Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CCATTCTGATGTCAAGTATATTGATCCAACATACATGCTCCGCGCTGTGCGAGCCAATGCATCCGATGCCATCCTGTGCACCGTGCTTGGTCAGAATGCTgtaagacatcatttctccttgctgcatctctgcctcttgacaaaatcctttagttttcatgcctaaccgtttgttgttctgtgtaaaccctacag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G009591_T01
intron # 12
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G009591_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 13
lower sequence: LOC_Os10g26570.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 13
CCATTCTGATGTCAAGTATATTGATCCAACATACATGCTCCGCGCTGTGCGAGCCAATGCATCCGATGCCATCCTGTGCACCGTGCTTGGTCAGAATGCTgtaagacatcatttctccttgctgcatctctgcctcttgacaaaatcctttagttt-tcatgcctaaccgtttgttgttctgtgtaaaccctacag
 ||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| || | |||| | |   |   | |||||| |   ||||  ||    ||||  |  || || | | ||  ||  ||||    |||    |||
ACATTCTGATGTGAAGTACATTGATCCTACATACATGGTCCGTGCTGTGCGTGCCAATGCATCCGATGCCATCCTATGCACTGTGCTTGGTCAGAATGCTgtaaggcacc-tttcccttcattagctttctgccac---acaagttctagcagttcatgttgtctcagcattgatt--tctgatggaacttcgcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116821424|gb|EC864724.1|EC864724
EST:     GAG-CAATGCATCCGATG-CATCCTGTGCACCGTGCTTGGTCAGAATGTT                         GTTCATGGTGCCTTTGCGGGTTTTAGCGGCATCACAACCGGGGTGT-CAAC
genomic: GAGCCAATGCATCCGATGCCATCCTGTGCACCGTGCTTGGTCAGAATGCTgtaagacatc ... aaccctacagGTTCATGGTGCCTTTGCGGGTTTTAGCGGCATCACAACCGGGGTGTGCAAC
EST: gi|78119430|gb|DV537814.1|DV537814
EST:     GAGCCAATGCATCCGATGCCATCCTGTGCACCGTGCTTGGTCAGAATGCT                         GTTCATGGTGCCTTTGCGGGTTTTAGCGGCATCACAACCGGGGTGTGCAAC
genomic: GAGCCAATGCATCCGATGCCATCCTGTGCACCGTGCTTGGTCAGAATGCTgtaagacatc ... aaccctacagGTTCATGGTGCCTTTGCGGGTTTTAGCGGCATCACAACCGGGGTGTGCAAC
EST: gi|160481643|gb|EY254213.1|EY254213
EST:     GAGCCAATGCATCCGATGCCATCCTGTGCACCGTGCTTGGTCAGAATGCT                         GTTCATGGTGCCTTTGCGGGTTTTAGCGGCATCACAAC
genomic: GAGCCAATGCATCCGATGCCATCCTGTGCACCGTGCTTGGTCAGAATGCTgtaagacatc ... aaccctacagGTTCATGGTGCCTTTGCGGGTTTTAGCGGCATCACAAC
EST: gi|5713662|gb|AI943654.1|AI943654
EST:     GAGCCAATGCATCCGATGCCATCCTGTGCACCGTGCTTGGTCAGAATGCT                         GTTCATGGTGCCTTTGCGGGTTTTAGCGGCATCACAACCGGGGTGTGCAAC
genomic: GAGCCAATGCATCCGATGCCATCCTGTGCACCGTGCTTGGTCAGAATGCTgtaagacatc ... aaccctacagGTTCATGGTGCCTTTGCGGGTTTTAGCGGCATCACAACCGGGGTGTGCAAC
EST: gi|91056415|gb|EB166833.1|EB166833
EST:     GAGCCAATGCATCCGATGCCATCCTGTGCACCGTGCTTGGTCAGAATGCT                         GTTCATGGTGCCTTTGCGGGTTTTAGCGGCATCACAACCGGGGTGTGCAAC
genomic: GAGCCAATGCATCCGATGCCATCCTGTGCACCGTGCTTGGTCAGAATGCTgtaagacatc ... aaccctacagGTTCATGGTGCCTTTGCGGGTTTTAGCGGCATCACAACCGGGGTGTGCAAC
EST: gi|94477845|gb|EB706803.1|EB706803
EST:     GAGCCAATGCATCCGATGCCATCCTGTGCACCGTGCTTGGTCAGAATGCT                         GTTCATGGTGCCTTTGCGGGTTTTAGCGGCATCACAACCGGGGTGTGCAAC
genomic: GAGCCAATGCATCCGATGCCATCCTGTGCACCGTGCTTGGTCAGAATGCTgtaagacatc ... aaccctacagGTTCATGGTGCCTTTGCGGGTTTTAGCGGCATCACAACCGGGGTGTGCAAC
EST: gi|211078552|gb|FL464179.1|FL464179
EST:     AGCCAATGCATCCGATGCCATCCTTGTGCACCGTGCTTGGTCAGAATGCT                         GTTCATGGTGCCTTTGCGGGTTTTTAGCGGCATCACAACCGGGGTGTGCAA
genomic: AGCCAATGCATCCGATGCCATCC-TGTGCACCGTGCTTGGTCAGAATGCTgtaagacatc ... aaccctacagGTTCATGGTGCCTTTGCGGG-TTTTAGCGGCATCACAACCGGGGTGTGCAA