG
genomic: GAATGAGGATGGGCAGTCAATTGAACCCACCTGgtaatgttat ... tttttcttagGTATATGCCAATCCTTCCCATGGTATTGGTCAATGGAAGTGAAGGAATTGG
EST: gi|20300133|gb|BQ163076.1|BQ163076
EST:     ATTCTTCTTAATTATCTGAATGAGGATGGGCAGTCAATTGAACCCACCTG                         GTATATGCCAATCCTTCCCATGGTATTGGTCAATGGAAGTGAAGGAATTGG
genomic: ATTCTTCTTAATTATCTGAATGAGGATGGGCAGTCAATTGAACCCACCTGgtaatgttat ... tttttcttagGTATATGCCAATCCTTCCCATGGTATTGGTCAATGGAAGTGAAGGAATTGG
EST: gi|211097187|gb|FL034699.1|FL034699
EST:     GAATGAGGATGGGCAGTCAATTGAACCCACCTG                         GTATATGCCAATCCTTCCCATGGTATTGGTCAATGGAAGTGAAGGAATTGG
genomic: GAATGAGGATGGGCAGTCAATTGAACCCACCTGgtaatgttat ... tttttcttagGTATATGCCAATCCTTCCCATGGTATTGGTCAATGGAAGTGAAGGAATTGG
EST: gi|22490085|gb|BU050008.1|BU050008
EST:     ATTCTTCTTAATTATGTGAATGAGGATGGGCAGTCAATTGAGCCCGCCTG                         GTATATGCCAATCCTTCCCATGGTATTGGTCAATGGAAGTGAAGGAATTGG
genomic: ATTCTTCTTAATTATCTGAATGAGGATGGGCAGTCAATTGAACCCACCTGgtaatgttat ... tttttcttagGTATATGCCAATCCTTCCCATGGTATTGGTCAATGGAAGTGAAGGAATTGG
EST: gi|211094718|gb|FL034690.1|FL034690
EST:     GAATGAGGATGGGCAGTCAATTGAACCCACCTG                         GTATATGCCAATCCTTCCCATGGTATTGGTCAATGGAAGTGAAGGAATTGG
genomic: GAATGAGGATGGGCAGTCAATTGAACCCACCTGgtaatgttat ... tttttcttagGTATATGCCAATCCTTCCCATGGTATTGGTCAATGGAAGTGAAGGAATTGG
EST: gi|211094721|gb|FL034693.1|FL034693
EST:     GAATGAGGATGGGCAGTCAATTGAACCCACCTG                         GTATATGCCAATCCTTCCCATGGTATTGGTCAATGGAAGTGAAGGAATTGG
genomic: GAATGAGGATGGGCAGTCAATTGAACCCACCTGgtaatgttat ... tttttcttagGTATATGCCAATCCTTCCCATGGTATTGGTCAATGGAAGTGAAGGAATTGG
EST: gi|89106426|gb|DY576643.1|DY576643
EST:     ATTCTTCTTAATTATCTGAATGAGGATGGGCAGTCAATTGAACCCACCTG                         GTATATGCCAATCCTTCCCATGGTATTGGTCAATGGAAGTGAAGGAATTGG
genomic: ATTCTTCTTAATTATCTGAATGAGGATGGGCAGTCAATTGAACCCACCTGgtaatgttat ... tttttcttagGTATATGCCAATCCTTCCCATGGTATTGGTCAATGGAAGTGAAGGAATTGG
EST: gi|9794356|gb|BE552664.1|BE552664
EST:     ATTCTTCTTAATTATCTGAATGAGGATGGGCAGTCAATTGAACCCACCTG                         GTATATGCCAATCCTTCCCATGGTATTGGTCAATGGAAGTGAAGGAATTGG
genomic: ATTCTTCTTAATTATCTGAATGAGGATGGGCAGTCAATTGAACCCACCTGgtaatgttat ... tttttcttagGTATATGCCAATCCTTCCCATGGTATTGGTCAATGGAAGTGAAGGAATTGG
EST: gi|211097189|gb|FL034701.1|FL034701
EST:     GAATGAGGATGGGCAGTCAATTGAACCCACCTG                         GTATATGCCAATCCTTCCCATGGTATTGGTCAATGGAAGTGAAGGAATTGG
genomic: GAATGAGGATGGGCAGTCAATTGAACCCACCTGgtaatgttat ... tttttcttagGTATATGCCAATCCTTCCCATGGTATTGGTCAATGGAAGTGAAGGAATTGG
EST: gi|211094725|gb|FL034697.1|FL034697
EST:     GAATGAGGATGGGCAGTCAATTGAACCCACCTG                         GTATATGCCAATCCTTCCCATGGTATTGGTCAATGGAAGTGAAGGAATTGG
genomic: GAATGAGGATGGGCAGTCAATTGAACCCACCTGgtaatgttat ... tttttcttagGTATATGCCAATCCTTCCCATGGTATTGGTCAATGGAAGTGAAGGAATTGG
EST: gi|211094714|gb|FL034686.1|FL034686
EST:     GAATGAGGATGGGCAGTCAATTGAACCCACCTG                         GTATATGCCAATCATTCCCATGGTATTGGTCAATGGAAGTGAAGGAATTGG
genomic: GAATGAGGATGGGCAGTCAATTGAACCCACCTGgtaatgttat ... tttttcttagGTATATGCCAATCCTTCCCATGGTATTGGTCAATGGAAGTGAAGGAATTGG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TCACCAAGCTGTCTAATATTACACGTTCAATTTTCCCGAAGGATGACGATATTCTTCTTAATTATCTGAATGAGGATGGGCAGTCAATTGAACCCACCTGgtaatgttattgtttcgcatgatctgtccttgttataatcacgtattcatagtgtagctaatgacaagccgtctttttcttag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG