Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CCAGGGGTTAAGATACCTGCACACGGAGCTGCAGCCCCCATTTGCTATATCTGAGCTGAATTCGAACTCCGTGTATGTTACGGAAGATTTTACTCCAAAGgtatgtcctgcacatgcatccttgttcgttggttcagcaactgaagatttgcatgatgttttggctcgtcttacatttatcatgcatccttgttcgcttggtcagacagtaatttgtctctgctacgtgtctgtttgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G119759_T03
intron # 10
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G119759_T06 (Zea mays), 5'ss of exon 10
lower sequence: LOC_Os04g58700.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 11
CCAGGGGTTAAGATACCTGCACACGGAGCTGCAGCCCCCATTTGCTATATCTGAGCTGAATTCGAACTCCGTGTATGTTACGGAAGATTTTACTCCAAAGgtatgtcctgcacatgcatccttgttcgttggttcagcaactgaagatttgcatgatgttttggctcgtcttacatttatcatgcatccttgttcg-cttggtcagacagtaatttgtctctgctacgtgtctgtttgcag
 |||||  ||||||||||||| || ||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||| |   ||||| |   |  | ||||     |||||  |   |   ||| | ||    | ||      | ||   |||   ||||    | | |  | |||| | |||  ||      | |  | | | | ||||| |||
GCAGGGTCTAAGATACCTGCATACCGAGTTGCAGCCTCCATTTGCTATCTCTGAGCTGAATTCCAACTCTGTATATGTTACTGAAGATTTTACTCCAAAGgtaagg--tgcacgttatttttggttc-----ttcagagat--agcctttccttg----tctgttcatccctatccttagagtgcaatactctccaacctggtgaaaca--aacacaattgttttccatttttgttttcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|45846935|gb|CN070878.1|CN070878
EST:     CTCCGTGTACGTTACGGAAGATTTTACTCCAAAG                         CTGGTGGATTTTGAATGCTGGAAAATGATGTTCTCGAGACACTCCATCTCG
genomic: CTCCGTGTATGTTACGGAAGATTTTACTCCAAAGgtatgtcctg ... ctgtttgcagCTGGTGGATTTTGAATGCTGGAAAATGATGTTCTCGAGACACTCCATCTCG
EST: gi|149107663|gb|EE189542.2|EE189542
EST:     CTGAGCTGAATTCGAACTCCGTGTATGTTACGGAAGATTTTACTCCAAAG                         CTGGTGGATTTTGAATGCTGGAAAATGATGTTCTCGAGACACTCCATCTCG
genomic: CTGAGCTGAATTCGAACTCCGTGTATGTTACGGAAGATTTTACTCCAAAGgtatgtcctg ... ctgtttgcagCTGGTGGATTTTGAATGCTGGAAAATGATGTTCTCGAGACACTCCATCTCG
EST: gi|91050218|gb|EB160636.1|EB160636
EST:     CTGAGCTGAATTCGAACTCCGTGTATGTTACGGAAGATTTTACTCCAAAG                         CTGGTGGATTTTGAATGCTGGAAAATGATGTTCTCGAGACACTCCATCTCG
genomic: CTGAGCTGAATTCGAACTCCGTGTATGTTACGGAAGATTTTACTCCAAAGgtatgtcctg ... ctgtttgcagCTGGTGGATTTTGAATGCTGGAAAATGATGTTCTCGAGACACTCCATCTCG
EST: gi|88746982|gb|DY531123.1|DY531123
EST:     CTGAGCTGAATTCGAACTCCGTGTATGTTACGGAAGATTTTACTCCAAAG                         CTGGTGGATTTTGAATGCTGGAAAATGATGTTCTCGAGACACTCCATCTCG
genomic: CTGAGCTGAATTCGAACTCCGTGTATGTTACGGAAGATTTTACTCCAAAGgtatgtcctg ... ctgtttgcagCTGGTGGATTTTGAATGCTGGAAAATGATGTTCTCGAGACACTCCATCTCG
EST: gi|71770668|gb|DR968605.1|DR968605
EST:     CTGAGCTGAATTCGAACTCCGTGTATGTTACGGAAGATTTTACTCCAAAG                         CTGGTGGATTTTGAATGCTGGAAAATGATGTTCTCGAGACACTCCATCTCG
genomic: CTGAGCTGAATTCGAACTCCGTGTATGTTACGGAAGATTTTACTCCAAAGgtatgtcctg ... ctgtttgcagCTGGTGGATTTTGAATGCTGGAAAATGATGTTCTCGAGACACTCCATCTCG
EST: gi|71313398|gb|DR793250.1|DR793250
EST:     CTGAGCTGAATTCGAACTCCGTGTATGTTACGGAAGATTTTACTCCAAAG                         CTGGTGGATTTTGAATGCTGGAAAATGATGTTCTCGAGACACTCCATCTCG
genomic: CTGAGCTGAATTCGAACTCCGTGTATGTTACGGAAGATTTTACTCCAAAGgtatgtcctg ... ctgtttgcagCTGGTGGATTTTGAATGCTGGAAAATGATGTTCTCGAGACACTCCATCTCG
EST: gi|149097230|gb|EE183048.2|EE183048
EST:     CTGAGCTGAATTCGAACTCCGTGTATGTTACGGAAGATTTTACTCCAAAG                         CTGGTGGATTTTGAATGCTGGAAAATGATGTTCTCGAGACACTCCATCTCG
genomic: CTGAGCTGAATTCGAACTCCGTGTATGTTACGGAAGATTTTACTCCAAAGgtatgtcctg ... ctgtttgcagCTGGTGGATTTTGAATGCTGGAAAATGATGTTCTCGAGACACTCCATCTCG
EST: gi|149051626|gb|EE155736.2|EE155736
EST:     CTGAGCTGAATTCGAACTCCGTGTATGTTACGGAAGATTTTACTCCAAAG                         CTGGTGGATTTTGAATGCTGGAAAATGATGTTCTCGAGACACTCCATCTCG
genomic: CTGAGCTGAATTCGAACTCCGTGTATGTTACGGAAGATTTTACTCCAAAGgtatgtcctg ... ctgtttgcagCTGGTGGATTTTGAATGCTGGAAAATGATGTTCTCGAGACACTCCATCTCG
EST: gi|78089519|gb|DV517893.1|DV517893
EST:     CTGAGCTGAATTCGAACTCCGTGTATGTTACGGAAGATTTTACTCCAAAG                         CTGGTGGATTTTGAATGCTGGAAAATGATGTTCTCGAGACACTCCATCTCG
genomic: CTGAGCTGAATTCGAACTCCGTGTATGTTACGGAAGATTTTACTCCAAAGgtatgtcctg ... ctgtttgcagCTGGTGGATTTTGAATGCTGGAAAATGATGTTCTCGAGACACTCCATCTCG
EST: gi|148950050|gb|EC895582.2|EC895582
EST:     CTGAGCTGAATTCGAACTCCGTGTATGTTACGGAAGATTTTACTCCAAAG                         CTGGTGGATTTTGAATGCTGGAAAATGATGTTCTCGAGACACTCCATCTCG
genomic: CTGAGCTGAATTCGAACTCCGTGTATGTTACGGAAGATTTTACTCCAAAGgtatgtcctg ... ctgtttgcagCTGGTGGATTTTGAATGCTGGAAAATGATGTTCTCGAGACACTCCATCTCG
EST: gi|50334832|gb|CO529958.1|CO529958
EST:     CTGAGCTGAATTCGAACTCCGTGTATGTTACGGAAGATTTTACTCCAAAG                         CTGGTGGATTTTGAATGCTGGAAAATGATGTTCTCGAGACACTCCATCTCG
genomic: CTGAGCTGAATTCGAACTCCGTGTATGTTACGGAAGATTTTACTCCAAAGgtatgtcctg ... ctgtttgcagCTGGTGGATTTTGAATGCTGGAAAATGATGTTCTCGAGACACTCCATCTCG
EST: gi|71761155|gb|DR959092.1|DR959092
EST:     CTGAGCTGAATTCGAACTCCGTGTATGTTACGGAAGATTTTACTCCAAAG                         CTGGTGGATTTTGAATGCTGGAAAATGATGTTCTCGAGACACTCCATCTCG
genomic: CTGAGCTGAATTCGAACTCCGTGTATGTTACGGAAGATTTTACTCCAAAGgtatgtcctg ... ctgtttgcagCTGGTGGATTTTGAATGCTGGAAAATGATGTTCTCGAGACACTCCATCTCG
EST: gi|88757283|gb|DY541424.1|DY541424
EST:     CTGAGCTGAATTCGAACTCCGTGTATGTTACGGAAGATTTTACTCCAAAG                         CTGGTGGATTTTGAATGCTGGAAAATGATGTTCTCGAGACACTCCATCTCG
genomic: CTGAGCTGAATTCGAACTCCGTGTATGTTACGGAAGATTTTACTCCAAAGgtatgtcctg ... ctgtttgcagCTGGTGGATTTTGAATGCTGGAAAATGATGTTCTCGAGACACTCCATCTCG
EST: gi|60356012|gb|DN222985.1|DN222985
EST:     CTCCGTGTATGTTACGGAAGATTTTACTCCAAAG                         CTGGTGGATTTTGAATGCTGGAAAATGATGTTCTCGAGACACTCCATCTCG
genomic: CTCCGTGTATGTTACGGAAGATTTTACTCCAAAGgtatgtcctg ... ctgtttgcagCTGGTGGATTTTGAATGCTGGAAAATGATGTTCTCGAGACACTCCATCTCG
EST: gi|71330749|gb|DR802161.1|DR802161
EST:     CTGAGCTGAATTCGAACTCCGTGTATGTTACGGAAGATTTTACTCCAAAG                         CTGGTGGATTTTGAATGCTGGAAAATGATGTTCTCGAGACACTCCATCTCG
genomic: CTGAGCTGAATTCGAACTCCGTGTATGTTACGGAAGATTTTACTCCAAAGgtatgtcctg ... ctgtttgcagCTGGTGGATTTTGAATGCTGGAAAATGATGTTCTCGAGACACTCCATCTCG
EST: gi|149106783|gb|EE188679.2|EE188679
EST:     CTGAGCTGAATTCGAACTCCGTGTATGTTACGGAAGATTTTACTCCAAAG                         CTGGTGGATTTTGAATGCTGGAAAATGATGTTCTCGAGACACTCCATCTCG
genomic: CTGAGCTGAATTCGAACTCCGTGTATGTTACGGAAGATTTTACTCCAAAGgtatgtcctg ... ctgtttgcagCTGGTGGATTTTGAATGCTGGAAAATGATGTTCTCGAGACACTCCATCTCG
EST: gi|101388114|gb|EB816071.1|EB816071
EST:     CTGAGCTGAATTCGAACTCCGTGTATGTTACGGAAGATTTTACTCCAAAG                         CTGGTGGATTTTGAATGCTGGAAAATGATGTTCTCGAGACACTCCATCTCG
genomic: CTGAGCTGAATTCGAACTCCGTGTATGTTACGGAAGATTTTACTCCAAAGgtatgtcctg ... ctgtttgcagCTGGTGGATTTTGAATGCTGGAAAATGATGTTCTCGAGACACTCCATCTCG
EST: gi|149013195|gb|EE042830.2|EE042830
EST:     CTGAGCTGAATTCGAACTCCGTGTATGTTACGGAAGATTTTACTCCAAAG                         CTGGTGGATTTTGAATGCTGGAAAATGATGTTCTCGAGACACTCCATCTCG
genomic: CTGAGCTGAATTCGAACTCCGTGTATGTTACGGAAGATTTTACTCCAAAGgtatgtcctg ... ctgtttgcagCTGGTGGATTTTGAATGCTGGAAAATGATGTTCTCGAGACACTCCATCTCG
EST: gi|149097302|gb|EE183131.2|EE183131
EST:     CTGAGCTGAATTCGAACTCCGTGTATGTTACGGAAGATTTTACTCCAAAG                         CTGGTGGATTTTGAATGCTGGAAAATGATGTTCTCGAGACACTCCATCTCG
genomic: CTGAGCTGAATTCGAACTCCGTGTATGTTACGGAAGATTTTACTCCAAAGgtatgtcctg ... ctgtttgcagCTGGTGGATTTTGAATGCTGGAAAATGATGTTCTCGAGACACTCCATCTCG
EST: gi|78122547|gb|DV540931.1|DV540931
EST:     CTGAGCTGAATTCGAACTCCGTGTATGTTACGGAAGATTTTACTCCAAAG                         CTGGTGGATTTTGAATGCTGGAAAATGATGTTCTCGAGACACTCCATCTCG
genomic: CTGAGCTGAATTCGAACTCCGTGTATGTTACGGAAGATTTTACTCCAAAGgtatgtcctg ... ctgtttgcagCTGGTGGATTTTGAATGCTGGAAAATGATGTTCTCGAGACACTCCATCTCG
EST: gi|50335669|gb|CO530795.1|CO530795
EST:     CTGAGCTGAATTCGAACTCCGTGTATGTTACGGAAGATTTTACTCCAAAG                         CTGGTGGATTTTGAATGCTGGAAAATGATGTTCTCGAGACACTCCATCTCG
genomic: CTGAGCTGAATTCGAACTCCGTGTATGTTACGGAAGATTTTACTCCAAAGgtatgtcctg ... ctgtttgcagCTGGTGGATTTTGAATGCTGGAAAATGATGTTCTCGAGACACTCCATCTCG
EST: gi|44901335|gb|CK827880.1|CK827880
EST:     GGAAGATTTTACTCCAAAG                         CTGGTGGATTTTGAATGCTGGAAAATGATGTTCTCGAGACACTCCATCTCG
genomic: GGAAGATTTTACTCCAAAGgtatgtcctg ... ctgtttgcagCTGGTGGATTTTGAATGCTGGAAAATGATGTTCTCGAGACACTCCATCTCG
EST: gi|148943639|gb|EC888703.2|EC888703
EST:     CTGAGCTGAATTCGAACTCCGTGTATGTTACGGAAGATTTTACTCCAAAG                         CTGGTGGATTTTGAATGCTGGAAAATGATGTTCTCGAGACACTCCATCTCG
genomic: CTGAGCTGAATTCGAACTCCGTGTATGTTACGGAAGATTTTACTCCAAAGgtatgtcctg ... ctgtttgcagCTGGTGGATTTTGAATGCTGGAAAATGATGTTCTCGAGACACTCCATCTCG
EST: gi|78084470|gb|DV512863.1|DV512863
EST:     CTGAGCTGAATTCGAACTCCGTGTATGTTACGGAAGATTTTACTCCAAAG                         CTGGTGGATTTTGAATGCTGGAAAATGATGTTCTCGAGACACTCCATCTCG
genomic: CTGAGCTGAATTCGAACTCCGTGTATGTTACGGAAGATTTTACTCCAAAGgtatgtcctg ... ctgtttgcagCTGGTGGATTTTGAATGCTGGAAAATGATGTTCTCGAGACACTCCATCTCG
EST: gi|40334564|gb|CK368634.1|CK368634
EST:     GGAAGATTTTACTCCAAAG                         CTGGTGGATTTTGAATGCTGGAAAATGATGTTCTCGAGACACTCCATCTCG
genomic: GGAAGATTTTACTCCAAAGgtatgtcctg ... ctgtttgcagCTGGTGGATTTTGAATGCTGGAAAATGATGTTCTCGAGACACTCCATCTCG
EST: gi|149004762|gb|EE039259.2|EE039259
EST:     CTGAGCTGAATTCGAACTCCGTGTATGTTACGGAAGATTTTACTCCAAAG                         CTGGTGGATTTTGAATGCTGGAAAATGATGTTCTCGAGACACTCCATCTCG
genomic: CTGAGCTGAATTCGAACTCCGTGTATGTTACGGAAGATTTTACTCCAAAGgtatgtcctg ... ctgtttgcagCTGGTGGATTTTGAATGCTGGAAAATGATGTTCTCGAGACACTCCATCTCG
EST: gi|86472200|gb|DY238570.1|DY238570
EST:     CTGAGCTGAATTCGAACTCCGTGTATGTTACGGAAGATTTTACTCCAAAG                         CTGGTGGATTTTGAATGCTGGAAAATGATGTTCTCGAGACACTCCATCTCG
genomic: CTGAGCTGAATTCGAACTCCGTGTATGTTACGGAAGATTTTACTCCAAAGgtatgtcctg ... ctgtttgcagCTGGTGGATTTTGAATGCTGGAAAATGATGTTCTCGAGACACTCCATCTCG
EST: gi|149095721|gb|EE181354.2|EE181354
EST:     CTGAGCTGAATTCGAACTCCGTGTATGTTACGGAAGATTTTACTCCAAAG                         CTGGTGGATTTTGAATGCTGGAAAATGATGTTCTCGAGACACTCCATCTCG
genomic: CTGAGCTGAATTCGAACTCCGTGTATGTTACGGAAGATTTTACTCCAAAGgtatgtcctg ... ctgtttgcagCTGGTGGATTTTGAATGCTGGAAAATGATGTTCTCGAGACACTCCATCTCG
EST: gi|76910133|gb|DV163719.1|DV163719
EST:     CTGAGCTGAATTCGAACTCCGTGTATGTTACGGAAGATTTTACTCCAAAG                         CTGGTGGATTTTGAATGCTGGAAAATGATGTTCTCGAGACACTCCATCTCG
genomic: CTGAGCTGAATTCGAACTCCGTGTATGTTACGGAAGATTTTACTCCAAAGgtatgtcctg ... ctgtttgcagCTGGTGGATTTTGAATGCTGGAAAATGATGTTCTCGAGACACTCCATCTCG
EST: gi|148975399|gb|EE025699.2|EE025699
EST:     CTGAGCTGAATTCGAACTCCGTGTATGTTACGGAAGATTTTACTCCAAAG                         CTGGTGGATTTTGAATGCTGGAAAATGATGTTCTCGAGACACTCCATCTCG
genomic: CTGAGCTGAATTCGAACTCCGTGTATGTTACGGAAGATTTTACTCCAAAGgtatgtcctg ... ctgtttgcagCTGGTGGATTTTGAATGCTGGAAAATGATGTTCTCGAGACACTCCATCTCG
EST: gi|74242567|gb|DT650481.1|DT650481
EST:     CTGAGCTGAATTCGAACTCCGTGTATGTTACGGAAGATTTTACTCCAAAG                         CTGGTGGATTTTGAATGCTGGAAAATGATGTTCTCGAGACACTCCATCTCG
genomic: CTGAGCTGAATTCGAACTCCGTGTATGTTACGGAAGATTTTACTCCAAAGgtatgtcctg ... ctgtttgcagCTGGTGGATTTTGAATGCTGGAAAATGATGTTCTCGAGACACTCCATCTCG
EST: gi|149031687|gb|EE154870.2|EE154870
EST:     CTGAGCTGAATTCGAACTCCGTGTATGTTACGGAAGATTTTACTCCAAAG                         CTGGTGGATTTTGAATGCTGGAAAATGATGTTCTCGAGACACTCCATCTCG
genomic: CTGAGCTGAATTCGAACTCCGTGTATGTTACGGAAGATTTTACTCCAAAGgtatgtcctg ... ctgtttgcagCTGGTGGATTTTGAATGCTGGAAAATGATGTTCTCGAGACACTCCATCTCG
EST: gi|149074933|gb|EE163389.2|EE163389
EST:     CTGAGCTGAATTCGAACTCCGTGTATGTTACGGAAGATTTTACTCCAAAG                         CTGGTGGATTTTGAATGCTGGAAAATGATGTTCTCGAGACACTCCATCTCG
genomic: CTGAGCTGAATTCGAACTCCGTGTATGTTACGGAAGATTTTACTCCAAAGgtatgtcctg ... ctgtttgcagCTGGTGGATTTTGAATGCTGGAAAATGATGTTCTCGAGACACTCCATCTCG
EST: gi|94474040|gb|EB702998.1|EB702998
EST:     CTGAGCTGAATTCGAACTCCGTGTATGTTACGGAAGATTTTACTCCAAAG                         CTGGTGGATTTTGAATGCTGGAAAATGATGTTCTCGAGACACTCCATCTCG
genomic: CTGAGCTGAATTCGAACTCCGTGTATGTTACGGAAGATTTTACTCCAAAGgtatgtcctg ... ctgtttgcagCTGGTGGATTTTGAATGCTGGAAAATGATGTTCTCGAGACACTCCATCTCG
EST: gi|110963269|gb|EE183169.1|EE183169
EST:     CTGAGCTGAATTCGAACTCCGTGTATGTTACGGAAGATTTTACTCCAAAG                         CTGGTGGATTTTGAATGCTGGAAAATGATGTTCTCGAGACACTCCATCTCG
genomic: CTGAGCTGAATTCGAACTCCGTGTATGTTACGGAAGATTTTACTCCAAAGgtatgtcctg ... ctgtttgcagCTGGTGGATTTTGAATGCTGGAAAATGATGTTCTCGAGACACTCCATCTCG
EST: gi|149089831|gb|EE179109.2|EE179109
EST:     CTGAGCTGAATTCGAACTCCGTGTATGTTACGGAAGATTTTACTCCAAAG                         CTGGTGGATTTTGAATGCTGGAAAATGATGTTCTCGAGACACTCCATCTCG
genomic: CTGAGCTGAATTCGAACTCCGTGTATGTTACGGAAGATTTTACTCCAAAGgtatgtcctg ... ctgtttgcagCTGGTGGATTTTGAATGCTGGAAAATGATGTTCTCGAGACACTCCATCTCG
EST: gi|71760111|gb|DR958048.1|DR958048
EST:     CTGAGCTGAATTCGAACTCCGTGTATGTTACGGAAGATTTTACTCCAAAG                         CTGGTGGATTTTGAATGCTGGAAAATGATGTTCTCGAGACACTCCATCTCG
genomic: CTGAGCTGAATTCGAACTCCGTGTATGTTACGGAAGATTTTACTCCAAAGgtatgtcctg ... ctgtttgcagCTGGTGGATTTTGAATGCTGGAAAATGATGTTCTCGAGACACTCCATCTCG
EST: gi|149111973|gb|EE191133.2|EE191133
EST:     CTGAGCTGAATTCGAACTCCGTGTATGTTACGGAAGATTTTACTCCAAAG                         CTGGTGGATTTTGAATGCTGGAAAATGATGTTCTCGAGACACTCCATCTCG
genomic: CTGAGCTGAATTCGAACTCCGTGTATGTTACGGAAGATTTTACTCCAAAGgtatgtcctg ... ctgtttgcagCTGGTGGATTTTGAATGCTGGAAAATGATGTTCTCGAGACACTCCATCTCG
EST: gi|148999085|gb|EE024226.2|EE024226
EST:     CTGAGCTGAATTCGAACTCCGTGTATGTTACGGAAGATTTTACTCCAAAG                         CTGGTGGATTTTGAATGCTGGAAAATGATGTTCTCGAGACACTCCATCTCG
genomic: CTGAGCTGAATTCGAACTCCGTGTATGTTACGGAAGATTTTACTCCAAAGgtatgtcctg ... ctgtttgcagCTGGTGGATTTTGAATGCTGGAAAATGATGTTCTCGAGACACTCCATCTCG
EST: gi|91875214|gb|EB405171.1|EB405171
EST:     CTGAGCTGAATTCGAACTCCGTGTATGTTACGGAAGATTTTACTCCAAAG                         CTGGTGGATTTTGAATGCTGGAAAATGATGTTCTCGAGACACTCCATCTCG
genomic: CTGAGCTGAATTCGAACTCCGTGTATGTTACGGAAGATTTTACTCCAAAGgtatgtcctg ... ctgtttgcagCTGGTGGATTTTGAATGCTGGAAAATGATGTTCTCGAGACACTCCATCTCG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CCAGGGGTTAAGATACCTGCACACGGAGCTGCAGCCCCCATTTGCTATATCTGAGCTGAATTCGAACTCCGTGTATGTTACGGAAGATTTTACTCCAAAGgtatgtcctgcacatgcatccttgttcgttggttcagcaactgaagatttgcatgatgttttggctcgtcttacatttatcatgcatccttgttcgcttggtcagacagtaatttgtctctgctacgtgtctgtttgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAAGA