Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTGGGTATGTGACTACCATATGCTTTTCTTGTTTCTTGATCAGATGCGTCATGgtaagcacttgcattttctttggattggtcatcattacttactccattccaaattataagacgttttgacttttgcagatacataagttttgttaaaccc...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G174286_T03
intron # 10
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G174286_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 10
lower sequence: LOC_Os10g39220.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 9
GTTGGGTATGTGACTACCATATGCTTTTCTTGTTTCTTGATCAGATGCGTCATGgtaagcacttgcattttctttggattggtcatcattacttactccattccaaattataagacgttttgacttttgcagatacataagttttgttaaaccc
||||| ||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||    |  | |||||||||| |  |    |  | |||      |  ||      |||  |  | | ||  ||     | |                
GTTGGCTATGTGACTACAATCTGCTTTACTTGTTTCTTGATCAGATGTGTCATGgtaagtgtgtagaatttctttggagtctttgaaagaatttagcttgctgaaacaggagagaaatactaagttgagccttgtcttgcag------------

upper sequence: GRMZM2G174286_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 10
lower sequence: GLYMA08G09640.1 (Glycine max), 5'ss of exon 9
GTTGGGTATGTGACTACCATATGCTTTTCTTGTTTCTTGATCAGATGCGTCATGgtaagcacttgcattttctttggattggtcatcattacttactccattccaaattataagacgttttgacttttgcagatacataagttttgttaaaccc
||||| ||||||||||||||||||||||| || ||| | |||||||| || ||||| ||  | |   ||||||||  |    ||| || | | |  | |||      || | | |    |||| |||    |||   ||  || ||| |     
GTTGGCTATGTGACTACCATATGCTTTTCATGCTTCCTTATCAGATGTGTTATGgtcagtccct---ttttctttaaaaacctcagcaattcctgttgcat----ggttcttaaa----ttgagttt----gat---tatattgtgtcag----

upper sequence: GRMZM2G174286_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 10
lower sequence: GLYMA05G26630.1 (Glycine max), 5'ss of exon 9
GTTGGGTATGTGACTACCATATGCTTTTCTTGTTTCTTGATCAGATGCGTCATGgtaagcacttgcattttctttggattggtcatcattacttactccattccaaattataagacgttttgacttttgcagatacataagttttgttaaaccc
||||| ||||||||||||||||||||||| || ||| | |||||||| || ||||| ||  |     ||||||||  |    |||    | | |  | |||      || | | |    |||| ||| |   |||  ||  || ||| |     
GTTGGCTATGTGACTACCATATGCTTTTCATGCTTCCTTATCAGATGTGTTATGgttagtcccc---ttttctttaaaaacctcagtgattcctgttgcat----ggttcttaaa----ttgagttt-gatcatat-tatattgtgtcag----

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|18170253|gb|BM340093.1|BM340093
EST:     GGTATGTGACTACCATATGCTTTTCTTGTTTCTTGATCAGATGCGTCATG                         ATGTGCCTTAATGCGTTTGATAAAGCAGCAGATCTTGATGTTCTGAACCAT
genomic: GGTATGTGACTACCATATGCTTTTCTTGTTTCTTGATCAGATGCGTCATGgtaagcactt ... tatattgcagATGTGCCTTAATGCGTTTGATAAAGCAGCAGATCTTGATGTTCTGAACCAT
EST: gi|93284395|gb|EB676659.1|EB676659
EST:     GGTATGTGACTACCATATGCTTTTCTTGTTTCTTGATCAGATGCGTCATG                         ATGTGCCTTAATGCGTTTGATAAAGCAGCAGATCTTGATGTTTTGAACCAT
genomic: GGTATGTGACTACCATATGCTTTTCTTGTTTCTTGATCAGATGCGTCATGgtaagcactt ... tatattgcagATGTGCCTTAATGCGTTTGATAAAGCAGCAGATCTTGATGTTCTGAACCAT
EST: gi|149112907|gb|EE295706.2|EE295706
EST:     GGTATGTGACTACCATATGCTTTTCTTGTTTCTTGATCAGATGCGTCATG                         ATGTGCCTTAATGCGTTTGATAAAGCAGCAGATCTTGATGTTCTGAACCAT
genomic: GGTATGTGACTACCATATGCTTTTCTTGTTTCTTGATCAGATGCGTCATGgtaagcactt ... tatattgcagATGTGCCTTAATGCGTTTGATAAAGCAGCAGATCTTGATGTTCTGAACCAT
EST: gi|88754539|gb|DY538680.1|DY538680
EST:     GGTATGTGACTACCATATGCTTTTCTTGTTTCTTGATCAGATGCGTCATG                         ATGTGCCTTAATGCGTTTGATAAAGCAGCAGATCTTGATGTTCTGAACCAT
genomic: GGTATGTGACTACCATATGCTTTTCTTGTTTCTTGATCAGATGCGTCATGgtaagcactt ... tatattgcagATGTGCCTTAATGCGTTTGATAAAGCAGCAGATCTTGATGTTCTGAACCAT
EST: gi|5922262|gb|AW055551.1|AW055551
EST:     GGTATGTGACTACCATATGCTTTTCTTGTTTCTTGATCAGATGCGTCATG                         ATGTGCCTTAATGCGTTTGATAAAGCAGCAGATCTTGATGTTCTGAACCAT
genomic: GGTATGTGACTACCATATGCTTTTCTTGTTTCTTGATCAGATGCGTCATGgtaagcactt ... tatattgcagATGTGCCTTAATGCGTTTGATAAAGCAGCAGATCTTGATGTTCTGAACCAT
EST: gi|24765679|gb|CA400838.1|CA400838
EST:     GGTATGTGACTACCATATGCTTTTCTTGTTTCTTGATCAGATGCGTCATG                         ATGTGCCTTAATGCGTTTGATAAAGCAGCAGATCTTGATGTTCTGAACCAT
genomic: GGTATGTGACTACCATATGCTTTTCTTGTTTCTTGATCAGATGCGTCATGgtaagcactt ... tatattgcagATGTGCCTTAATGCGTTTGATAAAGCAGCAGATCTTGATGTTCTGAACCAT
EST: gi|71300276|gb|DR786208.1|DR786208
EST:     GGTATGTGACTACCATATGCTTTTCTTGTTTCTTGATCAGATGCGTCATG                         ATGTGCCTTAATGCGTTTGATAAAGCAGCAGATCTTGATGTTCTGAACCAT
genomic: GGTATGTGACTACCATATGCTTTTCTTGTTTCTTGATCAGATGCGTCATGgtaagcactt ... tatattgcagATGTGCCTTAATGCGTTTGATAAAGCAGCAGATCTTGATGTTCTGAACCAT
EST: gi|28985354|gb|CB350599.1|CB350599
EST:     GGTATGTGACTACCATATGCTTTTCTTGTTTCTTGATCAGATGCGTCATG                         ATGTGCCTTAATGCGTTTGATAAAGCAGCAGATCTTGATGTTCTGAACCAT
genomic: GGTATGTGACTACCATATGCTTTTCTTGTTTCTTGATCAGATGCGTCATGgtaagcactt ... tatattgcagATGTGCCTTAATGCGTTTGATAAAGCAGCAGATCTTGATGTTCTGAACCAT
EST: gi|88749638|gb|DY533779.1|DY533779
EST:     GTATGTGACTACCATATGC-TTTCTTTGTTTCTTGATCAGATGCGTCATG                         ATGTGCCTTAATGCGTTTGATAAAGCAGCAGATCTTGATGTTCTGAACCAT
genomic: GTATGTGACTACCATATGCTTTTC-TTGTTTCTTGATCAGATGCGTCATGgtaagcactt ... tatattgcagATGTGCCTTAATGCGTTTGATAAAGCAGCAGATCTTGATGTTCTGAACCAT
EST: gi|78106688|gb|DV525106.1|DV525106
EST:     GGTATGTGACTACCATATGCTTTTCTTGTTTCTTGATCAGATGCGTCATG                         ATGTGCCTTAATGCGTTTGATAAAGCAGCAGATCTTGATGTTCTGAACCAT
genomic: GGTATGTGACTACCATATGCTTTTCTTGTTTCTTGATCAGATGCGTCATGgtaagcactt ... tatattgcagATGTGCCTTAATGCGTTTGATAAAGCAGCAGATCTTGATGTTCTGAACCAT
EST: gi|5739982|gb|AI947672.1|AI947672
EST:     GGTATGTGACTACCATATGCTTTTCTTGTTTCTTGATCAGATGCGTCATG                         ATGTGCCTTAATGCGTTTGATAAAGCAGCAGATCTTGATGTTCTGAACCAT
genomic: GGTATGTGACTACCATATGCTTTTCTTGTTTCTTGATCAGATGCGTCATGgtaagcactt ... tatattgcagATGTGCCTTAATGCGTTTGATAAAGCAGCAGATCTTGATGTTCTGAACCAT
EST: gi|6095420|gb|AW120087.1|AW120087
EST:     GGTATGTGACTACCATATGCTTTTCTTGTTTCTTGATCAGATGCGTCATG                         ATGTGCCTTAATGCGTTTGATAAAGCAGCAGATCTTGATGTTCTGAACCAT
genomic: GGTATGTGACTACCATATGCTTTTCTTGTTTCTTGATCAGATGCGTCATGgtaagcactt ... tatattgcagATGTGCCTTAATGCGTTTGATAAAGCAGCAGATCTTGATGTTCTGAACCAT
EST: gi|45846980|gb|CN070923.1|CN070923
EST:     GGTATGTGACTACCATATGCTTTTCTTGTTTCTTGATCAGATGCGTCATG                         ATGTGCCTTAATGCGTTTGATAAAGCAGCAGATCTTGATGTTCTGAACCAT
genomic: GGTATGTGACTACCATATGCTTTTCTTGTTTCTTGATCAGATGCGTCATGgtaagcactt ... tatattgcagATGTGCCTTAATGCGTTTGATAAAGCAGCAGATCTTGATGTTCTGAACCAT
EST: gi|101383586|gb|EB813848.1|EB813848
EST:     GGTATGTGACTACCATATGCTTTTCTTTTTTCTTGATCAGATGCGTCATG                         ATGTGCCTTAATGCGTTTGATAAAGCAGCAGATCTTGATGTTTTGAACCAT
genomic: GGTATGTGACTACCATATGCTTTTCTTGTTTCTTGATCAGATGCGTCATGgtaagcactt ... tatattgcagATGTGCCTTAATGCGTTTGATAAAGCAGCAGATCTTGATGTTCTGAACCAT
EST: gi|18174253|gb|BM349641.1|BM349641
EST:     GGTATGTGACTACCATATGCTTTTCTTGTTTCTTGATCAGATGCGTCATG                         ATGTGCCTTAATGCGTTTGATAAAGCAGCAGATCTTGATGTTCTGAACCAT
genomic: GGTATGTGACTACCATATGCTTTTCTTGTTTCTTGATCAGATGCGTCATGgtaagcactt ... tatattgcagATGTGCCTTAATGCGTTTGATAAAGCAGCAGATCTTGATGTTCTGAACCAT
EST: gi|67017793|gb|CO446542.1|CO446542
EST:     GGTATGTGACTACCATATGCTTTTCTTGTTTCTTGATCAGATGCGTCATG                         ATGTGCCTTAAATGCGTT-GATAA-GCAGCAGATCTTGATGTTCTGAACCA
genomic: GGTATGTGACTACCATATGCTTTTCTTGTTTCTTGATCAGATGCGTCATGgtaagcactt ... tatattgcagATGTGCCTTAA-TGCGTTTGATAAAGCAGCAGATCTTGATGTTCTGAACCA
EST: gi|67020535|gb|CO449284.1|CO449284
EST:     GGTATGTGACTACCATATGCTTTTCTTGTTTCTTGATCAGATGCGTCATG                         ATGTGCCTTAATGCGTTTGATAAAGCAGCAGATCTTGATGTTCTGAACCAT
genomic: GGTATGTGACTACCATATGCTTTTCTTGTTTCTTGATCAGATGCGTCATGgtaagcactt ... tatattgcagATGTGCCTTAATGCGTTTGATAAAGCAGCAGATCTTGATGTTCTGAACCAT
EST: gi|211179297|gb|FL465342.1|FL465342
EST:     GGTATGTGACTACCATATGCTTTTCTTGTTTCTTGATCAGATGCGTCATG                         ATGTGCCTTAATGCGTTTGATAAAGCAGCAGATCTTGATGTTCTGAACCAT
genomic: GGTATGTGACTACCATATGCTTTTCTTGTTTCTTGATCAGATGCGTCATGgtaagcactt ... tatattgcagATGTGCCTTAATGCGTTTGATAAAGCAGCAGATCTTGATGTTCTGAACCAT
EST: gi|166554743|gb|EG174109.1|EG174109
EST:     CTTGTTTCTTGATCAGATGCGTCATG                         ATGTGCCTTAATGCGTTTGATAAAGCAGCAGATCTTGATGTTCTGAACCAT
genomic: CTTGTTTCTTGATCAGATGCGTCATGgtaagcactt ... tatattgcagATGTGCCTTAATGCGTTTGATAAAGCAGCAGATCTTGATGTTCTGAACCAT
EST: gi|37383767|gb|CF628916.1|CF628916
EST:     GGTATGTGACTACCATATGCTTTTCTTGTTTCTTGATCAGATGCGTCATG                         ATGTGCCTTAATGCGTTTGATAAAGCAGCAGATCTTGATGTTCTGAACCAT
genomic: GGTATGTGACTACCATATGCTTTTCTTGTTTCTTGATCAGATGCGTCATGgtaagcactt ... tatattgcagATGTGCCTTAATGCGTTTGATAAAGCAGCAGATCTTGATGTTCTGAACCAT
EST: gi|211215684|gb|FL434860.1|FL434860
EST:     GGTATGTGACTACCATATGCTTTTCTTGTTTCTTGATCAGATGCGTCATG                         ATGTGCCTTAATGCGTTTGATAAAGCAGCAGATCTTGATGTTCTGAACCAT
genomic: GGTATGTGACTACCATATGCTTTTCTTGTTTCTTGATCAGATGCGTCATGgtaagcactt ... tatattgcagATGTGCCTTAATGCGTTTGATAAAGCAGCAGATCTTGATGTTCTGAACCAT
EST: gi|31364203|gb|CD448558.1|CD448558
EST:     GGTATGTGACTACCATATGCTTTTCTTGTTTCTTGATCACATGCGTCATG                         ATGTCCCTTAATGCGTTTGATAAAGCAGCAGATCTTGATGTTCTGAACCAT
genomic: GGTATGTGACTACCATATGCTTTTCTTGTTTCTTGATCAGATGCGTCATGgtaagcactt ... tatattgcagATGTGCCTTAATGCGTTTGATAAAGCAGCAGATCTTGATGTTCTGAACCAT
EST: gi|5757367|gb|AI964654.1|AI964654
EST:     GGTATGTGACTACCATATGCTTTTCTTGTTTCTTGATCAGATGCGTCATG                         ATGTGCCTTAATGCGTTTGATAAAGCAGCAGATCTTGATGTTCTGAACCAT
genomic: GGTATGTGACTACCATATGCTTTTCTTGTTTCTTGATCAGATGCGTCATGgtaagcactt ... tatattgcagATGTGCCTTAATGCGTTTGATAAAGCAGCAGATCTTGATGTTCTGAACCAT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTTGGGTATGTGACTACCATATGCTTTTCTTGTTTCTTGATCAGATGCGTCATGgtaagcacttgcattttctttggattggtcatcattacttactccattccaaattataagacgttttgacttttgcagatacataagttttgttaaaccc

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAGATG