Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCGCCAAAATGCCCTGAAGACTTTGCCTGTCCTGCTGAACTCGTCAGATATGTTAGCATGTGGAGAGGACCTTGGCCTTATCCCTGCTTGTGTTCACCCTgtatgaccccttttctggacactcgaagttgttaactaacccactgttaatgataacgatgaaaacttctatgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G136803_T02
intron # 10
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G136803_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 10
lower sequence: LOC_Os07g46790.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 19
GCGCCAAAATGCCCTGAAGACTTTGCCTGTCCTGCTGAACTCGTCAGATATGTTAGCATGTGGAGAGGACCTTGGCCTTATCCCTGCTTGTGTTCACCCTgtatgaccccttttctggacactcga---agttgttaactaacccactgttaatgataacgatgaaaactt-ctatgcag
||| |||||||| || |||||| ||||||| ||  ||||||| || |||||||| |||||||| || || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    ||| ||| |||  | |   |   | ||         || |  |    || ||   |||  |  ||| |||
GCGTCAAAATGCGCTCAAGACTCTGCCTGTGCTTTTGAACTCATCGGATATGTTGGCATGTGGGGAAGATCTTGGCCTTATCCCTGCCTGTGTTCACCCTgtatgatgt-tttcctgcacatgctagtaaacagctattgcttgttctatgcacataaatgacagaaatatattatccag

upper sequence: GRMZM2G136803_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 10
lower sequence: Vv08s0040g00670.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 18
GCGCCAAAATGCCCTGAAGACTTTGCCTGTCCTGCTGAACTCGTCAGATATGTTAGCATGTGGAGAGGACCTTGGCCTTATCCCTGCTTGTGTTCACCCTgtatgacccctt--ttctggacactcgaagttgttaactaacccactgttaatgataac--gatgaaaacttctatgcag---------------------------------
|| ||| ||||| |||||||| |||||||||||  ||||||| ||||||||| | || |||||||| || ||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||     |    |||   |   |    || || | |       | |||||| |||    |  | || ||  |   |                                  
GCACCACAATGCTCTGAAGACATTGCCTGTCCTCTTGAACTCATCAGATATGCTGGCTTGTGGAGAAGATCTTGGCCTTATTCCTTCTTGTGTTCATCCTgtatgtttattcaactctcttcctccccctttctttattttgggctttttaatgctaatctaaacataagttgcacaaaagttgtgagttatgactggataactttgatgcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|32932784|gb|CF037596.1|CF037596
EST:     TGTTAGCATGTGGAGAGGACCTTGGCCTTATCCCTGCTTGTGTTCACCCT                         GTTATGCAAGAACTGGGGTTGATTGGATTGCGTATCCAAAGAATGCCTAGT
genomic: TGTTAGCATGTGGAGAGGACCTTGGCCTTATCCCTGCTTGTGTTCACCCTgtatgacccc ... ttctatgcagGTTATGCAAGAACTGGGGTTGATTGGATTGCGTATCCAAAGAATGCCTAGT
EST: gi|32930716|gb|CF035528.1|CF035528
EST:     TGTTAGCATGTGGAGAGGACCTTGGCCTTATCCCTGCTTGTGTTCACCCT                         GTTATGCAAGAACTGGGGTTGATTGGATTGCGTATCCAAAGAATGCCTAGT
genomic: TGTTAGCATGTGGAGAGGACCTTGGCCTTATCCCTGCTTGTGTTCACCCTgtatgacccc ... ttctatgcagGTTATGCAAGAACTGGGGTTGATTGGATTGCGTATCCAAAGAATGCCTAGT
EST: gi|32836690|gb|CD976368.1|CD976368
EST:     GCCAAAATGCCCTGAAGACTTTGCCTGTCCTGCTGAACTCGTCAGATATGTTAGCATGTGGAGAGGACCTTGGCCTTATCCCTGCTTGTGTTCACCCT
genomic: TGTTAGCATGTGGAGAGGACCTTGGCCTTATCCCTGCTTGTGTTCACCCTgtatgacccc ... ttctatgcagGTTATGCAAGAACTGGGGTTGAT
EST: gi|32932809|gb|CF037621.1|CF037621
EST:     TGTTAGCATGTGGAGAGGACCTTGGCCTTATCCCTGCTTGTGTTCACCCT                         GTTATGCAAGAACTGGGGTTGATTGGATTGCGTATCCAAAGAATGCCTAGT
genomic: TGTTAGCATGTGGAGAGGACCTTGGCCTTATCCCTGCTTGTGTTCACCCTgtatgacccc ... ttctatgcagGTTATGCAAGAACTGGGGTTGATTGGATTGCGTATCCAAAGAATGCCTAGT
EST: gi|32932023|gb|CF036835.1|CF036835
EST:     GCCAAAATGCCCTGAAGACTTTGCCTGTCCTGCTGAACTCGTCAGATATGTTAGCATGTGGAGAGGACCTTGGCCTTATCCCTGCTTGTGTTCACCCT
genomic: TGTTAGCATGTGGAGAGGACCTTGGCCTTATCCCTGCTTGTGTTCACCCTgtatgacccc ... ttctatgcagGTTATGCAAGAACTGGGGTTGAT
EST: gi|32930164|gb|CF034976.1|CF034976
EST:     GCCAAAATGCCCTGAAGACTTTGCCTGTCCTGCTGAACTCGTCAGATATGTTAGCATGTGGAGAGGACCTTGGCCTTATCCCTGCTTGTGTTCACCCT
genomic: TGTTAGCATGTGGAGAGGACCTTGGCCTTATCCCTGCTTGTGTTCACCCTgtatgacccc ... ttctatgcagGTTATGCAAGAACTGGGGTTGAT
EST: gi|32931864|gb|CF036676.1|CF036676
EST:     GCCAAAATGCCCTGAAGACTTTGCCTGTCCTGCTGAACTCGTCAGATATGTTAGCATGTGGAGAGGACCTTGGCCTTATCCCTGCTTGTGTTCACCCT
genomic: TGTTAGCATGTGGAGAGGACCTTGGCCTTATCCCTGCTTGTGTTCACCCTgtatgacccc ... ttctatgcagGTTATGCAAGAACTGGGGTTGAT
EST: gi|32837361|gb|CD977039.1|CD977039
EST:     CTGAACTCGTCAGATATGTTAGCATGTGGAGAGGACCTTGGCCTTATCCCTGCTTGTGTTCACCCT          
genomic: TGTTAGCATGTGGAGAGGACCTTGGCCTTATCCCTGCTTGTGTTCACCCTgtatgacccc ... ttctatgcagG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GCGCCAAAATGCCCTGAAGACTTTGCCTGTCCTGCTGAACTCGTCAGATATGTTAGCATGTGGAGAGGACCTTGGCCTTATCCCTGCTTGTGTTCACCCTgtatgaccccttttctggacactcgaagttgttaactaacccactgttaatgataacgatgaaaacttctatgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAGGA