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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAGgtaagataagttttctgtatgttttcagcatttatgttgtagattagttctaagaaccactgaataactcctgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G094497_T02
intron # 11
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G094497_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 11
lower sequence: LOC_Os06g37180.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 12
ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAGgtaagat-------------aagttttctgta---tgttttc--agcatttatgttgtagatta------------gttctaagaaccactgaataactcctgcag
|| || ||||| || |||||| |||||||||| || |||||||||||||| ||||             || |||    ||   || ||||  | || |||  |  || | ||            |||||||||||     ||||| || |||||
ATATACCCACCCATCAATGTCTTGCCATCTCTCTCTCGATTGATGAAGgtgagattactcatcaatataaatttcacataaactggtttcataacagttacatgctacaataatttccatttgcgttctaagaactgtctaataattcttgcag

upper sequence: GRMZM2G094497_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 11
lower sequence: PP1S425_12V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 11
ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAGgtaagataagttttctgtatgtttt-cagcatttatgttgtagattagttctaagaac-cactgaataac-tcctgcag---------------------
|| || || ||||||||||| ||||||||||| || ||| ||||||||||  |||      ||||  |    |  |   || | || ||||| | | | |   | |   ||  |  |  |  ||                        
ATCTACCCGCCTATTAATGTTCTGCCATCTCTGTCTCGACTGATGAAGgtgcgatcctacatctgcgtacaatatattcttcaagtggtagaatggatattgtatcatgctagacgatattttgtgtgtatttactctacttggatgc

upper sequence: GRMZM2G094497_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 11
lower sequence: PP1S100_117V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 12
ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAGgtaagataagttttctgtatgttttcagcatttat-gttgtagattagttctaagaac-cactgaataactcctgcag----------------------
|||||||| |||||||||||  |||| ||||| ||||| ||||||||||||  | |    ||   | |||||||   |||  | ||| |    | |  |   ||   || | |  |    |   |                       
ATTTATCCTCCTATTAATGTTTTGCCGTCTCTGTCACGGTTGATGAAGgtactacactggtttcttctgttttctttattagtcgttttcagctggaaccccgactgcagtcataaggaaccataataagcattcctaacttatctgt

upper sequence: GRMZM2G094497_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 11
lower sequence: PP1S85_75V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 11
ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAGgtaagataagttttctgtatgttttcagcatttatgttgtagattagttctaagaaccactgaataactcctgcag-------------------------
|| || |||||||| ||||| ||||||||||| || ||||||||||||||  |     | |  | |||  || |     |||||       ||   | ||    |     | | | || |||                           
ATCTACCCACCTATCAATGTGCTGCCATCTCTGTCGCGATTGATGAAGgtgcggcct-tatattatatccttgcgtttgttatgaccagcgttttctttatcttcagtatacttattcgtgcccactacatttttcaagtcacagagtg

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|13198699|gb|BG354501.1|BG354501
EST:     ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAG                         AGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
genomic: ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAGgtaagataag ... actcctgcagAGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
EST: gi|32929245|gb|CF034057.1|CF034057
EST:     ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAG                         AGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
genomic: ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAGgtaagataag ... actcctgcagAGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
EST: gi|5915388|gb|AW053029.1|AW053029
EST:     ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAG                         AGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
genomic: ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAGgtaagataag ... actcctgcagAGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
EST: gi|31352565|gb|CD436922.1|CD436922
EST:     ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAG                         AGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
genomic: ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAGgtaagataag ... actcctgcagAGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
EST: gi|6445489|gb|AW179407.1|AW179407
EST:     ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAG                         AGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
genomic: ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAGgtaagataag ... actcctgcagAGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
EST: gi|32827029|gb|CD966707.1|CD966707
EST:     TAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAG                         AGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGGCCATTCGGATGTATCTAAT
genomic: TAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAGgtaagataag ... actcctgcagAGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
EST: gi|32928465|gb|CF033277.1|CF033277
EST:     ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAG                         AGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
genomic: ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAGgtaagataag ... actcctgcagAGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
EST: gi|60353112|gb|DN220085.1|DN220085
EST:     ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAG                         AGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
genomic: ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAGgtaagataag ... actcctgcagAGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
EST: gi|31352616|gb|CD436973.1|CD436973
EST:     ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAG                         AGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
genomic: ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAGgtaagataag ... actcctgcagAGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
EST: gi|32928932|gb|CF033744.1|CF033744
EST:     ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAG                         AGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
genomic: ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAGgtaagataag ... actcctgcagAGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
EST: gi|67022236|gb|CO450985.1|CO450985
EST:     ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAG                         AGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
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EST: gi|211474169|gb|FL062077.1|FL062077
EST:     ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAG                         AGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
genomic: ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAGgtaagataag ... actcctgcagAGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
EST: gi|67040204|gb|CO466459.1|CO466459
EST:     ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAG                         AGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
genomic: ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAGgtaagataag ... actcctgcagAGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
EST: gi|32929097|gb|CF033909.1|CF033909
EST:     ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAG                         AGTGCTATTGGTGAGGGCAGGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
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EST: gi|5804536|gb|AI979506.1|AI979506
EST:     TCTTTC-CGATTGATGAAG                         AGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
genomic: TCTTTCACGATTGATGAAGgtaagataag ... actcctgcagAGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
EST: gi|32944174|gb|CF048993.1|CF048993
EST:     ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAG                         AGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
genomic: ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAGgtaagataag ... actcctgcagAGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
EST: gi|60353085|gb|DN220058.1|DN220058
EST:     GATTTATCCACCCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAG                         AGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
genomic: GATTTATCCA-CCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAGgtaagataag ... actcctgcagAGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
EST: gi|32788398|gb|CD940634.1|CD940634
EST:     TAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAG                         AGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
genomic: TAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAGgtaagataag ... actcctgcagAGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
EST: gi|60358048|gb|DN225021.1|DN225021
EST:     ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAG                         AGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
genomic: ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAGgtaagataag ... actcctgcagAGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
EST: gi|32838699|gb|CD978380.1|CD978380
EST:     ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAG                         AGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
genomic: ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAGgtaagataag ... actcctgcagAGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
EST: gi|60345561|gb|DN212534.1|DN212534
EST:     ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAG                         AGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
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EST: gi|6056572|gb|AW090977.1|AW090977
EST:     ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAG                         AGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
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EST: gi|33092363|gb|CF052357.1|CF052357
EST:     ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAG                         AGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
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EST: gi|32804255|gb|CD956491.1|CD956491
EST:     TAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAG                         AGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
genomic: TAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAGgtaagataag ... actcctgcagAGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
EST: gi|32928990|gb|CF033802.1|CF033802
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EST: gi|32944913|gb|CF049732.1|CF049732
EST:     ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAG                         AGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
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EST: gi|31352900|gb|CD437257.1|CD437257
EST:     ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAG                         AGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
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EST: gi|31351441|gb|CD435798.1|CD435798
EST:     ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAG                         AGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
genomic: ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAGgtaagataag ... actcctgcagAGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
EST: gi|32928322|gb|CF033134.1|CF033134
EST:     ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAG                         AGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTTGGATGTATCTAAT
genomic: ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAGgtaagataag ... actcctgcagAGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
EST: gi|211466584|gb|FL062035.1|FL062035
EST:     ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAG                         AGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
genomic: ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAGgtaagataag ... actcctgcagAGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
EST: gi|5871234|gb|AW017705.1|AW017705
EST:     ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAG                         AGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
genomic: ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAGgtaagataag ... actcctgcagAGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
EST: gi|32799313|gb|CD951549.1|CD951549
EST:     GTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAG                         AGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCAGATGTATCTAAT
genomic: GTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAGgtaagataag ... actcctgcagAGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
EST: gi|60357117|gb|DN224090.1|DN224090
EST:     ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAG                         AGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
genomic: ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAGgtaagataag ... actcctgcagAGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
EST: gi|24764051|gb|CA399220.1|CA399220
EST:     GATTGATGAAG                         AGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
genomic: GATTGATGAAGgtaagataag ... actcctgcagAGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
EST: gi|24934300|gb|CA452518.1|CA452518
EST:     ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAG                         AGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
genomic: ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAGgtaagataag ... actcctgcagAGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
EST: gi|33101328|gb|CF061288.1|CF061288
EST:     ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAG                         AGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
genomic: ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAGgtaagataag ... actcctgcagAGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
EST: gi|60349999|gb|DN216972.1|DN216972
EST:     CACGATTGATGAAG                         AGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
genomic: CACGATTGATGAAGgtaagataag ... actcctgcagAGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
EST: gi|6021392|gb|AW066320.1|AW066320
EST:     ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAG                         AGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
genomic: ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAGgtaagataag ... actcctgcagAGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
EST: gi|213171194|gb|FM184433.1|FM184433
EST:     ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAG                         AGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
genomic: ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAGgtaagataag ... actcctgcagAGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
EST: gi|32802000|gb|CD954236.1|CD954236
EST:     TAATATCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGGAG                         AGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
genomic: TAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAGgtaagataag ... actcctgcagAGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
EST: gi|60344123|gb|DN211096.1|DN211096
EST:     ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAG                         AGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
genomic: ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAGgtaagataag ... actcctgcagAGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
EST: gi|33100800|gb|CF060760.1|CF060760
EST:     ATTTATCCACCTATTAATGTCCTGCCATCTCTTTCACGATTGATGAAG                         AGTGCTATTGGTGAGGGCATGACACGTCGAGACCATTCGGATGTATCTAAT
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