Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TCATAATAAACAGTTCTGAGAAGGGGGAGAGTACCTCTGAGTCATTGGCTGATGACTGTATTCTACAGGCAACTATGTTTGCTCTCAATGCATTTATGAGgtattggtcaccatttgatggctcacttttgatgttgaggatggtaggcacattttcctctgctgattttacatacttcaaaaaaacatccaaactttacag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G086093_T02
intron # 11
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G086093_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 11
lower sequence: LOC_Os03g05330.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 17
TCATAATAAACAGTTCTGAGAAGGGGGAGAGTACCTCTGAGTCATTGGCTGATGACTGTATTCTACAGGCAACTATGTTTGCTCTCAATGCATTTATGAGgtattggtcaccatttgatggctcacttttgatgttgaggatggtaggcacattttcctctgctgattttacatacttcaaaaaaacatccaaactttacag
|   || |||   ||| || ||||||||||  |||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||   ||||||||||| | |||  || ||  ||  ||  | | |   ||||  | |||| | ||||  | ||| |||| ||         |||||||
TGGCAACAAATGATTCAGAAAAGGGGGAGATCACCTCTGAGTCATCAGCTGATGACTGTATTCTACAAGCAACTATGTTTGCTCTAAATGCATTTCTGAGgtactggcttccatttgatggttgactaatggtg--gacaat--tggtcttcttttgatatgctaagtttatgttcttgaaaacaatg---gggatttacag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|60351676|gb|DN218649.1|DN218649
EST:     GATGACTGTATTCTACAGGCAACTATGTTTGCTCTCAATGCATTTATGAG                         AGGTGGTGGGAAGATTGGGAAACAAGCAGTTGAGAAAAGTTACCCTTCTGT
genomic: GATGACTGTATTCTACAGGCAACTATGTTTGCTCTCAATGCATTTATGAGgtattggtca ... aactttacagAGGTGGTGGGAAGATTGGGAAACAAGCAGTTGAGAAAAGTTACCCTTCTGT