Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATTTGTTGAGATTATGGCAACAGTGTTCTCCAGAAATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgtgaggtaacatggcatgcaagtcattagtttgtctgaagtggagtatgcttatgcacttctatatgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G119725_T03
intron # 10
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G119725_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 10
lower sequence: LOC_Os02g19510.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 11
ATTTGTTGAGATTATGGCAACAGTGTTCTCCAGAAATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgtgaggtaacatggcatgcaagtcattagt-ttgtctgaagtgg-agtatgcttatgcacttctatatgcag
||||||||| || |||||||| |||||||| ||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||  ||   ||||     | |||   |||| |  |   |  |||| ||||  ||||    | |||||
ATTTGTTGAAATCATGGCAACCGTGTTCTCTAGGGATGCATGGCGCTGTGTCTGGCATATGATTCAGgtggagtggcactacatgttcaactttaacattgtttataacagtggtattcttacacactgtcttctgcag

upper sequence: GRMZM2G119725_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 10
lower sequence: AT1G08040.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 11
ATTTGTTGAGATTATGGCAACAGTGTTCTCCAGAAATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgtg---aggtaacatggcatgcaagtcattagtttgt-ctgaagtggagtatgcttatg-cacttctatatgcag----------------------------------------------------------------------------------------------
 |||||||||||||||||| | || || || ||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||       |||| |      |   |      |  ||  | |  ||    |   || || || |  |  ||  |                                                                                               
GTTTGTTGAGATTATGGCACCTGTATTTTCTAGAGAAGCATGGCGATGTGTATGGCATATGATTCAGgtttttgtttaactttattcacctttttacgatcggtattcacatgacccaaatttgtggcattgatgaatctacgttggtttctgattaagctatcaaaaggagtttgtctagtcttccagaccatcacttggtagcctaaaaacaatcttgtttgtttctggtgcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211026567|gb|FL468579.1|FL468579
EST:     GCGCTGTGTATGGCATATGATTCAG                         AATGACTTGGTCCATGGATNGGGTCTTGAC-TTGCTCTTAGAAAATGTGTG
genomic: GCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgtgaggtaac ... ctatatgcagAATGACTTGGTCCATGGATGGGGTCTTGACTTTGCTCTTAGAAAATGTGTG
EST: gi|148928292|gb|EE284900.2|EE284900
EST:     CAACAGTGTTCTCCAGAAATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAG                         AATGACTTGGTCCATGGATGGGGTCTTGACTTTGCTCTTAGAAAATGTGTG
genomic: CAACAGTGTTCTCCAGAAATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgtgaggtaac ... ctatatgcagAATGACTTGGTCCATGGATGGGGTCTTGACTTTGCTCTTAGAAAATGTGTG
EST: gi|16927462|gb|BM080531.1|BM080531
EST:     CAACAGTGTTCTCCAGAAATGCATGGCTCTGTGTATGGCATATGATTCAG                         AATGACTTGGTCCATGGATGGGGTCTTGACTTTGCTCTTAGAAAATGTGTG
genomic: CAACAGTGTTCTCCAGAAATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgtgaggtaac ... ctatatgcagAATGACTTGGTCCATGGATGGGGTCTTGACTTTGCTCTTAGAAAATGTGTG
EST: gi|71427884|gb|DR808934.1|DR808934
EST:     CAACAGTGTTCTCCAGAAATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAG                         AATGACTTGGTCCATGGATGGGGTCTTGACTTTGCTCTTAGAAAATGTGTG
genomic: CAACAGTGTTCTCCAGAAATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgtgaggtaac ... ctatatgcagAATGACTTGGTCCATGGATGGGGTCTTGACTTTGCTCTTAGAAAATGTGTG
EST: gi|78073793|gb|DV502227.1|DV502227
EST:     CAACAGTGTTCTCCAGAAATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAG                         AATGACTTGGTCCATGGATGGGGTCTTGACTTTGCTTTTAGAAAATGTGTG
genomic: CAACAGTGTTCTCCAGAAATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgtgaggtaac ... ctatatgcagAATGACTTGGTCCATGGATGGGGTCTTGACTTTGCTCTTAGAAAATGTGTG
EST: gi|149108357|gb|EE292695.2|EE292695
EST:     CAACAGTGTTCTCCAGAAATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAG                         AATGACTTGGTCCATGGATGGGGTCTTGACTTTGTTCTTAGAAAATGTGTG
genomic: CAACAGTGTTCTCCAGAAATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgtgaggtaac ... ctatatgcagAATGACTTGGTCCATGGATGGGGTCTTGACTTTGCTCTTAGAAAATGTGTG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 47 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 191

ATTTGTTGAGATTATGGCAACAGTGTTCTCCAGAAATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgtgaggtaac ... ctatatgcagAATGACTTGGTCCATGGATGGGGTCTTGACTTTGCTCTTAGAAAATGTGTGGAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 200

ATTTGTTGAGATTATGGCAACAGTGTTCTCCAGAAATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgtgaggtaac ... ctatatgcagAATGACTTGGTCCATGGATGGGGTCTTGACTTTGCTCTTAGAAAATGTGTGGAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 200

ATTTGTTGAGATTATGGCAACAGTGTTCTCCAGAAATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgtgaggtaac ... ctatatgcagAATGACTTGGTCCATGGATGGGGTCTTGACTTTGCTCTTAGAAAATGTGTGGAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 160

ATTTGTTGAGATTATGGCAACAGTGTTCTCCAGAAATGCATGGCGCTGTGTATGGCATATGATTCAGgtgaggtaac ... ctatatgcagAATGACTTGGTCCATGGATGGGGTCTTGACTTTGCTCTTAGAAAATGTGTGGAG