Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   
2  
 5'  3'   
3  
 5'  3'   
4  
 5'  3'   
5  
 5'  3'   
6  
 5'  3'   
7  
 5'  3'   
8  
 5'  3'   
9  
 5'  3'   
10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTGACTGGTACCAAAGATGGTAATCTGGTGAACATATTCCTTAGGTTATTTGGGAAGTGCTCGGAGAAGGCCCTTTGCATAAGGCTCCTTATTTTTCAGgtagacttatgcactcttgctgcagactactattttacttcgttgcagatttgcttcttgacaatctctgtggtgcatgctgcgtcatatatacactcaa...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G137707_T01
intron # 10
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G137707_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 10
lower sequence: LOC_Os07g46640.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 10
GTTGACTGGTACCAAAGATGGTAATCTGGTGAACATATTCCTTAGGTTATTTGGGAAGTGCTCGGAGAAGGCCCTTTGCATAAGGCTCCTTATTTTTCAGgtagactt---atgcactcttgctgcagactactattttacttcgttgcagatttgcttcttgacaatctctgtggtgcatgctgcgtcatatatacactcaa
|||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||| | ||| | |||| | |||||||||||||||| || || ||||||||| | | ||||| | |||| | ||||||| | | |||| ||| | | | || || | ||| |
GTTGACGGGTACCAAAGATGGTAACTTGGTAAACATATTCCTTAGGATATTTGGAAGATGCACAGAGAGGACCCTTTGCATAAGGCTGCTCATATTTCAGgtaaaatctaaatgcattgatgctataaactactacaaactactgatttcattttgtttcattgtggaagttatcatgaataaagtagttggtatttgca---
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|4646576|gb|AI491372.2|AI491372
EST:     TTGGGAAGTGCTCGGAGAAGGCCCTTTGCATAAGGCTCCTTATTTTTCAG                         GCTCTATGTTGCGTATTCTGCTTCTGGCTAAGATACATGCTCACCGGATGG
genomic: TTGGGAAGTGCTCGGAGAAGGCCCTTTGCATAAGGCTCCTTATTTTTCAGgtagacttat ... tgtctgacagGCTCTATGTTGCGTATTCTGCTTCTGGCTAAGATACATGCTCACCGGATGG
EST: gi|67012698|gb|CO441447.1|CO441447
EST:     TGGGAAGTGCTCGGAGAAGGCCCTTTGCATAAGGCTCCTTATTTTTTCAG                         GCTCTATGT-GCGTATTCTGCTTCTGGC
genomic: TGGGAAGTGCTCGGAGAAGGCCCTTTGCATAAGGCTCCTTATTTTT-CAGgtagacttat ... tgtctgacagGCTCTATGTTGCGTATTCTGCTTCTGGC
EST: gi|149107024|gb|EE188919.2|EE188919
EST:     TTGGGAAGTGTTCGGAGAAGGCCCTTTGCATAAGGCTCCTTATTTTTCAG                         GCTCTATGTTGCGTATTCTGCTTCTGGTTAAGATACATGCTCCCCGGATGG
genomic: TTGGGAAGTGCTCGGAGAAGGCCCTTTGCATAAGGCTCCTTATTTTTCAGgtagacttat ... tgtctgacagGCTCTATGTTGCGTATTCTGCTTCTGGCTAAGATACATGCTCACCGGATGG
EST: gi|32935796|gb|CF040608.1|CF040608
EST:     TTGGGAAGTGCTCGGAAAAGGCCCTTTGCATAAGGCTCCTTATTTTTCAG                         GCTCTATGTTGCGTATTCTGCTTCTGGCTAAGATACATGCTCCCCGGATGG
genomic: TTGGGAAGTGCTCGGAGAAGGCCCTTTGCATAAGGCTCCTTATTTTTCAGgtagacttat ... tgtctgacagGCTCTATGTTGCGTATTCTGCTTCTGGCTAAGATACATGCTCACCGGATGG
EST: gi|71774748|gb|DR972626.1|DR972626
EST:     TTGGGAAGTGCTCGGAGAAGGCCCTTTGCATAAGGCTCCTTATTTTTCAG                         GCTCTATGTTGCGTATTCTGCTTCTGGCTAAGATACATGCTCACCGGATGG
genomic: TTGGGAAGTGCTCGGAGAAGGCCCTTTGCATAAGGCTCCTTATTTTTCAGgtagacttat ... tgtctgacagGCTCTATGTTGCGTATTCTGCTTCTGGCTAAGATACATGCTCACCGGATGG
EST: gi|89106092|gb|DY576309.1|DY576309
EST:     TTGGGAAGTGCTCGGAGAAGGCCCTTTGCATAAGGCTCCTTATTTTTCAG                         GCTCTATGTTGCGTATTCTGCTTCTGGCTAAGATACATGCTCACCGGATGG
genomic: TTGGGAAGTGCTCGGAGAAGGCCCTTTGCATAAGGCTCCTTATTTTTCAGgtagacttat ... tgtctgacagGCTCTATGTTGCGTATTCTGCTTCTGGCTAAGATACATGCTCACCGGATGG
EST: gi|88747666|gb|DY531807.1|DY531807
EST:     TTGGGAAGTGCTCGGAGAAGGCCCTTTGCATAAGGCTCCTTATTTTTCAG                         GCTCTATGTTGCGTATTCTGCTTCTGGCTAAGATACATGCTCCCCGGATGG
genomic: TTGGGAAGTGCTCGGAGAAGGCCCTTTGCATAAGGCTCCTTATTTTTCAGgtagacttat ... tgtctgacagGCTCTATGTTGCGTATTCTGCTTCTGGCTAAGATACATGCTCACCGGATGG
EST: gi|78108108|gb|DV526526.1|DV526526
EST:     TTGGGAAGTGCTCGGAGAAGGCCCTTTGCATAAGGCTCCTTATTTTTCAG                         GCTCTATGTTGCGTATTCTGCTTCTGGCTAAGATACATGCTCACCGGATGG
genomic: TTGGGAAGTGCTCGGAGAAGGCCCTTTGCATAAGGCTCCTTATTTTTCAGgtagacttat ... tgtctgacagGCTCTATGTTGCGTATTCTGCTTCTGGCTAAGATACATGCTCACCGGATGG
EST: gi|17931045|gb|BM268005.1|BM268005
EST:     TTGGGAAGTGCTCGGAGAAGGCCCTTTGCATAAGGCTCCTTATTTTTCAG                         GCTCTATGTTGCGTATTCTGCTTCTGGCTAAGATACATGCTCACCGGATGG
genomic: TTGGGAAGTGCTCGGAGAAGGCCCTTTGCATAAGGCTCCTTATTTTTCAGgtagacttat ... tgtctgacagGCTCTATGTTGCGTATTCTGCTTCTGGCTAAGATACATGCTCACCGGATGG
EST: gi|32936074|gb|CF040886.1|CF040886
EST:     TTGGGAAGTGCTCGGAGAAGGCCCTTTGCATAAGGCTCCTTATTTTTCAG                         GCTCTATGTTGCGTATTCTGCTTCTGACTAAGATACATGCTCACCGGATGG
genomic: TTGGGAAGTGCTCGGAGAAGGCCCTTTGCATAAGGCTCCTTATTTTTCAGgtagacttat ... tgtctgacagGCTCTATGTTGCGTATTCTGCTTCTGGCTAAGATACATGCTCACCGGATGG
EST: gi|71442203|gb|DR823253.1|DR823253
EST:     TTGGGAAGTGCTCGGAGAAGGCCCTTTGCATAAGGCTCCTTATTTTTCAG                         GCTCTATGTTGCGTATTCTGCTTCTGGCTAAGATACATGCTCACCGGATGG
genomic: TTGGGAAGTGCTCGGAGAAGGCCCTTTGCATAAGGCTCCTTATTTTTCAGgtagacttat ... tgtctgacagGCTCTATGTTGCGTATTCTGCTTCTGGCTAAGATACATGCTCACCGGATGG
EST: gi|14204187|gb|BG837864.1|BG837864
EST:     TTGGGAAGTGCTCGGAGAAGGCCCTTTGCATAAGGCTCCTTATTTTTCAG                         GCTCTATGTTGCGTATTCTGCTTCTGGCTAAGATACATGCTCACCGGATGG
genomic: TTGGGAAGTGCTCGGAGAAGGCCCTTTGCATAAGGCTCCTTATTTTTCAGgtagacttat ... tgtctgacagGCTCTATGTTGCGTATTCTGCTTCTGGCTAAGATACATGCTCACCGGATGG
EST: gi|32937138|gb|CF041957.1|CF041957
EST:     TTGGGAAGTGCTCGGAGAAGGCCCTTTGCATAAGGCTCCTTATTTTTCAG                         GCTCTATGTTGCGTATTCTGCTTCTGGCTAAGATACATGCTCACCGGATGG
genomic: TTGGGAAGTGCTCGGAGAAGGCCCTTTGCATAAGGCTCCTTATTTTTCAGgtagacttat ... tgtctgacagGCTCTATGTTGCGTATTCTGCTTCTGGCTAAGATACATGCTCACCGGATGG
EST: gi|91874804|gb|EB404761.1|EB404761
EST:     TTGGGAAGTGCTCGGAGAAGGCCCTTTGCATAAGGCTCCTTATTTTTCAG                         GCTCTATGTTGCGTATTCTGCTTCTGGCTAAGATACATGCTCACCGGATGG
genomic: TTGGGAAGTGCTCGGAGAAGGCCCTTTGCATAAGGCTCCTTATTTTTCAGgtagacttat ... tgtctgacagGCTCTATGTTGCGTATTCTGCTTCTGGCTAAGATACATGCTCACCGGATGG
EST: gi|18172389|gb|BM347777.1|BM347777
EST:     TTGGGAAGTGCTCGGAGAAGGCCCTTTGCATAAGGCTCCTTATTTTTCAG                         GCTCTATGTTGCGTATTCTGCTTCTGGCTAAGATACATGCTCACCGGATGG
genomic: TTGGGAAGTGCTCGGAGAAGGCCCTTTGCATAAGGCTCCTTATTTTTCAGgtagacttat ... tgtctgacagGCTCTATGTTGCGTATTCTGCTTCTGGCTAAGATACATGCTCACCGGATGG
EST: gi|78122709|gb|DV541093.1|DV541093
EST:     TTGGGAAGTGCTCGGAGAAGGCCCTTTGCATAAGGCTCCTTATTTTTCAG                         GCTCTATGTTGCGTATTCTGCTTCTGGCTAAGATACATGCTCACCGGATGG
genomic: TTGGGAAGTGCTCGGAGAAGGCCCTTTGCATAAGGCTCCTTATTTTTCAGgtagacttat ... tgtctgacagGCTCTATGTTGCGTATTCTGCTTCTGGCTAAGATACATGCTCACCGGATGG
EST: gi|67041530|gb|CO467785.1|CO467785
EST:     TTGGGAAGTGCTCGGAGAAGGCCCTTTGCATAAGGCTCCTTATTTTTCAG                         GCTCTATGTTGCGTATTCTGCTTCTGGCTAAGATACATGCTCACCGGATGG
genomic: TTGGGAAGTGCTCGGAGAAGGCCCTTTGCATAAGGCTCCTTATTTTTCAGgtagacttat ... tgtctgacagGCTCTATGTTGCGTATTCTGCTTCTGGCTAAGATACATGCTCACCGGATGG
EST: gi|17932241|gb|BM269201.1|BM269201
EST:     TTGGGAAGTGCTCGGAGAAGGCCCTTTGCATAAGGCTCCTTATTTTTCAG                         GCTCTATGTTGCGTATTCTGCTTCTGGCTAAGATACATGCTCACCGGATGG
genomic: TTGGGAAGTGCTCGGAGAAGGCCCTTTGCATAAGGCTCCTTATTTTTCAGgtagacttat ... tgtctgacagGCTCTATGTTGCGTATTCTGCTTCTGGCTAAGATACATGCTCACCGGATGG
EST: gi|74232442|gb|DT640356.1|DT640356
EST:     TTGGGAAGTGCTCGGAGAAGGCCCTTTGCATAAGGCTCCTTATTTTTCAG                         GCTCTATGTTGCGTATTCTGCTTCTGGCTAAGATACATGCTCACCGGATGG
genomic: TTGGGAAGTGCTCGGAGAAGGCCCTTTGCATAAGGCTCCTTATTTTTCAGgtagacttat ... tgtctgacagGCTCTATGTTGCGTATTCTGCTTCTGGCTAAGATACATGCTCACCGGATGG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 44 (upstream exon), 45 (downstream exon)
Score: 28

GTTGACTGGTACCAAAGATGGTAATCTGGTGAACATATTCCTTAGGTTATTTGGGAAGTGCTCGGAGAAGGCCCTTTGCATAAGGCTCCTTATTTTTCAGgtagacttat ... tgtctgacagGCTCTATGTTGCGTATTCTGCTTCTGGCTAAGATACATGCTCACCGGATGGTACAAATGATCACCTGCGAAAGGCTCTCCATCTTGTCGCCCAGCTCTTG


Block sizes: 45 (upstream exon), 45 (downstream exon)
Score: 16

GTTGACTGGTACCAAAGATGGTAATCTGGTGAACATATTCCTTAGGTTATTTGGGAAGTGCTCGGAGAAGGCCCTTTGCATAAGGCTCCTTATTTTTCAGgtagacttat ... tgtctgacagGCTCTATGTTGCGTATTCTGCTTCTGGCTAAGATACATGCTCACCGGATGGTACAAATGATCACCTGCGAAAGGCTCTCCATCTTGTCGCCCAGCTCTTG


Block sizes: 47 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 28

GTTGACTGGTACCAAAGATGGTAATCTGGTGAACATATTCCTTAGGTTATTTGGGAAGTGCTCGGAGAAGGCCCTTTGCATAAGGCTCCTTATTTTTCAGgtagacttat ... tgtctgacagGCTCTATGTTGCGTATTCTGCTTCTGGCTAAGATACATGCTCACCGGATGGTACAAATGATCACCTGCGAAAGGCTCTCCATCTTGTCGCCCAGCTCTTG


Block sizes: 37 (upstream exon), 45 (downstream exon)
Score: 17

GTTGACTGGTACCAAAGATGGTAATCTGGTGAACATATTCCTTAGGTTATTTGGGAAGTGCTCGGAGAAGGCCCTTTGCATAAGGCTCCTTATTTTTCAGgtagacttat ... tgtctgacagGCTCTATGTTGCGTATTCTGCTTCTGGCTAAGATACATGCTCACCGGATGGTACAAATGATCACCTGCGAAAGGCTCTCCATCTTGTCGCCCAGCTCTTG


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTTGACTGGTACCAAAGATGGTAATCTGGTGAACATATTCCTTAGGTTATTTGGGAAGTGCTCGGAGAAGGCCCTTTGCATAAGGCTCCTTATTTTTCAGgtagacttatgcactcttgctgcagactactattttacttcgttgcagatttgcttcttgacaatctctgtggtgcatgctgcgtcatatatacactcaa

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA