Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAATTCAGCAAATATGACCGACAAATTGCCAAATCCATAAGTAAACTTATGCCAACTACTGATAGTGTCAGgtgagtttaatgctacagcttaacttggatatgtttatataaagtacctgaaagctacgctaccgtgacaaattgtaaaccgagttgattatggaaatta...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G417217_T02
intron # 11
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G417217_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 9
lower sequence: LOC_Os02g38250.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 9
GAATTCAGCAAATATGACCGACAAATTGCCAAATCCATAAGTAAACTTATGCCAACTACTGATAGTGTCAGgtgagtttaatgctacagcttaacttggatatgtttatata-aagtacctgaaagctacgctaccgtgacaaattgtaaaccgagttgat-tatggaaatta
|| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||  ||||||||||||| |||||||| ||||| | |||||| ||    || | | ||  ||  |  ||  || ||     || || || || ||   | |      || |  |||     |  || |||     || 
GAGTTCAGCAGATATGACCGACAAATTGCAAAATCTATTGGTAAACTTATGCCGACTACTGACAGTGTAAAgtgagtatatatataaaacatatttttaac-tgcctagatccgtatagctcaatgc-acataagcacattcaaataaaaaagatctacatctattctccttt