Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATTGATGACATGGTTGCGTACGCGCTTAAGAGCGAAGGAGGCTATGTGTGGGCTTGCAAGAACTACGATGGAGATGTGCAGAGTGATTTCTTAGCTCAAGgtcataatatacgaacttcaaatccgtgcacagaacatgctcagtattatcttttcccgttgcgtgatagtcacaagggctaaagtgcattctagtaattcaacctatatatatcaatgtgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G432128_T01
intron # 11
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G432128_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 11
lower sequence: LOC_Os01g46610.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 11
ATTGATGACATGGTTGCGTACGCGCTTAAGAGCGAAGGAGGCTATGTGTGGGCTTGCAAGAACTACGATGGAGATGTGCAGAGTGATTTCTTAGCTCAAGgtcataatatacgaacttcaaatccgtgcacagaacatgctcag--tattatcttttcccgttgcgtgatagtcacaagggctaaagtgcattctagtaattcaacctatatatatcaatgtgcag
|| |||||||||||||| || || |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||| | ||||||  | || || |    |   ||  |   | ||||| |||  | | |    ||  | |     ||| |    |  |  | |||||||  ||  || ||| |||||||||
ATCGATGACATGGTTGCTTATGCACTTAAGAGTGAAGGGGGCTATGTGTGGGCTTGCAAGAATTACGATGGAGATGTGCAGAGTGATTTCTTAGCTCAAGgtacgaatatgctaacttctgaaccatgaatttcatgggcaaaaaatgttatcctttttcctagttgcatgataaacgatgctga----ctgttaaataattca--ctggatctataaatgtgcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211440945|gb|FL371134.1|FL371134
EST:     GGCTTGCAAGAACTACGATGGAGATGTGCAGAGTGATTTCTTAGCTCAAG                         GTTTTGGATCTTTGGGTTTGATGACATCAGTGTTG
genomic: GGCTTGCAAGAACTACGATGGAGATGTGCAGAGTGATTTCTTAGCTCAAGgtcataatat ... caatgtgcagGTTTTGGATCTTTGGGTTTGATGACATCAGTGTTG
EST: gi|60342210|gb|DN209183.1|DN209183
EST:     GGCTTGCAAGAACTACGATGGAGATGTGCAGAGTGATTTCTTAGCTCAAG                         GTTTTGGATCTTTGGGTTTGATGACATCAGTGTTG
genomic: GGCTTGCAAGAACTACGATGGAGATGTGCAGAGTGATTTCTTAGCTCAAGgtcataatat ... caatgtgcagGTTTTGGATCTTTGGGTTTGATGACATCAGTGTTG
EST: gi|76286555|gb|DV026123.1|DV026123
EST:     GGCTTGCAAGAACTACGATGGAGATGTGCAGAGTGATTTCTTAGCTCAAG                         GTTTTGGATCTTTGGGTTTGATGACATCAGTGTTG
genomic: GGCTTGCAAGAACTACGATGGAGATGTGCAGAGTGATTTCTTAGCTCAAGgtcataatat ... caatgtgcagGTTTTGGATCTTTGGGTTTGATGACATCAGTGTTG
EST: gi|148937600|gb|EC881790.2|EC881790
EST:     GGCTTGCAAGAACTACGATGGAGATGTGCAGAGTGATTTCTTAGCTCAAG                         GTTTTGGATCTTTGGGTTTGATGACATCAGTGTTG
genomic: GGCTTGCAAGAACTACGATGGAGATGTGCAGAGTGATTTCTTAGCTCAAGgtcataatat ... caatgtgcagGTTTTGGATCTTTGGGTTTGATGACATCAGTGTTG
EST: gi|60338834|gb|DN205807.1|DN205807
EST:     GGCTTGCAAGAACTACGATGGAGATGTGCAGAGTGATTTCTTAGCTCAAG                         GTTTTGGATCTTTGGGTTTGATGACATCAGTGTTG
genomic: GGCTTGCAAGAACTACGATGGAGATGTGCAGAGTGATTTCTTAGCTCAAGgtcataatat ... caatgtgcagGTTTTGGATCTTTGGGTTTGATGACATCAGTGTTG
EST: gi|37377043|gb|CF625092.1|CF625092
EST:     GGCTTGCAAGAACTACGATGGAGATGTGCAGAGTGATTTCTTAGCTCAAG                         GTTTTGGATCTTTGGGTTTGATGACATCAGTGTTG
genomic: GGCTTGCAAGAACTACGATGGAGATGTGCAGAGTGATTTCTTAGCTCAAGgtcataatat ... caatgtgcagGTTTTGGATCTTTGGGTTTGATGACATCAGTGTTG
EST: gi|8577413|gb|BE130050.1|BE130050
EST:     GGCTTGCAAGAACTACGATGGAGATGTGCAGAGTGATTTCTTAGCTCAAG                         GTTTTGGATCTTTGGGTTTGATGACATCAGTGTTG
genomic: GGCTTGCAAGAACTACGATGGAGATGTGCAGAGTGATTTCTTAGCTCAAGgtcataatat ... caatgtgcagGTTTTGGATCTTTGGGTTTGATGACATCAGTGTTG
EST: gi|21760011|gb|BQ635552.1|BQ635552
EST:     GGCTTGCAAGAACTACGATGGAGATGTGCAGAGTGATTTCTTAGCTCAAG                         GTTTTGGGTCTTTGGGTTTGATGACATCAGTGTTG
genomic: GGCTTGCAAGAACTACGATGGAGATGTGCAGAGTGATTTCTTAGCTCAAGgtcataatat ... caatgtgcagGTTTTGGATCTTTGGGTTTGATGACATCAGTGTTG
EST: gi|60352624|gb|DN219597.1|DN219597
EST:     GGCTTGCAAGAACTACGATGGAGATGTGCAGAGTGATTTCTTAGCTCAAG                         GTTTTGGATCTTTGGGTTTGATGACATCAGTGTTG
genomic: GGCTTGCAAGAACTACGATGGAGATGTGCAGAGTGATTTCTTAGCTCAAGgtcataatat ... caatgtgcagGTTTTGGATCTTTGGGTTTGATGACATCAGTGTTG
EST: gi|211106972|gb|FL115259.1|FL115259
EST:     GGCTTGCAAGAACTACGATGGAGATGTGCAGAGTGATTTCTTAGCTCAAG                         GTTTTGGATCTTTGGGTTTGATGACATCAGTGTTG
genomic: GGCTTGCAAGAACTACGATGGAGATGTGCAGAGTGATTTCTTAGCTCAAGgtcataatat ... caatgtgcagGTTTTGGATCTTTGGGTTTGATGACATCAGTGTTG
EST: gi|67031198|gb|CO459947.1|CO459947
EST:     GGCTTGCA-GAACTACGATGGAGATGTGCAGAGTGATTTCTTAGCTCAAG                         GTTTTGGATCTTTGGGTTTGATGACATCAGTGGTG
genomic: GGCTTGCAAGAACTACGATGGAGATGTGCAGAGTGATTTCTTAGCTCAAGgtcataatat ... caatgtgcagGTTTTGGATCTTTGGGTTTGATGACATCAGTGTTG
EST: gi|32916741|gb|CF021553.1|CF021553
EST:     GGCTTGCAAGAACTACGATGGAGATGTGCAGAGTGATTTCTTAGCTCAAG                         GTTTTGGATCTTTGGGTTTGATGACATCAGTGTTG
genomic: GGCTTGCAAGAACTACGATGGAGATGTGCAGAGTGATTTCTTAGCTCAAGgtcataatat ... caatgtgcagGTTTTGGATCTTTGGGTTTGATGACATCAGTGTTG
EST: gi|5915562|gb|AW053203.1|AW053203
EST:     GGCTTGCAAGAACTACGATGGAGATGTGCAGAGGGATTTCTTAGCTCAAG                         GTTTTGGATCTTTGGGTTTGATGACATCAGTGTTG
genomic: GGCTTGCAAGAACTACGATGGAGATGTGCAGAGTGATTTCTTAGCTCAAGgtcataatat ... caatgtgcagGTTTTGGATCTTTGGGTTTGATGACATCAGTGTTG
EST: gi|67010786|gb|CO439535.1|CO439535
EST:     GGCTTGCAAGAACTACGATGGAGATGTGCAGAGTGATTTCTTAGCTCAAG                         GTTTTGGATCTTTGGGTTTGATGACATCAGTGTTG
genomic: GGCTTGCAAGAACTACGATGGAGATGTGCAGAGTGATTTCTTAGCTCAAGgtcataatat ... caatgtgcagGTTTTGGATCTTTGGGTTTGATGACATCAGTGTTG
EST: gi|211106971|gb|FL115258.1|FL115258
EST:     GATTTCTTAGCTCAAG                         GTTTTGGATCTTTGGGTTTGATGACATCAGTGTTG
genomic: GATTTCTTAGCTCAAGgtcataatat ... caatgtgcagGTTTTGGATCTTTGGGTTTGATGACATCAGTGTTG
EST: gi|31356012|gb|CD440369.1|CD440369
EST:     GGCTTGCAAGAACTACGATGGAGATGTGCAGAGTGATTTCTTAGCTCAAG                         GTTTTGGGTCTTTGGGTTTGATGACATCAGTGTTG
genomic: GGCTTGCAAGAACTACGATGGAGATGTGCAGAGTGATTTCTTAGCTCAAGgtcataatat ... caatgtgcagGTTTTGGATCTTTGGGTTTGATGACATCAGTGTTG
EST: gi|33092418|gb|CF052412.1|CF052412
EST:     GGCTTGCAAGAACTACGATGGAGATGTGCAGAGTGATTTCTTAGCTCAAG                         G-TTTGGGTCTTTGGGTTTGATGACATCAGTGTTG
genomic: GGCTTGCAAGAACTACGATGGAGATGTGCAGAGTGATTTCTTAGCTCAAGgtcataatat ... caatgtgcagGTTTTGGATCTTTGGGTTTGATGACATCAGTGTTG
EST: gi|60352979|gb|DN219952.1|DN219952
EST:     GGCTTGCAAGAACTACGATGGAGATGTGCAGAGTGATTTCTTAGCTCAAG                         GTTTTGGATCTTTGGGTTTGATGACATCAGTGTTG
genomic: GGCTTGCAAGAACTACGATGGAGATGTGCAGAGTGATTTCTTAGCTCAAGgtcataatat ... caatgtgcagGTTTTGGATCTTTGGGTTTGATGACATCAGTGTTG
EST: gi|37377787|gb|CF625533.1|CF625533
EST:     GGCTTGCAAGAACTACGATGGAGATGTGCAGAGTGATTTCTTAGCTCAAG                         G-TTTGGATCTTNGGGGTTTGATGACATCAGTGTTG
genomic: GGCTTGCAAGAACTACGATGGAGATGTGCAGAGTGATTTCTTAGCTCAAGgtcataatat ... caatgtgcagGTTTTGGATCTT-TGGGTTTGATGACATCAGTGTTG
EST: gi|60343928|gb|DN210901.1|DN210901
EST:     GGCTTGCAAGAACTACGATGGAGATGTGCAGAGTGATTTCTTAGCTCAAG                         GTTTTGGATCTTTGGGTTTGATGACATCAGTGTTG
genomic: GGCTTGCAAGAACTACGATGGAGATGTGCAGAGTGATTTCTTAGCTCAAGgtcataatat ... caatgtgcagGTTTTGGATCTTTGGGTTTGATGACATCAGTGTTG
EST: gi|67023195|gb|CO451944.1|CO451944
EST:     GGCTTGCAAGAACTACGATGGAGATGTGCAGAGTGATTTCTTAGCTCAAG                         GTTTTGGATCTTTGGGTTTGATGACATCAGTGTTG
genomic: GGCTTGCAAGAACTACGATGGAGATGTGCAGAGTGATTTCTTAGCTCAAGgtcataatat ... caatgtgcagGTTTTGGATCTTTGGGTTTGATGACATCAGTGTTG
EST: gi|33098319|gb|CF058279.1|CF058279
EST:     GGCTTGCATGAACTACGATGGAGATGTGCAGAGTGATTTCTTAGCTCAAG                         GTTTTGGATCTTTGGGTTTGATGACATCAGTGTTG
genomic: GGCTTGCAAGAACTACGATGGAGATGTGCAGAGTGATTTCTTAGCTCAAGgtcataatat ... caatgtgcagGTTTTGGATCTTTGGGTTTGATGACATCAGTGTTG
EST: gi|60358113|gb|DN225086.1|DN225086
EST:     GGCTTGCAAGAACTACGATGGAGATGTGCAGAGTGATTTCTTAGCTCAAG                         GTTTTGGATCTTTGGGTTTGATGACATCAGTGTTG
genomic: GGCTTGCAAGAACTACGATGGAGATGTGCAGAGTGATTTCTTAGCTCAAGgtcataatat ... caatgtgcagGTTTTGGATCTTTGGGTTTGATGACATCAGTGTTG
EST: gi|67025371|gb|CO454120.1|CO454120
EST:     GGCTTGCAAGAACTACGATGGAGATGTGCAGAGTGATTTCTTAGCTCAAG                         GTTTTTGATCTTTGGGTTTGATGACATCAGTGTTG
genomic: GGCTTGCAAGAACTACGATGGAGATGTGCAGAGTGATTTCTTAGCTCAAGgtcataatat ... caatgtgcagGTTTTGGATCTTTGGGTTTGATGACATCAGTGTTG
EST: gi|148957373|gb|EC903423.2|EC903423
EST:     GGCTTGCAAGAACTACGATGGAGATGTGCAGAGTGATTTCTTAGCTCAAG                         GTTTTGGATCTTTGGGTTTGATGACATCAGTGTTG
genomic: GGCTTGCAAGAACTACGATGGAGATGTGCAGAGTGATTTCTTAGCTCAAGgtcataatat ... caatgtgcagGTTTTGGATCTTTGGGTTTGATGACATCAGTGTTG
EST: gi|74237579|gb|DT645493.1|DT645493
EST:     GGCTTGCAAGAACTACGATGGAGATGTGCAGAGTGATTTCTTAGCTCAAG                         GTTTTGGATCTTTGGGTTTGATGACATCAGTGTTG
genomic: GGCTTGCAAGAACTACGATGGAGATGTGCAGAGTGATTTCTTAGCTCAAGgtcataatat ... caatgtgcagGTTTTGGATCTTTGGGTTTGATGACATCAGTGTTG
EST: gi|60346852|gb|DN213825.1|DN213825
EST:     GGCTTGCAAGAACTACGATGGAGATGTGCAGAGTGATTTCTTAGCTCAAG                         GTTTTGGATCTTTGGGTTTGATGACATCAGTGTTG
genomic: GGCTTGCAAGAACTACGATGGAGATGTGCAGAGTGATTTCTTAGCTCAAGgtcataatat ... caatgtgcagGTTTTGGATCTTTGGGTTTGATGACATCAGTGTTG
EST: gi|60347229|gb|DN214202.1|DN214202
EST:     GGCTTGCAAGAACTACGATGGAGATGTGCAGAGTGATTTCTTAGCTCAAG                         GTTTTGGATCTTTGGGTTTGATGACATCAGTGTTG
genomic: GGCTTGCAAGAACTACGATGGAGATGTGCAGAGTGATTTCTTAGCTCAAGgtcataatat ... caatgtgcagGTTTTGGATCTTTGGGTTTGATGACATCAGTGTTG
EST: gi|21891602|gb|BQ744815.1|BQ744815
EST:     GGCTTGCAAGAACTACGATGGAGATGTGCAGAGTGATTTCTTAGCTCAAG                         GTTTTGGGTCTTTGGGTTTGATGACATCAGTGTTG
genomic: GGCTTGCAAGAACTACGATGGAGATGTGCAGAGTGATTTCTTAGCTCAAGgtcataatat ... caatgtgcagGTTTTGGATCTTTGGGTTTGATGACATCAGTGTTG
EST: gi|67019645|gb|CO448394.1|CO448394
EST:     GGCTTGCAAGAACTACGATGGAGATGTGCAGAGTGATTTCTTAGCTCAAG                         GTTTTGGATCTTTGGGTTTGATGACATCAGTGTTG
genomic: GGCTTGCAAGAACTACGATGGAGATGTGCAGAGTGATTTCTTAGCTCAAGgtcataatat ... caatgtgcagGTTTTGGATCTTTGGGTTTGATGACATCAGTGTTG
EST: gi|211197469|gb|FL425784.1|FL425784
EST:     GGCTTGCAAGAACTACGATGGAGATGTGCAGAGTGATTTCTTAGCTCAAG                         GTTTTGGATCTTTGG
genomic: GGCTTGCAAGAACTACGATGGAGATGTGCAGAGTGATTTCTTAGCTCAAGgtcataatat ... caatgtgcagGTTTTGGATCTTTGG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 38 (downstream exon)
Score: 313

ATTGATGACATGGTTGCGTACGCGCTTAAGAGCGAAGGAGGCTATGTGTGGGCTTGCAAGAACTACGATGGAGATGTGCAGAGTGATTTCTTAGCTCAAGgtcataatat ... caatgtgcagGTTTTGGATCTTTGGGTTTGATGACATCAGTGTTG


Block sizes: 49 (upstream exon), 38 (downstream exon)
Score: 1311

ATTGATGACATGGTTGCGTACGCGCTTAAGAGCGAAGGAGGCTATGTGTGGGCTTGCAAGAACTACGATGGAGATGTGCAGAGTGATTTCTTAGCTCAAGgtcataatat ... caatgtgcagGTTTTGGATCTTTGGGTTTGATGACATCAGTGTTG


Block sizes: 49 (upstream exon), 43 (downstream exon)
Score: 1239

ATTGATGACATGGTTGCGTACGCGCTTAAGAGCGAAGGAGGCTATGTGTGGGCTTGCAAGAACTACGATGGAGATGTGCAGAGTGATTTCTTAGCTCAAGgtcataatat ... caatgtgcagGTTTTGGATCTTTGGGTTTGATGACATCAGTGTTG


Block sizes: 49 (upstream exon), 38 (downstream exon)
Score: 1298

ATTGATGACATGGTTGCGTACGCGCTTAAGAGCGAAGGAGGCTATGTGTGGGCTTGCAAGAACTACGATGGAGATGTGCAGAGTGATTTCTTAGCTCAAGgtcataatat ... caatgtgcagGTTTTGGATCTTTGGGTTTGATGACATCAGTGTTG


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ATTGATGACATGGTTGCGTACGCGCTTAAGAGCGAAGGAGGCTATGTGTGGGCTTGCAAGAACTACGATGGAGATGTGCAGAGTGATTTCTTAGCTCAAGgtcataatatacgaacttcaaatccgtgcacagaacatgctcagtattatcttttcccgttgcgtgatagtcacaagggctaaagtgcattctagtaattcaacctatatatatcaatgtgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTCA