Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTCAACGAATGCCCGCCTTTGCTGGCCTGGGCACAATTTCGCAAGCATGAACAGTATACAAATCCATAAATTCCTTGTGGACAAATGCTTACAAGACAAGgtaacagatagtctctttcgtatatgtgtaatgttctgttctaacaggtgaaatatgtatacttgtccgtaccaccctaacttgtagtcacttttatttttccag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G417410_T01
intron # 11
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|67021264|gb|CO450013.1|CO450013
EST:     ACAGTATACAAATCCATAAATTCCTTGTGGACAAATGCTTACAAGACAAG                         ATGGTTTTGGTTCAACATCTATGCATGTATCTCATGACACTGTACAAAGCT
genomic: ACAGTATACAAATCCATAAATTCCTTGTGGACAAATGCTTACAAGACAAGgtaacagata ... atttttccagATGGTTTTGGTTCAACATCTATGCATGTATCTCATGACACTGTACAAAGCT
EST: gi|166532393|gb|EG302014.1|EG302014
EST:     GTATACAAATCCATAAATTCCTTGTGGACAAATGCTTACAAGACAAG                         ATGGTTTTGGTTCAACATCTATGCATGTATCTCATGACACTGT-CAAAGC
genomic: GTATACAAATCCATAAATTCCTTGTGGACAAATGCTTACAAGACAAGgtaacagata ... atttttccagATGGTTTTGGTTCAACATCTATGCATGTATCTCATGACACTGTACAAAGC