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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTGTTGCTATAGCTAATCAGAGGCTTCTTGGTATCCCTTCCgtgagtcacttattttttatttgtctatattcagcagttagtatttgtatttgcctccggatatctaataaaatatctctgtacattcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM5G860137_T01
intron # 11
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71442413|gb|DR823463.1|DR823463
EST:     GTTGTTGCTATAGTTAATCAGAGGCTTTTTGGTATCCCTTCC                         GGAAAGCTAAACTTAAGTGGTGGTGCTGTTTCCCTGGGCCATCCTTTCGGT
genomic: GTTGTTGCTATAGCTAATCAGAGGCTTCTTGGTATCCCTTCCgtgagtcact ... gtacattcagGGAAAGCTAAACTTAAGTGGTGGTGCTGTTTCCCTGGGCCATCCTATCGGT
EST: gi|78180536|gb|DV551029.1|DV551029
EST:     GTTGTTGCTATAGCTAATCAGAGGCTTCTTGGTATCCCTTCC                         GGAAAGCTAAACTTAAGTGGTGGTGCTGTTTCCCTGGGCCATCCT
genomic: GTTGTTGCTATAGCTAATCAGAGGCTTCTTGGTATCCCTTCCgtgagtcact ... gtacattcagGGAAAGCTAAACTTAAGTGGTGGTGCTGTTTCCCTGGGCCATCCT
EST: gi|71426142|gb|DR807192.1|DR807192
EST:     GTTGTTGCTATAGCTAATCAGAGGCTTCTTGGTATCCCTTCC                         GGAAAGCTAAACTTAAGTGGTGGTGCTGTTTCCCTGGGCCATCCTATCGGT
genomic: GTTGTTGCTATAGCTAATCAGAGGCTTCTTGGTATCCCTTCCgtgagtcact ... gtacattcagGGAAAGCTAAACTTAAGTGGTGGTGCTGTTTCCCTGGGCCATCCTATCGGT
EST: gi|21891396|gb|BQ744609.1|BQ744609
EST:     TTCTTGGTATCCCTTCC                         GGAAAGCTAAACTTAAGTGGTGGTGCTGTTTCCCTGGNCCATCCTATCGGT
genomic: TTCTTGGTATCCCTTCCgtgagtcact ... gtacattcagGGAAAGCTAAACTTAAGTGGTGGTGCTGTTTCCCTGGGCCATCCTATCGGT
EST: gi|93281947|gb|EB674211.1|EB674211
EST:     GTTGTTGCTATAGCTAATCAGAGGCTTCTTGGTATCCCTTCC                         GGAAAGCTAAACTTAAGTGGTGGTGCTGTTTCCCTGGGCCATCCTATCGGT
genomic: GTTGTTGCTATAGCTAATCAGAGGCTTCTTGGTATCCCTTCCgtgagtcact ... gtacattcagGGAAAGCTAAACTTAAGTGGTGGTGCTGTTTCCCTGGGCCATCCTATCGGT
EST: gi|211211417|gb|FL472067.1|FL472067
EST:     GTTGTTGCTATAGCTAATCAGAGGCTTCTTGGTATCCCTTCC                         GGAAAGCTAAACTTAAGTGGTGGTGCTGTTTCCCTGGGCCATCCTATCGGT
genomic: GTTGTTGCTATAGCTAATCAGAGGCTTCTTGGTATCCCTTCCgtgagtcact ... gtacattcagGGAAAGCTAAACTTAAGTGGTGGTGCTGTTTCCCTGGGCCATCCTATCGGT
EST: gi|149110542|gb|EE294180.2|EE294180
EST:     GTTGTTGCTATAGCTAATCAGAGGCTTCTTGGTATCCCTTCC                         GGAAAGCTAAACTTAAGTGGTGGTGCTGTTTCCCTGGGCCATCCTATCGGT
genomic: GTTGTTGCTATAGCTAATCAGAGGCTTCTTGGTATCCCTTCCgtgagtcact ... gtacattcagGGAAAGCTAAACTTAAGTGGTGGTGCTGTTTCCCTGGGCCATCCTATCGGT
EST: gi|60353947|gb|DN220920.1|DN220920
EST:     GTTGTTGCTATAGCTAATCAGAGGCTTCTTGGTATCCCTTCC                         GGAAAGCTAAACTTAAGTGGTGGTGCTGTTTCCCTGGGCCATCCTATCGGT
genomic: GTTGTTGCTATAGCTAATCAGAGGCTTCTTGGTATCCCTTCCgtgagtcact ... gtacattcagGGAAAGCTAAACTTAAGTGGTGGTGCTGTTTCCCTGGGCCATCCTATCGGT
EST: gi|110951057|gb|EE171162.1|EE171162
EST:     GTTGTTGCTATAGCTAATCAGAGGCTTCTTGGTATCCCTTCC                         GGAAAGCTAAACTTAAGTGGTGGTGCTGTTTCCCTGGGCCATCCTATCGGT
genomic: GTTGTTGCTATAGCTAATCAGAGGCTTCTTGGTATCCCTTCCgtgagtcact ... gtacattcagGGAAAGCTAAACTTAAGTGGTGGTGCTGTTTCCCTGGGCCATCCTATCGGT
EST: gi|110202377|gb|EC884274.1|EC884274
EST:     GTTGTTGCTATAGCTAATCAGAGGCTTCTTGGTATCCCTTCC                         GGAAAGCTAAACTTAAGTGGTGGTGCTGTTTCCCTGGGCCATCCTATCGGT
genomic: GTTGTTGCTATAGCTAATCAGAGGCTTCTTGGTATCCCTTCCgtgagtcact ... gtacattcagGGAAAGCTAAACTTAAGTGGTGGTGCTGTTTCCCTGGGCCATCCTATCGGT
EST: gi|149107170|gb|EE189057.2|EE189057
EST:     GTTGTTGCTATAGCTAATCAGAGGCTTCTTGGTATCCCTTCC                         GGAAAGCTAAACTTAAGTGGTGGTGCTGTTTCCCTGGGCCATCCTATCGGT
genomic: GTTGTTGCTATAGCTAATCAGAGGCTTCTTGGTATCCCTTCCgtgagtcact ... gtacattcagGGAAAGCTAAACTTAAGTGGTGGTGCTGTTTCCCTGGGCCATCCTATCGGT
EST: gi|78544790|gb|DV622288.1|DV622288
EST:     GTTGTTGCTATAGCTAATCAGAGGCTTCTTGGTATCCCTTCC                         GGAAAGCTAAACTTAAGTGGTGGTGCTGTTTCCCTGGGCCATCCTATCGGT
genomic: GTTGTTGCTATAGCTAATCAGAGGCTTCTTGGTATCCCTTCCgtgagtcact ... gtacattcagGGAAAGCTAAACTTAAGTGGTGGTGCTGTTTCCCTGGGCCATCCTATCGGT
EST: gi|71437289|gb|DR818339.1|DR818339
EST:     GTTGTTGCTATAGCTAATCAGAGGCTTCTTGGTATCCCTTCC                         GGAAAGCTAAACTTAAGTGGTGGTGCTGTTTCCCTGGGCCATCCTATCGGT
genomic: GTTGTTGCTATAGCTAATCAGAGGCTTCTTGGTATCCCTTCCgtgagtcact ... gtacattcagGGAAAGCTAAACTTAAGTGGTGGTGCTGTTTCCCTGGGCCATCCTATCGGT
EST: gi|89760641|gb|DY688973.1|DY688973
EST:     GTTGTTGCTATAGCTAATCAGAGGCTTCTTGGTATCCCTTCC                         GGAAAGCTAAACTTAAGTGGTGGTGCTGTTTCCCTGGGCCATCCTATCGGT
genomic: GTTGTTGCTATAGCTAATCAGAGGCTTCTTGGTATCCCTTCCgtgagtcact ... gtacattcagGGAAAGCTAAACTTAAGTGGTGGTGCTGTTTCCCTGGGCCATCCTATCGGT
EST: gi|71298332|gb|DR785147.1|DR785147
EST:     GTTGTTGCTATAGCTAATCAGAGGCTTCTTGGTATCCCTTCC                         GGAAAGCTAAACTTAAGTGGTGGTGCTGTTTCCCTGGGCCATCCTATCGGT
genomic: GTTGTTGCTATAGCTAATCAGAGGCTTCTTGGTATCCCTTCCgtgagtcact ... gtacattcagGGAAAGCTAAACTTAAGTGGTGGTGCTGTTTCCCTGGGCCATCCTATCGGT
EST: gi|88748462|gb|DY532603.1|DY532603
EST:     GTTGTTGCTATAGCTAATCAGAGGCTTCTTGGTATCCCTTCC                         GGAAAGCTAAACTTAAGTGGTGGTGCTGTTTCCCTGGGCCATCCTATCGGT
genomic: GTTGTTGCTATAGCTAATCAGAGGCTTCTTGGTATCCCTTCCgtgagtcact ... gtacattcagGGAAAGCTAAACTTAAGTGGTGGTGCTGTTTCCCTGGGCCATCCTATCGGT
EST: gi|37375775|gb|CF624352.1|CF624352
EST:     GTTGTTGCTATAGCTAATCAGAGGCTTCTTGGTATCCCTTCC                         GGAAAGCTAAACTTAAGTGGTGGTGCTGTTTCCCTGGGCCATCCTATCGGT
genomic: GTTGTTGCTATAGCTAATCAGAGGCTTCTTGGTATCCCTTCCgtgagtcact ... gtacattcagGGAAAGCTAAACTTAAGTGGTGGTGCTGTTTCCCTGGGCCATCCTATCGGT
EST: gi|78544465|gb|DV621963.1|DV621963
EST:     GTTGTTGCTATAGCTAATCAGAGGCTTCTTGGTATCCCTTCC                         GGAAAGCTAAACTTAAGTGGTGGTGCTGTTTCCCTGGGCCATCCTATCGGT
genomic: GTTGTTGCTATAGCTAATCAGAGGCTTCTTGGTATCCCTTCCgtgagtcact ... gtacattcagGGAAAGCTAAACTTAAGTGGTGGTGCTGTTTCCCTGGGCCATCCTATCGGT
EST: gi|6994169|gb|AW453383.1|AW453383
EST:     GTTGTTGCTATAGCTAATCAGAGGCTTCTTGGTATCCCTTCC                         GGAAAGCTAAACTTAAGTGGTGGTGCTGTTTCCCTGGGCCATCCTATCG
genomic: GTTGTTGCTATAGCTAATCAGAGGCTTCTTGGTATCCCTTCCgtgagtcact ... gtacattcagGGAAAGCTAAACTTAAGTGGTGGTGCTGTTTCCCTGGGCCATCCTATCG
EST: gi|60353407|gb|DN220380.1|DN220380
EST:     GTTGTTGCTATAGCTAATCAGAGGCTTCTTGGTATCCCTTCC                         GGAAAGCTAAACTTAAGTGGTGGTGCTGTTTCCCTGGGCCATCCTATCGGT
genomic: GTTGTTGCTATAGCTAATCAGAGGCTTCTTGGTATCCCTTCCgtgagtcact ... gtacattcagGGAAAGCTAAACTTAAGTGGTGGTGCTGTTTCCCTGGGCCATCCTATCGGT
EST: gi|211357448|gb|FL362295.1|FL362295
EST:     GTTGTTGCTATAGCTAATCAGAGGCTTCTTGGTATCCCTTCC                         GGAAAGCTAAACTTAAGTGGTGGTGCTGTTTCCCTGGGCCATCCTATCGGT
genomic: GTTGTTGCTATAGCTAATCAGAGGCTTCTTGGTATCCCTTCCgtgagtcact ... gtacattcagGGAAAGCTAAACTTAAGTGGTGGTGCTGTTTCCCTGGGCCATCCTATCGGT
EST: gi|74232956|gb|DT640870.1|DT640870
EST:     GTTGTTGCTATAGCTAATCAGAGGCTTCTTGGTATCCCTTCC                         GGAAAGCTAAACTTAAGTGGTGGTGCTGTTTCCCTGGGCCATCCTATCGGT
genomic: GTTGTTGCTATAGCTAATCAGAGGCTTCTTGGTATCCCTTCCgtgagtcact ... gtacattcagGGAAAGCTAAACTTAAGTGGTGGTGCTGTTTCCCTGGGCCATCCTATCGGT
EST: gi|6865254|gb|AW360604.1|AW360604
EST:     GTTGTTGCTATAGCTAATCAGAGGCTTCTTGGTATCCCTTCC                         GGAAAGCTAAACTTAAGTGGTGGTGCTGTTTCCCTGGGCCATCCTATCGGT
genomic: GTTGTTGCTATAGCTAATCAGAGGCTTCTTGGTATCCCTTCCgtgagtcact ... gtacattcagGGAAAGCTAAACTTAAGTGGTGGTGCTGTTTCCCTGGGCCATCCTATCGGT
EST: gi|50322371|gb|CO517497.1|CO517497
EST:     GTTGTTGCTATAGCTAATCAGAGGCTTCTTGGTATCCCTTCC                         GGAAAGCTAAACTTAAGTGGTGGTGCTGTTTCCCTGGGCCATCCTATCGGT
genomic: GTTGTTGCTATAGCTAATCAGAGGCTTCTTGGTATCCCTTCCgtgagtcact ... gtacattcagGGAAAGCTAAACTTAAGTGGTGGTGCTGTTTCCCTGGGCCATCCTATCGGT
EST: gi|149087111|gb|EE176650.2|EE176650
EST:     GTTGTTGCTATAGCTAATCAGAGGCTTCTTGGTATCCCTTCC                         GGAAAGCTAAACTTAAGTGGTGGTGCTGTTTCCCTGGGCCATCCTATCGGT
genomic: GTTGTTGCTATAGCTAATCAGAGGCTTCTTGGTATCCCTTCCgtgagtcact ... gtacattcagGGAAAGCTAAACTTAAGTGGTGGTGCTGTTTCCCTGGGCCATCCTATCGGT
EST: gi|110939957|gb|EE160114.1|EE160114
EST:     GTTGTTGCTATAGCTAATCAGAGGCTTCTTGGTATCCCTTCC                         GGAAAGCTAAACTTAAGTGGTGGTGCTGTTTCCCTGGGCCATCCTATCGGT
genomic: GTTGTTGCTATAGCTAATCAGAGGCTTCTTGGTATCCCTTCCgtgagtcact ... gtacattcagGGAAAGCTAAACTTAAGTGGTGGTGCTGTTTCCCTGGGCCATCCTATCGGT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 22

GTTGTTGCTATAGCTAATCAGAGGCTTCTTGGTATCCCTTCCgtgagtcact ... gtacattcagGGAAAGCTAAACTTAAGTGGTGGTGCTGTTTCCCTGGGCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGG


Block sizes: 46 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 169

GTTGTTGCTATAGCTAATCAGAGGCTTCTTGGTATCCCTTCCgtgagtcact ... gtacattcagGGAAAGCTAAACTTAAGTGGTGGTGCTGTTTCCCTGGGCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGG


Block sizes: 42 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 125

GTTGTTGCTATAGCTAATCAGAGGCTTCTTGGTATCCCTTCCgtgagtcact ... gtacattcagGGAAAGCTAAACTTAAGTGGTGGTGCTGTTTCCCTGGGCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGG


Block sizes: 42 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 58

GTTGTTGCTATAGCTAATCAGAGGCTTCTTGGTATCCCTTCCgtgagtcact ... gtacattcagGGAAAGCTAAACTTAAGTGGTGGTGCTGTTTCCCTGGGCCATCCTATCGGTTGCAGTGGTGCACGGATAATTGTCACTTTGCTTGGG