Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TATGAAGTACCAAGCGCGGCTTGGAATGATGGTGGCTGGTTGCTATGGTCTGCCACAGTTCAGGATGCGTGTGTTCCTCTGGGGTGCTCTTTCTTCCATGgtctgttctgtaccttgctgttttatatgcttcgctagattcatattgcactgttggctgctggctaaccaggtgtacgtgtatttgacaatttag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G025592_T01
intron # 11
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G025592_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 11
lower sequence: LOC_Os10g01570.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
TATGAAGTACCAAGCGCGGCTTGGAATGATGGTGGCTGGTTGCTATGGTCTGCCACAGTTCAGGATGCGTGTGTTCCTCTGGGGTGCTCTTTCTTCCATGgtctgttctgtaccttgctgttttatatgcttcgctagattcatattgcactgttggctgctggctaaccaggtgtacgtgtatttgacaatttag
||||||||||||||| || |||||||||||||| || ||||| |||||  ||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||| ||||     | ||||  || |  |   || |     ||      | || ||             |||||||| |      ||||  ||| |||
TATGAAGTACCAAGCACGACTTGGAATGATGGTTGCAGGTTGTTATGGCTTGCCACAATTTAGGATGCGTGTGTTCCTCTGGGGAGCTCTTCCTACCATGgtttgtttc---cattgcatttgtgaacatttggtagtgtttgatcggaacagt------------gaccaggtgca------tttgttaatgtag

upper sequence: GRMZM2G025592_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 11
lower sequence: EFJ24557 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 11
TATGAAGTACCAAGCGCGGCTTGGAATGATGGTGGCTGGTTGCTATGGTCTGCCACAGTTCAGGATGCGTGTGTTCCTCTGGGGTGCTCTTTCTTCCATGgtctgttctgtaccttgctgttttatatgcttcgctagattcatattgcactgttggctgctggctaaccaggtgtacgtgtatttgacaatttag
             ||    ||||| |||||||  ||||| |  ||||| || |||||||| |||||||||||||| |||||||| ||   | | ||    || ||  || ||| ||      || |  |  | | ||   || | |  ||                                              
-------------GCAAAACTTGGTATGATGGCTGCTGGGTCGTATGGACTACCACAGTTTAGGATGCGTGTGTTTCTCTGGGGCGCGGCTCCGTCGGAAgtatg--ctttactttatctagttttgcgggttgataacgtcttttcacag---------------------------------------------

upper sequence: GRMZM2G025592_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 11
lower sequence: EFJ08130 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 11
TATGAAGTACCAAGCGCGGCTTGGAATGATGGTGGCTGGTTGCTATGGTCTGCCACAGTTCAGGATGCGTGTGTTCCTCTGGGGTGCTCTTTCTTCCATGgtctgttctgtaccttgctgttttatatgcttcgctagattcatattgcactgttggctgctggctaaccaggtgtacgtgtatttgacaatttag
             ||    ||||| |||||||  ||||| |  ||||| || |||||||| |||||||||||||| |||||||| ||   | | ||    || ||  || ||| ||      || |  |  | | ||   || | |  ||                                              
-------------GCAAAACTTGGTATGATGGCTGCTGGATCGTATGGACTACCACAGTTTAGGATGCGTGTGTTTCTCTGGGGCGCGGCTCCGTCGGAAgtatg--ctttactttatctagttttgcggcttgataacgtcttttcacag---------------------------------------------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|21809900|gb|BQ668218.1|BQ668218
EST:     TGCCACAGTTCAGGATGCGTGTGTTCCTCTGGGGTGCTCTTTCTTCCATG                         GTGCTCCCTAAGTATCCTCTGCCCACCTATGATGTTGTAGTACGTGGAGGA
genomic: TGCCACAGTTCAGGATGCGTGTGTTCCTCTGGGGTGCTCTTTCTTCCATGgtctgttctg ... gacaatttagGTGCTCCCTAAGTATCCTCTGCCCACCTATGATGTTGTAGTACGTGGAGGA
EST: gi|21843434|gb|BQ704015.1|BQ704015
EST:     TGCCACAGTTCAGGATGCGTGTGTTCCTCTGGGGTGCTCTTTCTTCCATG                         GTGCTCCCTAAGTATCCTCTGCCCACCTATGATGTTGTAGTACGTGGAGGA
genomic: TGCCACAGTTCAGGATGCGTGTGTTCCTCTGGGGTGCTCTTTCTTCCATGgtctgttctg ... gacaatttagGTGCTCCCTAAGTATCCTCTGCCCACCTATGATGTTGTAGTACGTGGAGGA
EST: gi|28910112|gb|CB331267.1|CB331267
EST:     TGCCACAGTTCAGGATGCGTGTGTTCCTCTGGGGTGCTCTTTCTTCCATG                         GTGCTCCCTAAGTATCCTCTGCCCACCTATGATGTTGTAGTACGTGGAGGA
genomic: TGCCACAGTTCAGGATGCGTGTGTTCCTCTGGGGTGCTCTTTCTTCCATGgtctgttctg ... gacaatttagGTGCTCCCTAAGTATCCTCTGCCCACCTATGATGTTGTAGTACGTGGAGGA
EST: gi|18659994|gb|BM500630.1|BM500630
EST:     TGCCACAGTTCAGGATGCGTGTGTTCCTCTGGGGTGCTCTTTCTTCCATG                         GTGCTCCCTAAGTATCCTCTGCCCACCTATGATGTTGTAGTACGTGGAGGA
genomic: TGCCACAGTTCAGGATGCGTGTGTTCCTCTGGGGTGCTCTTTCTTCCATGgtctgttctg ... gacaatttagGTGCTCCCTAAGTATCCTCTGCCCACCTATGATGTTGTAGTACGTGGAGGA
EST: gi|30087759|gb|CB885965.1|CB885965
EST:     TGCCACAGTTCAGGATGCGTGTGTTCCTCTGGGGTGCTCTTTCTTCCATG                         GTGCTCCCTAAGTATCCTCTGCCCACCTATGATGTTGTAGTACGTGGAGGA
genomic: TGCCACAGTTCAGGATGCGTGTGTTCCTCTGGGGTGCTCTTTCTTCCATGgtctgttctg ... gacaatttagGTGCTCCCTAAGTATCCTCTGCCCACCTATGATGTTGTAGTACGTGGAGGA
EST: gi|71328321|gb|DR800790.1|DR800790
EST:     TGCCACAGTTCAGGATGCGTGTGTTCCTCTGGGGTGCTCTTTCTTCCATG                         GTGCTCCCTAAGTATCCTCTGCCCACCTATGATGTTGTAGTACGTGGAGGA
genomic: TGCCACAGTTCAGGATGCGTGTGTTCCTCTGGGGTGCTCTTTCTTCCATGgtctgttctg ... gacaatttagGTGCTCCCTAAGTATCCTCTGCCCACCTATGATGTTGTAGTACGTGGAGGA
EST: gi|26557926|gb|CA830161.1|CA830161
EST:     TGCCACAGTTCAGGATGCGTGTGTTCCTCTGGGGTGCTCTTTCTTCCATG                         GTGCTCCCTAAGTATCCTCTGCCCACCTATGATGTTGTAGTACGCGGAGGA
genomic: TGCCACAGTTCAGGATGCGTGTGTTCCTCTGGGGTGCTCTTTCTTCCATGgtctgttctg ... gacaatttagGTGCTCCCTAAGTATCCTCTGCCCACCTATGATGTTGTAGTACGTGGAGGA
EST: gi|71440752|gb|DR821802.1|DR821802
EST:     TGCCACAGTTCAGGATGCGTGTGTTCCTCTGGGGTGCTCTTTCTTCCATG                         GTGCTCCCTAAGTATCCTCTGCCCACCTATGATGTTGTAGTACGTGCAGGA
genomic: TGCCACAGTTCAGGATGCGTGTGTTCCTCTGGGGTGCTCTTTCTTCCATGgtctgttctg ... gacaatttagGTGCTCCCTAAGTATCCTCTGCCCACCTATGATGTTGTAGTACGTGGAGGA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 850

TATGAAGTACCAAGCGCGGCTTGGAATGATGGTGGCTGGTTGCTATGGTCTGCCACAGTTCAGGATGCGTGTGTTCCTCTGGGGTGCTCTTTCTTCCATGgtctgttctg ... gacaatttagGTGCTCCCTAAGTATCCTCTGCCCACCTATGATGTTGTAGTACGTGGAGGAGCCCCTAATGCCTTTTCG


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 150

TATGAAGTACCAAGCGCGGCTTGGAATGATGGTGGCTGGTTGCTATGGTCTGCCACAGTTCAGGATGCGTGTGTTCCTCTGGGGTGCTCTTTCTTCCATGgtctgttctg ... gacaatttagGTGCTCCCTAAGTATCCTCTGCCCACCTATGATGTTGTAGTACGTGGAGGAGCCCCTAATGCCTTTTCG


Block sizes: 45 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 80

TATGAAGTACCAAGCGCGGCTTGGAATGATGGTGGCTGGTTGCTATGGTCTGCCACAGTTCAGGATGCGTGTGTTCCTCTGGGGTGCTCTTTCTTCCATGgtctgttctg ... gacaatttagGTGCTCCCTAAGTATCCTCTGCCCACCTATGATGTTGTAGTACGTGGAGGAGCCCCTAATGCCTTTTCG


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 43

TATGAAGTACCAAGCGCGGCTTGGAATGATGGTGGCTGGTTGCTATGGTCTGCCACAGTTCAGGATGCGTGTGTTCCTCTGGGGTGCTCTTTCTTCCATGgtctgttctg ... gacaatttagGTGCTCCCTAAGTATCCTCTGCCCACCTATGATGTTGTAGTACGTGGAGGAGCCCCTAATGCCTTTTCG


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TATGAAGTACCAAGCGCGGCTTGGAATGATGGTGGCTGGTTGCTATGGTCTGCCACAGTTCAGGATGCGTGTGTTCCTCTGGGGTGCTCTTTCTTCCATGgtctgttctgtaccttgctgttttatatgcttcgctagattcatattgcactgttggctgctggctaaccaggtgtacgtgtatttgacaatttag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGGATG