Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTTGTTGAAATTATGGCAACTGTATTCTCAAGGGATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgtggggagtggtatctcctactgttctcttaacttcatttgaagcctgtattcttacatattgttttctgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM5G801369_T03
intron # 11
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM5G801369_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 11
lower sequence: LOC_Os01g68260.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 10
GTTTGTTGAAATTATGGCAACTGTATTCTCAAGGGATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgtggggagtggtatctcctactgttctcttaacttcatttgaagcctgtattcttacatattgttttctgcag
 ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||| | ||||||||  || |||   ||||||| ||||| ||||      | ||| |||||
ATTTGTTGAAATTATGGCAACTGTGTTCTCTAGGGATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgtgg--agtggcatctgc-actgttct--tagctttgcttgaagc-tgtatgcttatgcccggctttttgcag

upper sequence: GRMZM5G801369_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 11
lower sequence: AT2G28310.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 11
GTTTGTTGAAATTATGGCAACTGTATTCTCAAGGGATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgtggg--gagtggtatctcc-tactgttctcttaacttcatttgaa----gcctgt-attcttacatattgttttctgcag---------
|||||||||||| |||||  ||||||| ||  | || |||||||| ||||| |||||||||||||||||  |  ||   |||  | | || |  |    | | | |||   ||    || |||  || | |    ||  ||| ||            
GTTTGTTGAAATAATGGCGCCTGTATTTTCTCGAGAAGCATGGCGATGTGTGTGGCATATGATTCAGgttcgtcgatctgtagatacatagtcctagtcttagtccatcaaaataatgcttgttgttttgatcagtttgtttatgtttctgatgcag

upper sequence: GRMZM5G801369_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 11
lower sequence: AT1G08040.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 11
GTTTGTTGAAATTATGGCAACTGTATTCTCAAGGGATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgt----ggggagtggtatc-----tcctac------tgttctcttaacttca-tttgaagcctgtattcttacatattgttttctgcag--------------------------------------------------------------------------------
||||||||| ||||||||| ||||||| || || || |||||||| |||||||||||||||||||||||    |   |    |||      |  |||      | ||| | | ||   | ||||  || |  ||   |  |  ||| ||||||                                                                                   
GTTTGTTGAGATTATGGCACCTGTATTTTCTAGAGAAGCATGGCGATGTGTATGGCATATGATTCAGgtttttgtttaactttattcacctttttacgatcggtattcacatgacccaaatttgtggcattgatgaatctacgttggtttctgattaagctatcaaaaggagtttgtctagtcttccagaccatcacttggtagcctaaaaacaatcttgtttgtttctggtgcag

upper sequence: GRMZM5G801369_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 11
lower sequence: Vv06s0004g02700.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 11
GTTTGTTGAAATTATGGCAACTGTATTCTCAAGGGATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgtggggagtggtatctcctactgttctcttaacttcatttgaagcctgt---attcttacatattgttt-tctgcag-----------------------
 ||||| |||||||||||  |||| |||||  |||| || ||||| ||||| |||||||||||||||||      |    | |   | | |  |  |  || ||  ||   | |||   |  | | || ||  ||| ||| ||                        
ATTTGTGGAAATTATGGCCCCTGTCTTCTCTCGGGAAGCTTGGCGTTGTGTGTGGCATATGATTCAGgtatcctttatcttttaggattatattgctttctacacatggcacatgttacaagcatgcacatcttttctcttcaagttattcttctgttatctcatag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|56461966|gb|CK986264.1|CK986264
EST:     CAACTGTATTCTCAAGGGATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAG                         AACGACTTGGTCCATGGATGGGGCCTTGATTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
genomic: CAACTGTATTCTCAAGGGATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgtggggagtg ... ttttctgcagAACGACTTGGTCCATGGATGGGGCCTTGATTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
EST: gi|32838018|gb|CD977696.1|CD977696
EST:     CAACTGTATTCTCAAGGGATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAG                         AACGACTTGGTCCATGGATGGGGCCTTGATTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
genomic: CAACTGTATTCTCAAGGGATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgtggggagtg ... ttttctgcagAACGACTTGGTCCATGGATGGGGCCTTGATTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
EST: gi|78120790|gb|DV539174.1|DV539174
EST:     CAACTGTATTCTCAAGGGATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAG                         AACGACTTGGTCCATGGATGGGGCCTTGATTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
genomic: CAACTGTATTCTCAAGGGATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgtggggagtg ... ttttctgcagAACGACTTGGTCCATGGATGGGGCCTTGATTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
EST: gi|32837052|gb|CD976730.1|CD976730
EST:     CAACTGTATTCTCAAGGGATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAG                         AACGACTTGGTCCATGGATGGGGCCTTGATTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
genomic: CAACTGTATTCTCAAGGGATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgtggggagtg ... ttttctgcagAACGACTTGGTCCATGGATGGGGCCTTGATTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
EST: gi|6021059|gb|AW065987.1|AW065987
EST:     CAACTGTATTCTCAAGGGATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAG                         AACGACTTGGTCCATGGATGGGGCCTTGATTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
genomic: CAACTGTATTCTCAAGGGATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgtggggagtg ... ttttctgcagAACGACTTGGTCCATGGATGGGGCCTTGATTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
EST: gi|6601788|gb|AW256229.1|AW256229
EST:     CAACTGTATTCTCAAGGGATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAG                         AACGACTTGGTCCATGGATGGGGCCTTGATTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
genomic: CAACTGTATTCTCAAGGGATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgtggggagtg ... ttttctgcagAACGACTTGGTCCATGGATGGGGCCTTGATTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
EST: gi|211502844|gb|FL437375.1|FL437375
EST:     GCGCTGTGTATGGCATATGATTCAG                         AACGACTTGGTCCATGGATGGGGCCTTGATTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
genomic: GCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgtggggagtg ... ttttctgcagAACGACTTGGTCCATGGATGGGGCCTTGATTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
EST: gi|32917091|gb|CF021903.1|CF021903
EST:     CAACTGTATTCTCAAGGGATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAG                         AACGACTTGGTCCATGGATGGGGCCTTGATTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
genomic: CAACTGTATTCTCAAGGGATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgtggggagtg ... ttttctgcagAACGACTTGGTCCATGGATGGGGCCTTGATTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
EST: gi|50331568|gb|CO526694.1|CO526694
EST:     CAACTGTATTCTCAAGGGATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAG                         AACGACTTGGTCCATGGATGGGGCCTTGATTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
genomic: CAACTGTATTCTCAAGGGATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgtggggagtg ... ttttctgcagAACGACTTGGTCCATGGATGGGGCCTTGATTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
EST: gi|32839016|gb|CD978697.1|CD978697
EST:     CAACTGTATTCTCAAGGGATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAG                         AACGACTTGGTCCATGGATGGGGCCTTGATTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
genomic: CAACTGTATTCTCAAGGGATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgtggggagtg ... ttttctgcagAACGACTTGGTCCATGGATGGGGCCTTGATTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
EST: gi|32832999|gb|CD972677.1|CD972677
EST:     CAACAGTGTTCTCCAGAAATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAG                         AACGACTTGGTCCATGGATGGGGCCTTGATTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
genomic: CAACTGTATTCTCAAGGGATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgtggggagtg ... ttttctgcagAACGACTTGGTCCATGGATGGGGCCTTGATTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
EST: gi|12973204|gb|BG268364.1|BG268364
EST:     CAACTGTATTCTCAAGGGATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAG                         AACGACTTGGTCCATGGATGGGGCCTTGATTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
genomic: CAACTGTATTCTCAAGGGATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgtggggagtg ... ttttctgcagAACGACTTGGTCCATGGATGGGGCCTTGATTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 46 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 95

GTTTGTTGAAATTATGGCAACTGTATTCTCAAGGGATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgtggggagtg ... ttttctgcagAACGACTTGGTCCATGGATGGGGCCTTGATTTTGCTCTTAGGAAATGTGTGGAG


Block sizes: 47 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 91

GTTTGTTGAAATTATGGCAACTGTATTCTCAAGGGATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgtggggagtg ... ttttctgcagAACGACTTGGTCCATGGATGGGGCCTTGATTTTGCTCTTAGGAAATGTGTGGAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 76

GTTTGTTGAAATTATGGCAACTGTATTCTCAAGGGATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgtggggagtg ... ttttctgcagAACGACTTGGTCCATGGATGGGGCCTTGATTTTGCTCTTAGGAAATGTGTGGAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 138

GTTTGTTGAAATTATGGCAACTGTATTCTCAAGGGATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgtggggagtg ... ttttctgcagAACGACTTGGTCCATGGATGGGGCCTTGATTTTGCTCTTAGGAAATGTGTGGAG