Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTAATAACTGAAGAGCTAGGAATGAACCTTGAGAATGTTGAGCCTCACATGCTGGGTTCATGCAAAAAGgtatagtagatgatttaaaaggatttttctattgatttggattgcagcaaccttcagccttaagtcacagtattctaacatgagctcagtgttgtgcaagtaccaaaatctgttgtgtttgtacatgtgctttgatgtaatactattttatgtgctgaatgacttccttttcaatacag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G416120_T01
intron # 10
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G416120_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 10
lower sequence: LOC_Os10g32550.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 11
GTAATAACTGAAGAGCTAGGAATGAACCTTGAGAATGTTGAGCCTCACATGCTGGGTTCATGCAAAAAGgtatagtagatgatttaaaaggatttttctattgatttggattgcagcaaccttcagccttaagtcacagtattctaacatgagctcagtgttgtgcaagtaccaaaatctgttgtgtttgtacatgtgctttgatgtaatactattttatgtgctgaatgacttccttttcaatacag
|| ||||||||||||||||||||||| ||||||||  | |||||||| ||| ||||| ||||||| |||||||    |||    || ||||      ||  |   |  | ||   || | |||  |    || |     |  | | |  ||       |||     ||     || ||       || ||| |   || ||   ||  || | || |    | | |                      
GTCATAACTGAAGAGCTAGGAATGAATCTTGAGAAGTTCGAGCCTCAGATGTTGGGTACATGCAAGAAGgtatgaatgatt-cctagaagg------ctggtagataagctt-tggctatctttggaaagaaat-----ttgtttgaagtgtatcttttgtccgctaacatttaagatgataccagtctgttctgatggttgagtgatattccatgtccattacag----------------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|50328354|gb|CO523480.1|CO523480
EST:     GAATGAACCTTGAGAATGTTGAGCCTCACATGCTGGGTTCATGCAAAAAG                         GTGACTGTCTCTAAGGATGACACTGTTATTCTTGATGGCGCTGGAGACAAA
genomic: GAATGAACCTTGAGAATGTTGAGCCTCACATGCTGGGTTCATGCAAAAAGgtatagtaga ... ttcaatacagGTGACTGTCTCTAAGGATGACACTGTTATTCTTGATGGCGCTGGAGACAAA
EST: gi|31349659|gb|CD434016.1|CD434016
EST:     GAATGAACCTTGAGAATGTTGAGCCTCACATGCTGGGTTCATGCAAAAAG                         GTGACTGTCTCTAAGGATGACACTGTTATTCTTGATGGCGCTGGAGACAAA
genomic: GAATGAACCTTGAGAATGTTGAGCCTCACATGCTGGGTTCATGCAAAAAGgtatagtaga ... ttcaatacagGTGACTGTCTCTAAGGATGACACTGTTATTCTTGATGGCGCTGGAGACAAA
EST: gi|91875568|gb|EB405525.1|EB405525
EST:     GAATGAACCTTGAGAATGTTGAGCCTCACATGCTGGGTTCATGCAAAAAG                         GTGACTGTCTCTAAGGATGACACTGTTATTCTTGATGGCGCTGGAGACAAA
genomic: GAATGAACCTTGAGAATGTTGAGCCTCACATGCTGGGTTCATGCAAAAAGgtatagtaga ... ttcaatacagGTGACTGTCTCTAAGGATGACACTGTTATTCTTGATGGCGCTGGAGACAAA
EST: gi|71425566|gb|DR806758.1|DR806758
EST:     GAATGAACCTTGAGAATGTTGAGCCTCACATGCTGGGTTCATGCAAAAAG                         GTGACTGTCTCTAAGGATGACACTGTTATTCTTGATGGCGCTGGAGACAAA
genomic: GAATGAACCTTGAGAATGTTGAGCCTCACATGCTGGGTTCATGCAAAAAGgtatagtaga ... ttcaatacagGTGACTGTCTCTAAGGATGACACTGTTATTCTTGATGGCGCTGGAGACAAA
EST: gi|78078493|gb|DV506906.1|DV506906
EST:     GAATGAACCTTGAGAATGTTGAGCCTCACATGCTGGGTTCATGCAAAAAG                         GTGACTGTCTCTAAGGATGACACTGTTATTCTTGATGGCGCTGGAGACAAA
genomic: GAATGAACCTTGAGAATGTTGAGCCTCACATGCTGGGTTCATGCAAAAAGgtatagtaga ... ttcaatacagGTGACTGTCTCTAAGGATGACACTGTTATTCTTGATGGCGCTGGAGACAAA
EST: gi|32929020|gb|CF033832.1|CF033832
EST:     GAATGAACCTTGAGAATGTTGAGCCTCACATGCTGGGTTCATGCAAAAAG                         GTGACTGTCTCTAAGGATGACACTGTTATTCTTGATGGCGCTGGAGACAAA
genomic: GAATGAACCTTGAGAATGTTGAGCCTCACATGCTGGGTTCATGCAAAAAGgtatagtaga ... ttcaatacagGTGACTGTCTCTAAGGATGACACTGTTATTCTTGATGGCGCTGGAGACAAA
EST: gi|18450761|gb|BM429039.1|BM429039
EST:     GAATGAACCTTGAGAATGTTGAGCCTCACATGCTGGGTTCATGCAAAAAG                         GTGACTGTCTCTAAGGATGACACTGTTATTCTTGATGGCGCTGGAGACAAA
genomic: GAATGAACCTTGAGAATGTTGAGCCTCACATGCTGGGTTCATGCAAAAAGgtatagtaga ... ttcaatacagGTGACTGTCTCTAAGGATGACACTGTTATTCTTGATGGCGCTGGAGACAAA
EST: gi|87152342|gb|DY397131.1|DY397131
EST:     GAATGAACCTTGAGAATGTTGAGCCTCACATGCTGGGTTCATGCAAAAAG                         GTGACTGTCTCTAAGGATGACACTGTTATTCTTGATGGCGCTGGAGACAAA
genomic: GAATGAACCTTGAGAATGTTGAGCCTCACATGCTGGGTTCATGCAAAAAGgtatagtaga ... ttcaatacagGTGACTGTCTCTAAGGATGACACTGTTATTCTTGATGGCGCTGGAGACAAA
EST: gi|32944170|gb|CF048989.1|CF048989
EST:     GAATGAACCTTGAGAATGTTGAGCCTCACATGCTGGGTTCATGCAAAAAG                         GTGACTGTCTCTAAGGATGACACTGTTATTCTTGATGGCGCTGGAGACAAA
genomic: GAATGAACCTTGAGAATGTTGAGCCTCACATGCTGGGTTCATGCAAAAAGgtatagtaga ... ttcaatacagGTGACTGTCTCTAAGGATGACACTGTTATTCTTGATGGCGCTGGAGACAAA
EST: gi|32932633|gb|CF037445.1|CF037445
EST:     GAATGAACCTTGAGAATGTTGAGCCTCACATGCTGGGTTCATGCAAAAAG                         GTGACTGTCTCTAAGGATGACACTGTTATTCTTGATGGCGCTGGAGACAAA
genomic: GAATGAACCTTGAGAATGTTGAGCCTCACATGCTGGGTTCATGCAAAAAGgtatagtaga ... ttcaatacagGTGACTGTCTCTAAGGATGACACTGTTATTCTTGATGGCGCTGGAGACAAA
EST: gi|32931719|gb|CF036531.1|CF036531
EST:     GAATGAACCTTGAGAATGTTGAGCCTCACATGCTGGGTTCATGCAAAAAG                         GTGACTGTCTCTAAGGATGACACTGTTATTCTTGATGGCGCTGGAGACAAA
genomic: GAATGAACCTTGAGAATGTTGAGCCTCACATGCTGGGTTCATGCAAAAAGgtatagtaga ... ttcaatacagGTGACTGTCTCTAAGGATGACACTGTTATTCTTGATGGCGCTGGAGACAAA
EST: gi|32857688|gb|CD997369.1|CD997369
EST:     GAATGAACCTTGAGAATGTGGAGCCTCACATGCTGGGTTCATGCAAAAAG                         GGGACTGTCTCTAAGGATGACACTGTTATTCTTGATGGCGCTGGAGACAAA
genomic: GAATGAACCTTGAGAATGTTGAGCCTCACATGCTGGGTTCATGCAAAAAGgtatagtaga ... ttcaatacagGTGACTGTCTCTAAGGATGACACTGTTATTCTTGATGGCGCTGGAGACAAA
EST: gi|33103385|gb|CF063345.1|CF063345
EST:     GAATGAACCTTGAGAATGTTGAGCCTCACATGCTGGGCTCATGCAAAAAG                         GTGACTGTCTCTAAGGATGACACTGTTATTCTTGATGGCGCTGGAGACAAA
genomic: GAATGAACCTTGAGAATGTTGAGCCTCACATGCTGGGTTCATGCAAAAAGgtatagtaga ... ttcaatacagGTGACTGTCTCTAAGGATGACACTGTTATTCTTGATGGCGCTGGAGACAAA
EST: gi|22489874|gb|BU049797.1|BU049797
EST:     GAATGAACCTTGAGAATGTTGAGCCTCACATGCTGGGTTCATGCAAAAAG                         GTGACTGTCTCTAAGGATGACACTGTTATTCTTGATGGCGCTGGAGACAAA
genomic: GAATGAACCTTGAGAATGTTGAGCCTCACATGCTGGGTTCATGCAAAAAGgtatagtaga ... ttcaatacagGTGACTGTCTCTAAGGATGACACTGTTATTCTTGATGGCGCTGGAGACAAA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 428

GTAATAACTGAAGAGCTAGGAATGAACCTTGAGAATGTTGAGCCTCACATGCTGGGTTCATGCAAAAAGgtatagtaga ... ttcaatacagGTGACTGTCTCTAAGGATGACACTGTTATTCTTGATGGCGCTGGAGACAAAAAGTCTATTGAAGAGAGGGCAGACCAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 152

GTAATAACTGAAGAGCTAGGAATGAACCTTGAGAATGTTGAGCCTCACATGCTGGGTTCATGCAAAAAGgtatagtaga ... ttcaatacagGTGACTGTCTCTAAGGATGACACTGTTATTCTTGATGGCGCTGGAGACAAAAAGTCTATTGAAGAGAGGGCAGACCAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 116

GTAATAACTGAAGAGCTAGGAATGAACCTTGAGAATGTTGAGCCTCACATGCTGGGTTCATGCAAAAAGgtatagtaga ... ttcaatacagGTGACTGTCTCTAAGGATGACACTGTTATTCTTGATGGCGCTGGAGACAAAAAGTCTATTGAAGAGAGGGCAGACCAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 289

GTAATAACTGAAGAGCTAGGAATGAACCTTGAGAATGTTGAGCCTCACATGCTGGGTTCATGCAAAAAGgtatagtaga ... ttcaatacagGTGACTGTCTCTAAGGATGACACTGTTATTCTTGATGGCGCTGGAGACAAAAAGTCTATTGAAGAGAGGGCAGACCAG


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTAATAACTGAAGAGCTAGGAATGAACCTTGAGAATGTTGAGCCTCACATGCTGGGTTCATGCAAAAAGgtatagtagatgatttaaaaggatttttctattgatttggattgcagcaaccttcagccttaagtcacagtattctaacatgagctcagtgttgtgcaagtaccaaaatctgttgtgtttgtacatgtgctttgatgtaatactattttatgtgctgaatgacttccttttcaatacag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG