Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGTCATTGGCCTTTTCCGTCAGATCATATTATGGAGgtactatactttattgactttgtagttctaaattaatttccatggccttggttgcatcagaatcctataatatgtactgttcaattgttctacataaatg...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G422938_T02
intron # 10
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|60344896|gb|DN211869.1|DN211869
EST:     GGTCATTGGCCTTNTCCGTCAGATCATATTATGGAG                         GGATATGCTTATATACTCACCCACCCTGGCATCCCCACGGTGTTCTATGAT
genomic: GGTCATTGGCCTTTTCCGTCAGATCATATTATGGAGgtactatact ... agatctttagGGATATGCTTATATACTCACCCACCCTGGCATCCCCACGGTGTTCTATGAT
EST: gi|28566570|gb|CB278218.1|CB278218
EST:     TCCACTCAGGGTCATTGGCCTTTTCCGTCAGATCATATTATGGAG                         GGATATGCTTATATACTCACCCACCCTGGCATCCCCACGGTGTTCTATGAT
genomic: TCCACTCAGGGTCATTGGCCTTTTCCGTCAGATCATATTATGGAGgtactatact ... agatctttagGGATATGCTTATATACTCACCCACCCTGGCATCCCCACGGTGTTCTATGAT
EST: gi|213188366|gb|FM182148.1|FM182148
EST:     GGTCATTGGCCTTTTCCGTCAGATCATATTATGGAG                         GGATATGCTTATATACTCACCCACCCTGGCATCCCCACGGTGTTCTATGAT
genomic: GGTCATTGGCCTTTTCCGTCAGATCATATTATGGAGgtactatact ... agatctttagGGATATGCTTATATACTCACCCACCCTGGCATCCCCACGGTGTTCTATGAT
EST: gi|50327383|gb|CO522509.1|CO522509
EST:     GGTCATTGGCCTTTTCCGTCAGATCATATTATGGAG                         GGATATGCTTATATACTCACCCACCCTGGCATCCCCACGGTGTTCTATGAT
genomic: GGTCATTGGCCTTTTCCGTCAGATCATATTATGGAGgtactatact ... agatctttagGGATATGCTTATATACTCACCCACCCTGGCATCCCCACGGTGTTCTATGAT
EST: gi|211528351|gb|FL435370.1|FL435370
EST:     AGGGTCATCGGCCCTTTCCGTCAGATCATTTTTAGGGAG                         GGATATGCTTATATACTCACCCACCCTGGCATCCCCACGGTGTTCTATGAT
genomic: AGGGTCATTGGCCTTTTCCGTCAGATCA-TATTATGGAGgtactatact ... agatctttagGGATATGCTTATATACTCACCCACCCTGGCATCCCCACGGTGTTCTATGAT
EST: gi|31612367|gb|CD568989.1|CD568989
EST:     GGTCATTGGCCTTTTCCGTCAGATCATATTATGGAG                         GGATATGCTTATATACTCACCCACCCTGGCATCCCCACGGTGTTCTATGAT
genomic: GGTCATTGGCCTTTTCCGTCAGATCATATTATGGAGgtactatact ... agatctttagGGATATGCTTATATACTCACCCACCCTGGCATCCCCACGGTGTTCTATGAT
EST: gi|78022116|gb|DV490503.1|DV490503
EST:     GGTCATTGGCCTTTTCCGTCAGATCATATTATGGAG                         GGATATGCTTATATACTCACCCACCCTGGCATCCCCACGGTGTTCTATGAT
genomic: GGTCATTGGCCTTTTCCGTCAGATCATATTATGGAGgtactatact ... agatctttagGGATATGCTTATATACTCACCCACCCTGGCATCCCCACGGTGTTCTATGAT
EST: gi|31405731|gb|CD484463.1|CD484463
EST:     GGTCATTGGCCTTTTCCGTCAGATCATATTATGGAG                         GGATATGCTTATATACTCACCCACCCTGGCATCCCCACGGTGTTCTATGAT
genomic: GGTCATTGGCCTTTTCCGTCAGATCATATTATGGAGgtactatact ... agatctttagGGATATGCTTATATACTCACCCACCCTGGCATCCCCACGGTGTTCTATGAT
EST: gi|50331880|gb|CO527006.1|CO527006
EST:     GGTCATTGGCCTTTTCCGTCAGATCATATTATGGAG                         GGATATGCTTATATACTCACCCACCCTGGCATCCCCACGGTGTTCTATGAT
genomic: GGTCATTGGCCTTTTCCGTCAGATCATATTATGGAGgtactatact ... agatctttagGGATATGCTTATATACTCACCCACCCTGGCATCCCCACGGTGTTCTATGAT
EST: gi|14244284|gb|BG842300.2|BG842300
EST:     TTTTCCGTCAGATCATATTATGGAG                         GGATATGCTTATATACTCACCCACCCTGGCATCCCCACGGTG-TCTAATGA
genomic: TTTTCCGTCAGATCATATTATGGAGgtactatact ... agatctttagGGATATGCTTATATACTCACCCACCCTGGCATCCCCACGGTGTTCT-ATGA
EST: gi|5762085|gb|AI967133.1|AI967133
EST:     TCATTGGCCTTTTCCGTCAGATCATATTATGGAG                         GGATATGCTTATATACTCACCCACCCTGGCATCCCCACGGTGTTCTATGAT
genomic: TCATTGGCCTTTTCCGTCAGATCATATTATGGAGgtactatact ... agatctttagGGATATGCTTATATACTCACCCACCCTGGCATCCCCACGGTGTTCTATGAT
EST: gi|45568059|gb|CK985881.1|CK985881
EST:     GGTCATTGGCCTTTTCCGTCAGATCATATTATGGAG                         GGATATGCTTATATACTCACCCACCCTGGCATCCCCACGGTGTTCTATGAT
genomic: GGTCATTGGCCTTTTCCGTCAGATCATATTATGGAGgtactatact ... agatctttagGGATATGCTTATATACTCACCCACCCTGGCATCCCCACGGTGTTCTATGAT
EST: gi|148947021|gb|EC892318.2|EC892318
EST:     GGTCATTGGCCTTTTCCGTCAGATCATATTATGGAG                         GGATATGCTTATATACTCACCCACCCTGGCATCCCCACGGTGTTCTATGAT
genomic: GGTCATTGGCCTTTTCCGTCAGATCATATTATGGAGgtactatact ... agatctttagGGATATGCTTATATACTCACCCACCCTGGCATCCCCACGGTGTTCTATGAT
EST: gi|37394414|gb|CF634481.1|CF634481
EST:     GGTCATTGGCCTTTTCCGTCAGATCATATTATGGAG                         GGATATGCTTATATACTCACCCACCCTGGCATCCCCACGGTGTTCTATGAT
genomic: GGTCATTGGCCTTTTCCGTCAGATCATATTATGGAGgtactatact ... agatctttagGGATATGCTTATATACTCACCCACCCTGGCATCCCCACGGTGTTCTATGAT
EST: gi|211325068|gb|FL358359.1|FL358359
EST:     GGTCATTGGCCTTTTCCGTCAGATCATATTATGGAG                         GGATAGTGCTTATATACTCACCCACCCTGGCATCCCCACGGTGTTCTATGA
genomic: GGTCATTGGCCTTTTCCGTCAGATCATATTATGGAGgtactatact ... agatctttagGGATA-TGCTTATATACTCACCCACCCTGGCATCCCCACGGTGTTCTATGA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GGTCATTGGCCTTTTCCGTCAGATCATATTATGGAGgtactatactttattgactttgtagttctaaattaatttccatggccttggttgcatcagaatcctataatatgtactgttcaattgttctacataaatg

- - - - - - - - - - AGATCA