Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTGAGAGTGAATTTCAAAAGGCTTATGACAATGGATTGCCAAAGTCAAAgtaaacttgggatttgtactgcctcccattttcttatgtgttcagtggttgctttctatggtggtcaaaattattgtttgtatag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G063851_T01
intron # 11
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G063851_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 11
lower sequence: LOC_Os11g33240.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 10
GTTGAGAGTGAATTTCAAAAGGCTTATGACAATGGATTGCCAAAGTCAAAgtaaacttgggatttgtactgcctccca--ttttcttatgtgttcagtgg-ttgctttctatggtggtcaaaattattgtttgtatag---
||||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||| ||||||| ||||||||  |||||||||| |||||||||     ||   |||  |||||| | | ||  |   | |  | | |     | ||| |  | ||    
GTTGAGAGTGAGTTTCAAAAAGCTTACGACAAAGGAATGCCAAAATCAAAgtatgcttgggatttatactgcctcaagagttgcattaattgttcaatagatttgtccatgttattgactgctctgttgctattttaatag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211131287|gb|FL186946.1|FL186946
EST:     GTTGAGAGTGAATTTCAAAAGGCTTATGACAATGGATTGCCAAAGTCAAA                         GTTTTGGGAGCCTACTTATGAAGACTGCTTAAATTTGATTGCTCGGCTTCC
genomic: GTTGAGAGTGAATTTCAAAAGGCTTATGACAATGGATTGCCAAAGTCAAAgtaaacttgg ... gtttgtatagGTTTTGGGAGCCTACTTATGAAGACTGCTTAAATTTGATTGCTCGGCTTCC
EST: gi|149084983|gb|EE174493.2|EE174493
EST:     GTTGAGAGTGAATTTCAAAAGGCTTATGACAATGGATTGCCAAAGTCAAA                         GTTTTGGGAGCCTACTTATGAAGACTGCTTAAATTTGATTGCTCGGGCT-C
genomic: GTTGAGAGTGAATTTCAAAAGGCTTATGACAATGGATTGCCAAAGTCAAAgtaaacttgg ... gtttgtatagGTTTTGGGAGCCTACTTATGAAGACTGCTTAAATTTGATTGCTCGG-CTTC
EST: gi|21480820|gb|BQ577503.1|BQ577503
EST:     GTTGAGAGTGAATTTCAAAAGGCTTATGACAATGGATTGCCAAAGTCAAA                         GTTTTGGGAGCCTACTTATGAAGACTGCTTAAATTTGATTGCTCGGCTTCC
genomic: GTTGAGAGTGAATTTCAAAAGGCTTATGACAATGGATTGCCAAAGTCAAAgtaaacttgg ... gtttgtatagGTTTTGGGAGCCTACTTATGAAGACTGCTTAAATTTGATTGCTCGGCTTCC
EST: gi|67013663|gb|CO442412.1|CO442412
EST:     TTGAGAGTGAATTTCAAAAGGCT-ATGTACA-TGGATTGCCAAAGTCAA-                         GTTTTGGGAGCCTACTTATGAAGACTGCTTAAATTTGATTGCTCCGGCTTC
genomic: TTGAGAGTGAATTTCAAAAGGCTTATG-ACAATGGATTGCCAAAGTCAAAgtaaacttgg ... gtttgtatagGTTTTGGGAGCCTACTTATGAAGACTGCTTAAATTTGATTGCTC-GGCTTC
EST: gi|78179069|gb|DV549442.1|DV549442
EST:     TGAC-ATGGATTGCC-AAGTCAAA                         GTTTTGGGAGCCTACTTATGAAGACTGCTTAAATTTGATTGCTCGGCTTCC
genomic: TGACAATGGATTGCCAAAGTCAAAgtaaacttgg ... gtttgtatagGTTTTGGGAGCCTACTTATGAAGACTGCTTAAATTTGATTGCTCGGCTTCC
EST: gi|211131286|gb|FL186945.1|FL186945
EST:     GTTGAGAGTGAATTTCAAAAGGCTTATGACAATGGATTGCCAAAGTCAAA                         GTTTTGGGAGCCTACTTATGAAGACTGCTTAAATTTGATTGCTCGGCTTCC
genomic: GTTGAGAGTGAATTTCAAAAGGCTTATGACAATGGATTGCCAAAGTCAAAgtaaacttgg ... gtttgtatagGTTTTGGGAGCCTACTTATGAAGACTGCTTAAATTTGATTGCTCGGCTTCC
EST: gi|149100799|gb|EE186893.2|EE186893
EST:     GTTGAGAGTGAATTTCAAAAGGCTTATGACAATGGATTGCCAAAGTCAAA                         GTTTTGGGAGCCTACTTATGAAGACTG
genomic: GTTGAGAGTGAATTTCAAAAGGCTTATGACAATGGATTGCCAAAGTCAAAgtaaacttgg ... gtttgtatagGTTTTGGGAGCCTACTTATGAAGACTG
EST: gi|32868179|gb|CF007861.1|CF007861
EST:     GTTGAGAGTGAATTTCAAAAGGCTTATGACAATGGATTGCCAAAGTCAAA                         GTTTTGGGAGCCTACTTATGAAGACTGCTTAAATTTG
genomic: GTTGAGAGTGAATTTCAAAAGGCTTATGACAATGGATTGCCAAAGTCAAAgtaaacttgg ... gtttgtatagGTTTTGGGAGCCTACTTATGAAGACTGCTTAAATTTG
EST: gi|149014218|gb|EE043773.2|EE043773
EST:     GTTGAGAGTGAATTTCAAAAGGCTTATGACAATGGATTGCCAAAGTCAAA                         GTTTTGGGAGCCTACTTATGAAGACTGCTTAAATTTGATTGCTCGGCTTCC
genomic: GTTGAGAGTGAATTTCAAAAGGCTTATGACAATGGATTGCCAAAGTCAAAgtaaacttgg ... gtttgtatagGTTTTGGGAGCCTACTTATGAAGACTGCTTAAATTTGATTGCTCGGCTTCC
EST: gi|149105261|gb|EE290752.2|EE290752
EST:     GTTGAGAGTGAATTTCAAAAGGCTTATGACAATGGATTGCCAAAGTCAAA                         GTTTTGGGAGCCTACTTATGAAGACTGCTTAAATTTGATTGCTCGGCTTCC
genomic: GTTGAGAGTGAATTTCAAAAGGCTTATGACAATGGATTGCCAAAGTCAAAgtaaacttgg ... gtttgtatagGTTTTGGGAGCCTACTTATGAAGACTGCTTAAATTTGATTGCTCGGCTTCC
EST: gi|148991806|gb|EE033387.2|EE033387
EST:     TTGAGAGTGAATTTTCAAA-GGCTTATGACAATGGATTGCCAAAGTCAAA                         GTTTTGGGAGCCTACTTATGAAGACT
genomic: TTGAGAGTGAATTT-CAAAAGGCTTATGACAATGGATTGCCAAAGTCAAAgtaaacttgg ... gtttgtatagGTTTTGGGAGCCTACTTATGAAGACT
EST: gi|148931316|gb|EC874179.2|EC874179
EST:     GTTGAGAGTGAATTTCAAAAGGCTTATGACAATGGATTGCCAAAGTCAAA                         GTTTTGGGAGCCTACTTATGAAGACTGCTTAAATTTGATTGCTCGGCTTC-
genomic: GTTGAGAGTGAATTTCAAAAGGCTTATGACAATGGATTGCCAAAGTCAAAgtaaacttgg ... gtttgtatagGTTTTGGGAGCCTACTTATGAAGACTGCTTAAATTTGATTGCTCGGCTTCC
EST: gi|6964715|gb|AW433408.1|AW433408
EST:     TGACAATGGATTGCCAAAGTCAAA                         GTTTT--GAGCCTACTTATGAAGACTGCTTAAATTTGATTGCTCGGCTTCC
genomic: TGACAATGGATTGCCAAAGTCAAAgtaaacttgg ... gtttgtatagGTTTTGGGAGCCTACTTATGAAGACTGCTTAAATTTGATTGCTCGGCTTCC
EST: gi|78087725|gb|DV516118.1|DV516118
EST:     GTTGAGAGTGAATTTCAAAAGGCTTATGACAATGGATTGCCAAAGTCAAA                         GTTTTGGGAGCCTACTTATGAAGACTGCTTAAATTTGATTGCTCGGCTTC-
genomic: GTTGAGAGTGAATTTCAAAAGGCTTATGACAATGGATTGCCAAAGTCAAAgtaaacttgg ... gtttgtatagGTTTTGGGAGCCTACTTATGAAGACTGCTTAAATTTGATTGCTCGGCTTCC
EST: gi|7238183|gb|AW573405.1|AW573405
EST:     GTTGAGAGTGAATTTCAAAAGGCTTATGACAATGGATTGCCAAAGTCAAA                         GTTTTGGGAGCCTACTTATGAAGACTGCTTAAATTTGATTGCTCGGCTTCC
genomic: GTTGAGAGTGAATTTCAAAAGGCTTATGACAATGGATTGCCAAAGTCAAAgtaaacttgg ... gtttgtatagGTTTTGGGAGCCTACTTATGAAGACTGCTTAAATTTGATTGCTCGGCTTCC
EST: gi|71771089|gb|DR969026.1|DR969026
EST:     GTTGAGAGTGAATTTCAAAAGGCTTATGACAATGGATTGCCAAAGTCAAA                         GTTTTGGGAGCCTACTTATGAAGACTGC
genomic: GTTGAGAGTGAATTTCAAAAGGCTTATGACAATGGATTGCCAAAGTCAAAgtaaacttgg ... gtttgtatagGTTTTGGGAGCCTACTTATGAAGACTGC
EST: gi|7145414|gb|AW506895.1|AW506895
EST:     GTTGAGAGTGAATTTCAAAAGGCTTATGACAATGGATTGCCAAAGTCAAA                         GTTTTGGGAGCCTACTTATGAAGACTGCTTAAATTTGATTGCTCGGCTTCC
genomic: GTTGAGAGTGAATTTCAAAAGGCTTATGACAATGGATTGCCAAAGTCAAAgtaaacttgg ... gtttgtatagGTTTTGGGAGCCTACTTATGAAGACTGCTTAAATTTGATTGCTCGGCTTCC
EST: gi|67040702|gb|CO466957.1|CO466957
EST:     GTTGAGAGTGAATTTCAAAAGGCTTATGACAATGGATTGCCAAAGTCAAA                         GTTTTGGGAGCCTACTTATGAAGACTGCTTAAATTTGATTGCTCGGCTTCC
genomic: GTTGAGAGTGAATTTCAAAAGGCTTATGACAATGGATTGCCAAAGTCAAAgtaaacttgg ... gtttgtatagGTTTTGGGAGCCTACTTATGAAGACTGCTTAAATTTGATTGCTCGGCTTCC
EST: gi|89758059|gb|DY687401.1|DY687401
EST:     GTTGAGAGTGAATTTCAAAAGGCTTATGACAATGGATTGCCAAAGTCAAA                         GTTTTGGGAGCCTACTTATGAAGACTGCTTAAATTTGATTGCTCGGCTT
genomic: GTTGAGAGTGAATTTCAAAAGGCTTATGACAATGGATTGCCAAAGTCAAAgtaaacttgg ... gtttgtatagGTTTTGGGAGCCTACTTATGAAGACTGCTTAAATTTGATTGCTCGGCTT
EST: gi|149082974|gb|EE172211.2|EE172211
EST:     GTTGAGAGTGAATTTCAAAAGGCTTATGACAATGGATTGCCAAAGTCAAA                         GTTTTGGGAGCCTACTTATGAAGACTGCTTAAATTTGATTGCTCGGCTTC
genomic: GTTGAGAGTGAATTTCAAAAGGCTTATGACAATGGATTGCCAAAGTCAAAgtaaacttgg ... gtttgtatagGTTTTGGGAGCCTACTTATGAAGACTGCTTAAATTTGATTGCTCGGCTTC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 187

GTTGAGAGTGAATTTCAAAAGGCTTATGACAATGGATTGCCAAAGTCAAAgtaaacttgg ... gtttgtatagGTTTTGGGAGCCTACTTATGAAGACTGCTTAAATTTGATTGCTCGGCTTCCACCAGTGGCTTCTTATGTTTACCGGAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 1014

GTTGAGAGTGAATTTCAAAAGGCTTATGACAATGGATTGCCAAAGTCAAAgtaaacttgg ... gtttgtatagGTTTTGGGAGCCTACTTATGAAGACTGCTTAAATTTGATTGCTCGGCTTCCACCAGTGGCTTCTTATGTTTACCGGAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 951

GTTGAGAGTGAATTTCAAAAGGCTTATGACAATGGATTGCCAAAGTCAAAgtaaacttgg ... gtttgtatagGTTTTGGGAGCCTACTTATGAAGACTGCTTAAATTTGATTGCTCGGCTTCCACCAGTGGCTTCTTATGTTTACCGGAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 749

GTTGAGAGTGAATTTCAAAAGGCTTATGACAATGGATTGCCAAAGTCAAAgtaaacttgg ... gtttgtatagGTTTTGGGAGCCTACTTATGAAGACTGCTTAAATTTGATTGCTCGGCTTCCACCAGTGGCTTCTTATGTTTACCGGAG