Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTGTTATTCTTCAAGATTTCAAATGGTACGACTTTATTCTGAAGCTACACAGGCTCTATGGAGGTACACATCTATCAGTGAATGGTGTTTCGTCAATGAGgtaaacaactaaacatagaccttgaatatcatcatgaaggttcttttctttgataaaggagacaagaaaacttgacctacgtctgggcattgtattaagt...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM5G812553_T02
intron # 11
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|60340406|gb|DN207379.1|DN207379
EST:     AGGCTCTATGGAGGTACACATCTATCAGTGAATGGTGTTTCGTCAATGAG                         GGTCCAATCAATTGAAGTAGCAGAGGTGGCGGCTAGCGGTGGCGTCTTTGT
genomic: AGGCTCTATGGAGGTACACATCTATCAGTGAATGGTGTTTCGTCAATGAGgtaaacaact ... gcttttgcagGGTCCAATCAATTGAAGTAGCAGAGGTGGCGGCTAGCGGTGGCGTCTTTGT
EST: gi|28873884|gb|CB329814.1|CB329814
EST:     AGGCTCTATGGAGGTACACATCTATCAGTGAATGGTGTTTCGTCAATGAG                         GGTCCAATCAATTGAAGTAGCAGAGGTGGCGGCTAGCGGTGGCGTCTTTGT
genomic: AGGCTCTATGGAGGTACACATCTATCAGTGAATGGTGTTTCGTCAATGAGgtaaacaact ... gcttttgcagGGTCCAATCAATTGAAGTAGCAGAGGTGGCGGCTAGCGGTGGCGTCTTTGT
EST: gi|37376011|gb|CF624501.1|CF624501
EST:     AGGCTCTATGGAGGTACACATCTATCAGTGAATGGTGTTTCGTCAATGAG                         GGTCCAATCAATTGAAGTAGCAGAGGTGGCGGCTAGCGGTGGCGTCTTTGT
genomic: AGGCTCTATGGAGGTACACATCTATCAGTGAATGGTGTTTCGTCAATGAGgtaaacaact ... gcttttgcagGGTCCAATCAATTGAAGTAGCAGAGGTGGCGGCTAGCGGTGGCGTCTTTGT
EST: gi|213191485|gb|FM189236.1|FM189236
EST:     AGGCTCTATGGAGGTACACATCTATCAGTGAATGGTGTTTCGTCAATGAG                         GGTCCAATCAATTGAAGTAGCAGAGGTGGCGGCTAGCGGTGGCGTCTTTGT
genomic: AGGCTCTATGGAGGTACACATCTATCAGTGAATGGTGTTTCGTCAATGAGgtaaacaact ... gcttttgcagGGTCCAATCAATTGAAGTAGCAGAGGTGGCGGCTAGCGGTGGCGTCTTTGT
EST: gi|30032066|gb|CB833917.1|CB833917
EST:     AGGCTCTATGGAGGTACACATCTATCAGTGAATGGTGTTTCGAAAAAGAG                         GGTCCAATCAATTGAAGTAGCAGAGGTGGCGGCTAGCGGTGGCGTCTTTGT
genomic: AGGCTCTATGGAGGTACACATCTATCAGTGAATGGTGTTTCGTCAATGAGgtaaacaact ... gcttttgcagGGTCCAATCAATTGAAGTAGCAGAGGTGGCGGCTAGCGGTGGCGTCTTTGT
EST: gi|32867364|gb|CF007046.1|CF007046
EST:     AGGCTCTATGGAGGTACACATCTATCAGTGAATGGTGTTTCGTCAATGAG                         GGTCCAATCAATTGAAGTAGCAGAGGTGGCGGCTAGCGGTGGCGTCTTTGT
genomic: AGGCTCTATGGAGGTACACATCTATCAGTGAATGGTGTTTCGTCAATGAGgtaaacaact ... gcttttgcagGGTCCAATCAATTGAAGTAGCAGAGGTGGCGGCTAGCGGTGGCGTCTTTGT
EST: gi|4624307|gb|AI615140.1|AI615140
EST:     ATCTATCAGTGAATGGTGTTTCGTCAATGAG                         GGTCCAATCAATTGAAGTAGCAGAGGTGGCGGCTAGCGGTGGCGTCTTTGT
genomic: ATCTATCAGTGAATGGTGTTTCGTCAATGAGgtaaacaact ... gcttttgcagGGTCCAATCAATTGAAGTAGCAGAGGTGGCGGCTAGCGGTGGCGTCTTTGT
EST: gi|148976018|gb|EE025877.2|EE025877
EST:     AGGCTCTATGGAGGTACACATCTATCAGTGAATGGTGTTTCGTCAATGAG                         GGTCCAATCAATTGAAGTAGCAGAGGTGGCGGCTAGCGGTGGCGTCTTTGT
genomic: AGGCTCTATGGAGGTACACATCTATCAGTGAATGGTGTTTCGTCAATGAGgtaaacaact ... gcttttgcagGGTCCAATCAATTGAAGTAGCAGAGGTGGCGGCTAGCGGTGGCGTCTTTGT
EST: gi|78105461|gb|DV523879.1|DV523879
EST:     AGGCTCTATGGAGGTACACATCTATCAGTGAATGGTGTTTCGTCAATGAG                         GGTCCAATCAATTGAAGTAGCAGAGGTGGCGGCTAGCGGTGGCGTCTTTGT
genomic: AGGCTCTATGGAGGTACACATCTATCAGTGAATGGTGTTTCGTCAATGAGgtaaacaact ... gcttttgcagGGTCCAATCAATTGAAGTAGCAGAGGTGGCGGCTAGCGGTGGCGTCTTTGT
EST: gi|60339858|gb|DN206831.1|DN206831
EST:     AGGCTCTATGGAGGTACACATCTATCAGTGAATGGTGTTTCGTCAATGAG                         GGTCCAATCAATTGAAGTAGCAGAGGTGGCGGCTAGCGGTGGCGTCTTTGT
genomic: AGGCTCTATGGAGGTACACATCTATCAGTGAATGGTGTTTCGTCAATGAGgtaaacaact ... gcttttgcagGGTCCAATCAATTGAAGTAGCAGAGGTGGCGGCTAGCGGTGGCGTCTTTGT
EST: gi|29131004|gb|CB381708.1|CB381708
EST:     CATCTATCAGTGAATGGTGTTTCGTCAATGAG                         GGTCCCATCAATTGAAGTAGCAGAGGTGGCGGCTAGCGGTGGCGTCTTTGT
genomic: CATCTATCAGTGAATGGTGTTTCGTCAATGAGgtaaacaact ... gcttttgcagGGTCCAATCAATTGAAGTAGCAGAGGTGGCGGCTAGCGGTGGCGTCTTTGT
EST: gi|22542138|gb|BU092576.1|BU092576
EST:     AGGCTCTATGGAGGTACACATCTATCAGTGAATGGTGTTTCGTCAATGAG                         GGTCCAATCAATTGAAGTAGCAGAGGTGGTGGCTAGCGGTG
genomic: AGGCTCTATGGAGGTACACATCTATCAGTGAATGGTGTTTCGTCAATGAGgtaaacaact ... gcttttgcagGGTCCAATCAATTGAAGTAGCAGAGGTGGCGGCTAGCGGTG
EST: gi|91878206|gb|EB408163.1|EB408163
EST:     AGGCTCTATGGAGGTACACATCTATCAGTGAATGGTGTTTCGTCAATGAG                         GGTCCAATCAATTGAAGTAGCAGAGGTGGCGGCTAGCGGTGGCGTCTTTGT
genomic: AGGCTCTATGGAGGTACACATCTATCAGTGAATGGTGTTTCGTCAATGAGgtaaacaact ... gcttttgcagGGTCCAATCAATTGAAGTAGCAGAGGTGGCGGCTAGCGGTGGCGTCTTTGT
EST: gi|71436271|gb|DR817321.1|DR817321
EST:     AGGCTCTATGGAGGTACACATCTATCAGTGAATGGTGTTTCGTCAATGAG                         GGTCCAATCAATTGAAGTAGCAGAGGTGGCGGCTAGCGGTGGCGTCTTTGT
genomic: AGGCTCTATGGAGGTACACATCTATCAGTGAATGGTGTTTCGTCAATGAGgtaaacaact ... gcttttgcagGGTCCAATCAATTGAAGTAGCAGAGGTGGCGGCTAGCGGTGGCGTCTTTGT
EST: gi|60339048|gb|DN206021.1|DN206021
EST:     AGGCTCTATGGAGGTACACATCTATCAGTGAATGGTGTTTCGTCAATGAG                         GGTCCAATCAATTGAAGTAGCAGAGGTGGCGGCTAGCGGTGGCGTCTTTGT
genomic: AGGCTCTATGGAGGTACACATCTATCAGTGAATGGTGTTTCGTCAATGAGgtaaacaact ... gcttttgcagGGTCCAATCAATTGAAGTAGCAGAGGTGGCGGCTAGCGGTGGCGTCTTTGT
EST: gi|38687766|gb|CK144797.1|CK144797
EST:     AGGCTCTATGGAGGTACACATCTATCAGTGAATGGTGTTTCGTCAATGAG                         GGTCCAATCAATTGAAGTAGCAGAGGTGGCGGCTAGCGGTGGCGTCTTTGT
genomic: AGGCTCTATGGAGGTACACATCTATCAGTGAATGGTGTTTCGTCAATGAGgtaaacaact ... gcttttgcagGGTCCAATCAATTGAAGTAGCAGAGGTGGCGGCTAGCGGTGGCGTCTTTGT
EST: gi|30307230|gb|CD001903.1|CD001903
EST:     AGGCTCTATGGAGGTACACATCTATCAGTGAATGGTGTTTCGTCAATGAG                         GGTCCAATCAATTGAAGTAGCAGAGGTGGCGGCTAGCGGTGGCGTCTTTGT
genomic: AGGCTCTATGGAGGTACACATCTATCAGTGAATGGTGTTTCGTCAATGAGgtaaacaact ... gcttttgcagGGTCCAATCAATTGAAGTAGCAGAGGTGGCGGCTAGCGGTGGCGTCTTTGT
EST: gi|29130015|gb|CB380719.1|CB380719
EST:     AGGCTCTATGGAGGTACACATCTATCAGTGAATGGTGTTTCGTCAATGAG                         GGTCCAATCAATTGAAGTAGCAGAGGTGGCGGCTAGCGGTGGCGTCTTTGT
genomic: AGGCTCTATGGAGGTACACATCTATCAGTGAATGGTGTTTCGTCAATGAGgtaaacaact ... gcttttgcagGGTCCAATCAATTGAAGTAGCAGAGGTGGCGGCTAGCGGTGGCGTCTTTGT
EST: gi|78121934|gb|DV540318.1|DV540318
EST:     AGGCTCTATGGAGGTACACATCTATCAGTGAATGGTGTTTCGTCAATGAG                         GGTCCAATCAATTGAAGTAGCAGAGGTGGCGGCTAGCGGTGGCGTCTTTGT
genomic: AGGCTCTATGGAGGTACACATCTATCAGTGAATGGTGTTTCGTCAATGAGgtaaacaact ... gcttttgcagGGTCCAATCAATTGAAGTAGCAGAGGTGGCGGCTAGCGGTGGCGTCTTTGT
EST: gi|60356994|gb|DN223967.1|DN223967
EST:     AGGCTCTATGGAGGTACACATCTATCAGTGAATGGTGTTTCGTCAATGAG                         GGTCCAATCAATTGAAGTAGCAGAGGTGGCGGCTAGCGGTGGCGTCTTTGT
genomic: AGGCTCTATGGAGGTACACATCTATCAGTGAATGGTGTTTCGTCAATGAGgtaaacaact ... gcttttgcagGGTCCAATCAATTGAAGTAGCAGAGGTGGCGGCTAGCGGTGGCGTCTTTGT
EST: gi|50334432|gb|CO529558.1|CO529558
EST:     AGGCTCTATGGAGGTACACATCTATCAGTGAATGGTGTTTCGTCAATGAG                         GGTCCAATCAATTGAAGTAGCAGAGGTGGCGGCTAGCGGTGGCGTCTTTGT
genomic: AGGCTCTATGGAGGTACACATCTATCAGTGAATGGTGTTTCGTCAATGAGgtaaacaact ... gcttttgcagGGTCCAATCAATTGAAGTAGCAGAGGTGGCGGCTAGCGGTGGCGTCTTTGT
EST: gi|30087317|gb|CB885525.1|CB885525
EST:     AGGCTCTATGGAGGTACACATCTATCAGTGAATGGTGTTTCGTCAATGAG                         GGTCCAATCAATTGAAGTAGCAGAGGTGGCGGCTAGCGGTGGCGTCTTTGT
genomic: AGGCTCTATGGAGGTACACATCTATCAGTGAATGGTGTTTCGTCAATGAGgtaaacaact ... gcttttgcagGGTCCAATCAATTGAAGTAGCAGAGGTGGCGGCTAGCGGTGGCGTCTTTGT
EST: gi|76285903|gb|DV025471.1|DV025471
EST:     AGGCTCTATGGAGGTACACATCTATCAGTGAATGGTGTTTCGTCAATGAG                         GGTCCAATCAATTGAAGTAGCAGAGGTGGCGGCTAGCGGTGGCGTCTTTGT
genomic: AGGCTCTATGGAGGTACACATCTATCAGTGAATGGTGTTTCGTCAATGAGgtaaacaact ... gcttttgcagGGTCCAATCAATTGAAGTAGCAGAGGTGGCGGCTAGCGGTGGCGTCTTTGT
EST: gi|37382504|gb|CF628200.1|CF628200
EST:     AGGCTCTATGGAGGTACACATCTATCAGTGAATGGTGTTTCGTCAATGAG                         GGTCCAATCAATTGAAGTAGCAGAGGTGGCGGCTAGCGGTGGCGTCTTTGT
genomic: AGGCTCTATGGAGGTACACATCTATCAGTGAATGGTGTTTCGTCAATGAGgtaaacaact ... gcttttgcagGGTCCAATCAATTGAAGTAGCAGAGGTGGCGGCTAGCGGTGGCGTCTTTGT
EST: gi|116814031|gb|EC856531.1|EC856531
EST:     AGGCTCTATGGAGGTACACATCTATCAGTGAATGGTGTTTCGTCAATGAG                         GGTCCAATCAATTGAAGTAGCAGAGGTGGCGGCTAGCGGTGGCGTCTTTGT
genomic: AGGCTCTATGGAGGTACACATCTATCAGTGAATGGTGTTTCGTCAATGAGgtaaacaact ... gcttttgcagGGTCCAATCAATTGAAGTAGCAGAGGTGGCGGCTAGCGGTGGCGTCTTTGT
EST: gi|211361286|gb|FL413661.1|FL413661
EST:     AGGCTCTATGGAGGTACACATCTATCAGTGAATGGTGTTTCGTCAATGAG                         GGTCCAATCAATTGAAGTAGCAGAGGTGGCGGCTAGCGGTGGCGTCTTTGT
genomic: AGGCTCTATGGAGGTACACATCTATCAGTGAATGGTGTTTCGTCAATGAGgtaaacaact ... gcttttgcagGGTCCAATCAATTGAAGTAGCAGAGGTGGCGGCTAGCGGTGGCGTCTTTGT
EST: gi|60355693|gb|DN222666.1|DN222666
EST:     AGGCTCTATGGAGGTACACATCTATCAGTGAATGGTGTTTCGTCAATGAG                         GGTCCAATCAATTGAAGTAGCAGAGGTGGCGGCTAGCGGTGGCGTCTTTGT
genomic: AGGCTCTATGGAGGTACACATCTATCAGTGAATGGTGTTTCGTCAATGAGgtaaacaact ... gcttttgcagGGTCCAATCAATTGAAGTAGCAGAGGTGGCGGCTAGCGGTGGCGTCTTTGT
EST: gi|50322459|gb|CO517585.1|CO517585
EST:     AGGCTCTATGGAGGTACACATCTATCAGTGAATGGTGTTTCGTCAATGAG                         GGTCCAATCAATTGAAGTAGCAGAGGTGGCGGCTAGCGGTGGCGTCTTTGT
genomic: AGGCTCTATGGAGGTACACATCTATCAGTGAATGGTGTTTCGTCAATGAGgtaaacaact ... gcttttgcagGGTCCAATCAATTGAAGTAGCAGAGGTGGCGGCTAGCGGTGGCGTCTTTGT
EST: gi|60359029|gb|DN226002.1|DN226002
EST:     AGGCTCTATGGAGGTACACATCTATCAGTGAATGGTGTTTCGTCAATGAG                         GGTCCAATCAATTGAAGTAGCAGAGGTGGCGGCTAGCGGTGGCGTCTTTGT
genomic: AGGCTCTATGGAGGTACACATCTATCAGTGAATGGTGTTTCGTCAATGAGgtaaacaact ... gcttttgcagGGTCCAATCAATTGAAGTAGCAGAGGTGGCGGCTAGCGGTGGCGTCTTTGT
EST: gi|32867365|gb|CF007047.1|CF007047
EST:     AGGCTCTATGGAGGTACACATCTATCAGTGAATGGTGTTTCGTCAATGAG                         GGTCCAATCAATTGAAGTAGCAGAGGTGGCGGCTAGCGGTGGCGTCTTTGT
genomic: AGGCTCTATGGAGGTACACATCTATCAGTGAATGGTGTTTCGTCAATGAGgtaaacaact ... gcttttgcagGGTCCAATCAATTGAAGTAGCAGAGGTGGCGGCTAGCGGTGGCGTCTTTGT
EST: gi|31406360|gb|CD485092.1|CD485092
EST:     AGGCTCTATGGAGGTACACATCTATCAGTGAATGGTGTTTCGTCAATGAG                         GGTCCAATCAATTGAAGTAGCAGAGGTGGCGGCTAGCGGTGGCGTCTTTGT
genomic: AGGCTCTATGGAGGTACACATCTATCAGTGAATGGTGTTTCGTCAATGAGgtaaacaact ... gcttttgcagGGTCCAATCAATTGAAGTAGCAGAGGTGGCGGCTAGCGGTGGCGTCTTTGT
EST: gi|71764064|gb|DR962001.1|DR962001
EST:     AGGCTCTATGGAGGTACACATCTATCAGTGAATGGTGTTTCGTCAATGAG                         GGTCCAATCAATTGAAGTAGCAGAGGTGGCGGCTAGCGGTGGCGTCTTTGT
genomic: AGGCTCTATGGAGGTACACATCTATCAGTGAATGGTGTTTCGTCAATGAGgtaaacaact ... gcttttgcagGGTCCAATCAATTGAAGTAGCAGAGGTGGCGGCTAGCGGTGGCGTCTTTGT
EST: gi|67010879|gb|CO439628.1|CO439628
EST:     AGGCTCTATGGAGGTACACATCTATCAGTGAATGGTGTTTCGTCAATGAG                         GGTCCAATCAATTGAAGTAGCAGAGGTGGCGGCTAGCGGTGGCGTCTTTGT
genomic: AGGCTCTATGGAGGTACACATCTATCAGTGAATGGTGTTTCGTCAATGAGgtaaacaact ... gcttttgcagGGTCCAATCAATTGAAGTAGCAGAGGTGGCGGCTAGCGGTGGCGTCTTTGT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TTGTTATTCTTCAAGATTTCAAATGGTACGACTTTATTCTGAAGCTACACAGGCTCTATGGAGGTACACATCTATCAGTGAATGGTGTTTCGTCAATGAGgtaaacaactaaacatagaccttgaatatcatcatgaaggttcttttctttgataaaggagacaagaaaacttgacctacgtctgggcattgtattaagt

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaaggaga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aagaaaac