Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ACTGTCTTGCAATTTTAGCAAATATGGCTCCGCATGTGCATAGGCTGAGTGCTTATGCATCACAAAGGCTAGTTAGTCTCTTTGACATGCTTTCTCGCAAgtatgctagcctttactcttttccctgatttatttactttatgttagtgctaacttcaagttgaacctaaagtaatcttgcttgtttgtatgtaccatgcaatag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G078576_T01
intron # 11
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G078576_T04 (Zea mays), 5'ss of exon 11
lower sequence: LOC_Os01g56630.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 11
ACTGTCTTGCAATTTTAGCAAATATGGCTCCGCATGTGCATAGGCTGAGTGCTTATGCATCACAAAGGCTAGTTAGTCTCTTTGACATGCTTTCTCGCAAgtatgctagcctttactcttttccctgatttatttactttatgttagtgctaacttcaagttgaacctaaagtaatcttgct---tgtttgtatgtaccatgcaatag
|||| ||||||||| ||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||  | | |||||  ||   ||||||||| ||   |   |  | || | ||||   ||||||||| | |||      || || |||| | ||| |   ||
ACTGCCTTGCAATTCTAGCAAATATGGCCCCTCATGTGCATAGGCTGAGTGCATATGCATCTCAAAGGCTGGTTAGCCTCTTTGACATGCTCTCTCGCAAgtatgctcgc--tcaatctttctcccagtttatttaccttgaatcttttgttacat-aagtgacacctaaagttaccttatcttctgcttttatgcaacattcttcag

upper sequence: GRMZM2G078576_T04 (Zea mays), 5'ss of exon 11
lower sequence: Vv05s0020g04100.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 11
ACTGTCTTGCAATTTTAGCAAATATGGCTCCGCATGTGCATAGGCTGAGTGCTTATGCATCACAAAGGCTAGTTAGTCTCTTTGACATGCTTTCTCGCAAgtatgctagcctttactcttttccctgatttatttactttatgttagtgct---aacttcaagt----tgaacctaaagtaatcttgcttgtttgtatgtaccatgcaatag
||||||| |||| ||| || || |||||||| ||||  ||  |  | ||||| ||||||||||| ||||| ||||| || ||||| ||||| || |||||||||| |    ||   | ||     | ||||  | | |||   | | ||||   |  |||| |     ||| | |  | |  |     || ||   || |   || ||    
ACTGTCTCGCAACTTTGGCGAACATGGCTCCTCATGCCCACCGTTTAAGTGCCTATGCATCACAGAGGCTGGTTAGCCTTTTTGATATGCTCTCACGCAAgtatgtttatgttatatatt---gataatttggtaattttg-ataaatgctttcattttcagggcttatgatcttttaatttttccttttattgtaatattggatccag---
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|31359099|gb|CD443456.1|CD443456
EST:     GCTTATGCATCACAAAGGCTAGTTAGTCTCTTTGACATGCTTTCTCGCAA                         GTATGCCAAACTAGCTGAGTTGAAAAATGACAAGTCTCTGAAAGTTATATC
genomic: GCTTATGCATCACAAAGGCTAGTTAGTCTCTTTGACATGCTTTCTCGCAAgtatgctagc ... catgcaatagGTATGCCAAACTAGCTGAGTTGAAAAATGACAAGTCTCTGAAAGTTATATC
EST: gi|32793737|gb|CD945973.1|CD945973
EST:     GCTTATGCATCACAAAGGCTAGTTAGTCTCTTTGACATGCCTTCTCGCAA                         GTATGCCAAACTAGCTGAGTTGAAAAATGACAAGTCTCTGAAAGTTATATC
genomic: GCTTATGCATCACAAAGGCTAGTTAGTCTCTTTGACATGCTTTCTCGCAAgtatgctagc ... catgcaatagGTATGCCAAACTAGCTGAGTTGAAAAATGACAAGTCTCTGAAAGTTATATC
EST: gi|7304677|gb|AW600616.1|AW600616
EST:     GCTTATGCATCACAAAGGCTAGTTAGTCTCTTTGACATGCTTTCTCGCAA                         GTATGCCAAACTAGCTGAGTTGAAAAATGACAAGTCTCTGAAAGTTATATC
genomic: GCTTATGCATCACAAAGGCTAGTTAGTCTCTTTGACATGCTTTCTCGCAAgtatgctagc ... catgcaatagGTATGCCAAACTAGCTGAGTTGAAAAATGACAAGTCTCTGAAAGTTATATC