Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GACCAATTTGATGAAGCTTCGTTCTGATTATAAAGATGAATTTGTCACAAAGCATGGTGTAAAATTGGGTCTTATGTCTTGCTTTGTCAAGgtatttgccagtcttaggcgttgcaaagcttttgcaccatacttttatgtggctggctaattatatttgttttggtag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G079538_T02
intron # 11
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G079538_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 11
lower sequence: LOC_Os04g32330.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 10
GACCAATTTGATGAAGCTTCGTTCTGATTATAAAGATGAATTTGTCACAAAGCATGGTGTAAAATTGGGTCTTATGTCTTGCTTTGTCAAGgtatttgccagtcttaggcgttgcaaag------cttttgcaccatactttta--------tgtggctggctaattatatttgttttggtag
||| |||||||||||||| || ||||||||||| ||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |  ||| ||||  |   |||  |       || ||||    || |||||        |       |||  ||  ||||| ||||  ||
GACTAATTTGATGAAGCTGCGGTCTGATTATAAGGATGAGTTTGTCACCAAGCACGGTGTCAAATTGGGTCTGATGTCCTGCTTTGTCAAGgtactgaccaatcttgtgtactgctgaagctgaactattgcttggtaattttactaatatattcaatgtgctcgttccatttgctttgtcag

upper sequence: GRMZM2G079538_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 11
lower sequence: GLYMA02G46200.1 (Glycine max), 5'ss of exon 12
GACCAATTTGATGAAGCTTCGTTCTGATTATAAAGATGAATTTGTCACAAAGCATGGTGTAAAATTGGGTCTTATGTCTTGCTTTGTCAAGgtat--ttgccagtcttaggcgt-tgcaaagcttttgcaccatacttttatgtggctg-gctaattatatttgttttggtag
||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||  |||||   ||||||||| || |||||||| ||||||||| |||||||||| ||||  || | | |    |   | |  |     |  ||    | |||| || |       ||  ||||  |     || |||
GACTAATTTGATGAAGCTCCGTTCTGATTATAAGGATGCTTTTGTTGAAAAGCATGGAGTCAAATTGGGGCTTATGTCTGGCTTTGTCAAAgtatgttttctaattactgaaatataaactagctgggctttctcctttgatttcctcatactttttatggtctccatgttag

upper sequence: GRMZM2G079538_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 11
lower sequence: GLYMA14G02530.1 (Glycine max), 5'ss of exon 12
GACCAATTTGATGAAGCTTCGTTCTGATTATAAAGATGAATTTGTCACAAAGCATGGTGTAAAATTGGGTCTTATGTCTTGCTTTGTCAAGgtat--ttgccagt--cttaggcgttgcaaagcttttgcaccatacttttatgtggctg---gctaattatatttgttttggtag
||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||  |||||   ||||||||| || |||||||| ||||||||| ||||||| || ||||  || | | |  || | |  | |   ||||       |    ||| || |         ||  ||||  |     || |||
GACTAATTTGATGAAGCTCCGTTCTGATTATAAGGATGCTTTTGTTGAAAAGCATGGAGTCAAATTGGGGCTTATGTCTGGCTTTGTGAAAgtatgttttctaattactgaagtatagactagctgggttttctctttttgatatcctcatacactttttatggtctccatgttag

upper sequence: GRMZM2G079538_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 11
lower sequence: Vv19s0090g00750.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 7
GACCAATTTGATGAAGCTTCGTTCTGATTATAAAGATGAATTTGTCACAAAGCATGGTGTAAAATTGGGTCTTATGTCTTGCTTTGTCAAGgtatttgcca-gtcttaggcgttgcaaagcttttgcaccatacttttatgtggctggctaattatatttgttttggtag----------
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |   |||||||||||| || ||  |  |||||||  | ||||| ||||||     || ||| ||   |||| ||    ||||| |  |  || ||  |   |       ||||| |||||| |||           
GACCAATTTGATGAAGCTTCGTTCTGATTATAAAGATGCATTTTTTGAAAAGCATGGTGTGAAGTTAAGATTTATGTCAGGGTTTGTTAAGgtaagcagcatgtcctaaatgttgaaa----tttgctcagtgtttgtagtttaatttaaggatatatatgtttttgtattatattgcag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211104575|gb|FL031921.1|FL031921
EST:     TTGTCACAAAGCATGGTGTAAAATTGGGTCTTATGTCTTGCTTTGTCAAG                         GCTGCTGTTTCTGCACTTCAAAACCAGCCAATTGTCAATGCTGTCATTGAT
genomic: TTGTCACAAAGCATGGTGTAAAATTGGGTCTTATGTCTTGCTTTGTCAAGgtatttgcca ... gttttggtagGCTGCTGTTTCTGCACTTCAAAACCAGCCAATTGTCAATGCTGTCATTGAT
EST: gi|31358903|gb|CD443260.1|CD443260
EST:     TTGTCACAAAGCATGGTGTAAAATTGGGTCTTATGTCTTGCTTTGTCAAG                         GCTGCTGTTTCTGCACTTCAAAACCAGCCAATTGTCAATGCTGTCATTGAT
genomic: TTGTCACAAAGCATGGTGTAAAATTGGGTCTTATGTCTTGCTTTGTCAAGgtatttgcca ... gttttggtagGCTGCTGTTTCTGCACTTCAAAACCAGCCAATTGTCAATGCTGTCATTGAT
EST: gi|211169880|gb|FL077609.1|FL077609
EST:     TTGTCACAAAGCATGGTGTAAAATTGGGTCTTATGTCTTGCTTTGTCAAG                         GCTGCTGTTTCTGCACTTCAAAACCAGCCAATTGTCAATGCTGTCATTGAT
genomic: TTGTCACAAAGCATGGTGTAAAATTGGGTCTTATGTCTTGCTTTGTCAAGgtatttgcca ... gttttggtagGCTGCTGTTTCTGCACTTCAAAACCAGCCAATTGTCAATGCTGTCATTGAT
EST: gi|32830086|gb|CD969764.1|CD969764
EST:     TTGTCACAAAGCATGGTGTAAAATTGGGTCTTATGTCTTGCTTTGTCAAG                         GCTGCTGTTTCTGCACTTCAAAACCAGCCAATTGTCAATGCTGTCATTGAT
genomic: TTGTCACAAAGCATGGTGTAAAATTGGGTCTTATGTCTTGCTTTGTCAAGgtatttgcca ... gttttggtagGCTGCTGTTTCTGCACTTCAAAACCAGCCAATTGTCAATGCTGTCATTGAT
EST: gi|13558100|gb|BG549456.1|BG549456
EST:     TTGTCACAAAGCATGGTGTAAAATTGGGTCTTATGTCTTGCTTTGTCAAG                         GCTGCTGTTTCTGCACTTCAAAACCAGCCAATTGTCAATGCTGTCATTGAT
genomic: TTGTCACAAAGCATGGTGTAAAATTGGGTCTTATGTCTTGCTTTGTCAAGgtatttgcca ... gttttggtagGCTGCTGTTTCTGCACTTCAAAACCAGCCAATTGTCAATGCTGTCATTGAT
EST: gi|32942914|gb|CF047733.1|CF047733
EST:     TGTCACAAAGCATGGTGTAAAATTGG-TCCTCATGTCTTGCTTTGTCAAG                         GCTGCTGTTTCTGCACTTCAAAACCAGCCAATTGTCAATGCTGTCATTGAT
genomic: TGTCACAAAGCATGGTGTAAAATTGGGTCTT-ATGTCTTGCTTTGTCAAGgtatttgcca ... gttttggtagGCTGCTGTTTCTGCACTTCAAAACCAGCCAATTGTCAATGCTGTCATTGAT
EST: gi|60358853|gb|DN225826.1|DN225826
EST:     TTGTCACAAAGCATGGTGTAAAATTGGGTCTTATGTCTTGCTTTGTCAAG                         GCTGCTGTTTCTGCACTTCAAAACCAGCCAATTGTCAATGCTGTCATTGAT
genomic: TTGTCACAAAGCATGGTGTAAAATTGGGTCTTATGTCTTGCTTTGTCAAGgtatttgcca ... gttttggtagGCTGCTGTTTCTGCACTTCAAAACCAGCCAATTGTCAATGCTGTCATTGAT
EST: gi|6227238|gb|AW155837.1|AW155837
EST:     TTGTCACAAAGCATGGTGTAAAATTGGGTCTTATGTCTTGCTTTGTCAAG                         GCTGCTGTTTCTGCACTTCAAAACCAGCCAATTGTCAATGCTGTCATTGAT
genomic: TTGTCACAAAGCATGGTGTAAAATTGGGTCTTATGTCTTGCTTTGTCAAGgtatttgcca ... gttttggtagGCTGCTGTTTCTGCACTTCAAAACCAGCCAATTGTCAATGCTGTCATTGAT
EST: gi|32829046|gb|CD968724.1|CD968724
EST:     TTGTCACAAAGCATGGTGTAAAATTGGGTCTTATGTCTTGCTTTGTCAAG                         GCTGCTGTTTCTGCACTTCAAAACCAGCCAATTGTCAATGCTGTCATTGAT
genomic: TTGTCACAAAGCATGGTGTAAAATTGGGTCTTATGTCTTGCTTTGTCAAGgtatttgcca ... gttttggtagGCTGCTGTTTCTGCACTTCAAAACCAGCCAATTGTCAATGCTGTCATTGAT
EST: gi|32828877|gb|CD968555.1|CD968555
EST:     TTGTCACAAAGCATGGTGTAAAATTGGGTCTTATGTCTTGCTTTGTCAAG                         GCTGCTGTTTCTGCACTTCAAAACCAGCCAATTGTCAATGCTGTCATTGAT
genomic: TTGTCACAAAGCATGGTGTAAAATTGGGTCTTATGTCTTGCTTTGTCAAGgtatttgcca ... gttttggtagGCTGCTGTTTCTGCACTTCAAAACCAGCCAATTGTCAATGCTGTCATTGAT
EST: gi|211169873|gb|FL077602.1|FL077602
EST:     TTGTCACAAAGCATGGTGTAAAATTGGGTCTTATGTCTTGCTTTGTCAAG                         GCTGCTGTTTCTGCACTTCAAAACCAGCCAATTGTCAATGCTGTCATTGAT
genomic: TTGTCACAAAGCATGGTGTAAAATTGGGTCTTATGTCTTGCTTTGTCAAGgtatttgcca ... gttttggtagGCTGCTGTTTCTGCACTTCAAAACCAGCCAATTGTCAATGCTGTCATTGAT
EST: gi|13558537|gb|BG549893.1|BG549893
EST:     TTGTCACAAAGCATGGTGTAAAATTGGGTCTTATGTCTTGCTTTGTCAAG                         GCTGCTGTTTCTGCACTTCAAAACCAGCCAATTGTCAATGCTGTCATTGAT
genomic: TTGTCACAAAGCATGGTGTAAAATTGGGTCTTATGTCTTGCTTTGTCAAGgtatttgcca ... gttttggtagGCTGCTGTTTCTGCACTTCAAAACCAGCCAATTGTCAATGCTGTCATTGAT
EST: gi|32867030|gb|CF006712.1|CF006712
EST:     TTGTCACAAAGCATGGTGTAAAATTGGGTCTTATGTCTTGCTTTGTCAAG                         GCTGCTGTTTCTGCACTTCAAAACCAGCCAATTGTCAATGCTGTCATTGAT
genomic: TTGTCACAAAGCATGGTGTAAAATTGGGTCTTATGTCTTGCTTTGTCAAGgtatttgcca ... gttttggtagGCTGCTGTTTCTGCACTTCAAAACCAGCCAATTGTCAATGCTGTCATTGAT
EST: gi|67019048|gb|CO447797.1|CO447797
EST:     TTGTCACAAAGCATGGTGTAAAATTGGGTCTTATGTCTTGCTTTGTCAAG                         GCTGCTGTTTCTGCACTTCAAAACCAGCCAATTGTCAATGCTGTCATTGAT
genomic: TTGTCACAAAGCATGGTGTAAAATTGGGTCTTATGTCTTGCTTTGTCAAGgtatttgcca ... gttttggtagGCTGCTGTTTCTGCACTTCAAAACCAGCCAATTGTCAATGCTGTCATTGAT