Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATTGTTTGATTCTGCAAAAGCTATGGCCTTCAGCAATGTGCCTACTCGTGATTGGgtaagctacctttagcatacgagcttcatgattttaccgtaaattgtattgcaacataggtgcttgtgattgtcaaaaatctgaattcccatttggagaggatcactggcaaccaattttgaacttttttcttaacagagctgtcatttgcacatgctttggtacag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G108416_T01
intron # 10
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G108416_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 10
lower sequence: LOC_Os03g24460.3 (Oryza sativa), 5'ss of exon 10
ATTGTTTGATTCTGCAAAAGCTATGGCCTTCAGCAATGTGCCTACTCGTGATTGGgtaagctacctttagcatacgagcttcatgattttaccgtaaattgtattgcaacataggtgcttgtgattgtcaaaaatctgaattcccatttggagaggatcactggcaaccaattttgaacttttttcttaacagagctgtcatttgcacatgctttggtacag
 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |  ||| |     |     ||||   | ||| ||   ||  ||||||| | |            | |||||    | |||     ||     || |||  ||     |  || ||   |||                                        
GTTGTTTGATTCTGCAAAAGCTATGGCCTTCAGCAATGTGCCTAGTCGTGATTGGgtaatttgacttgactgctc-----tcat--ctatactgttcgttacattgcaagaaa------------tatcaaa----ttaatctttgtt----aagaatctttgatgttctgttgtgcctttt----------------------------------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|78087292|gb|DV515685.1|DV515685
EST:     TTGATTCTGCAAAAGCTATGGCCTTCAGCAATGTGCCTACTCGTGATTGG                         ATTAAGGATGCCATCTTTAAGACTCTGATTGCAAATGGAATGTTTTCA-CA
genomic: TTGATTCTGCAAAAGCTATGGCCTTCAGCAATGTGCCTACTCGTGATTGGgtaagctacc ... tttggtacagATTAAGGATGCCATCTTTAAGACTCTGATTGCAAATGGAATGTT--CAACA
EST: gi|211301117|gb|FL169205.1|FL169205
EST:     TTGATTCTGCAAAAGCTATGGCCTTCAGCAATGTGCCTACTCGTGATTGG                         ATTAAGGATGCCATCTTTAAGACTCTGATTGCAAATGGAATGTTCAACAAT
genomic: TTGATTCTGCAAAAGCTATGGCCTTCAGCAATGTGCCTACTCGTGATTGGgtaagctacc ... tttggtacagATTAAGGATGCCATCTTTAAGACTCTGATTGCAAATGGAATGTTCAACAAT
EST: gi|78115926|gb|DV534314.1|DV534314
EST:     TTGATTCTGCAAAAGCTATGGCCTTCAGCAATGTGCCTACTCGTGATTGG                         ATTAAGGATGCCATCTTTAAGACTCTGATTGCAAATGGAATGTTCAACAAT
genomic: TTGATTCTGCAAAAGCTATGGCCTTCAGCAATGTGCCTACTCGTGATTGGgtaagctacc ... tttggtacagATTAAGGATGCCATCTTTAAGACTCTGATTGCAAATGGAATGTTCAACAAT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 110

ATTGTTTGATTCTGCAAAAGCTATGGCCTTCAGCAATGTGCCTACTCGTGATTGGgtaagctacc ... tttggtacagATTAAGGATGCCATCTTTAAGACTCTGATTGCAAATGGAATGTTCAACAATGCTCATATAAGGCTCACGCTCACCCGTGGGAAAAAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 38 (downstream exon)
Score: 68

ATTGTTTGATTCTGCAAAAGCTATGGCCTTCAGCAATGTGCCTACTCGTGATTGGgtaagctacc ... tttggtacagATTAAGGATGCCATCTTTAAGACTCTGATTGCAAATGGAATGTTCAACAATGCTCATATAAGGCTCACGCTCACCCGTGGGAAAAAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 148

ATTGTTTGATTCTGCAAAAGCTATGGCCTTCAGCAATGTGCCTACTCGTGATTGGgtaagctacc ... tttggtacagATTAAGGATGCCATCTTTAAGACTCTGATTGCAAATGGAATGTTCAACAATGCTCATATAAGGCTCACGCTCACCCGTGGGAAAAAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 149

ATTGTTTGATTCTGCAAAAGCTATGGCCTTCAGCAATGTGCCTACTCGTGATTGGgtaagctacc ... tttggtacagATTAAGGATGCCATCTTTAAGACTCTGATTGCAAATGGAATGTTCAACAATGCTCATATAAGGCTCACGCTCACCCGTGGGAAAAAG