Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CATATCTGTGAAGCACGGCGTTGAAGGCGTCGGAGACATGCTAAGAAAAGCTATATCAGCAGCATTATCTCAGTCTGCTCAATATGACCAATTGAATGTGgtactgtctactgtgtgtttcaattacatgctatatgttaatagattaagatacaatatatgagtgtctcttttggctctttgcttgcatgaaactgaga...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G459642_T01
intron # 11
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G459642_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os01g74310.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 11
---CATATCTGTGAAGCACGGCGTTGAAGGCGTCGGAGACATGCTAAGAAAAGCTATATCAGCAGCATTATCTCAGTCTGCTCAATATGACCAATTGAATGTGgtactgtct------actgtgtgtttcaattacatgctatatg-ttaatagattaagatacaatatatgagtgtctcttttggctctttgcttgcatgaaactgaga
    || |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||| || || |||||  |  ||||||| || |||||||||||| | |          |||||||| | | || ||| |  | | |||| |   |||||    | ||   |     | | |||  | | |  || ||||         
CTATATTTCTGTGAAGCACGGTGTTGAAGGCGTTGGAGACATGCTGAGAAAAGCTATATCATCAGCTTTGTCACAGTCAACAGAATATGAGCAGTTGAATgtggtattatgcttttgacttgtgtgttactaatatatgttgcacgcttaagaagctaagagtagacattacaacacttttgttgagtttctattt-catg---------

upper sequence: GRMZM2G459642_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os01g74310.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 11
CATATCTGTGAAGCACGGCGTTGAAGGCGTCGGAGACATGCTAAGAAAAGCTATATCAGCAGCATTATCTCAGTCTGCTCAATATGACCAATTGAATGTGgtactgtctact------gtgtgtttcaattacatgctatatg-ttaatagattaagatacaatatatgagtgtctcttttggctctttgcttgcatgaaactgaga
 || |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||| || || |||||  |  ||||||| || |||||||||||| | |    |      ||||||| | | || ||| |  | | |||| |   |||||    | ||   |     | | |||  | | |  || ||||  |      
TATTTCTGTGAAGCACGGTGTTGAAGGCGTTGGAGACATGCTGAGAAAAGCTATATCATCAGCTTTGTCACAGTCAACAGAATATGAGCAGTTGAATGTGgtattatgcttttgacttgtgtgttactaatatatgttgcacgcttaagaagctaagagtagacattacaacacttttgttgagtttctattt-catgtca------