Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AAAGACTCACCGGAGATTTCTTGCTCGAAATGATGGTACATATGGACCAATGCCGCGGGGTAAACCCAAGGGCTTACTTGCTATGCCTTTCAATACTACTgtaagtatcagaaatcatctccctttggctgacttgatatactggatgtcttcacaatgttatatgatttttggaactgaaactgggcttctcaatttacag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G108457_T01
intron # 11
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G108457_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 11
lower sequence: LOC_Os11g36440.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 11
AAAGACTCACCGGAGATTTCTTGCTCGAAATGATGGTACATATGGACCAATGCCGCGGGGTAAACCCAAGGGCTTACTTGCTATGCCTTTCAATACTACTgtaagtatcagaaatcatctccctttggctgacttgatatactggatgtcttcacaatgttatatgatttttggaactgaaactgggcttctcaatttacag
||| || ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| || || || ||||||||||||||||||||||||        | || | | ||  | ||||||||| | ||| |  |||||    || |  |  ||| ||||| |||||| |   || || | |||||||
AAAAACACACCGAAGATTTCTTGCGCGAAATGATGGTACATATGGACCCATGCCACGGGGTAAACCAAAGGGATTGCTAGCAATGCCTTTCAATACTACTgtaagt--------taatatgcatt--gttgacttgatgtcctgaa-atcttcttg-tgctgcaatattgttgga-ctgaaaatttactgcttattttacag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|149086468|gb|EE176013.2|EE176013
EST:     TGCCGCGGGGTAAACCCAAGGGCTTACTTGCTATGCCTTTCAATACTACT                         TCAATAGATGGCCTTTACTGTGTTGGTGACAGCTGTTTTCCCGGACAAGGT
genomic: TGCCGCGGGGTAAACCCAAGGGCTTACTTGCTATGCCTTTCAATACTACTgtaagtatca ... caatttacagTCAATAGATGGCCTTTACTGTGTTGGTGACAGCTGTTTTCCCGGACAAGGT
EST: gi|71431774|gb|DR812824.1|DR812824
EST:     TGCCGCGGGGTAAACCCAAGGGCTTACTTGCTATGCCTTTCAATACTACT                         TCAATAGATGGCCTTTACTGTGTTGGTGACAGCTGTTTTCCCGGACAAGGT
genomic: TGCCGCGGGGTAAACCCAAGGGCTTACTTGCTATGCCTTTCAATACTACTgtaagtatca ... caatttacagTCAATAGATGGCCTTTACTGTGTTGGTGACAGCTGTTTTCCCGGACAAGGT
EST: gi|211081518|gb|FL472798.1|FL472798
EST:     TGCCGCGGGGTAAACCCAAGGGCTTACTTGCTATGCCTTTCAATACTACT                         TCAATAGATGGCCTTTACTGTGTTGGTGACAGCTGTTTTCCCGGACAAGGT
genomic: TGCCGCGGGGTAAACCCAAGGGCTTACTTGCTATGCCTTTCAATACTACTgtaagtatca ... caatttacagTCAATAGATGGCCTTTACTGTGTTGGTGACAGCTGTTTTCCCGGACAAGGT
EST: gi|60336973|gb|DN203946.1|DN203946
EST:     TGCCGCGGGGTAAACCCAAGGGCTTACTTGCTATGCCTTTCAATACTACT                         TCAATAGATGGCCTTTACTGTGTTGGTGACAGCTGTTTTCCCGGACAAGGT
genomic: TGCCGCGGGGTAAACCCAAGGGCTTACTTGCTATGCCTTTCAATACTACTgtaagtatca ... caatttacagTCAATAGATGGCCTTTACTGTGTTGGTGACAGCTGTTTTCCCGGACAAGGT
EST: gi|86471657|gb|DY238027.1|DY238027
EST:     TGCCGCGGGGTAAACCCAAGGGCTTACTTGCTATGCCTTTCAATACTACT                         TCAATAGATGGCCTTTACTGTGTTGGTGACAGCTGTTTTCCCGGACAAGGT
genomic: TGCCGCGGGGTAAACCCAAGGGCTTACTTGCTATGCCTTTCAATACTACTgtaagtatca ... caatttacagTCAATAGATGGCCTTTACTGTGTTGGTGACAGCTGTTTTCCCGGACAAGGT