Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTGAGCATGCTAGTGGCAATGTGAAAGTTGGCATTGACCTGGAGGAAGGTGCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAAgtaagtcaatacgatcagcaggtgggaaatgaatcatatgtaaagctggtttaagaacatttttcgatcttttgtggtaattggacatgtcaccattgga...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G083095_T02
intron # 11
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G083095_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 11
lower sequence: LOC_Os03g59020.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 11
CTGAGCATGCTAGTGGCAATGTGAAAGTTGGCATTGACCTGGAGGAAGGTGCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAAgtaagtca-atacgatcagcaggtgggaaatgaatcatatgtaaa---gctggtttaagaacat----ttttcgatcttttgtggtaattggacatgtcaccattgga---------------------------------------------------------------------------
|||| |||||| |||| |||  ||||||||| |||||| |||| |||||||  ||||||||  || | | | |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || | || | |     | |   | || ||| ||  |    |||  |    | ||     ||||  |  ||| ||| ||       ||       ||  |                                                                           
CTGAACATGCTGGTGGGAATACGAAAGTTGGTATTGACTTGGAAGAAGGTGGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAAgtaagtcatatgccataaccttccagtatg-gcataataggtgcacgtactgtatgggaagcacgctgttttttacttttcgtgatacccatgtattcattttttttattatttgcatgtttactggcgagacttaagcaagttggccaacctcatatcatgtgtgttcttttctctcatcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|148978583|gb|EE026232.2|EE026232
EST:     GCCTGCAAGGACATCACGCCCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAA                         GTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
genomic: GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAAgtaagtcaat ... tgctgtacagGTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
EST: gi|148987523|gb|EE031385.2|EE031385
EST:     GCCTGCAAGGACATCACGCCCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAA                         GTTTTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGGGGGT
genomic: GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAAgtaagtcaat ... tgctgtacagGTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
EST: gi|33092559|gb|CF052553.1|CF052553
EST:     GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAA                         GTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
genomic: GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAAgtaagtcaat ... tgctgtacagGTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
EST: gi|211519526|gb|FL441902.1|FL441902
EST:     GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAA                         GTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
genomic: GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAAgtaagtcaat ... tgctgtacagGTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
EST: gi|113703848|gb|EE681352.1|EE681352
EST:     GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTCTATGTCACAAA                         GTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
genomic: GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAAgtaagtcaat ... tgctgtacagGTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
EST: gi|60357186|gb|DN224159.1|DN224159
EST:     GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTCTATGTCACAAA                         GTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
genomic: GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAAgtaagtcaat ... tgctgtacagGTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
EST: gi|60396537|gb|DN229406.1|DN229406
EST:     GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAA                         GTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
genomic: GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAAgtaagtcaat ... tgctgtacagGTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
EST: gi|60358886|gb|DN225859.1|DN225859
EST:     GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAA                         GTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
genomic: GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAAgtaagtcaat ... tgctgtacagGTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
EST: gi|7135329|gb|AW498031.1|AW498031
EST:     GCCTGCAAGGCCATCNCGCCCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCCCAAA                         GTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCCCCGTGCTGCGGGT
genomic: GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAAgtaagtcaat ... tgctgtacagGTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
EST: gi|7137645|gb|AW499199.1|AW499199
EST:     GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAA                         GTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
genomic: GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAAgtaagtcaat ... tgctgtacagGTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
EST: gi|6539092|gb|AW225231.1|AW225231
EST:     GCCTGCAAGGGCATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAA                         GTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
genomic: GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAAgtaagtcaat ... tgctgtacagGTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
EST: gi|211337113|gb|FK966354.1|FK966354
EST:     GCCTGCAAG-ACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAA                         GTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
genomic: GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAAgtaagtcaat ... tgctgtacagGTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
EST: gi|211337111|gb|FK966352.1|FK966352
EST:     GCCTGCAA-GACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAA                         GTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
genomic: GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAAgtaagtcaat ... tgctgtacagGTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
EST: gi|33094754|gb|CF054748.1|CF054748
EST:     GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAA                         GTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
genomic: GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAAgtaagtcaat ... tgctgtacagGTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
EST: gi|13177835|gb|BG349018.1|BG349018
EST:     GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAA                         GTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
genomic: GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAAgtaagtcaat ... tgctgtacagGTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
EST: gi|4314488|gb|AI461542.1|AI461542
EST:     GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAA                         GTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
genomic: GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAAgtaagtcaat ... tgctgtacagGTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
EST: gi|13178118|gb|BG349376.1|BG349376
EST:     GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAA                         GTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
genomic: GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAAgtaagtcaat ... tgctgtacagGTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
EST: gi|71431586|gb|DR812636.1|DR812636
EST:     GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAA                         GTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
genomic: GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAAgtaagtcaat ... tgctgtacagGTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
EST: gi|5688514|gb|AI941529.1|AI941529
EST:     GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAA                         GTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
genomic: GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAAgtaagtcaat ... tgctgtacagGTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
EST: gi|148972050|gb|EE022890.2|EE022890
EST:     GCCTGCAAGGACATCACGCCCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAA                         GTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
genomic: GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAAgtaagtcaat ... tgctgtacagGTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
EST: gi|211337115|gb|FK966356.1|FK966356
EST:     GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAA                         GTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
genomic: GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAAgtaagtcaat ... tgctgtacagGTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
EST: gi|78024594|gb|DV492981.1|DV492981
EST:     GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAA                         GTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
genomic: GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAAgtaagtcaat ... tgctgtacagGTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
EST: gi|91053532|gb|EB163950.1|EB163950
EST:     GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAA                         GTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
genomic: GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAAgtaagtcaat ... tgctgtacagGTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
EST: gi|211525262|gb|FL432917.1|FL432917
EST:     GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAA                         GTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
genomic: GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAAgtaagtcaat ... tgctgtacagGTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
EST: gi|110194417|gb|EC876315.1|EC876315
EST:     GCCTGCAAGGACATCACGCCCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAA                         GTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
genomic: GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAAgtaagtcaat ... tgctgtacagGTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
EST: gi|211337114|gb|FK966355.1|FK966355
EST:     GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAA                         GTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
genomic: GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAAgtaagtcaat ... tgctgtacagGTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
EST: gi|5919524|gb|AW054621.1|AW054621
EST:     GCCTGCAAGGACATCCCGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAA                         GTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
genomic: GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAAgtaagtcaat ... tgctgtacagGTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
EST: gi|60337628|gb|DN204601.1|DN204601
EST:     GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAA                         GTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
genomic: GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAAgtaagtcaat ... tgctgtacagGTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
EST: gi|5006194|gb|AI712256.1|AI712256
EST:     GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAA                         GTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
genomic: GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAAgtaagtcaat ... tgctgtacagGTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
EST: gi|149105114|gb|EE290597.2|EE290597
EST:     GCCTGCAAGGACATCCCGCCCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAA                         GTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCCCCGTGCTGCGGGT
genomic: GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAAgtaagtcaat ... tgctgtacagGTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
EST: gi|10450915|gb|BE924839.1|BE924839
EST:     GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAA                         GTTCTTTGCCCTATAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGG
genomic: GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAAgtaagtcaat ... tgctgtacagGTTCTTTGCCCTA-AAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGG
EST: gi|21759912|gb|BQ635453.1|BQ635453
EST:     GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAA                         GTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
genomic: GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAAgtaagtcaat ... tgctgtacagGTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
EST: gi|4885786|gb|AI676906.1|AI676906
EST:     GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAA                         GTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT
genomic: GCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAAgtaagtcaat ... tgctgtacagGTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 273

CTGAGCATGCTAGTGGCAATGTGAAAGTTGGCATTGACCTGGAGGAAGGTGCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAAgtaagtcaat ... tgctgtacagGTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGTTGACCAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 46 (downstream exon)
Score: 119

CTGAGCATGCTAGTGGCAATGTGAAAGTTGGCATTGACCTGGAGGAAGGTGCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAAgtaagtcaat ... tgctgtacagGTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGTTGACCAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 141

CTGAGCATGCTAGTGGCAATGTGAAAGTTGGCATTGACCTGGAGGAAGGTGCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAAgtaagtcaat ... tgctgtacagGTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGTTGACCAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 84

CTGAGCATGCTAGTGGCAATGTGAAAGTTGGCATTGACCTGGAGGAAGGTGCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAAgtaagtcaat ... tgctgtacagGTTCTTTGCCCTAAAATATTCTGCCGATGCCGCATGCACCGTGCTGCGGGTTGACCAG