1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' |
TGCCTGAGATTGAGCAAGGACTTACAGATGCTGCTGAATCAAAAGTTACTATCAGCTTTACTCCACATTTGATGTGTATGgtaagcacttaattatacttatcctttgacttgctaaattcagtatgcactttttgtaaaattcgataatcatttctactgctatttaatag
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G038848_T02 |
intron # | 11 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CTGCTGAATCAAAAGTTACTATCAGCTTTACTCCACATTTGATGTGTATG AAACGTGGGATGCAATCTACTGTGTATGTTGAATTGGCATCTGGAGTGACTEST: gi|37397485|gb|CF636042.1|CF636042
genomic: CTGCTGAATCAAAAGTTACTATCAGCTTTACTCCACATTTGATGTGTATGgtaagcactt ... tatttaatagAAACGTGGGATGCAATCTACTGTGTATGTTGAATTGGCATCTGGAGTGACT
EST: TTTGATGTGTATG AAACGTGGGATGCAATCTACTGTGTATGTTGAATTGGCATCTGGAGTGACTEST: gi|6448353|gb|AW181119.1|AW181119
genomic: TTTGATGTGTATGgtaagcactt ... tatttaatagAAACGTGGGATGCAATCTACTGTGTATGTTGAATTGGCATCTGGAGTGACT
EST: CTGCTGAATCAAAAGTTACTATCAGCTTTACTCCACATTTGATGTGTATG AAACGTGGGATGCAATCTACTGTGTATGTTGAATTGGCATCTGGAGTGACTEST: gi|88747566|gb|DY531707.1|DY531707
genomic: CTGCTGAATCAAAAGTTACTATCAGCTTTACTCCACATTTGATGTGTATGgtaagcactt ... tatttaatagAAACGTGGGATGCAATCTACTGTGTATGTTGAATTGGCATCTGGAGTGACT
EST: CTGCTGAATCAAAAGTTACTATCAGCTTTACTCCACATTTGATGTGTATG AAACGTGGGATGCAATCTACTGTGTATGTTGAATTGGCATCTGGAGTGACTEST: gi|110202395|gb|EC884292.1|EC884292
genomic: CTGCTGAATCAAAAGTTACTATCAGCTTTACTCCACATTTGATGTGTATGgtaagcactt ... tatttaatagAAACGTGGGATGCAATCTACTGTGTATGTTGAATTGGCATCTGGAGTGACT
EST: CTGGGGAATCAAAAGTTACTTTCAGCTTTACTCCACATTTGATGTGTATG AAACGTGGGAGGCAATCTACTGTGTATGTTGAATTGGCATCTGGAGTGACTEST: gi|32930019|gb|CF034831.1|CF034831
genomic: CTGCTGAATCAAAAGTTACTATCAGCTTTACTCCACATTTGATGTGTATGgtaagcactt ... tatttaatagAAACGTGGGATGCAATCTACTGTGTATGTTGAATTGGCATCTGGAGTGACT
EST: AATCAAAAGTTACTATCAGCTTTACTCCACATTTGATGTGTATG AAACGTGGGATGCAATCTACTGTGTATGTTGAATTGGCATCTGGAGTGACTEST: gi|71762552|gb|DR960489.1|DR960489
genomic: AATCAAAAGTTACTATCAGCTTTACTCCACATTTGATGTGTATGgtaagcactt ... tatttaatagAAACGTGGGATGCAATCTACTGTGTATGTTGAATTGGCATCTGGAGTGACT
EST: CTGCTGAATCAAAAGTTACTATCAGCTTTACTCCACATTTGATGTGTATG AAACGTGGGATGCAATCTACTGTGTATGTTGAATTGGCATCTGGAGTGACTEST: gi|148958090|gb|EC904281.2|EC904281
genomic: CTGCTGAATCAAAAGTTACTATCAGCTTTACTCCACATTTGATGTGTATGgtaagcactt ... tatttaatagAAACGTGGGATGCAATCTACTGTGTATGTTGAATTGGCATCTGGAGTGACT
EST: CTGCTGAATCAAAAGTTACTATCAGCTTTACTCCACATTTGATGTGTATG AAACGTGGGATGCAATCTACTGTGTATGTTGAATTGGCATCTGGAGTGACTEST: gi|74234670|gb|DT642584.1|DT642584
genomic: CTGCTGAATCAAAAGTTACTATCAGCTTTACTCCACATTTGATGTGTATGgtaagcactt ... tatttaatagAAACGTGGGATGCAATCTACTGTGTATGTTGAATTGGCATCTGGAGTGACT
EST: CTGCTGAATCAAAAGTTACTATCAGCTTTACTCCACATTTGATGTGTATG AAACGTGGGATGCAATCTACTGTGTATGTTGAATTGGCATCTGGAGTGACTEST: gi|60394782|gb|DN227652.1|DN227652
genomic: CTGCTGAATCAAAAGTTACTATCAGCTTTACTCCACATTTGATGTGTATGgtaagcactt ... tatttaatagAAACGTGGGATGCAATCTACTGTGTATGTTGAATTGGCATCTGGAGTGACT
EST: CTGCTGAATCAAAAGTTACTATCAGCTTTACTCCACATTTGATGTGTATG AAACGTGGGATGCAATCTACTGTGTATGTTGAATTGGCATCTGGAGTGACTEST: gi|87155331|gb|DY400120.1|DY400120
genomic: CTGCTGAATCAAAAGTTACTATCAGCTTTACTCCACATTTGATGTGTATGgtaagcactt ... tatttaatagAAACGTGGGATGCAATCTACTGTGTATGTTGAATTGGCATCTGGAGTGACT
EST: CTGCTGAATCAAAAGTTACTATCAGCTTTACTCCACATTTGATGTGTATG AAACGTGGGATGCAATCTACTGTGTATGTTGAATTGGCATCTGGAGTGACTEST: gi|26558690|gb|CA830925.1|CA830925
genomic: CTGCTGAATCAAAAGTTACTATCAGCTTTACTCCACATTTGATGTGTATGgtaagcactt ... tatttaatagAAACGTGGGATGCAATCTACTGTGTATGTTGAATTGGCATCTGGAGTGACT
EST: CTGCTGAATCAAAAGTTACTATCAGCTTTACTCCACATTTGATGTGTATG AAACGTGGGATGCAATCTACTGTGTATGTTGAATTGGCATCTGGAGTGACTEST: gi|33093061|gb|CF053055.1|CF053055
genomic: CTGCTGAATCAAAAGTTACTATCAGCTTTACTCCACATTTGATGTGTATGgtaagcactt ... tatttaatagAAACGTGGGATGCAATCTACTGTGTATGTTGAATTGGCATCTGGAGTGACT
EST: CTGCTGAATCAAAAGTTACTATCAGCTTTACTCCACATTTGATGTGTATG AAACGTGGGATGCAATCTACTGTGTATGTTGAATTGGCATCTGGAGTGACTEST: gi|148942778|gb|EC887805.2|EC887805
genomic: CTGCTGAATCAAAAGTTACTATCAGCTTTACTCCACATTTGATGTGTATGgtaagcactt ... tatttaatagAAACGTGGGATGCAATCTACTGTGTATGTTGAATTGGCATCTGGAGTGACT
EST: TCAAAAGTTACTATCAGCTTTACTCCACATTGGATGTGTATG AAACGTGGGATGCAATCTACTGTGTATGTTGAATTGGCATCTGGAGTGACTEST: gi|32931562|gb|CF036374.1|CF036374
genomic: TCAAAAGTTACTATCAGCTTTACTCCACATTTGATGTGTATGgtaagcactt ... tatttaatagAAACGTGGGATGCAATCTACTGTGTATGTTGAATTGGCATCTGGAGTGACT
EST: CTGCTGAATCAAAAGTTACTATCAGCTTTACTCCACATTTGATGTGTATG AAACGTGGGATGCAATCTACTGTGTATGTTGAATTGGCATCTGGAGTGACTEST: gi|40337039|gb|CK371109.1|CK371109
genomic: CTGCTGAATCAAAAGTTACTATCAGCTTTACTCCACATTTGATGTGTATGgtaagcactt ... tatttaatagAAACGTGGGATGCAATCTACTGTGTATGTTGAATTGGCATCTGGAGTGACT
EST: TTTGATGTGTATG AAACGTGGGATGCAATCTACTGTGTATGTTGAATTGGCATCTGGAGTGACTEST: gi|78080159|gb|DV508571.1|DV508571
genomic: TTTGATGTGTATGgtaagcactt ... tatttaatagAAACGTGGGATGCAATCTACTGTGTATGTTGAATTGGCATCTGGAGTGACT
EST: CTGCTGAATCAAAAGTTACTATCAGCTTTACTCCACATTTGATGTGTATG AAACGTGGGATGCAATCTACTGTGTATGTTGAATTGGCATCTGGAGTGACTEST: gi|22473066|gb|BU037546.1|BU037546
genomic: CTGCTGAATCAAAAGTTACTATCAGCTTTACTCCACATTTGATGTGTATGgtaagcactt ... tatttaatagAAACGTGGGATGCAATCTACTGTGTATGTTGAATTGGCATCTGGAGTGACT
EST: CTGCTGAATCAAAAGTTACTATCAGCTTTACTCCACATTTGATGTGTATG AAACGTGGGATGCAATCTACTGTGTATGTTGAATTGGCATCTGGAGTGACTEST: gi|148943027|gb|EC888077.2|EC888077
genomic: CTGCTGAATCAAAAGTTACTATCAGCTTTACTCCACATTTGATGTGTATGgtaagcactt ... tatttaatagAAACGTGGGATGCAATCTACTGTGTATGTTGAATTGGCATCTGGAGTGACT
EST: CTGGTGAATCAAAAGTTACTATCAGCTTTACTCCACATTTGATGTGTATG AAACGTGGGAGGCAATCTCCTGTGTATGTTGAATTGGCATCTGGAGTGACTEST: gi|67010559|gb|CO439308.1|CO439308
genomic: CTGCTGAATCAAAAGTTACTATCAGCTTTACTCCACATTTGATGTGTATGgtaagcactt ... tatttaatagAAACGTGGGATGCAATCTACTGTGTATGTTGAATTGGCATCTGGAGTGACT
EST: CTGCTGAATCAAAAGTTACTATCAGCTTTACTCCACATTTGATGTGTATG AAACGTGGGATGCAATCTACTGTGTATGTTGAATTGGCATCTGGAGTGACT
genomic: CTGCTGAATCAAAAGTTACTATCAGCTTTACTCCACATTTGATGTGTATGgtaagcactt ... tatttaatagAAACGTGGGATGCAATCTACTGTGTATGTTGAATTGGCATCTGGAGTGACT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TGCCTGAGATTGAGCAAGGACTTACAGATGCTGCTGAATCAAAAGTTACTATCAGCTTTACTCCACATTTGATGTGTATGgtaagcacttaattatacttatcctttgacttgctaaattcagtatgcactttttgtaaaattcgataatcatttctactgctatttaatag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TCAGCT