Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGTAACTGAGGAGAGACCTGGCTGGTGTAGCGACCCTCACCTGCCACCATGTGCAGCgtaggagtgcaatcatttattagattattttcttatcgaaatttctgtttttcacatgtaatctgatatgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM5G801369_T02
intron # 10
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|56461966|gb|CK986264.1|CK986264
EST:     GAGGAGAGACCTGGCTGGTGTAGCGACCCTCACCTGCCACCATGTGCAGC                         GTTTGTTGAAATTATGGCAACTGTATTCTCAAGGGATGCATGGCGCTGTGT
genomic: GAGGAGAGACCTGGCTGGTGTAGCGACCCTCACCTGCCACCATGTGCAGCgtaggagtgc ... tgatatgcagGTTTGTTGAAATTATGGCAACTGTATTCTCAAGGGATGCATGGCGCTGTGT
EST: gi|32838018|gb|CD977696.1|CD977696
EST:     GAGGAGAGACCTGGCTGGTGTAGCGACCCTCACCTGCCACCATGTGCAGC                         GTTTGTTGAAATTATGGCAACTGTATTCTCAAGGGATGCATGGCGCTGTGT
genomic: GAGGAGAGACCTGGCTGGTGTAGCGACCCTCACCTGCCACCATGTGCAGCgtaggagtgc ... tgatatgcagGTTTGTTGAAATTATGGCAACTGTATTCTCAAGGGATGCATGGCGCTGTGT
EST: gi|78120790|gb|DV539174.1|DV539174
EST:     GAGGAGAGACCTGGCTGGTGTAGCGACCCTCACCTGCCACCATGTGCAGC                         GTTTGTTGAAATTATGGCAACTGTATTCTCAAGGGATGCATGGCGCTGTGT
genomic: GAGGAGAGACCTGGCTGGTGTAGCGACCCTCACCTGCCACCATGTGCAGCgtaggagtgc ... tgatatgcagGTTTGTTGAAATTATGGCAACTGTATTCTCAAGGGATGCATGGCGCTGTGT
EST: gi|32837052|gb|CD976730.1|CD976730
EST:     GTAGCGACCCTCACCTGCCACCATGTGCAGC                         GTTTGTTGAAATTATGGCAACTGTATTCTCAAGGGATGCATGGCGCTGTGT
genomic: GTAGCGACCCTCACCTGCCACCATGTGCAGCgtaggagtgc ... tgatatgcagGTTTGTTGAAATTATGGCAACTGTATTCTCAAGGGATGCATGGCGCTGTGT
EST: gi|6021059|gb|AW065987.1|AW065987
EST:     GAGGAGAGACCTGGCTGGTGTAGCGACCCTCACCTGCCACCATGTGCAGC                         GTTTGTTGAAATTATGGCAACTGTATTCTCAAGGGATGCATGGCGCTGTGT
genomic: GAGGAGAGACCTGGCTGGTGTAGCGACCCTCACCTGCCACCATGTGCAGCgtaggagtgc ... tgatatgcagGTTTGTTGAAATTATGGCAACTGTATTCTCAAGGGATGCATGGCGCTGTGT
EST: gi|6601788|gb|AW256229.1|AW256229
EST:     GAGGAGAGACCTGGCTGGTGTAGCGACCCTCACCTGCCNCCATGTGCAGC                         GTTTGTTGAAATTATGGCAACTGTATTCTCAAGGGATGCATGGCGCTGTGT
genomic: GAGGAGAGACCTGGCTGGTGTAGCGACCCTCACCTGCCACCATGTGCAGCgtaggagtgc ... tgatatgcagGTTTGTTGAAATTATGGCAACTGTATTCTCAAGGGATGCATGGCGCTGTGT
EST: gi|32917091|gb|CF021903.1|CF021903
EST:     GAGGAGAGACCTGGCTGGTGTAGCGACCCTCACCTGCCACCATGTGCAGC                         GTTTGTTGAAATTATGGCAACTGTATTCTCAAGGGATGCATGGCGCTGTGT
genomic: GAGGAGAGACCTGGCTGGTGTAGCGACCCTCACCTGCCACCATGTGCAGCgtaggagtgc ... tgatatgcagGTTTGTTGAAATTATGGCAACTGTATTCTCAAGGGATGCATGGCGCTGTGT
EST: gi|50331568|gb|CO526694.1|CO526694
EST:     CTGCCACCATGTGCAGC                         GTTTGTTGAAATTATGGCAACTGTATTCTCAAGGGATGCATGGCGCTGTGT
genomic: CTGCCACCATGTGCAGCgtaggagtgc ... tgatatgcagGTTTGTTGAAATTATGGCAACTGTATTCTCAAGGGATGCATGGCGCTGTGT
EST: gi|32839016|gb|CD978697.1|CD978697
EST:     GAGGAGAGACCTGGCTGGTGTAGCGACCCTCACCTGCCACCATGTGCAGC                         GTTTGTTGAAATTATGGCAACTGTATTCTCAAGGGATGCATGGCGCTGTGT
genomic: GAGGAGAGACCTGGCTGGTGTAGCGACCCTCACCTGCCACCATGTGCAGCgtaggagtgc ... tgatatgcagGTTTGTTGAAATTATGGCAACTGTATTCTCAAGGGATGCATGGCGCTGTGT
EST: gi|32832999|gb|CD972677.1|CD972677
EST:     CCACCATGTGCAGC                         ATTTGTTGAGATTATGGCAACAGTGTTCTCCAGAAATGCATGGCGCTGTGT
genomic: CCACCATGTGCAGCgtaggagtgc ... tgatatgcagGTTTGTTGAAATTATGGCAACTGTATTCTCAAGGGATGCATGGCGCTGTGT
EST: gi|12973204|gb|BG268364.1|BG268364
EST:     GAGGAGAGACCTGGCTGGTGTAGCGACCCTCACCTGCCACCATGTGCAGC                         GTTTGTTGAAATTATGGCAACTGTATTCTCAAGGGATGCATGGCGCTGTGT
genomic: GAGGAGAGACCTGGCTGGTGTAGCGACCCTCACCTGCCACCATGTGCAGCgtaggagtgc ... tgatatgcagGTTTGTTGAAATTATGGCAACTGTATTCTCAAGGGATGCATGGCGCTGTGT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
AGTAACTGAGGAGAGACCTGGCTGGTGTAGCGACCCTCACCTGCCACCATGTGCAGCgtaggagtgcaatcatttattagattattttcttatcgaaatttctgtttttcacatgtaatctgatatgcag

- - -  GAGGAG
- - - - AGGAGA