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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCGCCAGTCTCCTGGTGTACCAAATCTTCGCCTACCGTTGGGTCAACAAGATCCTCGGCCCAGTCAACTCAACCCGAGTTTCGTCGgtgagtcgccggttactgtttgccatcttaatttgcagcgtacccataccctgcacactgtttggatttgacaaataaataagcaacttatgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM5G877788_T03
intron # 10
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211396502|gb|FK986087.1|FK986087
EST:     CAACAAGATCCTCGGCCCAGTCAACTCAACCCGAGTTTCGTCG                         GCGCTATCCATACCGATAATCGCCGCTTACCCCTTCATGACGCGCTTGTCG
genomic: CAACAAGATCCTCGGCCCAGTCAACTCAACCCGAGTTTCGTCGgtgagtcgcc ... acttatgcagGCGCTATCCATACCGATAATCGCCGCTTACCCCTTCATGACGCGCTTGTCG
EST: gi|76926346|gb|DV170820.1|DV170820
EST:     GTTGGGTCAACAAGATCCTCGGCCCAGTCAACTCAACCCGAGTTTCGTCG                         GCGCTATCCATACCGATAATCGCCGCTTACCCCTTCATGACGCGCTTGTCG
genomic: GTTGGGTCAACAAGATCCTCGGCCCAGTCAACTCAACCCGAGTTTCGTCGgtgagtcgcc ... acttatgcagGCGCTATCCATACCGATAATCGCCGCTTACCCCTTCATGACGCGCTTGTCG
EST: gi|71427484|gb|DR808534.1|DR808534
EST:     GTTGGGTCAACAAGATCCTCGGCCCAGTCAACTCAACCCGAGTTTCGTCG                         GCGCTATCCATACCGATAATCGCCGCTTACCCCTTCATGACGCGCTTGTCG
genomic: GTTGGGTCAACAAGATCCTCGGCCCAGTCAACTCAACCCGAGTTTCGTCGgtgagtcgcc ... acttatgcagGCGCTATCCATACCGATAATCGCCGCTTACCCCTTCATGACGCGCTTGTCG
EST: gi|76018157|gb|DT945327.1|DT945327
EST:     GTTGGGTCAACAAGATCCTCGGCCCAGTCAACTCAACCCGAGTTTCGTCG                         GGGCTATCCATACCGATAATCGCCGCTTACCCCTTCATGACGCGCTTGTCG
genomic: GTTGGGTCAACAAGATCCTCGGCCCAGTCAACTCAACCCGAGTTTCGTCGgtgagtcgcc ... acttatgcagGCGCTATCCATACCGATAATCGCCGCTTACCCCTTCATGACGCGCTTGTCG
EST: gi|78123316|gb|DV541700.1|DV541700
EST:     GTTGGGTCAACAAGATCCTCGGCCCAGTCAACTCAACCCGAGTTTCGTCG                         GCGCTATCCATACCGATAATCGCCGCTTACCCCTTCATGACGCGCTTGTCG
genomic: GTTGGGTCAACAAGATCCTCGGCCCAGTCAACTCAACCCGAGTTTCGTCGgtgagtcgcc ... acttatgcagGCGCTATCCATACCGATAATCGCCGCTTACCCCTTCATGACGCGCTTGTCG
EST: gi|149077505|gb|EE166202.2|EE166202
EST:     GTTGGGTCAACAAGATCCTCGGCCCAGTCAACTCAACCCGAGTTTCGTCG                         GCGCTATCCATACCGATAATCGCCGCTTACCCCTTCATGACGCGCTTGTCG
genomic: GTTGGGTCAACAAGATCCTCGGCCCAGTCAACTCAACCCGAGTTTCGTCGgtgagtcgcc ... acttatgcagGCGCTATCCATACCGATAATCGCCGCTTACCCCTTCATGACGCGCTTGTCG
EST: gi|74233874|gb|DT641788.1|DT641788
EST:     GTTGGGTCAACAAGATCCTCGGCCCAGTCAACTCAACCCGAGTTTCGTCG                         GCGCTATCCATACCGATAATCGCCGCTTACCCCTTCATGACGCGCTTGTCG
genomic: GTTGGGTCAACAAGATCCTCGGCCCAGTCAACTCAACCCGAGTTTCGTCGgtgagtcgcc ... acttatgcagGCGCTATCCATACCGATAATCGCCGCTTACCCCTTCATGACGCGCTTGTCG
EST: gi|94474394|gb|EB703352.1|EB703352
EST:     GTTGGGTCAACAAGATCCTCGGCCCAGTCAACTCAACCCGAGTTTCGTCG                         GCGCTATCCATACCGATAATCGCCGCTTACCCCTTCATGACGCGCTTGTCG
genomic: GTTGGGTCAACAAGATCCTCGGCCCAGTCAACTCAACCCGAGTTTCGTCGgtgagtcgcc ... acttatgcagGCGCTATCCATACCGATAATCGCCGCTTACCCCTTCATGACGCGCTTGTCG
EST: gi|71428520|gb|DR809570.1|DR809570
EST:     GTTGGGTCAACAAGATCCTCGGCCCAGTCAACTCAACCCGAGTTTCGTCG                         GCGCTATCCATACCGATAATCGCCGCTTACCCCTTCATGACGCGCTTGTCG
genomic: GTTGGGTCAACAAGATCCTCGGCCCAGTCAACTCAACCCGAGTTTCGTCGgtgagtcgcc ... acttatgcagGCGCTATCCATACCGATAATCGCCGCTTACCCCTTCATGACGCGCTTGTCG
EST: gi|78084898|gb|DV513291.1|DV513291
EST:     GTTGGGTCAACAAGATCCTCGGCCCAGTCAACTCAACCCGAGTTTTGTTG                         GCGCTATCCATACCGATAATCGCCGCTTACCCCTTCATGACGCGCTTGTCG
genomic: GTTGGGTCAACAAGATCCTCGGCCCAGTCAACTCAACCCGAGTTTCGTCGgtgagtcgcc ... acttatgcagGCGCTATCCATACCGATAATCGCCGCTTACCCCTTCATGACGCGCTTGTCG