Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TATAATACTTAGGGGCGCAAATGACTACATGCTTGATGAGATTGAACGGTCCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATGgtaattcatttgcctccactctttcatgccatcatgtgctggttacctgcagctgaataagtcaatgcttagtgagaactttccctattcttctatggct...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G039263_T02
intron # 11
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G039263_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 13
lower sequence: LOC_Os04g46620.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 13
TATAATACTTAGGGGCGCAAATGACTACATGCTTGATGAGATTGAACGGTCCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATGgta-attcatttgcctccactctttcatgccatcatgtgctggttacctgcagctgaataagtcaatgcttagtgagaactttccctattcttctatggct----------
 || |||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||  | || |||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |  | ||||| ||   || || |          || ||||| ||||||| ||||||  | || | | | ||  |  | |    ||| ||    |  |          
AATTATACTTAGAGGCGCAAATGACTTCATGCTAGATGAGATTGACAGATCATTGCATGATGCATTGTGCATTGTGAAGAGAACTCTGGAATCCAATATGgtataaccttttgcttctgttccttaaca--------tgttggttccctgcagttgaatatataaa-gttcactgtta--tattaagatttttgggagagtaagaaaaaaa

upper sequence: GRMZM2G039263_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 13
lower sequence: AT3G20050.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 13
TATAATACTTAGGGGCGCAAATGACTACATGCTTGATGAGATTGAACGGTCCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATGgtaattcatttgcctccactctttcatgccatcatgtgctggttacctgcagctgaataagtcaatgcttagtgagaactttccctattcttctatggct
  | ||  | || || |||||||||||||||||||||||||| ||  |  |  ||||||| ||  | || ||||| ||||| ||||| || || || | |||||  ||||  |||  ||| | |  |      |  | ||  || | |  |||  ||  |   ||   |   |      ||||| | |    |       
GTTGATCTTAAGAGGTGCAAATGACTACATGCTTGATGAGATGGAGAGAGCACTGCATGACGCTTTATGTATTGTCAAGAGGACCCTTGAGTCCAACACGgtaa--catt--cctttactttctgttag----acatactccttgcatttagc--aaagaacaaacattacatttcttgtttccttgtcaaacag-----
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|32944569|gb|CF049388.1|CF049388
EST:     CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATG                         GTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGTTGTCAGTTTATCTGGAG
genomic: CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATGgtaattcatt ... ggctatgtagGTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGCTGTCAGTTTATCTGGAG
EST: gi|211469892|gb|FL096481.1|FL096481
EST:     CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATG                         GTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGTTGTCAGTTTATCTGGAG
genomic: CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATGgtaattcatt ... ggctatgtagGTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGCTGTCAGTTTATCTGGAG
EST: gi|32929201|gb|CF034013.1|CF034013
EST:     CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATG                         GTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGTTGTCAGTTTATCTGGAG
genomic: CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATGgtaattcatt ... ggctatgtagGTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGCTGTCAGTTTATCTGGAG
EST: gi|32928649|gb|CF033461.1|CF033461
EST:     CCTTGCATGATGCCCTGTGCGTTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATG                         GTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGTTGTCAGTTTATCTGGAG
genomic: CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATGgtaattcatt ... ggctatgtagGTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGCTGTCAGTTTATCTGGAG
EST: gi|149074900|gb|EE163348.2|EE163348
EST:     CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATG                         GTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGCTGTCAGTTTATCTGGAG
genomic: CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATGgtaattcatt ... ggctatgtagGTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGCTGTCAGTTTATCTGGAG
EST: gi|22935598|gb|BU571873.1|BU571873
EST:     CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATG                         GTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGTTGTCAGTTTATCTGGAG
genomic: CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATGgtaattcatt ... ggctatgtagGTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGCTGTCAGTTTATCTGGAG
EST: gi|21389952|gb|BQ528001.1|BQ528001
EST:     CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATG                         GTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGTTGTCAGTTTATCTGGAG
genomic: CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATGgtaattcatt ... ggctatgtagGTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGCTGTCAGTTTATCTGGAG
EST: gi|113698246|gb|DW851226.1|DW851226
EST:     CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATG                         GTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAG
genomic: CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATGgtaattcatt ... ggctatgtagGTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAG
EST: gi|22521580|gb|BU080391.1|BU080391
EST:     CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATG                         GTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGTTGTCAGTTTATCTGGAG
genomic: CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATGgtaattcatt ... ggctatgtagGTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGCTGTCAGTTTATCTGGAG
EST: gi|67015007|gb|CO443756.1|CO443756
EST:     CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATG                         GTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGCTGTCAGTTTATCTGGAG
genomic: CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATGgtaattcatt ... ggctatgtagGTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGCTGTCAGTTTATCTGGAG
EST: gi|32806379|gb|CD958613.1|CD958613
EST:     CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATG                         GATGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGTTGTCAGTTTATCTGGAG
genomic: CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATGgtaattcatt ... ggctatgtagGTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGCTGTCAGTTTATCTGGAG
EST: gi|33094774|gb|CF054768.1|CF054768
EST:     CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATG                         GTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTCGAAGCTGCGTTGTCAGTTTATCTGGAG
genomic: CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATGgtaattcatt ... ggctatgtagGTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGCTGTCAGTTTATCTGGAG
EST: gi|37400207|gb|CF637451.1|CF637451
EST:     CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATG                         GTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGCTGTCAGTTTATCTGGAG
genomic: CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATGgtaattcatt ... ggctatgtagGTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGCTGTCAGTTTATCTGGAG
EST: gi|32937857|gb|CF042676.1|CF042676
EST:     CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATG                         GTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGTTGTCAGTTTATCTGGAG
genomic: CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATGgtaattcatt ... ggctatgtagGTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGCTGTCAGTTTATCTGGAG
EST: gi|32929620|gb|CF034432.1|CF034432
EST:     CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATG                         GTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGTTGTCAGTTTATCTGGAG
genomic: CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATGgtaattcatt ... ggctatgtagGTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGCTGTCAGTTTATCTGGAG
EST: gi|32806779|gb|CD959013.1|CD959013
EST:     CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATG                         GTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGTTGTTAGTTTATCTGGAG
genomic: CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATGgtaattcatt ... ggctatgtagGTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGCTGTCAGTTTATCTGGAG
EST: gi|32928302|gb|CF033114.1|CF033114
EST:     CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATG                         GTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGTTGTCAGTTTATCTGGAG
genomic: CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATGgtaattcatt ... ggctatgtagGTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGCTGTCAGTTTATCTGGAG
EST: gi|32938970|gb|CF043789.1|CF043789
EST:     CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTG-AATCAAATATG                         GTTGTTG-TGGGGGTGGGTGCAGTTGAAGCTGCGTTGTCAGTTTATCTGGA
genomic: CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATGgtaattcatt ... ggctatgtagGTTGTTGCTGGGGGTGG-TGCAGTTGAAGCTGCGCTGTCAGTTTATCTGGA
EST: gi|166432412|gb|EG167710.1|EG167710
EST:     GCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATG                         GTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGCTGTCAGTTTATC
genomic: GCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATGgtaattcatt ... ggctatgtagGTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGCTGTCAGTTTATC
EST: gi|24934261|gb|CA452479.1|CA452479
EST:     CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATG                         GTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGCTGTCAGTTTATCTGGAG
genomic: CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATGgtaattcatt ... ggctatgtagGTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGCTGTCAGTTTATCTGGAG
EST: gi|32808822|gb|CD961056.1|CD961056
EST:     CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATG                         GTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGTTGTCAGTTTATCTGGAG
genomic: CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATGgtaattcatt ... ggctatgtagGTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGCTGTCAGTTTATCTGGAG
EST: gi|32938969|gb|CF043788.1|CF043788
EST:     CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATG                         GTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGTTGTCAGTTTATCTGGAG
genomic: CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATGgtaattcatt ... ggctatgtagGTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGCTGTCAGTTTATCTGGAG
EST: gi|211469893|gb|FL096482.1|FL096482
EST:     CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATG                         GTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGCTGTCAGTTTATCTGGAG
genomic: CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATGgtaattcatt ... ggctatgtagGTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGCTGTCAGTTTATCTGGAG
EST: gi|60350871|gb|DN217844.1|DN217844
EST:     CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATG                         GTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGCTGTCAGTTTATCTGGAG
genomic: CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATGgtaattcatt ... ggctatgtagGTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGCTGTCAGTTTATCTGGAG
EST: gi|26559466|gb|CA831701.1|CA831701
EST:     CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATG                         GTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGTTGTCAGTTTATCTGGAG
genomic: CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATGgtaattcatt ... ggctatgtagGTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGCTGTCAGTTTATCTGGAG
EST: gi|32937830|gb|CF042649.1|CF042649
EST:     CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATG                         GTTGTTGCCGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGTTGTCAGTTTATCTGGAG
genomic: CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATGgtaattcatt ... ggctatgtagGTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGCTGTCAGTTTATCTGGAG
EST: gi|31405908|gb|CD484640.1|CD484640
EST:     CCTGGAATCAAATATG                         GTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGCTGTCAGTTTATCTGGAG
genomic: CCTGGAATCAAATATGgtaattcatt ... ggctatgtagGTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGCTGTCAGTTTATCTGGAG
EST: gi|60343155|gb|DN210128.1|DN210128
EST:     CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATG                         GTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGCTGTCAGTTTATCTGGAG
genomic: CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATGgtaattcatt ... ggctatgtagGTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGCTGTCAGTTTATCTGGAG
EST: gi|31406183|gb|CD484915.1|CD484915
EST:     CATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGANCCCTGGAATCAAATATG                         GTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGCTGTCAGTTTATCTGGAG
genomic: CATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATGgtaattcatt ... ggctatgtagGTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGCTGTCAGTTTATCTGGAG
EST: gi|84977527|gb|DW475949.1|DW475949
EST:     CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAACCAAATATG                         GTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGCTGTCAGTTTATCTGGAG
genomic: CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATGgtaattcatt ... ggctatgtagGTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGCTGTCAGTTTATCTGGAG
EST: gi|32939416|gb|CF044235.1|CF044235
EST:     CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATG                         GTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGTTGTCAGTTTATCTGGAG
genomic: CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATGgtaattcatt ... ggctatgtagGTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGCTGTCAGTTTATCTGGAG
EST: gi|67018449|gb|CO447198.1|CO447198
EST:     CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATG                         GTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGCTGTCAGTTTATCTGGAG
genomic: CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATGgtaattcatt ... ggctatgtagGTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGCTGTCAGTTTATCTGGAG
EST: gi|87157304|gb|DY402093.1|DY402093
EST:     CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATG                         GTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGTTGTCAGTTTATCTGGAG
genomic: CCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATGgtaattcatt ... ggctatgtagGTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGCTGTCAGTTTATCTGGAG
EST: gi|60337774|gb|DN204747.1|DN204747
EST:     TTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATG                         GTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGCTGTCAGTTTATCTGGAG
genomic: TTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATGgtaattcatt ... ggctatgtagGTTGTTGCTGGGGGTGGTGCAGTTGAAGCTGCGCTGTCAGTTTATCTGGAG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TATAATACTTAGGGGCGCAAATGACTACATGCTTGATGAGATTGAACGGTCCTTGCATGATGCCCTGTGCATTGTGAAGAGAACCCTGGAATCAAATATGgtaattcatttgcctccactctttcatgccatcatgtgctggttacctgcagctgaataagtcaatgcttagtgagaactttccctattcttctatggct

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA