Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTAGGGATGGGGTTGGGGATGCTGTTAGCTCAAATTACCAGAGGGCATGCTTTGAGTGTATGGGCATCTTTTCTTTCTCTTACGATGTTCCATATGTATGgtgagtacttttttgttcttccatgttttttaaatattcaaacaacttttgaacttacctacttattatcttcttatttgacttctaaactattgtagtg...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM5G846548_T02
intron # 10
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM5G846548_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 10
lower sequence: LOC_Os03g11500.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 10
TTAGGGATGGGGTTGGGGATGCTGTTAGCTCAAATTACCAGAGGGCATGCTTTGAGTGTATGGGCATCTTTTCTTTCTCTTACGATGTTCCATATGTATGgtgagtactttttt---gttcttccatgttttttaaatattcaaacaacttttgaacttacctacttattatcttcttatttgacttctaaactattgtagtg
||||| |||||  |||| |||||  | || ||  |||||||||||||||||||| |||||||||  || || |||||||| ||||| ||||||||||||||||||| | |  ||    |  ||   | ||| ||   | |   ||   ||||  || | |   |  ||||||    ||||  |        | |||       
TTAGGAATGGGACTGGGAATGCTTCTTGCCCATGTTACCAGAGGGCATGCTTTGGGTGTATGGGTTTCATTCCTTTCTCTAACGATATTCCATATGTATGgtgagtgcatcattccaatatttatttatttattttttgtaagaaggcctttataattgaagaa--tattattcaattatgaggtcagaggaatatgaacaa-
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|18654521|gb|BM499326.1|BM499326
EST:     TTTGAGTGTATGGGCATCTTTTCTTTCTCTTACGATGTTCCATATGTATG                         CAAATTACAAGGCAGTGCAGNCACTTTCACTCACTACGCTAAACTATGAGA
genomic: TTTGAGTGTATGGGCATCTTTTCTTTCTCTTACGATGTTCCATATGTATGgtgagtactt ... gatgatccagCAAATTACAAGGCAGTGCAGTCACTTTCACTCACTACGCTAAACTATGAGA
EST: gi|18654522|gb|BM499327.1|BM499327
EST:     TTTGAGTGTATGGGCATCTTTTCTTTCTCTTACGATGTTCCATATGTATG                         CAAATTACAAGGCAGTGCAGTCACTTTCACTCACTACGCTAAACTATGAGA
genomic: TTTGAGTGTATGGGCATCTTTTCTTTCTCTTACGATGTTCCATATGTATGgtgagtactt ... gatgatccagCAAATTACAAGGCAGTGCAGTCACTTTCACTCACTACGCTAAACTATGAGA
EST: gi|18649151|gb|BM497970.1|BM497970
EST:     TTTGAGTGTATGGGCATCTTTTCTTTCTCTTACGATGTTCCATATGTATG                         CAAATTACAAGGCAGTGCAGTCACTTTCACTCACTACGCTAAACTATGAGA
genomic: TTTGAGTGTATGGGCATCTTTTCTTTCTCTTACGATGTTCCATATGTATGgtgagtactt ... gatgatccagCAAATTACAAGGCAGTGCAGTCACTTTCACTCACTACGCTAAACTATGAGA
EST: gi|211102153|gb|FL034739.1|FL034739
EST:     TTTGAGTGTATGGGCATCTTTTCTTTCTCTTACGATGTTCCATATGTATG                         CAAATTACAAGGCAGTGCAGTCACTTTCACTCACTACGCTAAACTATGAGA
genomic: TTTGAGTGTATGGGCATCTTTTCTTTCTCTTACGATGTTCCATATGTATGgtgagtactt ... gatgatccagCAAATTACAAGGCAGTGCAGTCACTTTCACTCACTACGCTAAACTATGAGA