Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CAGCAAGCTTATCCTGATCCAGCTAATCTCTATGCCTTCCAACAAGCTGGAGgtagcatactgaaacttccatcactcggataaattattatacatcactgatatttgcacaaaatcttattcgcctttcttttctttttgtttgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G070113_T01
intron # 11
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|67016395|gb|CO445144.1|CO445144
EST:     GCAAGCTTATCCTGATCCAGCTAATCTCTATGCCTTCCAACAAGCTGGAG                         CTTCATATGCACAG
genomic: GCAAGCTTATCCTGATCCAGCTAATCTCTATGCCTTCCAACAAGCTGGAGgtagcatact ... ttgtttgcagCTTCATATGCACAG
EST: gi|31628085|gb|CD526434.1|CD526434
EST:     --A-GCTTATCCTGATCCAGCTAATCTCTATGCCTTCCAACAAGCTGGAG                         CTTCATATGCACAG
genomic: GCAAGCTTATCCTGATCCAGCTAATCTCTATGCCTTCCAACAAGCTGGAGgtagcatact ... ttgtttgcagCTTCATATGCACAG
EST: gi|211376275|gb|FL144037.1|FL144037
EST:     GCAAGCTTATCCTGATCCAGCTAATCTCTATGCCTTCCAACAAGCTGGAG                         CTTCATATGCACAG
genomic: GCAAGCTTATCCTGATCCAGCTAATCTCTATGCCTTCCAACAAGCTGGAGgtagcatact ... ttgtttgcagCTTCATATGCACAG
EST: gi|30031872|gb|CB833723.1|CB833723
EST:     GCAAGCTTATCCTGATCCAGCTAATCTCTATGCCTTCCAACAAGCTGGAG                         CTTCATATGCACAG
genomic: GCAAGCTTATCCTGATCCAGCTAATCTCTATGCCTTCCAACAAGCTGGAGgtagcatact ... ttgtttgcagCTTCATATGCACAG
EST: gi|61118021|gb|DN558982.1|DN558982
EST:     --A-GCTTATCCTGATCCAGCTAATCTCTATGCCTTCCAACAAGCTGGAG                         CTTCATATGCACAG
genomic: GCAAGCTTATCCTGATCCAGCTAATCTCTATGCCTTCCAACAAGCTGGAGgtagcatact ... ttgtttgcagCTTCATATGCACAG
EST: gi|211376276|gb|FL144038.1|FL144038
EST:     GCAAGCTTATCCTGATCCAGCTAATCTCTATGCCTTCCAACAAGCTGGAG                         CTTCATATGCACAG
genomic: GCAAGCTTATCCTGATCCAGCTAATCTCTATGCCTTCCAACAAGCTGGAGgtagcatact ... ttgtttgcagCTTCATATGCACAG
EST: gi|33093651|gb|CF053645.1|CF053645
EST:     GCAAGCTTATCCTGATCCAGCTAATCTCTATGCCTTCCAACAAGCTGGAG                         CTTCATATGCACAG
genomic: GCAAGCTTATCCTGATCCAGCTAATCTCTATGCCTTCCAACAAGCTGGAGgtagcatact ... ttgtttgcagCTTCATATGCACAG
EST: gi|71436418|gb|DR817468.1|DR817468
EST:     --A-GCTTATCCTGATCCAGCTAATCTCTATGCCTTCCAACAAGCTGGAG                         CTTCATATGCACAG
genomic: GCAAGCTTATCCTGATCCAGCTAATCTCTATGCCTTCCAACAAGCTGGAGgtagcatact ... ttgtttgcagCTTCATATGCACAG
EST: gi|76011812|gb|DT938982.1|DT938982
EST:     --A-GCTTATCCTGATCCAGCTAATCTCTATGCCTTCCAACAAGCTGGAG                         CTTCATATGCACAG
genomic: GCAAGCTTATCCTGATCCAGCTAATCTCTATGCCTTCCAACAAGCTGGAGgtagcatact ... ttgtttgcagCTTCATATGCACAG
EST: gi|32915229|gb|CF020041.1|CF020041
EST:     GCAAGCTTATCCTGATCCAGCTAATCTCTATGCCTTCCAACAAGCTGGAG                         CTTCATATGCACAG
genomic: GCAAGCTTATCCTGATCCAGCTAATCTCTATGCCTTCCAACAAGCTGGAGgtagcatact ... ttgtttgcagCTTCATATGCACAG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CAGCAAGCTTATCCTGATCCAGCTAATCTCTATGCCTTCCAACAAGCTGGAGgtagcatactgaaacttccatcactcggataaattattatacatcactgatatttgcacaaaatcttattcgcctttcttttctttttgtttgcag

-  CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGGA