Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTTATACGACTGGAAATCCTTATGGCATAGCAGAGGATATCGTGTTCAGCATGCCATGCAGATCGAAGgtatgatctactaatcaaattgtcctcattatttttgtcctatgatatggcaccactctgatgatcataaaattcttcgaacag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G129513_T01
intron # 11
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G129513_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 11
lower sequence: LOC_Os08g44810.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 11
GTTTATACGACTGGAAATCCTTATGGCATAGCAGAGGATATCGTGTTCAGCATGCCATGCAGATCGAAGgtatgatctactaatcaaattgtcctcattatttttgtcctatgatatggca----ccactctga-----tgatcataaaatt-----cttcgaacag
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| || ||||| || | |  || ||| ||| |||    | ||| |  |  | |||  | |     ||| | |||     |||| |  |||||     ||||  ||||
GTTTATACGACTGGAAATCCTTATGGCATAGCAGAGGACATCGTGTTCAGTATGCCATGCAGGTCAAAGgtgtgttttcgtattcacattctccctgctttttcttcctgaggatcagtcgatcgccattgtgaatttgtgataagcaaattacgtgcttcatacag

upper sequence: GRMZM2G129513_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 11
lower sequence: GLYMA20G33380.1 (Glycine max), 5'ss of exon 13
GTTTATACGACTGGAAATCCTTATGGCATAGCAGAGGATATCGTGTTCAGCATGCCATGCAGATCGAAGgtatgatctactaatcaaattgtcctcattatttttgtcctatgatatggc----accactctgatgatcataaaattcttcgaacag
|| ||||  | ||||||||||||||| ||||| || | ||| || ||||| ||||||||| |||| ||||||   | |  | |     ||  | ||||| |||||    | | | || ||      | |||   |||  | |   ||  || |  ||
GTATATAGCAATGGAAATCCTTATGGAATAGCTGAAGGTATTGTTTTCAGTATGCCATGCCGATCAAAGgta-agtttgtttactgtgtt--cttcattctttttaatttctaaaattgcttttgtccctcctgtgacgaaagtttttatccattag

upper sequence: GRMZM2G129513_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 11
lower sequence: GLYMA10G34150.2 (Glycine max), 5'ss of exon 11
GTTTATACGACTGGAAATCCTTATGGCATAGCAGAGGATATCGTGTTCAGCATGCCATGCAGATCGAAGgtatgatctactaatcaaattgtcctcattatttttgtcctatgatatggcaccactctgatgatcataaaattctt--cgaacag
|| ||||    ||||||||||||||| ||||| || | ||| || ||||| ||||||||| |||| ||||||   | |  | |     || | |    | |||   | |||| |  ||  |     ||     | |  ||| | ||  | |  ||
GTATATAGCGATGGAAATCCTTATGGAATAGCTGAAGGTATTGTTTTCAGTATGCCATGCCGATCAAAGgta-agtttgtttactgtgttcttcattctttttaatttctataac-tgctattgtcctatgtgtgacgaaagttttatccattag

upper sequence: GRMZM2G129513_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 11
lower sequence: Vv13s0019g05250.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 11
GTTTATACGACTGGAAATCCTTATGGCATAGCAGAGGATATCGTGTTCAGCATGCCATGCAGATCGAAGgtatgatctactaatcaaattgtcctcattatttttgtcctatgatatggcaccactctgatgatcataaaattcttcgaacag
|||||||| || ||||||||||||||  ||||||||| ||| || ||||||||||||||| |||| || |||   |||| |  ||| |   |  ||||  | |        | || ||  | ||     |  | ||||||     |    |||
GTTTATACCACCGGAAATCCTTATGGTGTAGCAGAGGGTATTGTTTTCAGCATGCCATGCCGATCAAAAgta-agtcta-tggtcagag-attttcatgttctgctcaaattcatttgaaatcatctctaaaa-cataaatactgttcttcag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|15554238|gb|BI644236.1|BI644236
EST:     CTTATGGCATAGCAGAGGATATCGTGTTCAGCATGCCATGCAGATCGAAG                         GGTGATGGTGATTACGAACTAGCTAGTGATGTGTTGATGGACGATTTTCTC
genomic: CTTATGGCATAGCAGAGGATATCGTGTTCAGCATGCCATGCAGATCGAAGgtatgatcta ... cttcgaacagGGTGATGGTGATTACGAACTAGCTAGTGATGTGTTGATGGACGATTTTCTC
EST: gi|32802875|gb|CD955111.1|CD955111
EST:     CTTATGGCATAGCAGAGGATATCGTGTTCAGCATGCCATGCAGATCGAAG                         GGTGATGGTGATTACGAACTAGCTAGTGATGTGTTGATGGACGATTTTCTC
genomic: CTTATGGCATAGCAGAGGATATCGTGTTCAGCATGCCATGCAGATCGAAGgtatgatcta ... cttcgaacagGGTGATGGTGATTACGAACTAGCTAGTGATGTGTTGATGGACGATTTTCTC
EST: gi|16377496|gb|BI991968.1|BI991968
EST:     CTTATGGCATAGCAGAGGATATCGTGTTCAGCATGCCATGCAGATCGAAG                         GGTGATGGTGATTACGAACTAGCTAGTGATGTGTTGATGGACGATTTTCTC
genomic: CTTATGGCATAGCAGAGGATATCGTGTTCAGCATGCCATGCAGATCGAAGgtatgatcta ... cttcgaacagGGTGATGGTGATTACGAACTAGCTAGTGATGTGTTGATGGACGATTTTCTC
EST: gi|110219294|gb|EC901192.1|EC901192
EST:     CTTATGGCATAGCAGAGGATATCGTGTTCAGCATGCCATGCAGATCGAAG                         GGTGATGGTGATTACGAACTAGCTAGTGATGTGTTGATGGACGANNNNNNN
genomic: CTTATGGCATAGCAGAGGATATCGTGTTCAGCATGCCATGCAGATCGAAGgtatgatcta ... cttcgaacagGGTGATGGTGATTACGAACTAGCTAGTGATGTGTTGATGGACGATTTTCTC
EST: gi|13562222|gb|BG550442.1|BG550442
EST:     CTTATGGCATAGCAGAGGATATCGTGTTCAGCATGCCATGCAGATCGAAG                         GGTGATGGTGATTACGAACTAGCTAGTGATGTGTTGATGGACGATTTTCTC
genomic: CTTATGGCATAGCAGAGGATATCGTGTTCAGCATGCCATGCAGATCGAAGgtatgatcta ... cttcgaacagGGTGATGGTGATTACGAACTAGCTAGTGATGTGTTGATGGACGATTTTCTC
EST: gi|211178868|gb|FL449311.1|FL449311
EST:     CTTATGGCATAGCAGAGGATATCGTGTTCAGCATGCCATGCAGATCGAAG                         GGTGATGGTGATTACGAACTAGCTAGTGATGTGTTGATGGACGATTTTCTC
genomic: CTTATGGCATAGCAGAGGATATCGTGTTCAGCATGCCATGCAGATCGAAGgtatgatcta ... cttcgaacagGGTGATGGTGATTACGAACTAGCTAGTGATGTGTTGATGGACGATTTTCTC
EST: gi|13558503|gb|BG549859.1|BG549859
EST:     CTTATGGCATAGCAGAGGATATCGTGTTCAGCATGCCATGCAGATCGAAG                         GGTGATGGTGATTACGAACTAGGCTAGTGATGTGTTGATGGACGATTTTCT
genomic: CTTATGGCATAGCAGAGGATATCGTGTTCAGCATGCCATGCAGATCGAAGgtatgatcta ... cttcgaacagGGTGATGGTGATTACGAACTAG-CTAGTGATGTGTTGATGGACGATTTTCT
EST: gi|78089786|gb|DV518160.1|DV518160
EST:     CTTATGGCATAGCAGAGGATATCGTGTTCAGCATGCCATGCAGATCGAAG                         GGTGATGGTGATTACGAACTAGCTAGTGATGTGTTGATGGACGATTTTCTC
genomic: CTTATGGCATAGCAGAGGATATCGTGTTCAGCATGCCATGCAGATCGAAGgtatgatcta ... cttcgaacagGGTGATGGTGATTACGAACTAGCTAGTGATGTGTTGATGGACGATTTTCTC
EST: gi|32916975|gb|CF021787.1|CF021787
EST:     CTTATGGCATAGCAGAGGATATCGTGTTCAGCATGCCATGCAGATCGAAG                         GGTGATGGTGATTACGAACTAGCTAGTGATGTGTTGATGGACGATTTTCTC
genomic: CTTATGGCATAGCAGAGGATATCGTGTTCAGCATGCCATGCAGATCGAAGgtatgatcta ... cttcgaacagGGTGATGGTGATTACGAACTAGCTAGTGATGTGTTGATGGACGATTTTCTC
EST: gi|211195515|gb|FL441324.1|FL441324
EST:     CTTATGGCATAGCAGAGGATATCATGTTCAGCATGCCATGCAGATCGAAG                         GGTGATGGTGATTACGAACTAGCTAGTGATGTGTTGATGGACGATTTTCTC
genomic: CTTATGGCATAGCAGAGGATATCGTGTTCAGCATGCCATGCAGATCGAAGgtatgatcta ... cttcgaacagGGTGATGGTGATTACGAACTAGCTAGTGATGTGTTGATGGACGATTTTCTC
EST: gi|13198702|gb|BG354504.1|BG354504
EST:     CTTATGGCATAGCAGAGGATATCGTGTTCAGCATGCCATGCAGATCGAAG                         GGTGATGGTGATTACGAACTAGCTAGTGATGTGTTGATGGACGATTTTCTC
genomic: CTTATGGCATAGCAGAGGATATCGTGTTCAGCATGCCATGCAGATCGAAGgtatgatcta ... cttcgaacagGGTGATGGTGATTACGAACTAGCTAGTGATGTGTTGATGGACGATTTTCTC
EST: gi|148971653|gb|EE022376.2|EE022376
EST:     CTTATGGCATAGCAGAGGATATCGTGTTCAGCATGCCATGCAGATCGAAG                         GGTGATGGTGATTACGAACTAGCTAGTGATGTGTTGATGGACGATTTTCTC
genomic: CTTATGGCATAGCAGAGGATATCGTGTTCAGCATGCCATGCAGATCGAAGgtatgatcta ... cttcgaacagGGTGATGGTGATTACGAACTAGCTAGTGATGTGTTGATGGACGATTTTCTC
EST: gi|211178869|gb|FL449312.1|FL449312
EST:     CTTATGGCATAGCAGAGGATATCGTGTTCAGCATGCCATGCAGATCGAAG                         GGTGATGGTGATTACGAACTAGCTAGTGATGTGTTGATGGACGATTTTCTC
genomic: CTTATGGCATAGCAGAGGATATCGTGTTCAGCATGCCATGCAGATCGAAGgtatgatcta ... cttcgaacagGGTGATGGTGATTACGAACTAGCTAGTGATGTGTTGATGGACGATTTTCTC
EST: gi|15590379|gb|BI674995.1|BI674995
EST:     CTTATGGCATAGCAGAGGATATCGTGTTCAGCATGCCATGCAGATCGAAG                         GGTGATGGTGATTACGAACTAGCTAGTGATGTGTTGATGGACGATTTTCTC
genomic: CTTATGGCATAGCAGAGGATATCGTGTTCAGCATGCCATGCAGATCGAAGgtatgatcta ... cttcgaacagGGTGATGGTGATTACGAACTAGCTAGTGATGTGTTGATGGACGATTTTCTC
EST: gi|148928691|gb|EC873304.2|EC873304
EST:     CTTATGGCATAGCAGAGGATATCGTGTTCAGCATGCCATGCAGATCGAAG                         GGTGATGGTGATTACGAACTAGCTAGTGATGTGTTGATGGACGATTTTTTC
genomic: CTTATGGCATAGCAGAGGATATCGTGTTCAGCATGCCATGCAGATCGAAGgtatgatcta ... cttcgaacagGGTGATGGTGATTACGAACTAGCTAGTGATGTGTTGATGGACGATTTTCTC
EST: gi|32803142|gb|CD955378.1|CD955378
EST:     CTTATGGCATAGCAGAGGATATCGTGTTCAGCATGCCATGCAGATCGAAG                         GGTGATGGTGATTACGAACTAGCTAGTGATGTGTTGATGGACGATTTTCTC
genomic: CTTATGGCATAGCAGAGGATATCGTGTTCAGCATGCCATGCAGATCGAAGgtatgatcta ... cttcgaacagGGTGATGGTGATTACGAACTAGCTAGTGATGTGTTGATGGACGATTTTCTC
EST: gi|16379916|gb|BI993216.1|BI993216
EST:     CTTATGGCATAGCAGAGGATATCGTGTTCAGCATGCCATGCAGATCGAAG                         GGTGATGGTGATTACGAACTAGCTAGTGATGTGTTGATGGACGTTTTTCTC
genomic: CTTATGGCATAGCAGAGGATATCGTGTTCAGCATGCCATGCAGATCGAAGgtatgatcta ... cttcgaacagGGTGATGGTGATTACGAACTAGCTAGTGATGTGTTGATGGACGATTTTCTC
EST: gi|211129427|gb|FL299354.1|FL299354
EST:     CTTATGGCATAGCAGAGGATATCGTGTTCAGCATGCCATGCAGATCGAAG                         GGTGATGGTGATTACGAACTAGCTAGTGATGTGTTGATGGACGATTTTCTC
genomic: CTTATGGCATAGCAGAGGATATCGTGTTCAGCATGCCATGCAGATCGAAGgtatgatcta ... cttcgaacagGGTGATGGTGATTACGAACTAGCTAGTGATGTGTTGATGGACGATTTTCTC
EST: gi|211195516|gb|FL441325.1|FL441325
EST:     CTTATGGCATAGCAGAGGATATCATGTTCAGCATGCCATGCAGATCGAAG                         GGTGATGGTGATTACGAACTAGCTAGTGATGTGTTGATGGACGATTTTCTC
genomic: CTTATGGCATAGCAGAGGATATCGTGTTCAGCATGCCATGCAGATCGAAGgtatgatcta ... cttcgaacagGGTGATGGTGATTACGAACTAGCTAGTGATGTGTTGATGGACGATTTTCTC
EST: gi|32790887|gb|CD943123.1|CD943123
EST:     CTTATGGCATAGCAGAGGATATCGTGTTCAGCATGCCATGCAGATCGAAG                         GGTGATGGTGATTACGAACTAGCTGGTGATGTGTTGATGGACGATTTTCTC
genomic: CTTATGGCATAGCAGAGGATATCGTGTTCAGCATGCCATGCAGATCGAAGgtatgatcta ... cttcgaacagGGTGATGGTGATTACGAACTAGCTAGTGATGTGTTGATGGACGATTTTCTC
EST: gi|30706123|gb|CD059034.1|CD059034
EST:     CTTATGGCATAGCAGAGGATATCGTGTTCAGCATGCCATGCAGATCGAAG                         GGTGATGGTGATTACGAACTAGCTAGTGATGTGTTGATGGACGATTTTCTC
genomic: CTTATGGCATAGCAGAGGATATCGTGTTCAGCATGCCATGCAGATCGAAGgtatgatcta ... cttcgaacagGGTGATGGTGATTACGAACTAGCTAGTGATGTGTTGATGGACGATTTTCTC
EST: gi|89761837|gb|DY689691.1|DY689691
EST:     CTTATGGCATAGCAGAGGATATCGTGTTCAGCATGCCATGCAGATCGAAG                         GGTGATGGTGATTACGAACTAGCTAGTGATGTGTTGATGGACGATTTTCTC
genomic: CTTATGGCATAGCAGAGGATATCGTGTTCAGCATGCCATGCAGATCGAAGgtatgatcta ... cttcgaacagGGTGATGGTGATTACGAACTAGCTAGTGATGTGTTGATGGACGATTTTCTC
EST: gi|74239371|gb|DT647285.1|DT647285
EST:     CTTATGGCATAGCAGAGGATATCGTGTTCAGCATGCCATGCAGATCGAAG                         GGTGATGGTGATTACGAACTAGCTAGTGATGTGTTGATGGACGATTTTCTT
genomic: CTTATGGCATAGCAGAGGATATCGTGTTCAGCATGCCATGCAGATCGAAGgtatgatcta ... cttcgaacagGGTGATGGTGATTACGAACTAGCTAGTGATGTGTTGATGGACGATTTTCTC
EST: gi|13490961|gb|BG517725.1|BG517725
EST:     CTTATGGCATAGCAGAGGATATCGTGTTCAGCATGCCATGCAGATCGAAG                         GGTGATGGTGATTACGAACTAGCTAGTGATGTGTTGATGGACG
genomic: CTTATGGCATAGCAGAGGATATCGTGTTCAGCATGCCATGCAGATCGAAGgtatgatcta ... cttcgaacagGGTGATGGTGATTACGAACTAGCTAGTGATGTGTTGATGGACG
EST: gi|15208823|gb|BI430707.1|BI430707
EST:     CTTATGGCATAGCAGAGGATATCGTGTTCAGCATGCCATGCAGATCGAAG                         GGTGATGGTGATTACGAACTAGCTAGTGATGTGTTGATGGACGATTTTCTC
genomic: CTTATGGCATAGCAGAGGATATCGTGTTCAGCATGCCATGCAGATCGAAGgtatgatcta ... cttcgaacagGGTGATGGTGATTACGAACTAGCTAGTGATGTGTTGATGGACGATTTTCTC
EST: gi|13558839|gb|BG550194.1|BG550194
EST:     CTTATGGCATAGCAGAGGATATCGTGTTCAGCATGCCATGCAGATCGAAG                         GGTGATGGTGATTACGAACTAGCTAGTGATGTGTTGATGGACGATTTTCTC
genomic: CTTATGGCATAGCAGAGGATATCGTGTTCAGCATGCCATGCAGATCGAAGgtatgatcta ... cttcgaacagGGTGATGGTGATTACGAACTAGCTAGTGATGTGTTGATGGACGATTTTCTC
EST: gi|13558038|gb|BG549394.1|BG549394
EST:     CTTATGGCATAGCAGAGGATATCGTGTTCAGCATGCCATGCAGATCGAAG                         GGTGATGGTGATTACGAACTAGCTAGTGATGTGTTGATGGACGATTTTCTC
genomic: CTTATGGCATAGCAGAGGATATCGTGTTCAGCATGCCATGCAGATCGAAGgtatgatcta ... cttcgaacagGGTGATGGTGATTACGAACTAGCTAGTGATGTGTTGATGGACGATTTTCTC
EST: gi|32825321|gb|CD965043.1|CD965043
EST:     CTTATGGCATAGCAGAGGATATCGTGTTCAGCATGCCATGCAGATCGAAG                         GGTGATGGTGATTACGAACTAGCTAGTGATGTGTTGATGGACGATTTTCTC
genomic: CTTATGGCATAGCAGAGGATATCGTGTTCAGCATGCCATGCAGATCGAAGgtatgatcta ... cttcgaacagGGTGATGGTGATTACGAACTAGCTAGTGATGTGTTGATGGACGATTTTCTC
EST: gi|32790178|gb|CD942414.1|CD942414
EST:     CTTATGGCATAGCAGAGGATATCGTGTTCAGCATGCCATGCAGATCGAAG                         GGTGATGGTGATTACGAACTAGCTAGTGATGTGTTGATGGACGATTTTCTC
genomic: CTTATGGCATAGCAGAGGATATCGTGTTCAGCATGCCATGCAGATCGAAGgtatgatcta ... cttcgaacagGGTGATGGTGATTACGAACTAGCTAGTGATGTGTTGATGGACGATTTTCTC
EST: gi|12968102|gb|BG265049.1|BG265049
EST:     CTTATGGCATAGCAGAGGATATCGTGTTCAGCATGCCATGCAGATCGAAG                         GGTGATGGTGATTACGAACTAGCTAGTGATGTGTTGATGGACGATTTTCTC
genomic: CTTATGGCATAGCAGAGGATATCGTGTTCAGCATGCCATGCAGATCGAAGgtatgatcta ... cttcgaacagGGTGATGGTGATTACGAACTAGCTAGTGATGTGTTGATGGACGATTTTCTC
EST: gi|32825209|gb|CD964931.1|CD964931
EST:     CTTATGGCATAGCAGAGGATATCGTGTTCAGCATGCCATGCAGATCGAAG                         GGTGATGGTGATTACGAACTAGCTAGTGATGTGTTGATGGACGATTTTCTC
genomic: CTTATGGCATAGCAGAGGATATCGTGTTCAGCATGCCATGCAGATCGAAGgtatgatcta ... cttcgaacagGGTGATGGTGATTACGAACTAGCTAGTGATGTGTTGATGGACGATTTTCTC
EST: gi|15079902|gb|BI388873.1|BI388873
EST:     CTTATGGCATAGCAGAGGATATCGTGTTCAGCATGCCATGCAGATCGAAG                         GGTGATGGTGATTACGAACTAGCTAGTGATGTGTTGATGGACGATTTTCTC
genomic: CTTATGGCATAGCAGAGGATATCGTGTTCAGCATGCCATGCAGATCGAAGgtatgatcta ... cttcgaacagGGTGATGGTGATTACGAACTAGCTAGTGATGTGTTGATGGACGATTTTCTC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 139

GTTTATACGACTGGAAATCCTTATGGCATAGCAGAGGATATCGTGTTCAGCATGCCATGCAGATCGAAGgtatgatcta ... cttcgaacagGGTGATGGTGATTACGAACTAGCTAGTGATGTGTTGATGGACGATTTTCTCTGGGAACGGATTAAAAAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 1799

GTTTATACGACTGGAAATCCTTATGGCATAGCAGAGGATATCGTGTTCAGCATGCCATGCAGATCGAAGgtatgatcta ... cttcgaacagGGTGATGGTGATTACGAACTAGCTAGTGATGTGTTGATGGACGATTTTCTCTGGGAACGGATTAAAAAG


Block sizes: 30 (upstream exon), 33 (downstream exon)
Score: 16

GTTTATACGACTGGAAATCCTTATGGCATAGCAGAGGATATCGTGTTCAGCATGCCATGCAGATCGAAGgtatgatcta ... cttcgaacagGGTGATGGTGATTACGAACTAGCTAGTGATGTGTTGATGGACGATTTTCTCTGGGAACGGATTAAAAAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 1401

GTTTATACGACTGGAAATCCTTATGGCATAGCAGAGGATATCGTGTTCAGCATGCCATGCAGATCGAAGgtatgatcta ... cttcgaacagGGTGATGGTGATTACGAACTAGCTAGTGATGTGTTGATGGACGATTTTCTCTGGGAACGGATTAAAAAG


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTTTATACGACTGGAAATCCTTATGGCATAGCAGAGGATATCGTGTTCAGCATGCCATGCAGATCGAAGgtatgatctactaatcaaattgtcctcattatttttgtcctatgatatggcaccactctgatgatcataaaattcttcgaacag

- - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - -  GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGAT