Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATTTGTTGAGATTATGGCAACAGTGTTCTCCAGAAATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgtgaggtaacatggcatgcaagtcattagtttgtctgaagtggagtatgcttatgcacttctatatgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G119725_T01
intron # 11
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G119725_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 10
lower sequence: LOC_Os02g19510.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 11
ATTTGTTGAGATTATGGCAACAGTGTTCTCCAGAAATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgtgaggtaacatggcatgcaagtcattagt-ttgtctgaagtgg-agtatgcttatgcacttctatatgcag
||||||||| || |||||||| |||||||| ||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||  ||   ||||     | |||   |||| |  |   |  |||| ||||  ||||    | |||||
ATTTGTTGAAATCATGGCAACCGTGTTCTCTAGGGATGCATGGCGCTGTGTCTGGCATATGATTCAGgtggagtggcactacatgttcaactttaacattgtttataacagtggtattcttacacactgtcttctgcag

upper sequence: GRMZM2G119725_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 10
lower sequence: AT1G08040.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 11
ATTTGTTGAGATTATGGCAACAGTGTTCTCCAGAAATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgtg---aggtaacatggcatgcaagtcattagtttgt-ctgaagtggagtatgcttatg-cacttctatatgcag----------------------------------------------------------------------------------------------
 |||||||||||||||||| | || || || ||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||       |||| |      |   |      |  ||  | |  ||    |   || || || |  |  ||  |                                                                                               
GTTTGTTGAGATTATGGCACCTGTATTTTCTAGAGAAGCATGGCGATGTGTATGGCATATGATTCAGgtttttgtttaactttattcacctttttacgatcggtattcacatgacccaaatttgtggcattgatgaatctacgttggtttctgattaagctatcaaaaggagtttgtctagtcttccagaccatcacttggtagcctaaaaacaatcttgtttgtttctggtgcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211026567|gb|FL468579.1|FL468579
EST:     GCGCTGTGTATGGCATATGATTCAG                         AATGACTTGGTCCATGGATNGGGTCTTGAC-TTGCTCTTAGAAAATGTGTG
genomic: GCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgtgaggtaac ... ctatatgcagAATGACTTGGTCCATGGATGGGGTCTTGACTTTGCTCTTAGAAAATGTGTG
EST: gi|148928292|gb|EE284900.2|EE284900
EST:     CAACAGTGTTCTCCAGAAATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAG                         AATGACTTGGTCCATGGATGGGGTCTTGACTTTGCTCTTAGAAAATGTGTG
genomic: CAACAGTGTTCTCCAGAAATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgtgaggtaac ... ctatatgcagAATGACTTGGTCCATGGATGGGGTCTTGACTTTGCTCTTAGAAAATGTGTG
EST: gi|16927462|gb|BM080531.1|BM080531
EST:     CAACAGTGTTCTCCAGAAATGCATGGCTCTGTGTATGGCATATGATTCAG                         AATGACTTGGTCCATGGATGGGGTCTTGACTTTGCTCTTAGAAAATGTGTG
genomic: CAACAGTGTTCTCCAGAAATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgtgaggtaac ... ctatatgcagAATGACTTGGTCCATGGATGGGGTCTTGACTTTGCTCTTAGAAAATGTGTG
EST: gi|71427884|gb|DR808934.1|DR808934
EST:     CAACAGTGTTCTCCAGAAATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAG                         AATGACTTGGTCCATGGATGGGGTCTTGACTTTGCTCTTAGAAAATGTGTG
genomic: CAACAGTGTTCTCCAGAAATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgtgaggtaac ... ctatatgcagAATGACTTGGTCCATGGATGGGGTCTTGACTTTGCTCTTAGAAAATGTGTG
EST: gi|78073793|gb|DV502227.1|DV502227
EST:     CAACAGTGTTCTCCAGAAATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAG                         AATGACTTGGTCCATGGATGGGGTCTTGACTTTGCTTTTAGAAAATGTGTG
genomic: CAACAGTGTTCTCCAGAAATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgtgaggtaac ... ctatatgcagAATGACTTGGTCCATGGATGGGGTCTTGACTTTGCTCTTAGAAAATGTGTG
EST: gi|149108357|gb|EE292695.2|EE292695
EST:     CAACAGTGTTCTCCAGAAATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAG                         AATGACTTGGTCCATGGATGGGGTCTTGACTTTGTTCTTAGAAAATGTGTG
genomic: CAACAGTGTTCTCCAGAAATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgtgaggtaac ... ctatatgcagAATGACTTGGTCCATGGATGGGGTCTTGACTTTGCTCTTAGAAAATGTGTG