Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CACGTTAGATGCCAGCAACAGCTTTCTTGGTGACTCTACCATCATGGATAATGATGATGCTAATGGGAGGCTACCTACTGTGATCAAGTTTGAATTCCAGgtgtgtagtagctcgttacactaaatttcatcatcatgatataacccattattgttgatttgtccatcacatgttttgaattattgttggagtggtgaca...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G107867_T01
intron # 10
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G107867_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 10
lower sequence: LOC_Os03g17980.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 10
CACGTTAGATGCCAGCAACAGCTTTCTTGGTGACTCTACCATCATGGATAATGATGATGCTAATGGGAGGCTACCTACTGTGATCAAGTTTGAATTCCAGgtgtgtagtagctcgttacactaaatttcatcatcatgatataacccattattgttgatttgtccatcacatgttttgaatta-ttgttggagtggtgaca
 | ||||||||  | |||||||||| ||| |||||| | ||| |||||||| | |||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| | |  |   ||  |  |    | |     |   | | |  || |||| ||    |    ||   |  |  |   | | |  ||||  |   ||  
TATGTTAGATGTTAACAACAGCTTTGTTGATGACTCAATCATAATGGATAACGGTGATGTAAATGGGAGGCTACCTGCTGTGATCAAGTTTGAAATCCAGgtgtgcaatttcaaattctagcaggactgacttaaaaagtttgatacagtattttttccctagatattcaacttcatagttaaatccttggtttaaagat-

upper sequence: GRMZM2G107867_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 10
lower sequence: LOC_Os08g37800.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 10
CACGTTAGATGCCAGCAACAGCTTTCTTGGTGACTCTACCATCATGGATAATGATGATGCTAATGGGAGGCTACCTACTGTGATCAAGTTTGAATTCCAGgtgtgtagtagctcgttacactaaatttcatcatcatgatataacccattattgttgatttgtccatc-acatgttttgaattattgttggagtggtgaca
 | |||||||| || | |||||||| ||| |||||| |  || ||||||||||  ||||  || |||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||| | |  |   ||  |  |    | |     |   | |    ||  | | ||  ||| |   |  | ||      || ||||||||   | || |  
TATGTTAGATGTCAACCACAGCTTTGTTGATGACTCAATTATAATGGATAATGGCGATGTAAACGGGAGGTTACCTGCTGTGATCAAGTTTGAAATCCAGgtgtgcaatttcaaattctagcactgctgacttaaaaagtttgttacagcaatatttttttttttctagatattcaactaaatattgttgtcatagttaa-
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|5361136|gb|AI795751.1|AI795751
EST:     ATGATGATGCAAATGGGAGGCTACCTACTGTGATCAAGTTTGAATTCCAG                         CTTTACAAGACGAAGGACGACAAGTACCTCCTAGATATGCAGAGAGTTACT
genomic: ATGATGATGCTAATGGGAGGCTACCTACTGTGATCAAGTTTGAATTCCAGgtgtgtagta ... tctttctcagCTTTACAAGACGAAGGACGACAAGTACCTCTTAGATATGCAGAGAGTTACT
EST: gi|211186172|gb|FL452293.1|FL452293
EST:     ATGATGATGCTAATGGGAGGCTACCTACTGTGATCAAGTTTGAATTCCAG                         CTTTACAAGACGAAGGACGACAAGTACCTCTTAGATATGCAGAGAGTTACT
genomic: ATGATGATGCTAATGGGAGGCTACCTACTGTGATCAAGTTTGAATTCCAGgtgtgtagta ... tctttctcagCTTTACAAGACGAAGGACGACAAGTACCTCTTAGATATGCAGAGAGTTACT
EST: gi|60341419|gb|DN208392.1|DN208392
EST:     ATGATGATGCTAATGGGAGGCTACCTACTGTGATCAAGTTTGAATTCCAG                         CTTTACAAGACGAAGGACGA
genomic: ATGATGATGCTAATGGGAGGCTACCTACTGTGATCAAGTTTGAATTCCAGgtgtgtagta ... tctttctcagCTTTACAAGACGAAGGACGA
EST: gi|71762342|gb|DR960279.1|DR960279
EST:     ATGATGATGCTAATGGGAGGCTACCTACTGTGATCAAGTTTGAATTCCAG                         CTTTACAAGACGAAGGACGACAAGTACCTCTTAGATATGCAGAGAGTTACT
genomic: ATGATGATGCTAATGGGAGGCTACCTACTGTGATCAAGTTTGAATTCCAGgtgtgtagta ... tctttctcagCTTTACAAGACGAAGGACGACAAGTACCTCTTAGATATGCAGAGAGTTACT
EST: gi|91872727|gb|EB402684.1|EB402684
EST:     ATGATGATGCTAATGGGAGGCTACCTACTGTGATCAAGTTTGAATTCCAG                         CTTTTACAAGACGAAGGACGACAAGTACCTCTTAGATATGCAGAGAGTTAC
genomic: ATGATGATGCTAATGGGAGGCTACCTACTGTGATCAAGTTTGAATTCCAGgtgtgtagta ... tctttctcagCTTT-ACAAGACGAAGGACGACAAGTACCTCTTAGATATGCAGAGAGTTAC
EST: gi|5871760|gb|AW018231.1|AW018231
EST:     ATGATGATGCAAATGGGAGGCTACCTACTGTGATCAAGTTTGAATTCCAG                         CTTTACAAGACGAAGGACGACAAGTACCTCCTAGATATGCAGAGAGTTACT
genomic: ATGATGATGCTAATGGGAGGCTACCTACTGTGATCAAGTTTGAATTCCAGgtgtgtagta ... tctttctcagCTTTACAAGACGAAGGACGACAAGTACCTCTTAGATATGCAGAGAGTTACT
EST: gi|60345406|gb|DN212379.1|DN212379
EST:     ATGATGATGCTAATGGGAGGCTACCTACTGTGATCAAGTTTGAATTCCAG                         CTTTACAAGACGAAGGACGACAAGTACCTCTTAGATATGCAGAGAGTTACT
genomic: ATGATGATGCTAATGGGAGGCTACCTACTGTGATCAAGTTTGAATTCCAGgtgtgtagta ... tctttctcagCTTTACAAGACGAAGGACGACAAGTACCTCTTAGATATGCAGAGAGTTACT
EST: gi|6056642|gb|AW091047.1|AW091047
EST:     ATGATGATGCAAATGGGAGGCTACCTACTGTGATCAAGTTTGAATTCCAG                         CTTTACAAGACGAAGGACGACAAGTACCTCCTAGATATGCAGAGAGTTACT
genomic: ATGATGATGCTAATGGGAGGCTACCTACTGTGATCAAGTTTGAATTCCAGgtgtgtagta ... tctttctcagCTTTACAAGACGAAGGACGACAAGTACCTCTTAGATATGCAGAGAGTTACT
EST: gi|108954035|gb|EC364982.1|EC364982
EST:     ATGATGATGCTAATGGGAGGCTACCTACTGTGATCAAGTTTGAATTCCAG                         CTTTACAAGACGAAGGACGACAAGTACCTCTTAGATATGCAGAGAGTTACT
genomic: ATGATGATGCTAATGGGAGGCTACCTACTGTGATCAAGTTTGAATTCCAGgtgtgtagta ... tctttctcagCTTTACAAGACGAAGGACGACAAGTACCTCTTAGATATGCAGAGAGTTACT
EST: gi|5108343|gb|AI740056.1|AI740056
EST:     ATGATGATGCAAATGGGAGGCTACCTACTGTGATCAAGTTTGAATTCCAG                         CTTTACAAGACGAAGGACGACAAGTACCTCCTAGATATGCAGAGAGTTACT
genomic: ATGATGATGCTAATGGGAGGCTACCTACTGTGATCAAGTTTGAATTCCAGgtgtgtagta ... tctttctcagCTTTACAAGACGAAGGACGACAAGTACCTCTTAGATATGCAGAGAGTTACT
EST: gi|211186173|gb|FL452294.1|FL452294
EST:     ATGATGATGCTAATGGGAGGCTACCTACTGTGATCAAGTTTGAATTCCAG                         CTTTACAAGACGAAGGACGACAAGTACCTCTTAGATATGCAGAGAGTTACT
genomic: ATGATGATGCTAATGGGAGGCTACCTACTGTGATCAAGTTTGAATTCCAGgtgtgtagta ... tctttctcagCTTTACAAGACGAAGGACGACAAGTACCTCTTAGATATGCAGAGAGTTACT
EST: gi|60398350|gb|DN231166.1|DN231166
EST:     ATGATGATGCAAATGGGAGGCTACCTACTGTGATCAAGTTTGAATTCCAG                         CTTTACAAGACGAAGGACGACAAGTACCTCCTAGATATGCAGAGAGTTACT
genomic: ATGATGATGCTAATGGGAGGCTACCTACTGTGATCAAGTTTGAATTCCAGgtgtgtagta ... tctttctcagCTTTACAAGACGAAGGACGACAAGTACCTCTTAGATATGCAGAGAGTTACT
EST: gi|110532366|gb|EE036550.1|EE036550
EST:     ATGATGATGCTAATGGGAGGCTACCTCCTGTGATCAAGTTTGAATTCCAG                         CTTTACAAGACGAAGGACGACAAGTACCTCTTAGATATGCAGAGAGTTACT
genomic: ATGATGATGCTAATGGGAGGCTACCTACTGTGATCAAGTTTGAATTCCAGgtgtgtagta ... tctttctcagCTTTACAAGACGAAGGACGACAAGTACCTCTTAGATATGCAGAGAGTTACT
EST: gi|71758603|gb|DR956540.1|DR956540
EST:     ATGATGATGCTAATGGGAGGCTACCTACTGTGATCAAGTTTGAATTCCAG                         CTTTACAAGACGAAGGACGACAAGTACCTCTTAGATATGCAGAGAGTTACT
genomic: ATGATGATGCTAATGGGAGGCTACCTACTGTGATCAAGTTTGAATTCCAGgtgtgtagta ... tctttctcagCTTTACAAGACGAAGGACGACAAGTACCTCTTAGATATGCAGAGAGTTACT
EST: gi|78021650|gb|DV490037.1|DV490037
EST:     ATGATGATGCAAATGGGAGGCTACCTACTGTGATCAAGTTTGAATTCCAG                         CTTTACAAGACGAAGGACGACAAGTACCTCCTAGATATGCAGAGAGTTACT
genomic: ATGATGATGCTAATGGGAGGCTACCTACTGTGATCAAGTTTGAATTCCAGgtgtgtagta ... tctttctcagCTTTACAAGACGAAGGACGACAAGTACCTCTTAGATATGCAGAGAGTTACT