Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATTGCAAAAAATGCAGGCGTTAATGGCAGTGTGGTTACTGAGAAGgtttgtgctcaaattgtgctcgttattagtctgtggctgtgcaactcgtgcttaacaagtttggaacttgttgacattcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G015989_T01
intron # 12
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G015989_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 12
lower sequence: LOC_Os02g01280.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 12
GTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATTGCAAAAAATGCAGGCGTTAATGGCAGTGTGGTTACTGAGAAGgtttgtgctcaaa---ttgtgctcg----ttattagtctgtggctgtgcaactcgtgcttaacaagtttg-gaacttgttgacattcag
|||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||| || ||||||||||| || ||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||  |   |||| ||        || | | ||    | |||| ||||||  |||| | |||  |||| |||     |||||
GTTGGGGCTGAAATCGTAAGGAAGTCCTTGAGTTACCCACTTAAATTAATAGCAAAAAATGCTGGTGTTAACGGCAGTGTTGTTACTGAGAAGgtttgtactctgacatttgttcttaagtacgatgaatatgcaattctgcagctcgtgtgtaacgaatttttgaacatgtatgatttcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|67024753|gb|CO453502.1|CO453502
EST:     AATTGATTGCAAAAAATGCAGGCGTTAATGGCAGTGTGGTTACTGAGAAG                         GTTCTTGCCAATGAGAACTTCAGGTATGGGTACAATGCGGCTACAGGGGAG
genomic: AATTGATTGCAAAAAATGCAGGCGTTAATGGCAGTGTGGTTACTGAGAAGgtttgtgctc ... tgacattcagGTTCTTGCCAATGAGAACTTCAGGTATGGGTACAATGCGGCTACAGGGGAG
EST: gi|211490742|gb|FL282858.1|FL282858
EST:     AATTGATTGCAAAAWATGCAGGCGTTAATGGCAGTGTGGTTACTGAGAAG                         GTTCTTGCCAATGAGAACTTCAGGTATGGGTACAATGCGGCTACAGGGGAG
genomic: AATTGATTGCAAAAAATGCAGGCGTTAATGGCAGTGTGGTTACTGAGAAGgtttgtgctc ... tgacattcagGTTCTTGCCAATGAGAACTTCAGGTATGGGTACAATGCGGCTACAGGGGAG
EST: gi|22491347|gb|BU051270.1|BU051270
EST:     AATTGATTGCAAAAAATGCAGGCGTTAATGGCAGTGTGGTTACTGAGAAG                         GTTCTTGCCAATGAGAACTTCAGGTATGGGTACAATGCGGCTACAGGGGAG
genomic: AATTGATTGCAAAAAATGCAGGCGTTAATGGCAGTGTGGTTACTGAGAAGgtttgtgctc ... tgacattcagGTTCTTGCCAATGAGAACTTCAGGTATGGGTACAATGCGGCTACAGGGGAG
EST: gi|60396892|gb|DN229711.1|DN229711
EST:     AATTGATTGCAAAAAATGCAGGCGTTAATGGCAGTGTGGTTACTGAGAAG                         GTTCTTGCCAATGAGAACTTCAGGTATGGGTACAATGCGGCTACAGGGGAG
genomic: AATTGATTGCAAAAAATGCAGGCGTTAATGGCAGTGTGGTTACTGAGAAGgtttgtgctc ... tgacattcagGTTCTTGCCAATGAGAACTTCAGGTATGGGTACAATGCGGCTACAGGGGAG
EST: gi|32867895|gb|CF007577.1|CF007577
EST:     AATTGATTGCAAAAAATGCAGGCGTTAATGGCAGTGTGGTTACTGAGAAG                         GTTCTTGCCAATGAGAACTTCAGGTATGGGTACAATGCGGCTACAGGGGAG
genomic: AATTGATTGCAAAAAATGCAGGCGTTAATGGCAGTGTGGTTACTGAGAAGgtttgtgctc ... tgacattcagGTTCTTGCCAATGAGAACTTCAGGTATGGGTACAATGCGGCTACAGGGGAG
EST: gi|211490743|gb|FL282859.1|FL282859
EST:     AATTGATTGCAAAAAATGCAGGCGTTAATGGCAGTGTGGTTACTGAGAAG                         GTTCTTGCCAATGAGAACTTCAGGTATGGGTACAATGCGGCTACAGGGGAG
genomic: AATTGATTGCAAAAAATGCAGGCGTTAATGGCAGTGTGGTTACTGAGAAGgtttgtgctc ... tgacattcagGTTCTTGCCAATGAGAACTTCAGGTATGGGTACAATGCGGCTACAGGGGAG
EST: gi|67018624|gb|CO447373.1|CO447373
EST:     AATTGATTGCAAAAAATGCAGGCGTTAATGGCAGTGTGGTTACTGAGAAG                         GTTCTTGCCAATGAGAACTTCAGGTATGGGTACAATGCNGCTACAGGGGAG
genomic: AATTGATTGCAAAAAATGCAGGCGTTAATGGCAGTGTGGTTACTGAGAAGgtttgtgctc ... tgacattcagGTTCTTGCCAATGAGAACTTCAGGTATGGGTACAATGCGGCTACAGGGGAG
EST: gi|4226301|gb|AI396408.1|AI396408
EST:     AATTGATTGCAAANAATGCAGGCGTTAATGGCAGTGTGGTTACTGAGAAG                         GTTCTTGCCAATGAGAACTTCAGGTATGGGTACAATGCGGCTACAGGGGAG
genomic: AATTGATTGCAAAAAATGCAGGCGTTAATGGCAGTGTGGTTACTGAGAAGgtttgtgctc ... tgacattcagGTTCTTGCCAATGAGAACTTCAGGTATGGGTACAATGCGGCTACAGGGGAG
EST: gi|7238275|gb|AW573542.1|AW573542
EST:     AATTGATTGCAAAAAATGCAGGCGTTAATGGCAGTGTGGTTACTGAGAAG                         GTTCTTGCCAATGAGAACTTCAGGTATGGGTACAATGCGGCTACAGGGGAG
genomic: AATTGATTGCAAAAAATGCAGGCGTTAATGGCAGTGTGGTTACTGAGAAGgtttgtgctc ... tgacattcagGTTCTTGCCAATGAGAACTTCAGGTATGGGTACAATGCGGCTACAGGGGAG
EST: gi|78081966|gb|DV510378.1|DV510378
EST:     AATTGATTGCAAAAAATGCAGGCGTTAATGGCAGTGTGGTTACTGAGAAG                         GTTCTTGCCAATGAGAACTTCAGGTATGGGTACAATGCGGCTCCAGGGGAG
genomic: AATTGATTGCAAAAAATGCAGGCGTTAATGGCAGTGTGGTTACTGAGAAGgtttgtgctc ... tgacattcagGTTCTTGCCAATGAGAACTTCAGGTATGGGTACAATGCGGCTACAGGGGAG
EST: gi|116821908|gb|EC865261.1|EC865261
EST:     AATTGATTGCAAAAAATGCAGGCGTTAATGGCAGTGTGGTTACTGAGAAG                         GTTCTTGCCAATGAGAACTTCAGGTATGGGTACAATGCGGCTACAGGGGAG
genomic: AATTGATTGCAAAAAATGCAGGCGTTAATGGCAGTGTGGTTACTGAGAAGgtttgtgctc ... tgacattcagGTTCTTGCCAATGAGAACTTCAGGTATGGGTACAATGCGGCTACAGGGGAG
EST: gi|32867923|gb|CF007605.1|CF007605
EST:     AATTGATTGCAAAAAATGCAGGCGTTAATGGCAGTGTGGTTACTGAGAAG                         GTTCTTGCCAATGAGAACTTCAGGTATGGGTACAATGCGGCTACAGGGGAG
genomic: AATTGATTGCAAAAAATGCAGGCGTTAATGGCAGTGTGGTTACTGAGAAGgtttgtgctc ... tgacattcagGTTCTTGCCAATGAGAACTTCAGGTATGGGTACAATGCGGCTACAGGGGAG
EST: gi|24769817|gb|CA404946.1|CA404946
EST:     AATTGATTGCAAAAAATGCAGGCGTTAATGGCAGTGTGGTTACTGAGAAG                         GTTCTTGCCAATGAGAACTTCAGGTATGGGTACAATGCGGCTACAGGGGAG
genomic: AATTGATTGCAAAAAATGCAGGCGTTAATGGCAGTGTGGTTACTGAGAAGgtttgtgctc ... tgacattcagGTTCTTGCCAATGAGAACTTCAGGTATGGGTACAATGCGGCTACAGGGGAG
EST: gi|37379284|gb|CF626383.1|CF626383
EST:     AATTGATTGCAAAAAATGCAGGCGTTAATGGCAGTGTGGTTACTGAGAAG                         GTTCTTGCCAATGAGAACTTCAGGTATGGGTACAATGCGGCTACAGGGGAG
genomic: AATTGATTGCAAAAAATGCAGGCGTTAATGGCAGTGTGGTTACTGAGAAGgtttgtgctc ... tgacattcagGTTCTTGCCAATGAGAACTTCAGGTATGGGTACAATGCGGCTACAGGGGAG
EST: gi|16926381|gb|BM079449.1|BM079449
EST:     AATTGATTGCAAAAAATGCAGGCGTTAATGGCAGTGTGGTTACTGAGAAG                         GTTCTTGCCAATGAGAACTTCAGGTATGGGTACAATGCGGCTACAGGGGAG
genomic: AATTGATTGCAAAAAATGCAGGCGTTAATGGCAGTGTGGTTACTGAGAAGgtttgtgctc ... tgacattcagGTTCTTGCCAATGAGAACTTCAGGTATGGGTACAATGCGGCTACAGGGGAG
EST: gi|31356086|gb|CD440443.1|CD440443
EST:     AATTGATTGCAAAAAATGCAGGCGTTAATGGCAGTGTGGTTACTGAGAAG                         GTTCTTGCCAATGAGAACTTCAGGTATGGGTACAATGCGGCTACAGGGGAG
genomic: AATTGATTGCAAAAAATGCAGGCGTTAATGGCAGTGTGGTTACTGAGAAGgtttgtgctc ... tgacattcagGTTCTTGCCAATGAGAACTTCAGGTATGGGTACAATGCGGCTACAGGGGAG
EST: gi|67018533|gb|CO447282.1|CO447282
EST:     AATTGATTGCAAAAAATGCAGGCGTTAATGGCAGTGTGGTTACTGAGAAG                         GTTCTTGCCAATGAGAACTTCAGGTATGGGTACAATGCGGCTACAGGGGAG
genomic: AATTGATTGCAAAAAATGCAGGCGTTAATGGCAGTGTGGTTACTGAGAAGgtttgtgctc ... tgacattcagGTTCTTGCCAATGAGAACTTCAGGTATGGGTACAATGCGGCTACAGGGGAG
EST: gi|67024700|gb|CO453449.1|CO453449
EST:     AATTGATTGCAAAAAATGCAGGCGTTAATGGCAGTGTGGTTACTGAGAAG                         GTTCTTGCCAATGAGAACTTCAGGTATGGGTACAATGCGGCTACAGGGGAG
genomic: AATTGATTGCAAAAAATGCAGGCGTTAATGGCAGTGTGGTTACTGAGAAGgtttgtgctc ... tgacattcagGTTCTTGCCAATGAGAACTTCAGGTATGGGTACAATGCGGCTACAGGGGAG
EST: gi|29544666|gb|CB605046.1|CB605046
EST:     AATTGATTGCAAAAAATGCAGGCGTTAATGGCAGTGTGGTTACTGAGAAG                         GTTCTTGCCAATGAGAACTTCAGGTATGGGTACAATGCGGCTACAGGGGAG
genomic: AATTGATTGCAAAAAATGCAGGCGTTAATGGCAGTGTGGTTACTGAGAAGgtttgtgctc ... tgacattcagGTTCTTGCCAATGAGAACTTCAGGTATGGGTACAATGCGGCTACAGGGGAG
EST: gi|67021281|gb|CO450030.1|CO450030
EST:     AATTGATTGCAAAAAATGCAGGCGTTAATGGCAGTGTGGTTACTGAGAAG                         GTTCTTGCCAATGAGAACTTCAGGTATGGGTACAATGCGGCTACAGGGGAG
genomic: AATTGATTGCAAAAAATGCAGGCGTTAATGGCAGTGTGGTTACTGAGAAGgtttgtgctc ... tgacattcagGTTCTTGCCAATGAGAACTTCAGGTATGGGTACAATGCGGCTACAGGGGAG
EST: gi|32935512|gb|CF040324.1|CF040324
EST:     AATTGATTGCAAAAAATGCAGGCGTTAATGGCAGTGTGGTTACTGAGAAG                         GTTCTTGCCAATGAGAACTTCAGGTATGGGTACAATGCGGCTACAGGGGAG
genomic: AATTGATTGCAAAAAATGCAGGCGTTAATGGCAGTGTGGTTACTGAGAAGgtttgtgctc ... tgacattcagGTTCTTGCCAATGAGAACTTCAGGTATGGGTACAATGCGGCTACAGGGGAG
EST: gi|9952879|gb|BE639462.1|BE639462
EST:     AATTGATTGCAAAAAATGCAGGCGTTAATGGCAGTGTGGTTACTGAGAAG                         GTTCTTGCCAATGAGAACTTCAGGTATGGGTACAATGCGGCTACAGGGGAG
genomic: AATTGATTGCAAAAAATGCAGGCGTTAATGGCAGTGTGGTTACTGAGAAGgtttgtgctc ... tgacattcagGTTCTTGCCAATGAGAACTTCAGGTATGGGTACAATGCGGCTACAGGGGAG
EST: gi|26457560|gb|CA829143.1|CA829143
EST:     AATTGATTGCAAAAAATGCAGGCGTTAATGGCAGTGTGGTTACTGAGAAG                         GTTCTTGCCAATGAGAACTTCAGGTATGGGTACAATGCGGCTACAGGGGAG
genomic: AATTGATTGCAAAAAATGCAGGCGTTAATGGCAGTGTGGTTACTGAGAAGgtttgtgctc ... tgacattcagGTTCTTGCCAATGAGAACTTCAGGTATGGGTACAATGCGGCTACAGGGGAG
EST: gi|211181594|gb|FL462638.1|FL462638
EST:     AATTGATTGCAAAAAATGCAGGCGTTAATGGCAGTGTGGTTACTGAGAAG                         GTTCTTGCCAATGAGAACTTCAGGTATGGGTACAATGCGGCTACAGGGGAG
genomic: AATTGATTGCAAAAAATGCAGGCGTTAATGGCAGTGTGGTTACTGAGAAGgtttgtgctc ... tgacattcagGTTCTTGCCAATGAGAACTTCAGGTATGGGTACAATGCGGCTACAGGGGAG
EST: gi|211033566|gb|FL449282.1|FL449282
EST:     AATTGATTGCAAAAAATGCAGGCGTTAATGGCAGTGTGGTTACTGAGAAG                         GTTCTTGCCAATGAGAACTTCAGGTATGGGTACAATGCGGCTACAGGGGAG
genomic: AATTGATTGCAAAAAATGCAGGCGTTAATGGCAGTGTGGTTACTGAGAAGgtttgtgctc ... tgacattcagGTTCTTGCCAATGAGAACTTCAGGTATGGGTACAATGCGGCTACAGGGGAG
EST: gi|67017327|gb|CO446076.1|CO446076
EST:     AATTGATTGCAAAAAATGCAGGCGTTAATGGCAGTGTGGTTACTGAGAAG                         GTTCTTGCCAATGAGAACTTCAGGTATGGGTACAATGCGGCTACAGGGGAG
genomic: AATTGATTGCAAAAAATGCAGGCGTTAATGGCAGTGTGGTTACTGAGAAGgtttgtgctc ... tgacattcagGTTCTTGCCAATGAGAACTTCAGGTATGGGTACAATGCGGCTACAGGGGAG
EST: gi|21891546|gb|BQ744759.1|BQ744759
EST:     AATTGATTGCAAAAAATGCAGGCGTTAATGGCAGTGTGGTTACTGAGAAG                         GTTCTTGCCAATGAGAACTTCAGGTATGGGTACAATGCGGCTACAGGGGAG
genomic: AATTGATTGCAAAAAATGCAGGCGTTAATGGCAGTGTGGTTACTGAGAAGgtttgtgctc ... tgacattcagGTTCTTGCCAATGAGAACTTCAGGTATGGGTACAATGCGGCTACAGGGGAG
EST: gi|40335213|gb|CK369283.1|CK369283
EST:     AATTGATTGCAAAAAATGCAGGCGTTAATGGCAGTGTGGTTACTGAGAAG                         GTTCTTGCCAATGAGAACTTCAGGTATGGGTACAATGCGGCTACAGGGGAG
genomic: AATTGATTGCAAAAAATGCAGGCGTTAATGGCAGTGTGGTTACTGAGAAGgtttgtgctc ... tgacattcagGTTCTTGCCAATGAGAACTTCAGGTATGGGTACAATGCGGCTACAGGGGAG
EST: gi|4834970|gb|AI670196.1|AI670196
EST:     AATTGATTGCAAAAAATGCAGGCGTTAATGGCAGTGTGGTTACTGAGAAG                         GTTCTTGCCAATGAGAACTTCAGGTATGGGTACAATGCGGCTACAGGGGAG
genomic: AATTGATTGCAAAAAATGCAGGCGTTAATGGCAGTGTGGTTACTGAGAAGgtttgtgctc ... tgacattcagGTTCTTGCCAATGAGAACTTCAGGTATGGGTACAATGCGGCTACAGGGGAG
EST: gi|67011543|gb|CO440292.1|CO440292
EST:     AATTGATTGCAAAAAATGCAGGCGTTAATGGCAGTGTGGTTACTGAGAAG                         GTTCTTGCCAATGAGAACTTCAGGTATGGGTACAATGCGGCTACAGGGGAG
genomic: AATTGATTGCAAAAAATGCAGGCGTTAATGGCAGTGTGGTTACTGAGAAGgtttgtgctc ... tgacattcagGTTCTTGCCAATGAGAACTTCAGGTATGGGTACAATGCGGCTACAGGGGAG
EST: gi|67022736|gb|CO451485.1|CO451485
EST:     AATTGATTGCAAAAAATGCAGGCGTTAATGGCAGTGTGGTTACTGAGAAG                         GTTCTTGCCAATGAGAACTTCAGGTATGGGTACAATGCGGCTACAGGGGAG
genomic: AATTGATTGCAAAAAATGCAGGCGTTAATGGCAGTGTGGTTACTGAGAAGgtttgtgctc ... tgacattcagGTTCTTGCCAATGAGAACTTCAGGTATGGGTACAATGCGGCTACAGGGGAG
EST: gi|29945491|gb|CB815666.1|CB815666
EST:     AATTGATTGCAAAAAATGCAGGCGTTAATGGCAGTGTGGTTACTGAGAAG                         GTTCTTGCCAATGAGAACTTCAGGTATGGGTACAATGCGGCTACAGGGGAG
genomic: AATTGATTGCAAAAAATGCAGGCGTTAATGGCAGTGTGGTTACTGAGAAGgtttgtgctc ... tgacattcagGTTCTTGCCAATGAGAACTTCAGGTATGGGTACAATGCGGCTACAGGGGAG
EST: gi|21987876|gb|BQ779404.1|BQ779404
EST:     AATTGATTGCAAAAAATGCAGGCGTTAATGGCAGTGTGGTTACTGAGAAG                         GTTCTTGCCAATGAGAACTTCAGGTATGGGTACAATGCGGCTACAGGGGAG
genomic: AATTGATTGCAAAAAATGCAGGCGTTAATGGCAGTGTGGTTACTGAGAAGgtttgtgctc ... tgacattcagGTTCTTGCCAATGAGAACTTCAGGTATGGGTACAATGCGGCTACAGGGGAG
EST: gi|37380525|gb|CF627079.1|CF627079
EST:     AATTGATTGCAAAAAATGCAGGCGTTAATGGCAGTGTGGTTACTGAGAAG                         GTTCTTGCCAATGAGAACTTCAGGTATGGGTACAATGCGGCTACAGGGGAG
genomic: AATTGATTGCAAAAAATGCAGGCGTTAATGGCAGTGTGGTTACTGAGAAGgtttgtgctc ... tgacattcagGTTCTTGCCAATGAGAACTTCAGGTATGGGTACAATGCGGCTACAGGGGAG
EST: gi|19272604|gb|BM888860.1|BM888860
EST:     AATTGATTGCAAAAAATGCAGGCGTTAATGGCAGTGTGGTTACTGAGAAG                         GTTCTTGCCAATGAGAACTTCAGGTATGGGTACAATGCGGCTACAGGGGAG
genomic: AATTGATTGCAAAAAATGCAGGCGTTAATGGCAGTGTGGTTACTGAGAAGgtttgtgctc ... tgacattcagGTTCTTGCCAATGAGAACTTCAGGTATGGGTACAATGCGGCTACAGGGGAG