Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTTGTTGAAATTATGGCAACTGTATTCTCAAGGGATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgtggggagtggtatctcctactgttctcttaacttcatttgaagcctgtattcttacatattgttttctgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM5G801369_T02
intron # 11
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM5G801369_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 11
lower sequence: LOC_Os01g68260.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 10
GTTTGTTGAAATTATGGCAACTGTATTCTCAAGGGATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgtggggagtggtatctcctactgttctcttaacttcatttgaagcctgtattcttacatattgttttctgcag
 ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||| | ||||||||  || |||   ||||||| ||||| ||||      | ||| |||||
ATTTGTTGAAATTATGGCAACTGTGTTCTCTAGGGATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgtgg--agtggcatctgc-actgttct--tagctttgcttgaagc-tgtatgcttatgcccggctttttgcag

upper sequence: GRMZM5G801369_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 11
lower sequence: AT2G28310.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 11
GTTTGTTGAAATTATGGCAACTGTATTCTCAAGGGATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgtggg--gagtggtatctcc-tactgttctcttaacttcatttgaa----gcctgt-attcttacatattgttttctgcag---------
|||||||||||| |||||  ||||||| ||  | || |||||||| ||||| |||||||||||||||||  |  ||   |||  | | || |  |    | | | |||   ||    || |||  || | |    ||  ||| ||            
GTTTGTTGAAATAATGGCGCCTGTATTTTCTCGAGAAGCATGGCGATGTGTGTGGCATATGATTCAGgttcgtcgatctgtagatacatagtcctagtcttagtccatcaaaataatgcttgttgttttgatcagtttgtttatgtttctgatgcag

upper sequence: GRMZM5G801369_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 11
lower sequence: AT1G08040.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 11
GTTTGTTGAAATTATGGCAACTGTATTCTCAAGGGATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgt----ggggagtggtatc-----tcctac------tgttctcttaacttca-tttgaagcctgtattcttacatattgttttctgcag--------------------------------------------------------------------------------
||||||||| ||||||||| ||||||| || || || |||||||| |||||||||||||||||||||||    |   |    |||      |  |||      | ||| | | ||   | ||||  || |  ||   |  |  ||| ||||||                                                                                   
GTTTGTTGAGATTATGGCACCTGTATTTTCTAGAGAAGCATGGCGATGTGTATGGCATATGATTCAGgtttttgtttaactttattcacctttttacgatcggtattcacatgacccaaatttgtggcattgatgaatctacgttggtttctgattaagctatcaaaaggagtttgtctagtcttccagaccatcacttggtagcctaaaaacaatcttgtttgtttctggtgcag

upper sequence: GRMZM5G801369_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 11
lower sequence: Vv06s0004g02700.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 11
GTTTGTTGAAATTATGGCAACTGTATTCTCAAGGGATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgtggggagtggtatctcctactgttctcttaacttcatttgaagcctgt---attcttacatattgttt-tctgcag-----------------------
 ||||| |||||||||||  |||| |||||  |||| || ||||| ||||| |||||||||||||||||      |    | |   | | |  |  |  || ||  ||   | |||   |  | | || ||  ||| ||| ||                        
ATTTGTGGAAATTATGGCCCCTGTCTTCTCTCGGGAAGCTTGGCGTTGTGTGTGGCATATGATTCAGgtatcctttatcttttaggattatattgctttctacacatggcacatgttacaagcatgcacatcttttctcttcaagttattcttctgttatctcatag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|56461966|gb|CK986264.1|CK986264
EST:     CAACTGTATTCTCAAGGGATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAG                         AACGACTTGGTCCATGGATGGGGCCTTGATTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
genomic: CAACTGTATTCTCAAGGGATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgtggggagtg ... ttttctgcagAACGACTTGGTCCATGGATGGGGCCTTGATTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
EST: gi|32838018|gb|CD977696.1|CD977696
EST:     CAACTGTATTCTCAAGGGATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAG                         AACGACTTGGTCCATGGATGGGGCCTTGATTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
genomic: CAACTGTATTCTCAAGGGATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgtggggagtg ... ttttctgcagAACGACTTGGTCCATGGATGGGGCCTTGATTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
EST: gi|78120790|gb|DV539174.1|DV539174
EST:     CAACTGTATTCTCAAGGGATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAG                         AACGACTTGGTCCATGGATGGGGCCTTGATTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
genomic: CAACTGTATTCTCAAGGGATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgtggggagtg ... ttttctgcagAACGACTTGGTCCATGGATGGGGCCTTGATTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
EST: gi|32837052|gb|CD976730.1|CD976730
EST:     CAACTGTATTCTCAAGGGATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAG                         AACGACTTGGTCCATGGATGGGGCCTTGATTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
genomic: CAACTGTATTCTCAAGGGATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgtggggagtg ... ttttctgcagAACGACTTGGTCCATGGATGGGGCCTTGATTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
EST: gi|6021059|gb|AW065987.1|AW065987
EST:     CAACTGTATTCTCAAGGGATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAG                         AACGACTTGGTCCATGGATGGGGCCTTGATTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
genomic: CAACTGTATTCTCAAGGGATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgtggggagtg ... ttttctgcagAACGACTTGGTCCATGGATGGGGCCTTGATTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
EST: gi|6601788|gb|AW256229.1|AW256229
EST:     CAACTGTATTCTCAAGGGATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAG                         AACGACTTGGTCCATGGATGGGGCCTTGATTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
genomic: CAACTGTATTCTCAAGGGATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgtggggagtg ... ttttctgcagAACGACTTGGTCCATGGATGGGGCCTTGATTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
EST: gi|211502844|gb|FL437375.1|FL437375
EST:     GCGCTGTGTATGGCATATGATTCAG                         AACGACTTGGTCCATGGATGGGGCCTTGATTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
genomic: GCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgtggggagtg ... ttttctgcagAACGACTTGGTCCATGGATGGGGCCTTGATTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
EST: gi|32917091|gb|CF021903.1|CF021903
EST:     CAACTGTATTCTCAAGGGATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAG                         AACGACTTGGTCCATGGATGGGGCCTTGATTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
genomic: CAACTGTATTCTCAAGGGATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgtggggagtg ... ttttctgcagAACGACTTGGTCCATGGATGGGGCCTTGATTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
EST: gi|50331568|gb|CO526694.1|CO526694
EST:     CAACTGTATTCTCAAGGGATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAG                         AACGACTTGGTCCATGGATGGGGCCTTGATTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
genomic: CAACTGTATTCTCAAGGGATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgtggggagtg ... ttttctgcagAACGACTTGGTCCATGGATGGGGCCTTGATTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
EST: gi|32839016|gb|CD978697.1|CD978697
EST:     CAACTGTATTCTCAAGGGATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAG                         AACGACTTGGTCCATGGATGGGGCCTTGATTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
genomic: CAACTGTATTCTCAAGGGATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgtggggagtg ... ttttctgcagAACGACTTGGTCCATGGATGGGGCCTTGATTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
EST: gi|32832999|gb|CD972677.1|CD972677
EST:     CAACAGTGTTCTCCAGAAATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAG                         AACGACTTGGTCCATGGATGGGGCCTTGATTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
genomic: CAACTGTATTCTCAAGGGATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgtggggagtg ... ttttctgcagAACGACTTGGTCCATGGATGGGGCCTTGATTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
EST: gi|12973204|gb|BG268364.1|BG268364
EST:     CAACTGTATTCTCAAGGGATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAG                         AACGACTTGGTCCATGGATGGGGCCTTGATTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
genomic: CAACTGTATTCTCAAGGGATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgtggggagtg ... ttttctgcagAACGACTTGGTCCATGGATGGGGCCTTGATTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG