Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATGGAAGTGGCGTCCCCCCTGGAACTGTGCCTAAAACATGTAAAACATGTAAAGGCTCTGGCGCGgtatgtttgaatgtatcctttggcaacatattttccacggcatgtttctaacaggcaacaaactccactaaattgtagacatcatttcagcaagttgatt...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G118316_T01
intron # 10
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|76922542|gb|DV169052.1|DV169052
EST:     CCCCTGGAACTGTGCCTAAAACATGTAAAACATGTAAAGGCTCTGGCGCG                         ATATACATGCAGAAAGGTATATTTACTGTCGAATGTACTTGCTCCCTGTGC
genomic: CCCCTGGAACTGTGCCTAAAACATGTAAAACATGTAAAGGCTCTGGCGCGgtatgtttga ... atgaatgcagATATACATGCAGAAGGGTATATTTACTGTCGAATGTACTTGCTCCCTGTGC
EST: gi|149101262|gb|EE187374.2|EE187374
EST:     CCCCTGGAACTGTGCCTAANACATGTAAAACATGTAAAGGCTCTGGCGCG                         ATATACATGCAGAAGGGTATATTTACTGTCGGATGTACTTGCTCCCTGTGC
genomic: CCCCTGGAACTGTGCCTAAAACATGTAAAACATGTAAAGGCTCTGGCGCGgtatgtttga ... atgaatgcagATATACATGCAGAAGGGTATATTTACTGTCGAATGTACTTGCTCCCTGTGC
EST: gi|78088193|gb|DV516586.1|DV516586
EST:     CCCCTGGAACTGTGCCTAAAACATGTAAAACATGTAAAGGCTCTGGCGCG                         ATATACATGCAGAAGGGTATATTTACTGTCGAATGTACTTGCTCCCTGTGC
genomic: CCCCTGGAACTGTGCCTAAAACATGTAAAACATGTAAAGGCTCTGGCGCGgtatgtttga ... atgaatgcagATATACATGCAGAAGGGTATATTTACTGTCGAATGTACTTGCTCCCTGTGC
EST: gi|93017256|gb|EB642776.1|EB642776
EST:     NNNNTGGA-CTGTGCCTTAAACATGTAAAACATGTAAAGGCTCTGGCGCG                         ATATACATGCAGAAGGGTATATTT
genomic: CCC-TGGAACTGTGCCTAAAACATGTAAAACATGTAAAGGCTCTGGCGCGgtatgtttga ... atgaatgcagATATACATGCAGAAGGGTATATTT
EST: gi|71757145|gb|DR955082.1|DR955082
EST:     CCCCTGGAACTGTGCCTAAAACATGTAAAACATGTAAAGGCTCTGGCGCG                         ATATACATGCAGAAGGGTATATTTACTGTCGAATGTACTTGCTCCCTGTGC
genomic: CCCCTGGAACTGTGCCTAAAACATGTAAAACATGTAAAGGCTCTGGCGCGgtatgtttga ... atgaatgcagATATACATGCAGAAGGGTATATTTACTGTCGAATGTACTTGCTCCCTGTGC
EST: gi|60398827|gb|DN231643.1|DN231643
EST:     GTGCCT-AAACATGTAAAACATGTAAAGGCTCTGGCGCG                         ATATACATGCAGAAGGGTATATTTACTGTCGAATGTACTTGCTCCCTGTGC
genomic: GTGCCTAAAACATGTAAAACATGTAAAGGCTCTGGCGCGgtatgtttga ... atgaatgcagATATACATGCAGAAGGGTATATTTACTGTCGAATGTACTTGCTCCCTGTGC
EST: gi|91049687|gb|EB160105.1|EB160105
EST:     CCCCTGGAACTGTGCCTAAAACATGTAAAACATGTAAAGGCTCTGGCGCG                         ATATACATGCAGAAGGGTATATTTACTGTCGAATGTACTTGCTCCCTGTGC
genomic: CCCCTGGAACTGTGCCTAAAACATGTAAAACATGTAAAGGCTCTGGCGCGgtatgtttga ... atgaatgcagATATACATGCAGAAGGGTATATTTACTGTCGAATGTACTTGCTCCCTGTGC
EST: gi|211267317|gb|FL091731.1|FL091731
EST:     CCCCTGGAACTGTGCCTAAAACATGTAAAACATGTAAAGGCTCTGGCGCG                         ATATACATGCAGAAGGGTATATTTACTGTCGAATGTACTTGCTCCCTGTGC
genomic: CCCCTGGAACTGTGCCTAAAACATGTAAAACATGTAAAGGCTCTGGCGCGgtatgtttga ... atgaatgcagATATACATGCAGAAGGGTATATTTACTGTCGAATGTACTTGCTCCCTGTGC
EST: gi|34391167|gb|CF384395.1|CF384395
EST:     CCCCTGGAACTGTGCCTAAAACATGTAAAACATGTCGAGGCTCTGGTGTG                         ATATACATGCAGAAGGGTATATTTACTGTCGAATGTACTTGCTCCCTGTGC
genomic: CCCCTGGAACTGTGCCTAAAACATGTAAAACATGTAAAGGCTCTGGCGCGgtatgtttga ... atgaatgcagATATACATGCAGAAGGGTATATTTACTGTCGAATGTACTTGCTCCCTGTGC
EST: gi|211533908|gb|FL308317.1|FL308317
EST:     CCCCTGGAACTGYGCCTAAAACATGTAAAACATGTCGAGGCTCTGGTGTG                         ATATACATGCAGAAGGGTATATTTACTGTCGAAATGTACT
genomic: CCCCTGGAACTGTGCCTAAAACATGTAAAACATGTAAAGGCTCTGGCGCGgtatgtttga ... atgaatgcagATATACATGCAGAAGGGTATATTTACTGTCGAA-TGTACT
EST: gi|71427930|gb|DR808980.1|DR808980
EST:     TAAAACATGTAAAACATGTAAAGGCTCTGGCGCG                         ATATACATGCAGAAGGGTATATTTACTGTCGAATGTACTTGCTCCCTGTGC
genomic: TAAAACATGTAAAACATGTAAAGGCTCTGGCGCGgtatgtttga ... atgaatgcagATATACATGCAGAAGGGTATATTTACTGTCGAATGTACTTGCTCCCTGTGC
EST: gi|91049823|gb|EB160241.1|EB160241
EST:     CCCCTGGAACTGTGCCTAAAACATGTAAAACATGTAAAGGCTCTGGCGCG                         ATATACATGCAGAAGGGTATATTTACTGTCGAATGTACTTGCTCC
genomic: CCCCTGGAACTGTGCCTAAAACATGTAAAACATGTAAAGGCTCTGGCGCGgtatgtttga ... atgaatgcagATATACATGCAGAAGGGTATATTTACTGTCGAATGTACTTGCTCC
EST: gi|67040336|gb|CO466591.1|CO466591
EST:     AGGCTCTGGTGTG                         ATATACATGCAGAAGGGTATATTTACTGTCGAATGTACTTGCTCCCTGTGC
genomic: AGGCTCTGGCGCGgtatgtttga ... atgaatgcagATATACATGCAGAAGGGTATATTTACTGTCGAATGTACTTGCTCCCTGTGC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 80

ATGGAAGTGGCGTCCCCCCTGGAACTGTGCCTAAAACATGTAAAACATGTAAAGGCTCTGGCGCGgtatgtttga ... atgaatgcagATATACATGCAGAAGGGTATATTTACTGTCGAATGTACTTGCTCCCTGTGCAATGGGAGCGGGAAAATTGTCAAG


Block sizes: 48 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 62

ATGGAAGTGGCGTCCCCCCTGGAACTGTGCCTAAAACATGTAAAACATGTAAAGGCTCTGGCGCGgtatgtttga ... atgaatgcagATATACATGCAGAAGGGTATATTTACTGTCGAATGTACTTGCTCCCTGTGCAATGGGAGCGGGAAAATTGTCAAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 42

ATGGAAGTGGCGTCCCCCCTGGAACTGTGCCTAAAACATGTAAAACATGTAAAGGCTCTGGCGCGgtatgtttga ... atgaatgcagATATACATGCAGAAGGGTATATTTACTGTCGAATGTACTTGCTCCCTGTGCAATGGGAGCGGGAAAATTGTCAAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 52

ATGGAAGTGGCGTCCCCCCTGGAACTGTGCCTAAAACATGTAAAACATGTAAAGGCTCTGGCGCGgtatgtttga ... atgaatgcagATATACATGCAGAAGGGTATATTTACTGTCGAATGTACTTGCTCCCTGTGCAATGGGAGCGGGAAAATTGTCAAG


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ATGGAAGTGGCGTCCCCCCTGGAACTGTGCCTAAAACATGTAAAACATGTAAAGGCTCTGGCGCGgtatgtttgaatgtatcctttggcaacatattttccacggcatgtttctaacaggcaacaaactccactaaattgtagacatcatttcagcaagttgatt

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gcaacaaa