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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGTTACAAGACCTGAAAGACCGGGGTTAGATTTAAGCAAGCAGCCACCTGCTGTTCGATTGAACAAAGAGCTTGGCTCCATTTTAACTTTTAAGTTGAAGgcatgctcattctattagacacatctttatattaaaaaaaactatcttaaactcggtcttttaattcttctgacataacaaatcacaattgtacattttt...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G019358_T04
intron # 12
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G019358_T04 (Zea mays), 5'ss of exon 12
lower sequence: LOC_Os02g13970.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 13
AGTTACAAGACCTGAAAGACCGGGGTTAGATTTAAGCAAGCAGCCACCTGCTGTTCGATTGAACAAAGAGCTTGGCTCCATTTTAACTTTTAAGTTGAAGgcatgctcattctattagacacatctttatattaaaaaaaactatcttaaactcggtcttttaattcttctgacataacaaatcacaattgtacattttt
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AGTTACAAGACCTGAGAGACCAGGCCTGGATTTAAGTAAACAACCTCCTGCTGTTCGCATGAACAAAGAGCTGGGCTCCATTCTAACTTACAAGTTGAAGgtatgcgccatttttcctttattattgtgcatttgtgcttattgattcacatcatgtcta--aatgcttatcgcatgtcctttcag--------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|19272455|gb|BM888711.1|BM888711
EST:     CTGTTCGATTGAACAAAGAGCTTGGCTCCATTTTAACTTTTAAGTTGAAG                         GGAGAGGATTTAATTCGGGAAAGCGGTATTCCGTACACTATTGTAAGGCCA
genomic: CTGTTCGATTGAACAAAGAGCTTGGCTCCATTTTAACTTTTAAGTTGAAGgcatgctcat ... ggcctttcagGGAGAGGATTTAATTCGGGAAAGCGGTATTCCGTACACTATTGTAAGGCCA
EST: gi|71760712|gb|DR958649.1|DR958649
EST:     CTGTTCGATTGAACAAAGAGCTTGGCTCCATTTTAACTTTTAAGTTGAAG                         GGAGAGGATTTAATTCGGGAAAGCGGTATTCCGTACACTATTGTAAGGCCA
genomic: CTGTTCGATTGAACAAAGAGCTTGGCTCCATTTTAACTTTTAAGTTGAAGgcatgctcat ... ggcctttcagGGAGAGGATTTAATTCGGGAAAGCGGTATTCCGTACACTATTGTAAGGCCA
EST: gi|89106361|gb|DY576578.1|DY576578
EST:     CTGTTCGATTGAACAAAGAGCTTGGCTCCATTTTAACTTTTAAGTTGAAG                         GGAGAGGATTTAATTCGGGAAAGCGGTATTCCGTACACTATTGTAAGGCCA
genomic: CTGTTCGATTGAACAAAGAGCTTGGCTCCATTTTAACTTTTAAGTTGAAGgcatgctcat ... ggcctttcagGGAGAGGATTTAATTCGGGAAAGCGGTATTCCGTACACTATTGTAAGGCCA
EST: gi|13125927|gb|BG316602.1|BG316602
EST:     CTGTTCGATTGAACAAAGAGCTTGGCTCCATTTTAACTTTTAAGTTGAAG                         GGAGAGGATTTAATTCGGGAAAGCGGTATTCCGTACACTATTGTAAGGCCA
genomic: CTGTTCGATTGAACAAAGAGCTTGGCTCCATTTTAACTTTTAAGTTGAAGgcatgctcat ... ggcctttcagGGAGAGGATTTAATTCGGGAAAGCGGTATTCCGTACACTATTGTAAGGCCA
EST: gi|16377470|gb|BI991944.1|BI991944
EST:     CTGTTCGATTGAACAAAGAGCTTGGCTCCATTTTAACTTTTAAGTTGAAG                         GGAGAGGATTTAATTCGGGAAAGCGGTATTCCGTACACTATTGTAAGGCCA
genomic: CTGTTCGATTGAACAAAGAGCTTGGCTCCATTTTAACTTTTAAGTTGAAGgcatgctcat ... ggcctttcagGGAGAGGATTTAATTCGGGAAAGCGGTATTCCGTACACTATTGTAAGGCCA
EST: gi|19351255|gb|BM895787.1|BM895787
EST:     CTGTTCGATTGAACAAAGAGCTTGGCTCCATTTTAACTTTTAAGTTGAAG                         GGAGAGGATTTAATTCGGGAAAGCGGTATTCCGTACACTATTGTAAGGCCA
genomic: CTGTTCGATTGAACAAAGAGCTTGGCTCCATTTTAACTTTTAAGTTGAAGgcatgctcat ... ggcctttcagGGAGAGGATTTAATTCGGGAAAGCGGTATTCCGTACACTATTGTAAGGCCA
EST: gi|60352340|gb|DN219313.1|DN219313
EST:     CTGTTCGATTGAACAAAGAGCTTGGCTCCATTTTAACTTTTAAGTTGAAG                         GGAGAGGATTTAATTCGGGAAAGCGGTATTCCGTACACTATTGTAAGGCCA
genomic: CTGTTCGATTGAACAAAGAGCTTGGCTCCATTTTAACTTTTAAGTTGAAGgcatgctcat ... ggcctttcagGGAGAGGATTTAATTCGGGAAAGCGGTATTCCGTACACTATTGTAAGGCCA
EST: gi|22489815|gb|BU049738.1|BU049738
EST:     CTGTTCGATTGAACAAAGAGCTTGGCTCCATTTTAACTTTTAAGTTGAAG                         GGAGAGGATTTAATTCGGGAAAGCGGTATTCCGTACACTATTGTAAGGCCA
genomic: CTGTTCGATTGAACAAAGAGCTTGGCTCCATTTTAACTTTTAAGTTGAAGgcatgctcat ... ggcctttcagGGAGAGGATTTAATTCGGGAAAGCGGTATTCCGTACACTATTGTAAGGCCA
EST: gi|12968100|gb|BG265047.1|BG265047
EST:     TTAAGTTGAAG                         GGAGAGGATTTAATTCGGGAAAGCGGTATTCCGTACACTATTGTAAGGCCA
genomic: TTAAGTTGAAGgcatgctcat ... ggcctttcagGGAGAGGATTTAATTCGGGAAAGCGGTATTCCGTACACTATTGTAAGGCCA
EST: gi|16378431|gb|BI992443.1|BI992443
EST:     CTGTTCGATTGAACAAAGAGCTTGGCTCCATTTTAACTTTTAAGTTGAAG                         GGAGAGGATTTAATTCGGGAAAGCGGTATTCCGTACACTATTGTAAGGCCA
genomic: CTGTTCGATTGAACAAAGAGCTTGGCTCCATTTTAACTTTTAAGTTGAAGgcatgctcat ... ggcctttcagGGAGAGGATTTAATTCGGGAAAGCGGTATTCCGTACACTATTGTAAGGCCA
EST: gi|148936819|gb|EC880960.2|EC880960
EST:     CTGTTGGATTGAACAAAGAGCTTGGCTCCATTTTAACTTTTAAGTTGAAG                         GGAGAGGATTTAATTCGGGAAAGCGGTATTCCGTACACTATTGTAAGGCCA
genomic: CTGTTCGATTGAACAAAGAGCTTGGCTCCATTTTAACTTTTAAGTTGAAGgcatgctcat ... ggcctttcagGGAGAGGATTTAATTCGGGAAAGCGGTATTCCGTACACTATTGTAAGGCCA
EST: gi|12967873|gb|BG264820.1|BG264820
EST:     CTGTTCGATTGAACAAAGAGCTTGGCTCCATTTTAACTTTTAAGTTGAAG                         GGAGAGGATTTAATTCGGGAAAGCGGTATTCCGTACACTATTGTAAGGCCA
genomic: CTGTTCGATTGAACAAAGAGCTTGGCTCCATTTTAACTTTTAAGTTGAAGgcatgctcat ... ggcctttcagGGAGAGGATTTAATTCGGGAAAGCGGTATTCCGTACACTATTGTAAGGCCA
EST: gi|211503638|gb|FL133350.1|FL133350
EST:     CTGTTCGATTGAACAAAGAGCTTGGCTCCATTTTAACTTTTAAGTTGAAG                         GGAGAGGATTTAATTCGGGAAAGCGGTATTCCTTACACTATTGTAAGGCCA
genomic: CTGTTCGATTGAACAAAGAGCTTGGCTCCATTTTAACTTTTAAGTTGAAGgcatgctcat ... ggcctttcagGGAGAGGATTTAATTCGGGAAAGCGGTATTCCGTACACTATTGTAAGGCCA
EST: gi|18649686|gb|BM498505.1|BM498505
EST:     CTGTTCGATTGAACAAAGAGCTTGGCTCCATTTTAACTTTTAAGTTGAAG                         GGAGAGGATTTAATTCGGGAAAGCGGTATTCCGTACACTATTGNAAGGCCA
genomic: CTGTTCGATTGAACAAAGAGCTTGGCTCCATTTTAACTTTTAAGTTGAAGgcatgctcat ... ggcctttcagGGAGAGGATTTAATTCGGGAAAGCGGTATTCCGTACACTATTGTAAGGCCA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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AGTTACAAGACCTGAAAGACCGGGGTTAGATTTAAGCAAGCAGCCACCTGCTGTTCGATTGAACAAAGAGCTTGGCTCCATTTTAACTTTTAAGTTGAAGgcatgctcattctattagacacatctttatattaaaaaaaactatcttaaactcggtcttttaattcttctgacataacaaatcacaattgtacattttt

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG