Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGACTGTGTTATTGCTATGGCAAGTGGGTTGTCTGGTTTATCTGGAATTCAAAGTCTTGATAGCATTGAGGCTCAACAGTTCCAAGCATGCCTAGATGCAgtaagtattactccatgttccttaatatttcatgtatgtcatcaagcgcttatgttcagatgtactttaatgtggcacaatcattattcagttatttttg...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G044237_T03
intron # 11
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G044237_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 11
lower sequence: LOC_Os03g17120.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 11
TGACTGTGTTATTGCTATGGCAAGTGGGTTGTCTGGTTTATCTGGAATTCAAAGTCTTGATAGCATTGAGGCTCAACAGTTCCAAGCATGCCTAGATGCAgtaagtattactccatgttccttaatatttcatgtatgtcatcaagcgcttatgttcagatgtactttaatgtggcacaat-cattattcagttatttttg
|||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||  | || |  | || |||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||| |        |  |  ||    | || |  || || |  ||||||   | | | |   | |     ||| || | ||| ||    ||  
TGACTGTGTTATTGCTCTGGCTAGTGGGTTATCTGGTTTATCCAGTATCCTTACTCATGATAGCACTGAAGCTCAACAGTTCCAAGCATGCTTAGATGCTgtaagttttacttcccccaagcttttccttttcatgtgactccaggctcc-atgttcttgtctccatatttattttgaaatgcacttttctgtagacttat
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|32934567|gb|CF039379.1|CF039379
EST:     AAAGTCTTGATAGCATTGAGGCTCAACAGTTCCAAGCATGCCTAGATGCA                         GTAATGCAAAGTCTTGCAAAATCCATAGCATGGGATGGTGAGGGTGCAACA
genomic: AAAGTCTTGATAGCATTGAGGCTCAACAGTTCCAAGCATGCCTAGATGCAgtaagtatta ... ttccttgtagGTAATGCAAAGTCTTGCAAAATCCATAGCATGGGATGGTGAGGGTGCAACA
EST: gi|32835096|gb|CD974774.1|CD974774
EST:     AAAGTCTTGATAGCATTGAGGCTCAACAGTTCCAAGCATGCCTAGATGCA                         GTAATGCAAAGTCTTGCAAAATCCATAGCATGGGATGGTGAGGGTGCAACA
genomic: AAAGTCTTGATAGCATTGAGGCTCAACAGTTCCAAGCATGCCTAGATGCAgtaagtatta ... ttccttgtagGTAATGCAAAGTCTTGCAAAATCCATAGCATGGGATGGTGAGGGTGCAACA
EST: gi|78092274|gb|DV520648.1|DV520648
EST:     AAAGTCTTGATAGCATTGAGGCTCAACAGTCCCAAGCATGCCTAGATGCA                         GTAATGCAAAGTCTTGCAAAATCCATAGCATGGGATGGTGAGGGTGCAACA
genomic: AAAGTCTTGATAGCATTGAGGCTCAACAGTTCCAAGCATGCCTAGATGCAgtaagtatta ... ttccttgtagGTAATGCAAAGTCTTGCAAAATCCATAGCATGGGATGGTGAGGGTGCAACA
EST: gi|148938789|gb|EC883127.2|EC883127
EST:     AAAGTCTTGATAGCATTGAGGCTCAACAGTTCCAAGCATGCCTAGATGCA                         GTAATGCAAAGTCTTGCAAAATCCATAGCATGGGATGGTGAGGGTGCAACA
genomic: AAAGTCTTGATAGCATTGAGGCTCAACAGTTCCAAGCATGCCTAGATGCAgtaagtatta ... ttccttgtagGTAATGCAAAGTCTTGCAAAATCCATAGCATGGGATGGTGAGGGTGCAACA
EST: gi|32928445|gb|CF033257.1|CF033257
EST:     AAAGTCTTGATAGCATTGAGGCTCAACAGTTCCAAGCATGCCTAGATGCA                         GTAATGCAAAGTCTTGCAAAATCCATAGCATGGGATGGTGAGGGTGCAACA
genomic: AAAGTCTTGATAGCATTGAGGCTCAACAGTTCCAAGCATGCCTAGATGCAgtaagtatta ... ttccttgtagGTAATGCAAAGTCTTGCAAAATCCATAGCATGGGATGGTGAGGGTGCAACA
EST: gi|76917242|gb|DV166726.1|DV166726
EST:     AAAGTCTTGATAGCATTGAGGCTCAACAGTTCCAAGCATGCCTAGATGCA                         GTAATGCAAAGTCTTGCAAAATCCATAGCATGGGATGGTGAGGGTGCAACA
genomic: AAAGTCTTGATAGCATTGAGGCTCAACAGTTCCAAGCATGCCTAGATGCAgtaagtatta ... ttccttgtagGTAATGCAAAGTCTTGCAAAATCCATAGCATGGGATGGTGAGGGTGCAACA
EST: gi|211349360|gb|FL434476.1|FL434476
EST:     AAAGTCTTGATAGCATTGAGGCTCAACAGTTCCAAGCATGCCTAGATGCA                         GTAATGCAAAGTCTTGCAAAATCCATAGCATGGGATGGTGAGGGTGCAACA
genomic: AAAGTCTTGATAGCATTGAGGCTCAACAGTTCCAAGCATGCCTAGATGCAgtaagtatta ... ttccttgtagGTAATGCAAAGTCTTGCAAAATCCATAGCATGGGATGGTGAGGGTGCAACA
EST: gi|60348874|gb|DN215847.1|DN215847
EST:     AAAGTCTTGATAGCATTGAGGCTCAACAGTTCCAAGCATGCCTAGATGCA                         GTAATGCAAAGTCTTGCAAAATCCATAGCATGGGATGGTGAGGGTGCAACA
genomic: AAAGTCTTGATAGCATTGAGGCTCAACAGTTCCAAGCATGCCTAGATGCAgtaagtatta ... ttccttgtagGTAATGCAAAGTCTTGCAAAATCCATAGCATGGGATGGTGAGGGTGCAACA
EST: gi|32833027|gb|CD972705.1|CD972705
EST:     AAAGTCTTGATAGCATTGAGGCTCAACAGTTCCAAGCATGCCTAGATGCA                         GTAATGCAAAGTCTTGCAAAATCCATAGCATGGGATGGTGAGGGTGCAACA
genomic: AAAGTCTTGATAGCATTGAGGCTCAACAGTTCCAAGCATGCCTAGATGCAgtaagtatta ... ttccttgtagGTAATGCAAAGTCTTGCAAAATCCATAGCATGGGATGGTGAGGGTGCAACA
EST: gi|78027443|gb|DV495830.1|DV495830
EST:     ATAGCATTGAGGCTCAACAGTTCCAAGCATGCCTAGATGCA                         GTAATGCAAAGTCTTGCAAAATCCATAGCATGGGATGGTGAGGGTGCAACA
genomic: ATAGCATTGAGGCTCAACAGTTCCAAGCATGCCTAGATGCAgtaagtatta ... ttccttgtagGTAATGCAAAGTCTTGCAAAATCCATAGCATGGGATGGTGAGGGTGCAACA