Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   
2  
 5'  3'   
3  
 5'  3'   
4  
 5'  3'   
5  
 5'  3'   
6  
 5'  3'   
7  
 5'  3'   
8  
 5'  3'   
9  
 5'  3'   
10  
 5'  3'   
11  
 5'  3'   
12  
 5'  3'   
13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTGGAGCTGAAATAGTAAGGAGGGCCCTGAGCTACCCACTTAAATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAGgtacagcttgattaccaaaagtctcacgcatataccacagttcaaggcatggatctgaatcttatgtaaatgttttctacaccag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G083716_T03
intron # 11
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G083716_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 11
lower sequence: LOC_Os06g02380.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 12
GTTGGAGCTGAAATAGTAAGGAGGGCCCTGAGCTACCCACTTAAATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAGgt-acagcttgattaccaaaagtctcacgcatataccacagttcaaggcatggatctgaatcttatgtaaatgttttctacaccag
|||||||||||||| |||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||| || || ||||| ||||| || ||||| || |||||||| | | |||| | || || || | | || | | | | |||||||| || || | | |||||
GTTGGAGCTGAAATTGTAAGGAGAGCGCTGAGCTACCCGCTTAAATTGATTGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGCGTTGTTACCGAGAAGgttagatcttgttcactaacaga---------aaatcatatgttcacatgtacatctgaataacataaaagatgatgttttaccag

upper sequence: GRMZM2G083716_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 11
lower sequence: GLYMA15G40110.1 (Glycine max), 5'ss of exon 11
GTTGGAGCTGAAATAGTAAGGAGGGCCCTGAGCTACCCACTTAAATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAGgtac---agcttgatt-accaaaagtctcacgcatataccacagttcaaggcatggatctgaatcttatgtaaatgttttctacaccag
||||||||||| || || | || || || || ||||| | ||||| ||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||| | ||| | | | | | || | | | | || | | || || ||| || |||
GTTGGAGCTGATATTGTGAAAAGAGCTCTTAGTTACCCTTTGAAATTAATTGCCAAAAACGCTGGTGTCAATGGTAGTGTTGTCAGTGAGAAGgtactaaggtttggtccatttagaatttctcttttct-ctacgaatgtggttgtgatgatgtgacttgtgctgtggttag---------

upper sequence: GRMZM2G083716_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 11
lower sequence: GLYMA08G18760.3 (Glycine max), 5'ss of exon 11
GTTGGAGCTGAAATAGTAAGGAGGGCCCTGAGCTACCCACTTAAATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAGgtac---agcttgat-taccaaaagtctcacgcatataccacagttcaaggcatggatctgaatcttatgtaaatgttttctacaccag
|||| || || | || || || || ||||| | ||||| ||||| || || || ||||||||||| |||||||||| |||||||||| | || | || | | | || | | | | || | || || ||| ||| ||
-------CTGATATTGTGAAAAGAGCTCTTAGTTACCCTTTGAAATTAATTGCCAAGAATGCTGGTGTCAATGGTAGTGTTGTCAGTGAGAAGgtatcaaggtttagtctatgtagaatttctcttttct-ctacgagcgtggttgtgatgatgtgacttgtgttgtaattag---------

upper sequence: GRMZM2G083716_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 11
lower sequence: GLYMA08G18760.1 (Glycine max), 5'ss of exon 11
GTTGGAGCTGAAATAGTAAGGAGGGCCCTGAGCTACCCACTTAAATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAGgtac---agcttgat-taccaaaagtctcacgcatataccacagttcaaggcatggatctgaatcttatgtaaatgttttctacaccag
||||||||||| || || | || || || || ||||| | ||||| ||||| || || || ||||||||||| |||||||||| |||||||||| | || | || | | | || | | | | || | || || ||| ||| ||
GTTGGAGCTGATATTGTGAAAAGAGCTCTTAGTTACCCTTTGAAATTAATTGCCAAGAATGCTGGTGTCAATGGTAGTGTTGTCAGTGAGAAGgtatcaaggtttagtctatgtagaatttctcttttct-ctacgagcgtggttgtgatgatgtgacttgtgttgtaattag---------

upper sequence: GRMZM2G083716_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 11
lower sequence: AT5G56500.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 12
GTTGGAGCTGAAATAGTAAGGAGGGCCCTGAGCTACCCACTTAAATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAGgtacagcttgattaccaaaagtctcacgcatataccacagttcaaggcatg-gatctgaatcttatgtaaatg-ttttctacaccag----
||||||||||| || || | || || ||||||||||||| || || || || || ||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||| | ||| || | || | | ||| || | | ||| | | || || |||| ||| | | |
GTTGGAGCTGACATTGTTAAGAAAGCATTGAGCTACCCACTGAAGTTAATCGCCAAGAACGCTGGTGTCAATGGCAGCGTTGTCAGTGAGAAGgta----------atcaatctccttaaaagaatgcaa--gtttgagtcttttgatatagaaactaagtcaatggcttttttcggttgacag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|60343623|gb|DN210596.1|DN210596
EST:     AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAG                         GTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAGgtacagcttg ... tctacaccagGTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
EST: gi|110524823|gb|EE029007.1|EE029007
EST:     AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAG                         GTCCTTTTTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAGgtacagcttg ... tctacaccagGTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
EST: gi|78080917|gb|DV509329.1|DV509329
EST:     AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAG                         GTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAGgtacagcttg ... tctacaccagGTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
EST: gi|13515993|gb|BG518269.1|BG518269
EST:     AATCGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGCTGTCACTGAGAAG                         GTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAGgtacagcttg ... tctacaccagGTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
EST: gi|148983128|gb|EE029059.2|EE029059
EST:     AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAG                         GTCCTTTTTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAGgtacagcttg ... tctacaccagGTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
EST: gi|211019215|gb|FL365163.1|FL365163
EST:     AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAG                         GTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAGgtacagcttg ... tctacaccagGTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
EST: gi|4573295|gb|AI586854.1|AI586854
EST:     AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAG                         GTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAGgtacagcttg ... tctacaccagGTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
EST: gi|149099157|gb|EE185182.2|EE185182
EST:     AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAG                         GTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAGgtacagcttg ... tctacaccagGTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
EST: gi|33094001|gb|CF053995.1|CF053995
EST:     AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAG                         GTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAGgtacagcttg ... tctacaccagGTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
EST: gi|32945093|gb|CF049912.1|CF049912
EST:     AATTGATTGCTAAAAATGCCGGTGTCAATGGCAGCGTCGTCACTGAGAAG                         GTCCTTTCTAACGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAGgtacagcttg ... tctacaccagGTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
EST: gi|5055652|gb|AI734539.1|AI734539
EST:     AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAG                         GTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAGgtacagcttg ... tctacaccagGTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
EST: gi|5069818|gb|AI737783.1|AI737783
EST:     AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAG                         GTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAGgtacagcttg ... tctacaccagGTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
EST: gi|32912989|gb|CF017801.1|CF017801
EST:     AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAG                         GTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAGgtacagcttg ... tctacaccagGTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
EST: gi|60342862|gb|DN209835.1|DN209835
EST:     AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAG                         GTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAGgtacagcttg ... tctacaccagGTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
EST: gi|60395675|gb|DN228545.1|DN228545
EST:     AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAG                         GTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAGgtacagcttg ... tctacaccagGTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
EST: gi|211360073|gb|FL471663.1|FL471663
EST:     ATTTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAG                         GTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAGgtacagcttg ... tctacaccagGTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
EST: gi|24934364|gb|CA452582.1|CA452582
EST:     AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAG                         GTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAGgtacagcttg ... tctacaccagGTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
EST: gi|5030570|gb|AI714764.1|AI714764
EST:     AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAG                         GTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAGgtacagcttg ... tctacaccagGTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
EST: gi|6601638|gb|AW256034.1|AW256034
EST:     AATTGATTGCTAAAAACGCTGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAG                         GTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAGgtacagcttg ... tctacaccagGTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
EST: gi|32837828|gb|CD977506.1|CD977506
EST:     AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAG                         GTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAGgtacagcttg ... tctacaccagGTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
EST: gi|60355768|gb|DN222741.1|DN222741
EST:     AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAG                         GTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAGgtacagcttg ... tctacaccagGTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
EST: gi|4804136|gb|AI666002.1|AI666002
EST:     AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAG                         GTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAGgtacagcttg ... tctacaccagGTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
EST: gi|6031526|gb|AW076428.1|AW076428
EST:     AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAG                         GTCCTTTNTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAGgtacagcttg ... tctacaccagGTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
EST: gi|5761879|gb|AI966852.1|AI966852
EST:     AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAG                         GTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAGgtacagcttg ... tctacaccagGTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
EST: gi|211500916|gb|FL458285.1|FL458285
EST:     AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAG                         GTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAGgtacagcttg ... tctacaccagGTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
EST: gi|32933202|gb|CF038014.1|CF038014
EST:     AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAG                         GTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAGgtacagcttg ... tctacaccagGTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
EST: gi|211268071|gb|FL357474.1|FL357474
EST:     ATTTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAG                         GTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAGgtacagcttg ... tctacaccagGTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
EST: gi|71764883|gb|DR962820.1|DR962820
EST:     AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAG                         GTCCTTTCTAATGACAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAGgtacagcttg ... tctacaccagGTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
EST: gi|211298346|gb|FL366289.1|FL366289
EST:     AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAG                         GTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAGgtacagcttg ... tctacaccagGTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
EST: gi|32914512|gb|CF019324.1|CF019324
EST:     AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAG                         GTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAGgtacagcttg ... tctacaccagGTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
EST: gi|211197446|gb|FL310846.1|FL310846
EST:     ATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAG                         GTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
genomic: ATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAGgtacagcttg ... tctacaccagGTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
EST: gi|148961769|gb|EE012546.2|EE012546
EST:     AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAG                         GTCCTTTTTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAGgtacagcttg ... tctacaccagGTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
EST: gi|120480889|gb|EH211078.1|EH211078
EST:     AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAG                         GTCCTTTTTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG
genomic: AATTGATTGCTAAAAACGCCGGTGTCAATGGCAGTGTTGTCACTGAGAAGgtacagcttg ... tctacaccagGTCCTTTCTAATGATAACTTCAAGTATGGTTACAATGCTGCTACTGGACAG