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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGAAAGCTAAACTTAAGTGGTGGTGCTGTTTCCCTGGGCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGGgtatgcttctgactcatgtataattatgatgtacttattgactgcaaaattcaacttggtgcatggtataacatcctcttatcacacttgtatacagccc...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM5G860137_T02
intron # 11
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM5G860137_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 11
lower sequence: LOC_Os01g02020.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 11
GGAAAGCTAAACTTAAGTGGTGGTGCTGTTTCCCTGGGCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGGgtatgcttctgactcatgtataattatgatgtacttattgactgcaaaattcaacttggtgcatggtataacatcctctta-tcacacttgtatacagccc----
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GGAAAGCTTAACCTAAGTGGTGGTGGTGTTTCTCTGGGCCATCCTATTGGTTGCAGTGGTGCGAGAATCATAGTCACTTTGCTCGGGgtatgctaccaggccattcaaaatca-gatcaaaatattacgtgttgttctcaa----atgcaaaatacttcatggctgtactgaagtttggatttagttacttc
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71442413|gb|DR823463.1|DR823463
EST:     GCCATCCTTTCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGG                         ATTTTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
genomic: GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGGgtatgcttct ... tggtcagcagATTCTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
EST: gi|71426142|gb|DR807192.1|DR807192
EST:     GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGG                         ATTCTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
genomic: GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGGgtatgcttct ... tggtcagcagATTCTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
EST: gi|21891396|gb|BQ744609.1|BQ744609
EST:     NCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGG                         ATTCTTAGNCAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
genomic: GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGGgtatgcttct ... tggtcagcagATTCTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
EST: gi|93281947|gb|EB674211.1|EB674211
EST:     GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGG                         ATTTTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
genomic: GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGGgtatgcttct ... tggtcagcagATTCTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
EST: gi|211211417|gb|FL472067.1|FL472067
EST:     GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGG                         ATTCTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
genomic: GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGGgtatgcttct ... tggtcagcagATTCTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
EST: gi|149110542|gb|EE294180.2|EE294180
EST:     GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGG                         ATTTTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
genomic: GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGGgtatgcttct ... tggtcagcagATTCTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
EST: gi|60353947|gb|DN220920.1|DN220920
EST:     GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGG                         ATTCTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
genomic: GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGGgtatgcttct ... tggtcagcagATTCTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
EST: gi|110951057|gb|EE171162.1|EE171162
EST:     GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGG                         ATTCTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
genomic: GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGGgtatgcttct ... tggtcagcagATTCTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
EST: gi|110202377|gb|EC884274.1|EC884274
EST:     GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGG                         ATTCTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
genomic: GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGGgtatgcttct ... tggtcagcagATTCTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
EST: gi|149107170|gb|EE189057.2|EE189057
EST:     GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGG                         ATTCTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
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EST: gi|78544790|gb|DV622288.1|DV622288
EST:     GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGG                         ATTCTTAGGCAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
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EST: gi|71437289|gb|DR818339.1|DR818339
EST:     GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGG                         ATTCTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
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EST: gi|89760641|gb|DY688973.1|DY688973
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EST: gi|71298332|gb|DR785147.1|DR785147
EST:     GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGG                         ATTTTTAGGCAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
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EST: gi|91051494|gb|EB161912.1|EB161912
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EST: gi|88748462|gb|DY532603.1|DY532603
EST:     GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGG                         ATTTTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
genomic: GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGGgtatgcttct ... tggtcagcagATTCTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
EST: gi|71763804|gb|DR961741.1|DR961741
EST:     GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGG                         ATTCTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
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EST: gi|37375775|gb|CF624352.1|CF624352
EST:     GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGG                         ATTCTTAGGCAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
genomic: GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGGgtatgcttct ... tggtcagcagATTCTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
EST: gi|78544465|gb|DV621963.1|DV621963
EST:     GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGG                         ATTCTTAGGCAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
genomic: GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGGgtatgcttct ... tggtcagcagATTCTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
EST: gi|60353407|gb|DN220380.1|DN220380
EST:     GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGG                         ATTCTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
genomic: GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGGgtatgcttct ... tggtcagcagATTCTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
EST: gi|211357448|gb|FL362295.1|FL362295
EST:     GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGG                         ATTCTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
genomic: GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGGgtatgcttct ... tggtcagcagATTCTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
EST: gi|74232956|gb|DT640870.1|DT640870
EST:     GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGG                         ATTCTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
genomic: GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGGgtatgcttct ... tggtcagcagATTCTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
EST: gi|6865254|gb|AW360604.1|AW360604
EST:     GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCNCGGATAATTGTCACTTTGCTTGGG                         ATTCTTAGGCAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
genomic: GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGGgtatgcttct ... tggtcagcagATTCTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
EST: gi|78078472|gb|DV506885.1|DV506885
EST:     GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGG                         ATTCTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
genomic: GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGGgtatgcttct ... tggtcagcagATTCTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
EST: gi|50322371|gb|CO517497.1|CO517497
EST:     GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGG                         ATTCTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
genomic: GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGGgtatgcttct ... tggtcagcagATTCTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
EST: gi|149029956|gb|EE154793.2|EE154793
EST:     GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGG                         ATTCTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
genomic: GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGGgtatgcttct ... tggtcagcagATTCTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
EST: gi|149087111|gb|EE176650.2|EE176650
EST:     GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGG                         ATTCTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
genomic: GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGGgtatgcttct ... tggtcagcagATTCTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
EST: gi|20337069|gb|BQ172699.1|BQ172699
EST:     GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGG                         ATTCTTAGGCAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
genomic: GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGGgtatgcttct ... tggtcagcagATTCTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
EST: gi|113701695|gb|EE679199.1|EE679199
EST:     GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGG                         ATTCTTAGGCAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
genomic: GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGGgtatgcttct ... tggtcagcagATTCTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
EST: gi|110939957|gb|EE160114.1|EE160114
EST:     GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGG                         ATTTTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC
genomic: GCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGGgtatgcttct ... tggtcagcagATTCTTAGACAGAAAAATGGAAAATTTGGTGTTGCTGGAGTTTGCAATGGC