Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGTACCCTTTTGAGGCTTGCATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAGgtaggtttgaaagtttagtttctaaaaaagaatgctactttttgattaatgttgtattttatatgcccgaactgtttttcctttacaag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G015989_T02
intron # 11
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G015989_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 11
lower sequence: LOC_Os02g01280.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 11
AGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGTACCCTTTTGAGGCTTGCATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAGgtaggtttgaaagt---ttagtttctaaaaaaga----atgctactttttgattaatg---ttgtattttatatgcccgaactgtttttcctttacaag------
 || ||||||||||| ||||| || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||| |||||||||||||||||     || |    || | | |    |       ||   |   |  | | || |   |||| || |||   |   || |    || ||||           
TGTTGAGGAAGGTATTGTTGTTGGAGGTGGCTGTACGCTTTTGCGGCTTGCATCAAAAGTTGATGCCATTATAGAAACACTTGAGAATGATGAACAGAAGgtaggaaaacaaatgaaataatctttggttattgtttcatttcatcctaggttcaaggcatttgttttctattgtcaataattaaaatttctttttggcttcaag

upper sequence: GRMZM2G015989_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 11
lower sequence: GLYMA08G18760.3 (Glycine max), 5'ss of exon 10
AGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGTACCCTTTTGAGGCTTGCATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAGgtaggtttgaaagtttagtttctaaaaaagaatgctactttttgatta----atgttgtattttatatgcccgaa-------ctgtttttcctttacaag---------------------------------------------------------
    ||||||||||| ||||| |||||||| || || ||| |||| ||||||||||| || |||||||| |  || | |||||| || |||||| | || ||  ||     | || |  |    | ||   | | | | |     ||     || || | ||||   |||  | |       |||  | |  ||| |||                                                          
----GAGGAAGGTATTGTTGTTGGTGGTGGTTGCACTCTTCTGAGACTTGCATCAAAGGTGGATGCAATCAAGGATAGCCTTGATAATGATGAAGAAAAAGTGAgtcatttatttgatatggagagaatataagtttcctggatgttgtgatattttttgttttgggtgctgggaaatgctcctgactgttgttttcaaattcaactccaaacatggtcatgacttcaaaattgtgtttaatttttgcaggttggag

upper sequence: GRMZM2G015989_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 11
lower sequence: GLYMA08G18760.1 (Glycine max), 5'ss of exon 10
AGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGTACCCTTTTGAGGCTTGCATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAGgtaggtttgaaagtttagtttctaaaaaagaatgctactttttgatta----atgttgtattttatatgcccgaa-------ctgtttttcctttacaag--------------------------------------------------
 || ||||||||||| ||||| |||||||| || || ||| |||| ||||||||||| || |||||||| |  || | |||||| || |||||| | || ||  ||     | || |  |    | ||   | | | | |     ||     || || | ||||   |||  | |       |||  | |  ||| |||                                                   
TGTAGAGGAAGGTATTGTTGTTGGTGGTGGTTGCACTCTTCTGAGACTTGCATCAAAGGTGGATGCAATCAAGGATAGCCTTGATAATGATGAAGAAAAAgtgagtcatttatttgatatggagagaatataagtttcctggatgttgtgatattttttgttttgggtgctgggaaatgctcctgactgttgttttcaaattcaactccaaacatggtcatgacttcaaaattgtgtttaatttttgcag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|67024753|gb|CO453502.1|CO453502
EST:     CATTAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAG                         GTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT
genomic: CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAGgtaggtttga ... cctttacaagGTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT
EST: gi|211490742|gb|FL282858.1|FL282858
EST:     CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAG                         GTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT
genomic: CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAGgtaggtttga ... cctttacaagGTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT
EST: gi|22491347|gb|BU051270.1|BU051270
EST:     CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAG                         GTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT
genomic: CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAGgtaggtttga ... cctttacaagGTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT
EST: gi|60396892|gb|DN229711.1|DN229711
EST:     CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAG                         GTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT
genomic: CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAGgtaggtttga ... cctttacaagGTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT
EST: gi|32867895|gb|CF007577.1|CF007577
EST:     CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAG                         GTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCCCTTAAATTGATT
genomic: CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAGgtaggtttga ... cctttacaagGTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT
EST: gi|211490743|gb|FL282859.1|FL282859
EST:     CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAG                         GTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT
genomic: CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAGgtaggtttga ... cctttacaagGTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT
EST: gi|67018624|gb|CO447373.1|CO447373
EST:     CATTAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAG                         GTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT
genomic: CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAGgtaggtttga ... cctttacaagGTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT
EST: gi|211161903|gb|FL325520.1|FL325520
EST:     CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAG                         GTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCT
genomic: CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAGgtaggtttga ... cctttacaagGTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCT
EST: gi|4226301|gb|AI396408.1|AI396408
EST:     CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAG                         GTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT
genomic: CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAGgtaggtttga ... cctttacaagGTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT
EST: gi|7238275|gb|AW573542.1|AW573542
EST:     CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAG                         GTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT
genomic: CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAGgtaggtttga ... cctttacaagGTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT
EST: gi|78081966|gb|DV510378.1|DV510378
EST:     CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAG                         GTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT
genomic: CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAGgtaggtttga ... cctttacaagGTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT
EST: gi|116821908|gb|EC865261.1|EC865261
EST:     CTCAAAAGTTGATGCAA-TATAGAGACCCTTGAGAACGCATGAACAGAAG                         GTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT
genomic: -TCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACG-ATGAACAGAAGgtaggtttga ... cctttacaagGTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT
EST: gi|32867923|gb|CF007605.1|CF007605
EST:     CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAG                         GTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCCCTTAAATTGATT
genomic: CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAGgtaggtttga ... cctttacaagGTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT
EST: gi|37379284|gb|CF626383.1|CF626383
EST:     CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAG                         GTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT
genomic: CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAGgtaggtttga ... cctttacaagGTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT
EST: gi|16926381|gb|BM079449.1|BM079449
EST:     CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAG                         GCGGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT
genomic: CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAGgtaggtttga ... cctttacaagGTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT
EST: gi|31356086|gb|CD440443.1|CD440443
EST:     CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAG                         GTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT
genomic: CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAGgtaggtttga ... cctttacaagGTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT
EST: gi|67018533|gb|CO447282.1|CO447282
EST:     CATTAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAG                         GTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT
genomic: CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAGgtaggtttga ... cctttacaagGTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT
EST: gi|67024700|gb|CO453449.1|CO453449
EST:     AGAGACCCTTGCGAACGATGAACAGAAG                         GTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT
genomic: AGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAGgtaggtttga ... cctttacaagGTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT
EST: gi|29544666|gb|CB605046.1|CB605046
EST:     CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAG                         GTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT
genomic: CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAGgtaggtttga ... cctttacaagGTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT
EST: gi|67021281|gb|CO450030.1|CO450030
EST:     CATTAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAG                         GTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT
genomic: CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAGgtaggtttga ... cctttacaagGTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT
EST: gi|32935512|gb|CF040324.1|CF040324
EST:     TATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAG                         GTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT
genomic: TATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAGgtaggtttga ... cctttacaagGTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT
EST: gi|26457560|gb|CA829143.1|CA829143
EST:     CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAG                         GTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT
genomic: CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAGgtaggtttga ... cctttacaagGTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT
EST: gi|31356938|gb|CD441295.1|CD441295
EST:     CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAG                         GTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT
genomic: CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAGgtaggtttga ... cctttacaagGTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT
EST: gi|211181594|gb|FL462638.1|FL462638
EST:     CATCAAAATTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAG                         GTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT
genomic: CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAGgtaggtttga ... cctttacaagGTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT
EST: gi|211033566|gb|FL449282.1|FL449282
EST:     CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAG                         GTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT
genomic: CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAGgtaggtttga ... cctttacaagGTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT
EST: gi|67017327|gb|CO446076.1|CO446076
EST:     CATTANAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAG                         GTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT
genomic: CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAGgtaggtttga ... cctttacaagGTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT
EST: gi|21891546|gb|BQ744759.1|BQ744759
EST:     CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAG                         GTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT
genomic: CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAGgtaggtttga ... cctttacaagGTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT
EST: gi|40335213|gb|CK369283.1|CK369283
EST:     CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAG                         GTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT
genomic: CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAGgtaggtttga ... cctttacaagGTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT
EST: gi|4834970|gb|AI670196.1|AI670196
EST:     CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAG                         GTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT
genomic: CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAGgtaggtttga ... cctttacaagGTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT
EST: gi|67011543|gb|CO440292.1|CO440292
EST:     CATTAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAG                         GTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT
genomic: CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAGgtaggtttga ... cctttacaagGTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT
EST: gi|67022736|gb|CO451485.1|CO451485
EST:     CATTAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAG                         GTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT
genomic: CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAGgtaggtttga ... cctttacaagGTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT
EST: gi|29945491|gb|CB815666.1|CB815666
EST:     CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAG                         GTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT
genomic: CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAGgtaggtttga ... cctttacaagGTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT
EST: gi|24769817|gb|CA404946.1|CA404946
EST:     CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAG                         GTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT
genomic: CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAGgtaggtttga ... cctttacaagGTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT
EST: gi|211268018|gb|FL355151.1|FL355151
EST:     CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAG                         GTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT
genomic: CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAGgtaggtttga ... cctttacaagGTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT
EST: gi|21987876|gb|BQ779404.1|BQ779404
EST:     -T-TAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGTAACAGAAG                         GTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGAT
genomic: ATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATG-AACAGAAGgtaggtttga ... cctttacaagGTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGAT
EST: gi|37380525|gb|CF627079.1|CF627079
EST:     CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAG                         GTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT
genomic: CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAGgtaggtttga ... cctttacaagGTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT
EST: gi|19272604|gb|BM888860.1|BM888860
EST:     CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAG                         GTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT
genomic: CATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAGgtaggtttga ... cctttacaagGTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 499

AGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGTACCCTTTTGAGGCTTGCATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAGgtaggtttga ... cctttacaagGTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATTGCAAAAAATGCAGGCGTTAATGGCAGTGTGGTTACTGAGAAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 269

AGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGTACCCTTTTGAGGCTTGCATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAGgtaggtttga ... cctttacaagGTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATTGCAAAAAATGCAGGCGTTAATGGCAGTGTGGTTACTGAGAAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 203

AGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGTACCCTTTTGAGGCTTGCATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAGgtaggtttga ... cctttacaagGTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATTGCAAAAAATGCAGGCGTTAATGGCAGTGTGGTTACTGAGAAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 632

AGTCGAGGAAGGTATCGTTGTAGGTGGTGGCTGTACCCTTTTGAGGCTTGCATCAAAAGTTGATGCAATTATAGAGACCCTTGAGAACGATGAACAGAAGgtaggtttga ... cctttacaagGTTGGGGCTGAAATTGTAAGGAAGTCCTTGAGCTATCCACTTAAATTGATTGCAAAAAATGCAGGCGTTAATGGCAGTGTGGTTACTGAGAAG