Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AAATCCCGGTGTATGACATTGTGCTATGTCTTATGATTGCTTTTGCTGTAATCCCAACAATTGGATCTAAgtaagtacagcatgacaacatgtattactttcaagtggtattttgtgctacctggtgttccatatcatttttttgtatattatatggtcatgtaatctta...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G466281_T01
intron # 10
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G466281_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 10
lower sequence: LOC_Os02g02750.3 (Oryza sativa), 5'ss of exon 10
AAATCCCGGTGTATGACATTGTGCTATGTCTTATGATTGCTTTTGCTGTAATCCCAACAATTGGATCTAAgtaagtacagcatg-acaacatgtattactttcaagtggtattttgtgctacctggtgttccatatcattttt---ttgtatattatatgg-tcatgtaatctta
|  |||| || ||||  ||||  || | ||| ||||| |||||||||||||| || || ||||||||||||||||| |    || ||| |||||| |||||| | |   |||||| |  ||||||    |  |  |||| | |    | |  |  |||||  ||  | || |   
AGGTCCCAGTATATGGAATTGCACTGTTTCTAATGATAGCTTTTGCTGTAATTCCGACGATTGGATCTAAgtaagttcttactgcacagcatgtactacttt-atgaattattttatattacctgtcagttta-gtcatctatggactatggagcatatgaatccagcaagc---
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|101388019|gb|EB816024.1|EB816024
EST:     GTGCTATGTCTTATGATTGCTTTTGCTGTAATCCCAACAATTGGATCTAA                         CATCCACAATGTATATAAAGTCGTTGAAG
genomic: GTGCTATGTCTTATGATTGCTTTTGCTGTAATCCCAACAATTGGATCTAAgtaagtacag ... aactgtacagCATCCACAATGTATATAAAGTCGTTGAAG
EST: gi|149075136|gb|EE163629.2|EE163629
EST:     GTGCTATGTCTTATGATTGCTTTTGCTGTAATCCCAACAATTGGATCTAA                         CATCCACAATGTATATAAAGTCGTTGAAGCAAGAAAAGGAAGCATGCTTCT
genomic: GTGCTATGTCTTATGATTGCTTTTGCTGTAATCCCAACAATTGGATCTAAgtaagtacag ... aactgtacagCATCCACAATGTATATAAAGTCGTTGAAGCAAGAAAAGGAAGCATGCTTCT
EST: gi|84980730|gb|DW531079.1|DW531079
EST:     GTGCTATGTCTTATGATTGCTTTTGCTGTAATCCCAACAATTGGATCTAA                         CATCCACAATGTATATAAAGTCGTTGAAGCAAGAAAAGGAAGCATGCTTCT
genomic: GTGCTATGTCTTATGATTGCTTTTGCTGTAATCCCAACAATTGGATCTAAgtaagtacag ... aactgtacagCATCCACAATGTATATAAAGTCGTTGAAGCAAGAAAAGGAAGCATGCTTCT
EST: gi|24934262|gb|CA452480.1|CA452480
EST:     GTGCTATGTCTTATGATTGCTTTTGCTGTAATCCCAACAATTGGATCTAA                         CATCCACAATGTATATAAAGTCGTTGAAGCAAGAAAAGGAAGCATGCTTCT
genomic: GTGCTATGTCTTATGATTGCTTTTGCTGTAATCCCAACAATTGGATCTAAgtaagtacag ... aactgtacagCATCCACAATGTATATAAAGTCGTTGAAGCAAGAAAAGGAAGCATGCTTCT