Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTGGAGTTGGTATGTCTATGGAAGGTATTGAGCAAAATCCTATTGTTTATGACCTTATGTCAGAAATGGCCTTCCATCACAGACAAGTTGATCTTCAGgtgttttaaaaaaaatcattttctagaagagctttttgtacaatagattaatttattcatcttatctagttattgtgcatctcttattcatgtttctatggaagtttcactttgcacaattgcactagctactgatgcaagcaatttttgcccttatcagttttgtattacttccag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G443903_T01
intron # 11
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G443903_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 11
lower sequence: LOC_Os04g55730.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 13
GTTGGAGTTGGTATGTCTATGGAAGGTATTGAGCAAAATCCTATTGTTTATGACCTTATGTCAGAAATGGCCTTCCATCACAGACAAGTTGATCTTCAGgtgttttaaaaaaaatcattttctagaagagctttttgtacaatagattaatttattcatcttatctagttattgtgcatctcttattcatgtttctatggaagtttcactttgcacaattgcactagctactgatgcaagcaatttttgcccttatcagttttgtattacttccag
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||   | | | ||| |||||||| ||||  |||  | | || || ||   ||   ||   || | |   || | ||||| |  | |  |   |  | ||                                                                             
GTTGGAGTTGGCATGTCTATGGAAGGTATTGAGCAAAATCCTATTGTTTATGACCTGATGTCGGAAATGGCCTTTCATCACAGACAAGTGGATCTACAGgtgaaattatacaaaccattttctggaagcacttaatctgcactatatgtgttctctctcttttttttaataatttgcatgtgctttatagcatcatctg-----------------------------------------------------------------------------

upper sequence: GRMZM2G443903_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 11
lower sequence: GLYMA06G19800.1 (Glycine max), 5'ss of exon 8
GTTGGAGTTGGTATGTCTATGGAAGGTATTGAGCAAAATCCTATTGTTTATGACCTTATGTCAGAAATGGCCTTCCATCACAGACAAGTTGATCTTCAGgtgttttaaaaaaaatcattttctagaagagctttttgtacaatagattaatttattcatcttatctagttattgtgcatctcttattcatgtttctatggaagtttcactttgcacaattgcactagctactgatgcaagcaatttttgcccttatcagttttgtattacttccag
||||||||||| ||||||||||||||||| || || ||||| ||||| |||||  | |||||||||||||| || || ||||   |||||||| || ||||       | | |||| ||      ||||| || |  |  | |  | | ||   ||     | |     |  |  |     ||| |  |     || |||||                                                                          
GTTGGAGTTGGAATGTCTATGGAAGGTATAGAACAGAATCCCATTGTCTATGATTTGATGTCAGAAATGGCATTTCAGCACAAGAAAGTTGATGTTAAGgtaaaagtgagagaatctttggtgccaagagattgt-atttatttcactcatggttttcctatgttctcctgctaggaggaccttgtgtaa---cctgtggaac-------------------------------------------------------------------------