Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTTCAGGATGATGCAGTCCTGATACCACGAGAAACGGCATGGTTTGGTTACTACCCTGATGGAGCCTTTGATCCAGTTCTACCACCTCAGAAGgtagaattgattcatgcacgtgagttgggtcctcctccatgtgtgctctgcttacaatggcaagctctgtgtgtgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G374779_T02
intron # 10
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G374779_T04 (Zea mays), 5'ss of exon 7
lower sequence: LOC_Os03g01150.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 11
TTTCAGGATGATGCAGTCCTGATACCACGAGAAACGGCATGGTTTGGTTACTACCCTGATGGAGCCTTTGATCCAGTTCTACCACCTCAGAAGgtagaattgattcatgcacgtgagttgggtcctcctccatgtgtgctctgcttacaatggcaagctctgtgtgtgcag---------------
||||||||||| || ||| ||||||| || ||||| ||||||||||||||||| || |||||||  || ||||| || || || ||||||||||| ||         |||| ||        |         |   | |||||     ||         |    ||| | |               
TTTCAGGATGACGCTGTCTTGATACCTCGGGAAACAGCATGGTTTGGTTACTATCCAGATGGAGGTTTCGATCCTGTCCTGCCCCCTCAGAAGgttgagccttgcattgcatgtagtgcaaatggaatgaagtaaatcctctggccttaacattggtagcaacatgtcctggtgttgtggttgcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|32854010|gb|CD993691.1|CD993691
EST:     TTGGTTACTACCCTGATGGAGCCTTTGATCCAGTTCTACCACCTCAGAAG                         ACGAAACTGTATGAGGAAGACTGGATTGGTTTGAAGACACTGGATGAAGCA
genomic: TTGGTTACTACCCTGATGGAGCCTTTGATCCAGTTCTACCACCTCAGAAGgtagaattga ... gtgtgtgcagACGAAACTGTATGAGGAAGACTGGATTGGTTTGAAGACACTGGATGAAGCA
EST: gi|5740401|gb|AI948091.1|AI948091
EST:     TTGGTTACTACCCTGATGGAGCCTTTGATCCAGTTCTACCACCTCAGAAG                         ACGAAACTGTATGAGGAAGACTGGATTGGTTTGAAGACACTGGATGAAGCA
genomic: TTGGTTACTACCCTGATGGAGCCTTTGATCCAGTTCTACCACCTCAGAAGgtagaattga ... gtgtgtgcagACGAAACTGTATGAGGAAGACTGGATTGGTTTGAAGACACTGGATGAAGCA
EST: gi|71426905|gb|DR807955.1|DR807955
EST:     TTGGTTACTACCCTGATGGAGCCTTTGATCCAGTTCTACCACCTCAGAAG                         ACGAAACTGTATGAGGAAGACTGGATTGGTTTGAAGACACTGGATGAAGCA
genomic: TTGGTTACTACCCTGATGGAGCCTTTGATCCAGTTCTACCACCTCAGAAGgtagaattga ... gtgtgtgcagACGAAACTGTATGAGGAAGACTGGATTGGTTTGAAGACACTGGATGAAGCA
EST: gi|40335885|gb|CK369955.1|CK369955
EST:     TTGGTTACTACCCTGATGGAGCCTTTGATCCAGTTCTACCACCTCAGAAG                         ACGAAACTGTATGAGGAAGACTGGATTGGTTTGAAGACACTGGATGAAGCA
genomic: TTGGTTACTACCCTGATGGAGCCTTTGATCCAGTTCTACCACCTCAGAAGgtagaattga ... gtgtgtgcagACGAAACTGTATGAGGAAGACTGGATTGGTTTGAAGACACTGGATGAAGCA
EST: gi|71763069|gb|DR961006.1|DR961006
EST:     TTGGTTACTACCCTGATGGAGCCTTTGATCCAGTTCTACCACCTCAGAAG                         ACGAAACTGTATGAGGAAGACTGGATTGGTTTGAAGACACTGGATGAAGCA
genomic: TTGGTTACTACCCTGATGGAGCCTTTGATCCAGTTCTACCACCTCAGAAGgtagaattga ... gtgtgtgcagACGAAACTGTATGAGGAAGACTGGATTGGTTTGAAGACACTGGATGAAGCA
EST: gi|166579498|gb|EG058710.1|EG058710
EST:     TTGGTTACTACCCTGATGGAGCCTTTGATCCAGTTCTACCACCTCAGAAG                         ACGAAACTGTATGAGGAAGACTGGATTGGTTT
genomic: TTGGTTACTACCCTGATGGAGCCTTTGATCCAGTTCTACCACCTCAGAAGgtagaattga ... gtgtgtgcagACGAAACTGTATGAGGAAGACTGGATTGGTTT
EST: gi|33092681|gb|CF052675.1|CF052675
EST:     TTGGTTACTACCCTGATGGAGCCTTTGATCCAGTTCTACCACCTCAGAAG                         ACGAAACTGTATGAGGAAGACTGGATTGGTTTGAAGACACTGGATGAAGCA
genomic: TTGGTTACTACCCTGATGGAGCCTTTGATCCAGTTCTACCACCTCAGAAGgtagaattga ... gtgtgtgcagACGAAACTGTATGAGGAAGACTGGATTGGTTTGAAGACACTGGATGAAGCA
EST: gi|71311445|gb|DR792068.1|DR792068
EST:     TTGGTTACTACCCTGATGGAGCCTTTGATCCAGTTCTACCACCTCAGAAG                         ACGAAACTGTATGAGGAAGACTGGATTGGTTTGAAGACACTGGATGAAGCA
genomic: TTGGTTACTACCCTGATGGAGCCTTTGATCCAGTTCTACCACCTCAGAAGgtagaattga ... gtgtgtgcagACGAAACTGTATGAGGAAGACTGGATTGGTTTGAAGACACTGGATGAAGCA
EST: gi|24764991|gb|CA400152.1|CA400152
EST:     TTGGTTACTACCCTGATGGAGCCTTTGATCCAGTTCTACCACCTCAGAAG                         ACGAAACTGTATGAGGAAGACTGGATTGGTTTGAAGACACTGGATGAAGCA
genomic: TTGGTTACTACCCTGATGGAGCCTTTGATCCAGTTCTACCACCTCAGAAGgtagaattga ... gtgtgtgcagACGAAACTGTATGAGGAAGACTGGATTGGTTTGAAGACACTGGATGAAGCA
EST: gi|18175059|gb|BM350447.1|BM350447
EST:     TTGGTTACTACCCTGATGGAGCCTTTGATCCAGTTCTACCACCTCAGAAG                         ACGAAACTGTATGAGGAAGACTGGATTGGTTTGAAGACACTGGATGAAGCA
genomic: TTGGTTACTACCCTGATGGAGCCTTTGATCCAGTTCTACCACCTCAGAAGgtagaattga ... gtgtgtgcagACGAAACTGTATGAGGAAGACTGGATTGGTTTGAAGACACTGGATGAAGCA
EST: gi|91871940|gb|EB401897.1|EB401897
EST:     TTGGTTACTACCCTGATGGAGCCTTTGATCCAGTTCTACCACCTCAGAAG                         ACGAAACTGTATGAGGAAGACTGGATTGGTTTGAAGACACTGGATGAAGCA
genomic: TTGGTTACTACCCTGATGGAGCCTTTGATCCAGTTCTACCACCTCAGAAGgtagaattga ... gtgtgtgcagACGAAACTGTATGAGGAAGACTGGATTGGTTTGAAGACACTGGATGAAGCA
EST: gi|71331117|gb|DR802384.1|DR802384
EST:     TTGGTTACTACCCTGATGGAGCCTTTGATCCAGTTCTACCACCTCAGAAG                         ACGAAACTGTATGAGGAAGACTGGATTGGTTTGAAGACACTGGATGAAGCA
genomic: TTGGTTACTACCCTGATGGAGCCTTTGATCCAGTTCTACCACCTCAGAAGgtagaattga ... gtgtgtgcagACGAAACTGTATGAGGAAGACTGGATTGGTTTGAAGACACTGGATGAAGCA
EST: gi|60353728|gb|DN220701.1|DN220701
EST:     TTGGTTACTACCCTGATGGAGCCTTTGATCCAGTTCTACCACCTCAGAAG                         ACGAAACTGTATGAGGAAGACTGGATTGGTTTGAAGACACTGGATGAAGCA
genomic: TTGGTTACTACCCTGATGGAGCCTTTGATCCAGTTCTACCACCTCAGAAGgtagaattga ... gtgtgtgcagACGAAACTGTATGAGGAAGACTGGATTGGTTTGAAGACACTGGATGAAGCA
EST: gi|37387680|gb|CF631038.1|CF631038
EST:     TTGGTTACTACCCTGATGGAGCCTTTGATCCAGTTCTACCACCTCAGAAG                         ACGAAACTGTATGAGGAAGACTGGATTGGTTTGAAGACACTGGATGAAGCA
genomic: TTGGTTACTACCCTGATGGAGCCTTTGATCCAGTTCTACCACCTCAGAAGgtagaattga ... gtgtgtgcagACGAAACTGTATGAGGAAGACTGGATTGGTTTGAAGACACTGGATGAAGCA
EST: gi|17930445|gb|BM267405.1|BM267405
EST:     TTGGTTACTACCCTGATGGAGCCTTTGATCCAGTTCTACCACCTCAGAAG                         ACGAAACTGTATGAGGAAGACTGGATTGGTTTGAAGACACTGGATGAAGCA
genomic: TTGGTTACTACCCTGATGGAGCCTTTGATCCAGTTCTACCACCTCAGAAGgtagaattga ... gtgtgtgcagACGAAACTGTATGAGGAAGACTGGATTGGTTTGAAGACACTGGATGAAGCA
EST: gi|24768117|gb|CA403246.1|CA403246
EST:     TTGGTTACTACCCTGATGGAGCCTTTGATCCAGTTCTACCACCTCAGAAG                         ACGAAACTGTATGAGGAAGACTGGATTGGTTTGAAGACACTGGATGAAGCA
genomic: TTGGTTACTACCCTGATGGAGCCTTTGATCCAGTTCTACCACCTCAGAAGgtagaattga ... gtgtgtgcagACGAAACTGTATGAGGAAGACTGGATTGGTTTGAAGACACTGGATGAAGCA
EST: gi|71312843|gb|DR792950.1|DR792950
EST:     TTGGTTACTACCCTGATGGAGCCTTTGATCCAGTTCTACCACCTCAGAAG                         ACGAAACTGTATGAGGAAGACTGGATTGGTTTGAAGACACTGGATGAAGCA
genomic: TTGGTTACTACCCTGATGGAGCCTTTGATCCAGTTCTACCACCTCAGAAGgtagaattga ... gtgtgtgcagACGAAACTGTATGAGGAAGACTGGATTGGTTTGAAGACACTGGATGAAGCA
EST: gi|32934679|gb|CF039491.1|CF039491
EST:     TTGGTTACTACCCTGATGGAGCCTTTGATCCAGTTCTACCACCTCAGAAG                         ACGAAACTGTATGAGGAAGACTGGATTGGTTTGAAGACACTGGATGAAGCA
genomic: TTGGTTACTACCCTGATGGAGCCTTTGATCCAGTTCTACCACCTCAGAAGgtagaattga ... gtgtgtgcagACGAAACTGTATGAGGAAGACTGGATTGGTTTGAAGACACTGGATGAAGCA
EST: gi|76925921|gb|DV170650.1|DV170650
EST:     TTGGTTACTACCCTGATGGAGCCTTTGATCCAGTTCTACCACCTCAGAAG                         ACGAAACTGTATGAGGAAGACTGGATTGGTTTGAAGACACTGGATGAAGCA
genomic: TTGGTTACTACCCTGATGGAGCCTTTGATCCAGTTCTACCACCTCAGAAGgtagaattga ... gtgtgtgcagACGAAACTGTATGAGGAAGACTGGATTGGTTTGAAGACACTGGATGAAGCA
EST: gi|78544411|gb|DV621909.1|DV621909
EST:     TTGGTTACTACCCTGATGGAGCCTTTGATCCAGTTTTACCACCTCAGAAG                         ACGAAACTGTATGAGGAAGACTGGATTGGTTTGAAGACACTGGATGAAGCA
genomic: TTGGTTACTACCCTGATGGAGCCTTTGATCCAGTTCTACCACCTCAGAAGgtagaattga ... gtgtgtgcagACGAAACTGTATGAGGAAGACTGGATTGGTTTGAAGACACTGGATGAAGCA
EST: gi|60353563|gb|DN220536.1|DN220536
EST:     TTGGTTACTACCCTGATGGAGCCTTTGATCCAGTTCTACCACCTCAGAAG                         ACGAAACTGTATGAGGAAGACTGGATTGGTTTGAAGACACTGGATGAAGCA
genomic: TTGGTTACTACCCTGATGGAGCCTTTGATCCAGTTCTACCACCTCAGAAGgtagaattga ... gtgtgtgcagACGAAACTGTATGAGGAAGACTGGATTGGTTTGAAGACACTGGATGAAGCA
EST: gi|211181803|gb|FL472365.1|FL472365
EST:     TTGGTTACTACCCTGATGGAGCCTTTGATCCAGTTCTACCACCTCAGAAG                         ACGAAACTGTATGAGGAAGACTGGATTGGTTTGAAGACACTGGATGAAGCA
genomic: TTGGTTACTACCCTGATGGAGCCTTTGATCCAGTTCTACCACCTCAGAAGgtagaattga ... gtgtgtgcagACGAAACTGTATGAGGAAGACTGGATTGGTTTGAAGACACTGGATGAAGCA
EST: gi|32909020|gb|CF013832.1|CF013832
EST:     TTGGTTACTACCCTGATGGAGCCTTTGATCCAGTTCTACCACCTCAGAAG                         ACGAAACTGTATGAGGAAGACTGGATTGGTTTGAAGACACTGGATGAAGCA
genomic: TTGGTTACTACCCTGATGGAGCCTTTGATCCAGTTCTACCACCTCAGAAGgtagaattga ... gtgtgtgcagACGAAACTGTATGAGGAAGACTGGATTGGTTTGAAGACACTGGATGAAGCA
EST: gi|74241744|gb|DT649658.1|DT649658
EST:     TTGGTTACTACCCTGATGGAGCCTTTGATCCAGTTCTACCACCTCAGAAG                         ACGAAACTGTATGAGGAAGACTGGATTGGTTTGAAGACACTGGATGAAGCA
genomic: TTGGTTACTACCCTGATGGAGCCTTTGATCCAGTTCTACCACCTCAGAAGgtagaattga ... gtgtgtgcagACGAAACTGTATGAGGAAGACTGGATTGGTTTGAAGACACTGGATGAAGCA
EST: gi|84969821|gb|DW468238.1|DW468238
EST:     TTGGTTACTACCCTGATGGAGCCTTTGATCCAGTTCTACCACCTCAGAAG                         ACGAAACTGTATGAGGAAGACTGGATTGGTTTGAAGACACTGGATGAAGCA
genomic: TTGGTTACTACCCTGATGGAGCCTTTGATCCAGTTCTACCACCTCAGAAGgtagaattga ... gtgtgtgcagACGAAACTGTATGAGGAAGACTGGATTGGTTTGAAGACACTGGATGAAGCA
EST: gi|18167192|gb|BM337031.1|BM337031
EST:     TTGGTTACTACCCTGATGGAGCCTTTGATCCAGTTCTACCACCTCAGAAG                         ACGAAACTGTATGAGGAAGACTGGATTGGTTTGAAGACACTGGATGAAGCA
genomic: TTGGTTACTACCCTGATGGAGCCTTTGATCCAGTTCTACCACCTCAGAAGgtagaattga ... gtgtgtgcagACGAAACTGTATGAGGAAGACTGGATTGGTTTGAAGACACTGGATGAAGCA
EST: gi|20802390|gb|BQ293440.1|BQ293440
EST:     TTGGTTACTACCCTGATGGAGCCTTTGATCCAGTTCTACCACCTCAGAAG                         ACGAAACTGTATGAGGAAGACTGGATTGGTTTGAAGACACTGGATGAAGCA
genomic: TTGGTTACTACCCTGATGGAGCCTTTGATCCAGTTCTACCACCTCAGAAGgtagaattga ... gtgtgtgcagACGAAACTGTATGAGGAAGACTGGATTGGTTTGAAGACACTGGATGAAGCA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TTTCAGGATGATGCAGTCCTGATACCACGAGAAACGGCATGGTTTGGTTACTACCCTGATGGAGCCTTTGATCCAGTTCTACCACCTCAGAAGgtagaattgattcatgcacgtgagttgggtcctcctccatgtgtgctctgcttacaatggcaagctctgtgtgtgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GATGGA