Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATTTGTTGAAATTATGGCAACGGTGTTCTCTAGAAATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgtgaacgcaatatgctaatgcattagtttgtctaaagtgtagtatgcttacccactgcttcatgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G006507_T03
intron # 11
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G006507_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 11
lower sequence: LOC_Os02g19510.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 11
ATTTGTTGAAATTATGGCAACGGTGTTCTCTAGAAATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgtgaa----cgcaatatgctaatgcattagtttgtcta-aagtgtagtatgcttacccactgcttcatgcag
|||||||||||| |||||||| |||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |    | | | ||| | |    | |  |||| || ||  || |||| ||||| |||||  |  |||||
ATTTGTTGAAATCATGGCAACCGTGTTCTCTAGGGATGCATGGCGCTGTGTCTGGCATATGATTCAGgtggagtggcactacatgttcaactttaacattgtttataacagtggtattcttacacactgtcttctgcag

upper sequence: GRMZM2G006507_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 11
lower sequence: AT1G08040.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 11
ATTTGTTGAAATTATGGCAACGGTGTTCTCTAGAAATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgtgaacgcaatatgctaatgcattagtttgtctaaagtgtagtatgcttaccca---ctgcttcatgcag------------------------------------------------------------------------------------------------------
 |||||||| ||||||||| | || || |||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||    |   ||   | || ||    ||| |   |   ||| |    | |||||    ||   |||  |                                                                                                       
GTTTGTTGAGATTATGGCACCTGTATTTTCTAGAGAAGCATGGCGATGTGTATGGCATATGATTCAGgtttttgtt-taactttattcacc--tttttacgatcggtattcacatgacccaaatttgtggcattgatgaatctacgttggtttctgattaagctatcaaaaggagtttgtctagtcttccagaccatcacttggtagcctaaaaacaatcttgtttgtttctggtgcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|87153082|gb|DY397871.1|DY397871
EST:     CAACGGTGTTCTCTAGAAATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAG                         AATGACTTGGTCCATGGATGGGGTCTTGACTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
genomic: CAACGGTGTTCTCTAGAAATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgtgaacgcaa ... cttcatgcagAATGACTTGGTCCATGGATGGGGTCTTGACTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
EST: gi|78106684|gb|DV525102.1|DV525102
EST:     CAACGGTGTTCTCTAGAAATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAG                         AATGACTTGGTCCATGGATGGGGTCTTGACTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
genomic: CAACGGTGTTCTCTAGAAATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgtgaacgcaa ... cttcatgcagAATGACTTGGTCCATGGATGGGGTCTTGACTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
EST: gi|74235735|gb|DT643649.1|DT643649
EST:     CAACGGTGTTCTCTAGAAATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAG                         AATGACTTGGTCCATGGATGGGGTCTTGACTTTGCTCTTAGGGAATGTGTG
genomic: CAACGGTGTTCTCTAGAAATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgtgaacgcaa ... cttcatgcagAATGACTTGGTCCATGGATGGGGTCTTGACTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
EST: gi|18964823|gb|BM661216.1|BM661216
EST:     CAACGGTGTTCTCTAGAAATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAG                         AATGACTTGGTCCATGGATGGGGTCTTGACTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
genomic: CAACGGTGTTCTCTAGAAATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgtgaacgcaa ... cttcatgcagAATGACTTGGTCCATGGATGGGGTCTTGACTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
EST: gi|31348516|gb|CD432873.1|CD432873
EST:     CAACGGTGTTCTCTAGAAATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAG                         AATGACTTGGTCCATGGATGGGGTCTTTACTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
genomic: CAACGGTGTTCTCTAGAAATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgtgaacgcaa ... cttcatgcagAATGACTTGGTCCATGGATGGGGTCTTGACTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
EST: gi|24763232|gb|CA398411.1|CA398411
EST:     CAACGGTGTTCTCTAGAAATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAG                         AATGACTTGGTCCATGGATGGGGTCTTGACTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
genomic: CAACGGTGTTCTCTAGAAATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgtgaacgcaa ... cttcatgcagAATGACTTGGTCCATGGATGGGGTCTTGACTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
EST: gi|22490474|gb|BU050397.1|BU050397
EST:     CAACGGTGTTCTCTAGAAATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAG                         AATGACTTGGTCCATGGATGGGGTCTTGACTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
genomic: CAACGGTGTTCTCTAGAAATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgtgaacgcaa ... cttcatgcagAATGACTTGGTCCATGGATGGGGTCTTGACTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
EST: gi|74237173|gb|DT645087.1|DT645087
EST:     TGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAG                         AATGACTTGGTCCATGGATGGGGTCTTGACTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
genomic: TGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgtgaacgcaa ... cttcatgcagAATGACTTGGTCCATGGATGGGGTCTTGACTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
EST: gi|88751496|gb|DY535637.1|DY535637
EST:     CAACGGTGTTCTCTAGAAATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAG                         AATGACTTGGTCCATGGATGGGGTCTGGACTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
genomic: CAACGGTGTTCTCTAGAAATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgtgaacgcaa ... cttcatgcagAATGACTTGGTCCATGGATGGGGTCTTGACTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
EST: gi|78544004|gb|DV621502.1|DV621502
EST:     CAACGGTGTTCTCTAGAAATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAG                         AATGACTTGGTCCATGGATGGGGTCTTGACTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG
genomic: CAACGGTGTTCTCTAGAAATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgtgaacgcaa ... cttcatgcagAATGACTTGGTCCATGGATGGGGTCTTGACTTTGCTCTTAGGAAATGTGTG